在元代的各种宗教中，以佛教最受蒙古统治者重视。成吉思汗南下征金时，开始接触到佛教。元代佛教各派当中，喇嘛教在朝廷的地位最高；就全国而言，最为流行的仍是禅宗。佛教的白云宗、白莲教等教团，在南方也拥有众多的信徒。元太祖十四年（1219），成吉思汗在西域传诏，命禅宗僧人海云及其师中观统汉地僧人，免其差发。乃马真后元年（1242），海云北觐当时还是诸王的忽必烈，说佛法大意。
元太宗即位后，封皇子阔端于凉州之地。蒙古的兵威越祁连山到达青藏高原。乃马真后三年（1244），萨斯迦派教主功嘉监藏向阔端请降。功嘉监藏死后，其侄八思巴继为教主。宪宗三年（1253），八思巴入见诸王忽必烈，其学识受到称颂。
至元初，元政府设总制院掌浮图教，以国师八思巴领其事。至元二十五年（1288），因唐代吐蕃贡使见于宣政殿，故改总制院为宣政院，序从一品，除掌释教僧徒外，且负责吐蕃之地。如吐蕃有事，则置分院往镇；如有用兵，则与枢密院会商后行之。在江南地区，初置诸路释教总统所领佛教事。至元二十八年（1291）立江南行宣政院，治杭州。此后，江南行宣政院迭经废置。地方上的僧官有僧录、正副都纲、僧正等，一般由政府任命僧人担任。剃度出家须由官府批准，实际上私度僧尼也很普遍。据宣政院统计，至元二十八年（1291）时，全国有寺院二万四千余所，经过登记的僧尼凡二十一万余人。
建藩于云南等地的诸王，也往往到吐蕃延请僧人为“王师”。出身于唐兀族的吐蕃僧人杨琏真迦，曾总摄江南诸路释教。见于记载的云南诸路释教都总统节思朵、积律速南巴等人，都是吐蕃人。吐蕃佛教僧人凭借其政治势力，在内地据有不少规模很大的寺院。一些吐蕃僧人不但以向蒙古宫廷传授“房中运气”、“大喜乐”法之类邪术取媚固宠，同时在中原、江南等地也化度了少数信奉者。
汉地流行的佛教，基本上还是从宋、金流传下来的禅、教、律三大派。其中禅、律即禅宗和律宗，教指天台、法相、华严等宗。禅尚虚寂，律严戒行，而教则通经释典。至元二十五年（1288），元廷集“江南教、禅、律三宗诸山至燕京问法”。据《佛祖统纪》，这次廷辩的结果，“使教冠于禅之上”。但不论是在南方还是北方，此后最为流行的仍然是禅宗中的曹洞和临济两家。
元朝统一云南以前，在大理白人及汉人中流行的佛教主要是西域密教，即吐蕃喇嘛教。密教僧人称阿叱力（或阿阇梨，梵语Acarya的音译），或称轨度僧，有妻子。至元中叶，善阐李氏禅僧雄辩归滇，别一位禅僧大休也来到云南，当为禅宗传入之始。云南僧人玄鉴东来，问法于内地禅僧中峰明本，归滇时殁于道。其徒携其像归回，被奉为南诏禅宗第一祖。此后，阿叱力教虽在云南继续长期存在，禅宗势力也开始在云南发展起来。
由佛教派生出来的两个道门，即白云宗和白莲教，在元代也拥有不小的势力。白云宗是北宋末由洛阳宝应寺僧孔清觉（1043— 1121）在杭州白云庵发起的一个教团，提倡素食念佛，所以又称白云宗。它援引天台教义，攻击禅宗，在宋代一直被当作异端而受到禁止。入元以后，白云宗为政府承认，得以公开活动，势力发展很快。其中心在杭州普宁寺。延祐七年（1320），复被官方作为异端邪说取缔，此后逐渐绝迹。
白莲教渊源于佛教净土宗的弥陀净土法门，其创始人为南宋初年的吴郡昆山的僧人茅子元。他所创立的白莲教并不要求门徒出家，可以娶妻生子，在家出家，所以在下层社会中得到迅速的传播。在宋亡之前已经传到北方。元朝统一后，一部分白莲教徒在杜万一的领导下，于宋亡后次年曾举兵起义。失败后，白莲教仍然取得合法地位。但因一些地方白莲教徒的骚乱活动，元政府于至大元年（1308）下令“禁白莲社，毁其祠宇，以其人还隶民籍”。后镇江妙果白莲寺和尚普度赴大都，通过国师必兰纳识里向皇太子爱育黎拔力八达活动，并上书武宗。爱育黎拔力八达即位后，下旨恢复白莲教的合法地位。白莲教的信徒不但有下层百姓，还有社会上层人士。寓居大都的高丽国王也皈依其教，并在其国内创建寿光寺白莲堂。英宗即位后，又于至治二年（1322）下令限制白莲教的活动。但在民间，白莲教徒的数目一直不断增加。到元末，白莲教成为农民组织起义的工具。
