公元1127年四月，金军攻灭北宋后，押解宋徽宗、钦宗以及皇妃、皇子、宗室等开始北撤。在撤退之前，金军册立了原北宋官员张邦昌为楚帝，企图让张邦昌的伪楚傀儡政权统治黄河以南地区。张邦昌自觉没有政治基础，无法实施有效统治，只好避位，迎请原宋哲宗废后孟氏（元祐太后，后改称隆祐太后）垂帘听政。同年五月，时任河北兵马大元帅的康王赵构乘机在南京应天府（治今河南商丘）即位，改元建炎，建立了南宋政权。赵构即宋高宗。
宋高宗即位后，虽然起用了坚决抗金、深孚众望的李纲为相，但他却对保卫黄河以南的中原地区丧失了信心，不敢返回开封。他三番五次地派遣使者到金营，向金军摇尾乞怜，企图与金议和。他相继罢免了李纲等抗战派官员，并杀害了上书言事、力主抗金的太学生陈东和布衣欧阳澈，率领南宋朝廷南逃扬州，以躲避金军的兵锋。
建炎元年（1127）十二月，金军兵分三路，大举进攻山东、河南、陕西地区，企图一举摧毁南宋政权。面对金军的烧杀掳掠，中原人民纷纷组织武装，群起抗金。河东的红巾军、河北的“八字军”、张荣的梁山泊水军、赵邦杰和马扩的五马山（在今河北赞皇）义军等都是当时著名的抗金武装，他们给金军以沉重打击。南宋东京留守宗泽也积极整顿开封防务，招纳各地义军，收编溃兵，并与河北的忠义民兵取得密切联系，将开封建成一座坚固的抗金堡垒，两次击退了金军的大举进攻。然而，宋高宗及其宠臣黄潜善、汪伯彦等人却对中原人民的抗金斗争采取敌视、对宗泽的抗金计划采取漠视的态度。建炎二年秋，因积愤成疾，宗泽与世长辞。接任宗泽担任东京留守的杜充一反宗泽所为，排斥民众抗金武装。结果，中原人民抗金武装先后遭受挫折，陆续被金军击破。开封最终也沦入了金军之手。
建炎三年春，攻入山东的金军为一举摧毁南宋政权，派遣轻骑长途奔袭扬州。宋高宗仓皇南逃杭州。不久，其卫队将领苗傅和刘正彦发动政变，逼迫宋高宗退位，让元祐太后垂帘听政，立宋高宗的幼子赵旉为帝，改元明受。苗、刘政变激起了南宋朝野的强烈反对。大臣张浚、吕颐浩联络武将韩世忠、刘光世、张俊等部起兵“勤王”，迅速平定了这场政变，宋高宗得以复辟。
同年九月，金军渡江南侵。金将完颜宗弼率领东路金军渡江，占领建康府（今江苏南京）。时任右相兼江淮宣抚使、全权负责长江防务的杜充向金军投降，宋军望风奔溃。宋高宗率领宋廷官员先逃到越州（治今浙江绍兴）、明州（治今浙江宁波），继而又由明州逃到定海（今浙江镇海），然后乘船由海上逃到温州（治今浙江温州）。直到建炎四年夏，由于金军在南宋军民的不断攻扰下撤出江南，宋高宗这才又回到了越州。
建炎四年秋，因陕西宋军集中优势兵力展开反攻，金军于是集结重兵，入陕作战。九月，南宋川陕宣抚处置使张浚命都统制刘锡指挥陕西五路宋军，与金将完颜宗辅（讹里朵）、完颜宗弼（兀朮）、完颜娄室所部在富平（今陕西富平）举行大规模会战。双方从清晨战至午后，由于环庆路经略安抚使赵哲擅自离开队伍，环庆军被金军击败，牵动大局，使宋军全线溃败。富平之战后，因张浚措置乖方，陕西局势进一步恶化，在金军的进攻下，原南宋控制的陕西五路大部丧失。
川陕宣抚处置使司退到兴州（治今陕西略阳）后，张浚接受了刘子羽的建议，作出了收容溃部、扼守蜀口、确保四川的决定。他深入部队，哀死问伤，自我检讨，选拔优秀军官担任要职，逐渐安定了人心，使宋军战斗力得以迅速恢复。绍兴元年（1131）三月、五月和十月，宋将吴玠率领所部宋军在和尚原大战中（在今陕西宝鸡西南）多次击败来犯的金军，使金军遭到自灭辽破宋以来的首次惨败。绍兴三年正月，陕西金帅完颜杲（撒离喝）率领金军和伪齐军四万人，号称十万，绕道千里，攻克了金州（治今陕西安康）。接着，金军在付出惨重伤亡后，击败了宋将王彦、吴玠等部，攻占了饶风关（今陕西石泉西北），进入了汉中盆地。然而，由于宋军实施坚壁清野，使金军无法筹集到粮草。绍兴三年四月，金军被迫北撤。吴玠派兵在沿途袭击、阻击，使金军遭到重创。绍兴四年春，吴玠又指挥宋军在仙人关大战（今甘肃徽县南）中再次重创完颜宗弼指挥的十万金军。金军被迫放弃南侵四川的计划，川陕战局得以稳定。