宋室南迁后，在北方活动的道教，主要是太一、大道（蒙哥时期改名为太真）、全真等诸派及浑元教等。全真道由道士王喆于金朝中期所创。全真教宣扬道、儒、释三家合一，兼而修之，故号全真。金末元初，全真道投效蒙古统治集团，后来居上，在宪宗朝以前在北方长期维持比太一、大道诸教以及佛教、儒学优越的地位。宪宗在位时期发生了两次佛道辩论，全真道士两次遭到失败，不但使道家的地位降至释家之下，而且也改变了全真道在北方道教诸派中一门独尊的状况。全国统一以后，活动于南宋故土的旧道教符箓各派继续流行于江南各地。
宪宗曾勒令道家归还被他们霸占的佛寺二百余所。到至元十七年（1280），僧人旧事重提，引起道释两家的激烈斗争。道家再一次输掉了这场官司，全真道士被诛杀、劓刖、流窜者十多人。释家乘势要求朝廷追究曾经宪宗禁断、但尚存于世的道家伪经。元廷遂于次年命释门诸僧、翰林院文臣偕正一天师张宗演、全真掌教祁志诚、大道掌教李德和等人，会集长春宫，考证道藏诸经真伪。释道辩论达数十日之久，结果除《道德经》外，其余道家经典悉被判为伪经。释家敦促朝廷再次下令焚经，世祖表示：“道家经文，传论踵谬非一日矣。若遽焚之，其徒未必心服。彼言水火不能焚溺，可姑端试之。俟其不验，焚之未晚也。”他命令道家诸派各推一人佩符入火，“自试其术”。张宗演等人惊慌失措，承认“此皆诞妄之说。臣等入火，必为灰烬，实不敢试，但乞焚去道藏”。世祖于是下令，除《道德经》外，其余道家诸经一概焚毁，并禁止醮祠，遣使晓谕诸路遵行。
这次事件使道家势力又经受了一次严重的打击，且祸及南方道流，其影响超过宪宗焚毁道藏之举。不过焚毁《道德经》以外其余道教经典的诏令，并未完全执行。正一道人张留孙通过太子真金向世祖恳请，使道教许多经典得以保存。世祖末年撤销了对醮祠的禁令，但因桑哥等权臣沮泥，这道诏旨只在京师公布，未颁至各地。成宗即位以后重新颁行天下，道家才得以喘息。
自宪宗朝起，全真、真大、太一等教门宗教领袖的掌教均由朝廷任命或加承认。入元以后，由此发展为一项特殊的制度。凡为“其教之师者，必得在禁近，号其人曰真人，给以印单，得行文书，视官府”。南方世居龙虎山的第三十五代正一天师（掌教）张可大，南宋季年已受敕为教主。忽必烈攻鄂时，他曾对来访的蒙古秘使预言说再过二十年可统一天下。世祖平南宋后，对可大之子、第三十六代天师张宗演倍加宠渥，命主江南道教。此后嗣位的历代正一天师，也都经过元廷的认可，受真人之号，袭掌江南道教事。成宗时，第三十八代天师张与材又受封为正一教主，主领三山符箓。江南道教符箓各派遂正式并于正一道门之下。
在中央，道教的管理由集贤院负责。地方各郡置道官一人，用五品印。宫观各置主掌。其余道官主要有道录、道正、道判、提点等，多由政府任命道士充任。
蒙古帝国版图辽阔，道教随着被蒙古人征发的汉人传播到遥远的边疆。成吉思汗时代丘处机曾在金山之北的称海城营建道观。阿力麻里的道教徒曾设立三坛。和林城的一所道观“三灵侯庙”一直存在到元末。和林遗址额尔德尼召至今存有至正九年（1339）所立的“三灵侯庙之碑”，参与建设这所道观的包括各民族的人。
从唐代开始，伊斯兰教即在留居中国沿海地区的波斯、阿拉伯商人中流行。但迄于两宋，其传播规模一直很有限。蒙元时代，中亚各族居民大批徙居内地，其中有相当部分是伊斯兰教徒。伊斯兰教就是在这个时期传播到全国各地的。
在元代回回主要指伊斯兰教徒，其所遵行的伊斯兰教法律称为回回法，但也包括其他西域人，如聂思脱里教徒等。犹太人有时被称为“术忽回回”，信奉东正教的阿速人被称为“绿睛回回”，吉普赛人被称为“罗里回回”等。到后来，甚至古希腊人、古罗马人都被称为“回回”。但在大多数场合下，还是指伊斯兰教徒。
东来的回回人乐居中土，“皆以中原为家，江南尤多，不复回首故国也”，于是形成“元时回回遍天下”的局面。绝大多数回回人都固守伊斯兰教教规，“居中土也，服食中土也，而惟其国俗是泥也”。他们“虽适殊域，传子孙，累世不敢易焉”。元政府的宗教兼容政策，促成了伊斯兰教在全国的传播。
按照各教人户各依本俗行事的原则，元政府在中央设立了回回哈的（阿拉伯语，意为法官）司，由哈的大师领之，依回回法掌本教门的宗教活动、回回人的户婚钱粮等词讼以及部分刑名之事。回回哈的司在各地有相应的掌教机构，由各地回回哈的主持。仁宗即位以后曾撤罢回回哈的司，收回哈的大师处断回回人刑、民等公事的权力，把哈的大师的职掌限制在掌教念经等纯属宗教活动的范围内。
根据成吉思汗的《札撒》，免除伊斯兰掌教人员答失蛮（波斯语，意为学者，指回回文人）赋役，伊斯兰教的礼拜寺（俗称回回寺），和佛寺、道观一样得到政府的保护。回回人的宗教活动和生活习俗都不受限制。天历元年（1328），因回回大臣倒剌沙等拥立泰定帝子，与元文宗对抗，文宗下令罢回回掌教哈的所，并命各地追究倒剌沙的同党，伊斯兰教势力受到一次较大的打击。但不久文宗即诏谕中外：凡回回人未预其事者，安业勿惧。元末来中国旅行的摩洛哥人伊本·拔图塔注意到，当时中国每城都有回回人的居住区，各有一摄思廉总管有关教民的一切事务，一名“哈的”掌审判；各地回回街区都建有礼拜寺，以为祈祷之所。
回回移民散居在中国各地，编入当地户籍，另为一类，通称回回户。元朝政府规定，除答失蛮等掌教念经者外，一般回回民户，需与其他民户一样负担赋役。回回人长期与汉族人民相处，经历数代，受到汉文化日益深刻的影响。他们习汉语，读儒书，并仿效汉人的姓氏外号定姓立名，自元中叶以后逐渐普遍。但在接受汉文化的同时，他们仍保持自己的宗教习俗，世代不易，区别于其他民族的居民，后来形成为中国的回族。
元朝移居西北的蒙古人受周围环境的影响先后改宗伊斯兰教，而居于汉地的蒙古诸王贵族中信奉伊斯兰教的则为数不多，其中最著名的是世祖孙阿难答。阿难答是安西王忙哥剌之子。安西王所统的关陇河西地区，是回回人的聚居地。司天少监每年要把推算写造的回回历按时送呈忙哥剌，以使他向封领内的回回人颁布使用。阿难答从小由王府中的回回人抚养长大。据波斯史籍记载，至元十七年（1280）他嗣位为安西王后，使所部十五万蒙古人的大多数人改信伊斯兰教。
大食帝国瓦解后，波斯语作为东部伊斯兰世界文学语言的地位逐步得到确认。在蒙古国时期和元代，从西北方面涌入中国境内的回回人中，相当大部分通波斯语，因此元朝境内，尤其是北方伊斯兰教的文献和文物留下了明显的波斯文化痕迹。元朝政府公文中有关伊斯兰教的专用词汇，亦有相当一部分是波斯语辞，如答失蛮、迭里威失（指苏菲派教士）、纳麻思（译言礼拜）等。
元代回回人修建的清真寺很多。至正八年中山府（今河北定县）《重建礼拜记》曰：“今近而京城，远而诸路，其寺万余，俱西向以行拜天之礼。”其辞虽有夸张之处，但也反映了元代伊斯兰教徒的建寺活动遍于全国的事实。元以前中国的清真古寺，如广州怀圣寺、泉州“圣友之寺”、清净寺在元代都得到维修。现今发现的泉州清真古寺遗迹除了上述“圣友之寺”和“清净寺”以外，还有涂门外津头埔的所谓“宋也门寺”、南门的所谓“元穆罕默德寺”、东门外东头乡的“元纳希德重修寺”和所谓“元无名大寺”等。此外大都、杭州、扬州、定州、开封等地都有回回人新建的寺院。俄国人柯兹洛夫等人还在元亦集乃路治（哈剌和托，在内蒙额济纳旗东）发现元代的礼拜寺遗址及波斯文残碑。漠北的和林也有回回寺和经学院。
基督教中最早传入中国内地的，是唐代的“波斯经教”，又称为景教或大秦景教，即基督教聂思脱里派。其教堂名为“波斯寺”。
由于唐政府的取缔，唐末以后景教在内地趋于灭绝。辽金时期，聂思脱里教在中国西北民族中广泛传播。汉人径以原名的音译“聂思脱里教”称呼之。先后信奉聂思脱里教的有居于蒙古高原中部的克烈部，居于金界壕附近的汪古部，从契丹边地西迁中亚的浑部，居于按台山至也儿的石河地域的乃蛮部，定居于东部天山南北的畏兀儿人的一部分和占据亦列河、垂河及塔剌思河的哈剌鲁人的一部分等操突厥语的民族。入元以后，由于西北边地信奉聂思脱里教的诸强部相继为成吉思汗并灭，其部民随蒙古军散居全国各地，它又重新传入内地。
蒙古国时代的汉文文献称聂思脱里教徒为“迭屑”。这个称呼源于波斯语tarsa，本意为“畏惧”，指畏惧上帝，专指聂思脱里教徒。元代又称为“秦教”，很可能是“大秦教”或“大秦景教”的略称。在有关聂思脱里教的蒙古语和汉语文献中，更经常出现的是“也里可温”一词，指聂思脱里教及其教士或信徒，一般认为源于希腊文erkou，它可能是由聂思脱里派基督教徒，或由东罗马皇帝支持下的东正教会的阿儿马尼（亚美尼亚）信徒传到中国的。