在宋金战争的重心转到川陕的同时，金朝为弥补兵力不足，于建炎四年九月册立原宋朝官员刘豫为“齐帝”，建立伪齐傀儡政权，让伪齐统治中原，与南宋对峙。伪齐政权在金军的支持下，不断派兵南侵江淮。绍兴元年春，张荣率领的梁山泊地区抗金武装在泰州（今江苏泰州）缩头湖击败金军。金军被迫撤出淮东。但伪齐军队在汉水流域却逐步加强了攻势，对南宋形成了较大的威胁。
绍兴四年三月，鉴于刘豫的伪齐军队攻陷襄阳府（治今湖北襄樊）和郢州（治今湖北钟祥）后，南宋的长江中游防线出现了缺口，南宋朝廷于是派岳飞出师北伐。五月至七月，岳飞指挥部队连克郢州、随州（治今湖北随县）和襄阳府，并在襄阳府附近击败伪齐悍将李成的反扑，攻占了邓州（治今河南邓州市）。随后，又攻占了唐州（治今河南唐河）和信阳军（治今河南信阳）。收复襄阳六郡，是岳飞所部的第一次北伐，也是宋军的第一次北伐。尽管从军事的角度看，它仅属于局部反攻，但它在政治上却开始改变着南宋王朝软弱的形象，昭示着宋金战争形势的变化，极大地鼓舞了南宋军民的抗金斗志。绍兴六年，岳飞又两次出兵北伐，攻取了若干失地。
绍兴七年（1138），由于金熙宗即位、挞懒等主和派掌权，金朝于是废黜了刘豫的伪齐政权，向宋高宗诱降，决意与南宋讲和。宋高宗得知消息，大喜过望，于绍兴八年春再次任命投降派代表人物秦桧任右相兼枢密使，公开压制朝野的抗金言论，排斥和打击主张抗金的文武官员，并指使秦桧粉墨登场，主持对金议和，于绍兴九年屈辱地与金朝签订了第一次绍兴和约，对金称臣，每年向金朝交纳岁币白银二十五万两、绢二十五万匹；金朝则将陕西、河南归还南宋，并同意将宋钦宗、宋高宗的母亲韦氏及宋徽宗的灵柩送还。宋金第一次战争遂告结束。
绍兴十年，由于挞懒被杀，以完颜宗弼为首的主战派把持了金朝大权，金朝于是撕毁和约，对南宋重新开战。宋军英勇反击，陆续在顺昌、郾城、颍昌、剡家湾等地重创金军，逐步掌握了战场的主动权。然而，宋高宗却在军事上取得胜利的情况下，迫令岳飞等将领班师，并于次年解除了岳飞、韩世忠、张俊等大将的兵权，再次屈辱事仇，与金朝签订了第二次绍兴和约。和约规定：由金朝册封宋高宗为帝，南宋对金称臣；宋金疆界东以淮河中流、西以大散关为界，南宋并割让唐、邓二州全部及商、秦二州的大半给金朝；南宋每年向金朝交纳岁币银、绢各二十五万两、匹。金朝放回了宋高宗的母亲韦氏，却没有放回宋钦宗。宋高宗以屈辱的条件结束了宋金第二次战争后，随即唆使秦桧制造谋反的冤案，杀害了岳飞父子及其部将张宪。此后十余年间，宋高宗与秦桧为维持和掩饰卑屈事仇的行径，制造了一系列的政治冤狱和文字狱，迫害了一大批抗战派；并奖励告讦，实行特务统治，以钳制民间舆论。
野心勃勃的金海陵王完颜亮发动政变、登上皇位后，便处心积虑地策划灭宋战争，妄图占据江南，统一中国。绍兴三十一年秋，完颜亮部署大军，分三道攻宋，由此引发了宋金第三次战争。金朝统治区的广大人民乘机揭竿而起，用武力反抗金朝的残暴统治。济南府一带的耿京、辛弃疾，胶东一带的赵开，大名府一带的王友直，海州一带的魏胜等人领导的起义军都纷纷克复州府，归附南宋。
为反击金军的大举进攻，宋将李宝向宋高宗请缨，率水军航海北上，主动寻机歼敌。十月二十七日，在胶州湾外的唐岛（今黄岛），宋军出其不意，攻其不备，一举歼灭了准备自海上进攻临安府的金朝舰队，使金海陵王南侵计划受到严重打击。