元代管领也里可温教门的政府机构，是至元二十六年（1289）建立的崇福司，秩从二品，“兼领马儿·哈昔、列班、也里可温、十字寺祭享等事”。“马儿·哈昔”是叙利亚文Mar（译言圣）hasia（译言使徒）的音译，是对聂思脱里教“大德”（主教）的称呼，在其它汉文史料中，它有时也被译写为“马里·哈昔牙”。“列班”系叙利亚文Rabban的音译，原意为法师、律师，乃是对聂思脱里僧侣的敬称，他们与其他宗教教士一样，享有蠲免差发的优惠。分布在全国各地的也里可温掌教司，一度达到七十二所。聂思脱里教是从西北地区重新传入内地的，所以元代西北地区仍是聂思脱里教徒比较集中的地区，此外大都乃至江南沿海各地也有许多信徒。
大都是元代的政治中心，因而成为基督教各派争相活动的地区。聂思脱里教徒在大都势力相当大。大都附近房山三盆山十字寺遗址一直保留到现代。罗马教廷的使臣天主教教士孟特·戈维诺在大都传播天主教时，遭到聂思脱里教徒的坚决反对。
在江南地区传播聂思脱里教最重要的人物，是既见于汉文文献也见于《马可波罗游记》的操突厥语的撒麻耳干（今乌兹别克斯坦首都撒马尔罕）人马薛里吉思。他于至元十四年（1277）任镇江府路总管府副达鲁花赤。在任期间他先后建十字寺七所，其中一所在杭州。镇江的七所十字寺的“常住”田产共计官、民田七十余顷。记录马薛里吉思事迹的梁相《大兴国记》，是迄今所知反映元代汉族人对于聂思脱里教认识的唯一书面文献。梁相还描述了聂思脱里教寺院的十字架，说“十字者取像人身，揭于屋，绘于殿，冠于首，佩于胸，四方上下，以是为准”。镇江一带是江南聂思脱里教的一个重要基地，这里还有其他人修建的若干所十字寺。与镇江一江之隔的扬州也有三所聂思脱里教十字寺。
元代聂思脱里教虽然散布到各地，但人数并不多，而且在蒙古人看来波斯传来的明教（摩尼教）和聂思脱里教之间似乎没有多大区别，曾命信奉聂思脱里教的操突厥语的汪古部贵族为官驻节泉州，专掌“江南诸路明教、秦教”。
从宋代起，就有相当数量自称来自“天竺”的犹太人定居在今开封。他们把自己的教士称为“满剌”，把希伯来文老师称为“五思达”，这两个词分别是波斯语mulla和ustad的音译。由此可见，他们应是源出波斯或中亚、在印度落籍不归的西域商旅的后裔。这部分犹太人在开封有自己的社区，保存了自己的宗教“一赐乐业教”，即以色列教。
金代大定三年（1163）“列微五思达”在开封“领掌其教”。当地的犹太人在俺都喇的组织下开始修建了“古刹清真寺”，即犹太教教堂。至元十六年（1279）当地犹太人又重建此寺。元代重建的犹太教“清真寺”坐落于土市字街东南，其四至三十五丈。寺中供奉着数部手抄《摩西五经》的古羊皮卷本。明末清初开封的这所犹太教寺院称为“挑筋教礼拜寺”。清初无名氏著有《如梦录》，清咸丰二年（1852）常茂徕为此书作注。《如梦录》中提到了这座寺院，说：土街向东“线儿李家胡同，有挑筋教礼拜寺”。常茂徕在“线儿李家胡同”后注曰“按即挑筋教礼拜寺南墙外胡同，今与土街不通，俗名仙人巷，应是线儿巷之误”。他在“挑筋教礼拜寺”后又注曰“在今曹门内火神庙南，寺渐废”。
在杭州也有相当数量的犹太人，他们中有许多在砂糖局中供职，大约是蒙古西征时带来的一批掌握制糖技术的犹太人。这部分犹太人的后裔在明代仍然在杭州生活，并在那里也建了一所犹太教会堂。
萨满教是漠北游牧民和东北诸部中最为流行的宗教。《新唐书·黠戛斯传》载黠戛斯人“呼巫为甘”，此即麻合木·可失合里《突厥语辞典》著录之qam，意为萨满。此名最早的汉译见于南宋徐梦莘所著《三朝北盟会编》卷三，其文称“珊蛮者，女真语巫妪也”。
萨满教的基本信仰是万物有灵。在他们的心目中，宇宙万物至高无上的主宰是头顶上的“长生天”。蒙古旧俗最敬天，每事必称天。把雷声称为“天叫”。日常言谈中经常提到“托着长生天底气力”。所欲为之事称为“天教做”。已为之事则曰“天知着”。上至可汗，下及百姓，无一事不归之天。
《元朝秘史》所记蒙古巫师之号为“孛额”，译言“师公”、“师巫”，即男性萨满。人们认为他们具有能通神灵的本领，能传达神灵的意志。成吉思汗早年最著名的萨满是晃豁坛部族长蒙力克（铁木真的继父）之子阔阔出，人称帖卜·腾格里。他习惯于在隆冬时去到斡难——怯绿连之地最寒冷的地方裸于冰上，凝冰被体温融化，升起一些蒸汽，蒙古人认为他骑白马升天了。他曾屡次对铁木真说：“长生天让你统治大地。”太祖元年铁木真在斡难河源大会诸王群臣时，他又宣示天意说：“长生天命你采用成吉思汗的称号。”
成吉思汗建国之初，阔阔出权势甚大，他曾纠集兄弟吊打成吉思汗之弟合撒儿，又向成吉思汗进谗说：长生天要成吉思汗与其弟合撒儿轮流掌国，不如除掉合撒儿，以此挑起成吉思汗兄弟的激烈冲突。后来他的势力越来越大，各部落的人都去投奔他，连成吉思汗御马所人员和成吉思汗幼弟斡赤斤的百姓也不例外。萨满在当时的蒙古中的影响力有时大到敢与皇室相抗衡的地步。
太宗四年（1232）元太宗征金时北还途中病重。萨满们称这是金国的山川之神作怪，一定要用亲人做替身才能免祸，结果拖雷替兄承难，喝下萨满念过咒的水而死。萨满转达的天意，即使是皇亲也不敢不遵。
萨满占卜的办法是用铁锥烧红钻羊骨扇，视其裂纹以定吉凶，和汉人龟卜相似。天弃天予，一决于此。蒙古人对这种占卜法信之甚笃，谓之烧琵琶。事无大小，均用此法视凶吉。契丹人耶律楚材知天文、善占卜，受到成吉思汗的器重。有一次他测算了月蚀，准确应验，成吉思汗大为惊异，说：“汝于天上事尚无不知，况人间事乎。”于是每将出征，必令他预卜吉凶，自己也烧羊骨以符之。
随着蒙古贵族入主中原，萨满教在元代也进入了宫廷。朝廷中的“蒙古巫祝”、“巫觋”，每年都要主持若干次“国俗旧礼”，履行各种祭祀仪式。这种以蒙古语“告神”、“祝赞”、“念咒语”、“以国语呼累朝御名而祭焉”的巫祝就是萨满。
元代蒙古族入主中原，大批西域人随之在汉地定居，使这一时期成为我国历史上一个多元文化并存的新时代。操蒙古语的民族使用蒙古文；操突厥语诸民族依所住地域和信仰宗教的不同，分别使用不同的突厥文；信奉伊斯兰教的操波斯语民族则使用回回文（波斯文）；汉人、南人使用汉文。
蒙古族在元代创制了自己的文字——蒙古文。蒙、元时期先后行用过两种蒙古文字：畏兀儿字蒙古文和八思巴字蒙古文。
畏兀儿字蒙古文创制于成吉思汗时期。蒙古原无文字，成吉思汗灭乃蛮时，俘获在乃蛮部任职的畏兀儿人塔塔统阿，知文字之重要，遂命塔塔统阿依照畏兀儿文字母拼写蒙古语，自左向右竖写，并教授蒙古弟子，是为畏兀儿字蒙古文。现存最早的文献为俄罗斯彼得堡所存太祖二十年（1225）移相哥刻石（或称成吉思汗石），文字五行。八思巴字蒙古文创制后，畏兀儿字蒙古文不再作为官方文字，但仍在民间流行。以后迭经改革，沿用至今。
元世祖忽必烈即位后，封授吐蕃萨斯迦派喇嘛八思巴为国师，命他制作蒙古新字。世祖在颁行蒙古新字诏书中说：“我国家肇基朔方，俗尚简古，未遑制作。凡施用文字，因用汉楷即畏兀字，以达本朝之言。考诸辽、金及遐方诸国，例各有字。今文治渐兴，而字书有阙，于一代制度，实为未备。故特命国师八思巴创为蒙古新字，译写一切文字，期于顺言达事而已。自今以往，凡有玺书颁降者，并用蒙古新字，仍各以其国字副之。”八思巴以藏文字母拼写蒙古语，共使用四十一个字母，用二个、三个、甚至四个以上字母拼写一个词。并制拼读之法，自上而下直写，自右向左行。
至元六年（1269）八思巴字颁行，次年又改称蒙古国书。有元一代，八思巴字蒙古文始终作为官方文字行用，元亡后，北元还用以铸造官印，后渐废弃。
颁行蒙古新字时，世祖曾明确规定用它“译写一切文字”。故八思巴字除用以拼写蒙古语以外，也拼写汉语，字母基本通用，但有些字母拼写蒙古语和汉语时所代表的音值不同。元世祖企图以一种通用字母拼写蒙、汉、藏等各民族的语言的努力，实际上是中国文字史上一次空前的创造性的尝试，也是制作汉语拼音字的第一次尝试。
迁入西北地区的蒙古人为数虽然很少，但他们在相当长的时期内保持着自己的文化。直至十五世纪，察合台的后裔们仍使用畏兀儿字蒙古文。元末察合台汗国和钦察汗国的蒙古人还使用八思巴字银牌。
蒙古时代西域操突厥语诸民族无统一的文字。主要通行两种突厥文字：畏兀儿文、叙利亚字突厥文。
畏兀儿文是畏兀儿人和哈迷立人使用的文字，其使用时代自唐中期至清中期，在元代又称为“北庭书”或“回回字”，我国学术界通称为“古回鹘文”。这种文字是唐代由居于碎叶川的突骑施人在粟特文化的影响下，采用源于阿拉美字母的粟特字母来拼写本族语言而创造的。回鹘自漠北西迁以后，这种以粟特字母拼写的突厥文在其国中广为流传，回鹘人成为使用这种文字的主要民族，所以通常被学者们称为回鹘文。
蒙古兴起后，畏兀儿文广为流行，使用范围飞速扩大。朝廷文书汉文和“回回字”并用，但必以“回回字”为验。掌握“回回字”的是朝廷大必阇赤克烈人镇海。会使用这种文字的人可轻易获得一官半职或做通事，作威作福，所以燕京有很多人学“回回字”，即畏兀儿文。随着蒙古征服，随军西行的畏兀儿必阇赤们把畏兀儿文带到西亚和钦察草原，而亦都护家族的东迁使畏兀儿文的行用范围扩大到河西。
据陶宗仪《书史会要》记载，畏兀儿文有二十余个字母，除重名外只有十五个音，因此产生代用的字母。像所有的阿拉美字母变体一样，畏兀儿文的每一个字母都有单写、起首、字中和字尾等几种不同的形式，有元音五个，半元音二个。
畏兀儿文明对我国北方民族产生了巨大的影响。西辽皇室也延请畏兀儿学者为师。入元后，蒙古皇室继续请畏兀儿学者为诸皇子师。还有许多畏兀儿知识分子在钦察汗国、察合台汗国、伊利汗国和后来的帖木儿帝国境内的西北宗王的斡耳朵内担任必阇赤。畏兀儿文对我国北方民族有巨大影响，成吉思汗时代畏兀儿人塔塔统阿利用畏兀儿字母创制了蒙古文。明末满族人又利用蒙古字母创制了满文。畏兀儿文的基本字母和拼写规则至今还在蒙古文和满文中使用。
辽金时代，我国西北一些信奉聂思脱里派基督教的操突厥语民族，使用以聂思脱里教会内部所通行的叙利亚字母来拼写的突厥语。这种文字被学者们称为叙利亚字突厥文。其集中使用地区，是碎叶川西辽故都虎思斡耳朵附近、阿力麻里地区以及汪古部驻地，使用下限大约至明洪武末年。目前所发现的文献，主要是墓志铭文，集中发现于虎思斡耳朵一带。元代入汉地为宦的汪古人曾将这种文字带到内地，在泉州也有发现。
一般来说“回回文”指波斯文，但有例外。《黑鞑事略》提到：“鞑人本无字，然今之所用者有三种：行于鞑人本国者，则只用小木，长三、四寸，刻之四角……行于回回者，则用回回字，镇海主之。回回字只有二十一个字母，其余只就偏旁上凑成。行于汉人、契丹、女真诸亡国者，只用汉字，移剌楚材主之。”又云：在汉文文书的年月之前，镇海常“亲写回回字，云付予某人。此盖专防楚材。故必以回回字为验。无此则不成文书。”这种镇海所主持的“回回字”只有二十一个字母，应当是畏兀儿文。
波斯文在元代又称为“普速蛮字”。“普速蛮”为波斯语musalman的音译，意为“穆斯林”。“回回字”是蒙、元时代与汉文、蒙古文并行的主要官方文字之一。蒙元时代的回回文主要流行于葱岭以西信奉伊斯兰教的绿洲农耕地区、费尔干那地区、阿母河以南之地和伊利汗国辖区。入元的色目人中有许多不识汉文，但通波斯文，所在元政府在各级机构中均设有专门翻译回回文字的官员。回回会计文字被称为亦思替非文字，在官办学校“回回国子学”中教习。
蒙古建国后，迅速地进入文明时代。随着蒙古文的创制，记载成吉思汗及其家族事迹的史书——《脱卜赤颜》，即《国史》开始出现。除了《脱卜赤颜》以外，元朝史臣还为历代皇帝修有《实录》。
《脱卜赤颜》与《实录》都是藏之内廷的秘不示人的皇家秘籍。元朝文人虞集在奉旨“采辑本朝典故，仿唐、宋《会要》，修《经世大典》”时，曾因“累朝故事有未备者”，要求参阅翰林国史院修“祖宗《实录》”时“百司所具”事迹。翰林国史院的官员向朝廷报告，认为按规定《实录》“不得传于外，则事迹不当示人”。虞集又要求参照国书《脱卜赤颜》，增修元太祖成吉思汗以来的事迹。掌管此事的“塔失海牙”回答：“《脱不赤颜》非可令外人传者。”虞集是汉人，被视为外人，既不能看《实录》，也不能参阅《实录》，只得作罢。
《脱卜赤颜》以蒙古文写成。《元史·察罕传》记载，察罕把《贞观政要》译成了蒙古文，仁宗十分高兴，命令他把《脱卜赤颜》译成汉语，名曰《圣武开天记》。汉人不许参阅《脱卜赤颜》，但察罕却可以。从虞集因增修成吉思汗以来事迹需查核《脱卜赤颜》，和察罕翻译的《脱卜赤颜》定名为《圣武开天记》看，《脱卜赤颜》记载的是当年成吉思汗建国和对外征服之事。
元文宗时，原先明宗之子妥懽贴睦尔已经被立为太子，但文宗有意立其子阿剌忒纳答剌为太子。据妥懽贴睦尔的乳母说，明宗在位时，曾认为妥懽贴睦尔非其亲子，把他黜之江南。于是文宗命令阿邻帖木儿、忽都鲁笃弥实“书其事于《脱卜赤颜》”，又命虞集制定诏书，“播告中外”。可见《脱卜赤颜》像《实录》一样，历代均有增修。
元朝灭亡后，《脱卜赤颜》也落到明朝政府手里。明政府组织编修《元史》时，因为《脱卜赤颜》以蒙古文写成，无法参照，所以没有使用。明翰林院把《脱卜赤颜》作为教习蒙古语，训练译字生和通事的教材。为了便于颂读蒙古文，练习蒙古语语音，翰林院把它逐字逐句地用汉字转写出来。同时为了理解原文，在每个蒙古语词汇边旁注上汉义，还把全文划分为二百八十二节，每节后写上汉文节译。其标题为《元朝秘史》，其汉字音译的蒙古语为“忙豁仑·纽察·脱卜察安”（Mongqol-unNihucaTobchiyan），意为《蒙古秘史》。明人把《元朝秘史》分为十二卷刊印出来，并把它分十五卷抄入《永乐大典》。
中统三年（1262），忽必烈命汉人王鹗编史。王鹗所编之书可能就是保留至今的《圣武亲征录》。后来元人编修《元太祖实录》时曾参照过《圣武亲征录》。《元史·太祖纪》所依据的主要资料就是《元太祖实录》。元政府还把蒙古历史的资料送到各宗藩。世祖末年至成宗朝，波斯的伊利汗国编写的《史集》中《成吉思汗纪》，与《圣武亲征录》及《元史·太祖纪》有很大的一致性。由此可知元朝抄送各藩国的蒙古历史资料可能出自《圣武亲征录》。《圣武亲征录》的内容与《秘史》有同有异。此外元人曾依据《秘史》第一至六十八节的内容编写了《十祖世系》。
落在明人手里的《脱卜赤颜》的蒙古文原文后来亡佚了。蒙古皇室北撤时，把《脱卜赤颜》也带到漠北，明代鞑靼文人曾经传抄过它，但今天已经看不到《脱卜赤颜》蒙古文的传抄本了。一九二六年蒙古经籍馆馆长札木扬从喀尔喀车臣汗部三贝子旗的一位永谢布台吉家中发现一部题为《黄金史》的史籍，是清初蒙古史学家罗藏丹津所著。学者们发现《脱卜赤颜》的内容被大量地移入《黄金史》，其中包括《元朝秘史》第一至三十八节、四十至一百七十六节、二百零八至二百五十四节、二百五十六至二百六十六节和二百六十八节，约占《元朝秘史》三分之二的内容。但史文有相当多的修改和讹抄，而且个别节移录不全。这就是今天所能看到的《脱卜赤颜》的蒙古文原文。
从《秘史》和其他史料可以看出，当时草原上许多游牧部落都有着自己的历史传说。因为成吉思汗完成了统一大业，所以只有成吉思汗所出氏族的历史被较为完整地记录下来。《秘史》不但记载了成吉思汗的先祖谱系和成吉思汗的事迹，还是现存蒙元时代唯一的蒙古语长篇作品，是古代蒙古社会的百科全书，从中可以看到古代蒙古社会的发展情况。
今天留下来的《秘史》汉字音写本的音写规则和用字规范都十分严密，同时旁译中有一系列标示语法形式的特定词，有很高科学价值。《秘史》很早就流传到国外，俄国人鲍迪乃一八六六年就已经在圣彼得堡出版了《秘史》总译的俄译本，一九零七年日本人那珂通世出版了《秘史》的日文全译本。此后德译本、法译本、土耳其语译本、新蒙古文译本、汉译本等陆续出版。在当代世界的主要国家里，都有研究《秘史》的学者。研究《元朝秘史》的学问被称为“秘史学”。
元代文献中，有一大批词语奇特，句法乖戾的公牍，既不能用古汉语书面语训释，又与纯粹的元代汉语口语不同。这是一批不顾汉语固有的语法规律和用语习惯，径从蒙古语原文机械地翻译过来的公文，即硬译体公文。保留至今的元代硬译体公牍散见于《元典章》、《通制条格》、《宪台通纪》、《南台备要》、《永乐大典》所收《经世大典》残篇，以及元代圣旨、令旨碑文和《高丽史》、《元史》等书。
从元代蒙汉对照的圣旨、令旨碑文看，硬译文体的蒙古语原文多是庄重的雅语，用辞简炼，往往有固定的格式。但译成汉文时，语汇采自元代汉语口语，但却死照蒙古语词法和语法硬译，结果汉语译文变成另一种模样，与元代白话有很大距离，显得文理不通。
硬译文体中某些汉语用字是俗字，甚至是错别字，例如“们”写作“每”，“够”写作“勾”，“一桩”写作“一装”等。“大勾当”意为“大事”，“城子里没勾当的人休入者”意为“无公事者不得入城”；“名分”意为“官职”、“爵位”，“宣敕名分委付”意为“宣授官职”；“添与名分”意为“晋升”；“体例”意为“法”、“道”、“理”，“没体例”意为“不法”、“无理”；“十二个体例”意为“《赃罪条例》十二章”；“省家”意为“中书省”；“台家”意为“御史台”；“上家”意为“皇上”；“小名”意为“名字”。
硬译文体中常有蒙古语和其他民族语言借词出现，有的是直接音译。例如：“别里哥”蒙古语“证件”；“札撒”——蒙古语“法”、“法度”；“术忽”——蒙古语中的波斯语借词，指犹太人。有些是意译词，如“肚皮”——蒙古语“贿赂”，“吃肚皮”意为“受贿”、“贪赃”；“要肚皮”意为“勒索”、“取受”；“根脚”——蒙古语“官员出身”、“源初”；“道子”——蒙古语“小路”、“仕途”、“道理”等。
在词法方面，机械地翻译粘着于词后的蒙古语复数、格介词和静动词、动词词尾。例如，硬译蒙古语复数，在对应汉译名词后加“每”（们）：军每、使臣每、钱每、树每等。“把你”写作“你行”、“你根底”，“对他们”写作“他每根底”，“有旨”作“圣旨了也”等。在句法方面，保留蒙古语句式，如宾语在谓语前面，长定语，助动词“么道”前的长句等，都是不见于汉话文言文和白话文的句型。如“勾当里交行”意为“叙用”，“勾当里交出去”意为“黜免”；“常川吃肉茶饭的每”意为“经常吃肉的人们”。
最适宜的解读方法是蒙句蒙读，汉句汉读。凡硬译蒙古语的地方都应按蒙古语断句，按原意去理解。
最著名的硬译体公牍文献是《泰定帝即位诏》。诏书第一段为“薛禅皇帝可怜见嫡孙、裕宗长子、我仁慈甘麻剌爷爷根底，封晋王，统领成吉思皇帝四个大斡耳朵，及军马、达达国土都付来。依著薛禅皇帝圣旨，小心谨慎，但凡军马人民的不拣什么勾当里，遵守正道行来的上头，数年之间，百姓得安业，扶立了两个哥哥曲律皇帝、普颜笃皇帝，侄硕德八剌皇帝。我累朝皇帝根底，不谋异心，不图位次，依本分与国家出气力行来；诸王哥哥兄弟每，众百姓每，也都理会的也者。”不对硬译体公牍作一番研究，很难读懂这类元代特有的文字。
元代文学的成就不在传统的诗、词、古文，而在一种新兴的韵文。这种韵文在元杨朝英所收集的《朝野新声太平乐府》中称为“乐府”，后世定名为“曲”。
元曲是依照当时北方音乐系统，即北曲的曲牌作成的一种韵文，包括散曲和杂剧两类作品。散曲是诗歌，杂剧是戏曲。杂剧本子除了曲词之外，还有宾白和舞台提示。由于杂剧的主体是曲词，一般是四大套一小套，与散曲之套数同是按北曲联套方式作成，所以元人视散曲和杂剧为一家。
曲有散曲、套数两种体裁。散曲源于小令。小令产生于晚唐五代，是词的发展。把不同曲牌的若干支小曲连缀成套，便称为套数。散曲较唐宋诗词句式更为灵活，语言趋向通俗化，并取代宋词成为风靡一时的诗歌体裁。散曲的作者遍及社会各个阶层，上至公卿大夫居要路者，如史天泽、张弘范，包括一些非汉族文人如不忽木、阿鲁威，下至以色艺娱人的倡优妓妾，如梨园黑老五、珠帘秀等。人数最多的，自然是那些失意文人，如马致远、关汉卿、乔吉、张可久等。还有一些学者和诗文名家，如元好问、赵孟頫、姚燧、杨维桢等。已知的散曲作者有二百余人，现存散曲小令近四千首，套数四百五十余套。
散曲突破了传统诗学和诗歌审美意识的旧框，描绘山川景物，歌咏田园风光，抒写离情别恨，伤时吊古，赠答唱酬。在创作中较少顾忌拘束，不避俚俗，甚至以俗为美。马致远的《天净沙·秋思》是人民长期传颂的散曲的代表作之一。
杂剧源于金院本和诸宫调，兴起于金元之交，流行于今山西、河北地区。以唱为主，唱词由同一宫调的套曲组成，句尾入韵。剧中的动作称为“科”，念白称为“白”。一本通常分为四折，即四幕。剧前或两折之前可加“楔子”。一个剧本由一名演员演唱到底，其他演员只作配合性表演。男主角称为“正末”，女主角称为“正旦”。
杂剧的产生标志着中国戏剧从诸种伎艺中蜕化出来，成为独立的、体制完备的一种综合艺术，成为中国戏剧史上第一个黄金时期。元代一百余年的时间里，杂剧作家有近百人，作品多达七百多种，现存的有一百六十余种。元杂剧作者公卿大夫较少，事迹无考者居多，他们当多为一些为演出提供底本的“书会才人”或下层官吏。其中以关汉卿、白朴、马致远和郑光祖最为著名，号为“四大家”。演员中最著名的是珠帘秀。
与杂剧大体同时产生的南戏和入明以后发展起来的传奇都是大型戏剧，情节拖沓，结构松散，只有少数场中才有戏剧冲突，构不成戏剧冲突的连续性。元杂剧一般是一楔四折，这就迫使作者精心地提炼情节，安排场次，将情节浓缩在有限的时间、空间里，使矛盾冲突的酝酿、展开、激化，得以集中地、层次清晰和有连续性地展现出来，如关汉卿的《救风尘》、《窦娥冤》，纪君祥的《赵氏孤儿》等。
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