金海陵王完颜亮亲率大军渡过淮河，南宋负责淮西防务的大将王权不战而遁。而在淮东，年事已高的南宋名将刘锜也被战败，退守镇江。金军企图由采石（在今安徽马鞍山市）渡江，督视江淮军马府参谋军事虞允文组织宋军，凭借水军优势，击退金军，赢得了采石之战的胜利。
这时，金世宗完颜雍已在东京辽阳府（治今辽宁辽阳）另立政权，宣布废黜金海陵王。海陵王在金军采石渡江失败后，气急败坏，移军东下，企图由扬州渡江。在扬州，金军发生内讧，诛杀海陵王，回师北撤。宋将成闵率宋军尾随追击，但见金军队伍严整，不敢交锋。金军主力遂全师北还。
驻守鄂州（治今湖北武汉武昌）、荆南府（治今湖北江陵）和襄阳府（治今湖北襄樊）一带的宋军，与义军互相配合，也击退了中路金军的进犯，并先后收复蔡州（治今河南汝南）等地，由于后援不继，统制赵撙等奉命班师，蔡州复被金军攻陷。
南宋四川宣抚使吴璘率军出川，进攻陕西。从绍兴三十一年秋至绍兴三十二年春，宋军经过数月作战，取得了辉煌战果，连克镇戎军（治今宁夏固原）、原州（治今甘肃镇原）、德顺军（治今宁夏隆德）、巩州（治今甘肃陇西）、积石军（治今青海循化），基本控制了陇山以西的大片地区。同时，宋军杨从义所部也攻克了大散关，控制了渭水以南的地区。
绍兴三十二年六月，宋高宗对战争前途感到悲观，厌倦国事，便匆匆传位给养子赵眘，自己则当太上皇，退居德寿宫。赵眘是为宋孝宗。
绍兴三十二年夏，金军为扭转川陕战区的不利局面，利用宋军在两淮与京西按兵不动之机，从两淮及京西战场抽调重兵救援陕西，对宋军展开反击。四月，金将完颜璋率五万金军猛攻原州。宋将姚仲率军救援，遭到金军伏击，伤亡万余人。吴璘被迫调整部署，停止了进攻，转为防御，在德顺军一线依托陇山，与金军展开了攻防战。同年冬，宋孝宗因对陇西战局丧失了信心，从而受朝廷主和派的左右，命令吴璘从德顺撤军，退守四川。隆兴元年（1163）正月，宋军在从德顺军撤离的途中遭到金军的袭击，损失极为惨重。宋军浴血奋战所收复的陇西州军，于是全部丧失。
宋孝宗血气方刚，锐意抗金。他即位伊始，便宣布给岳飞父子昭雪冤案，并召回抗战派代表人物张浚、胡铨等人。隆兴元年二月，他对德顺撤军深感后悔，下诏驱逐朝中的秦桧党人，以示抗金决心。四月，他与张浚合计，派大将李显忠和邵宏渊出师北伐，连破灵璧县（今安徽灵璧）和虹县（今安徽泗县），进据宿州（治今安徽宿县）。金将纥石烈志宁指挥金军反攻，邵宏渊与李显忠失和，李显忠又不能善待士卒，宋军丧失了斗志，弃城溃逃，损失惨重。史称符离之溃。
符离战败后，主和派官员纷纷攻击张浚，以压制主战派。宋孝宗被迫遣使与金军议和，并重新任用秦桧余党汤思退为相。隆兴二年，汤思退使用阴谋手段将张浚排挤出朝，并撤销海州、泗州等处的戍守，暗通消息，请金朝出动重兵胁迫议和。金军于是乘机再次渡淮南侵，攻陷楚州、濠州、滁州等地。宋孝宗在军事失利的情况下被迫与金朝签订了隆兴和约，结束了宋金第三次战争。隆兴和约规定：南宋皇帝不再对金称臣，改称侄；宋金为叔侄之国；南宋每年向金朝缴纳岁币银绢各二十万两匹，双方各守旧疆。
隆兴和约与绍兴和约相比，在宋金关系上，南宋的地位尽管有所改善，但它仍是一个屈辱的和约。宋孝宗不甘心向金屈服，一直愤愤不平。乾道五年（1169），他起用坚决主张抗金的大臣虞允文为右相兼枢密使，积极进行整军和理财，准备再次北伐。宋孝宗虽图治心切，然而在某些方面受制于太上皇宋高宗，又不得不依赖于腐败的军事官僚机构，难以有多大的建树。在虞允文死后，他的北伐热情也就随之变凉。
淳熙十六年（1189）二月，宋孝宗因倦于政事，便模仿宋高宗，也传位给儿子宋光宗赵惇，自己当了太上皇。
宋光宗患有精神病，并受制于李皇后，与太上皇的关系日益紧张。绍熙五年（1194）六月，宋孝宗病死，他连宋孝宗的葬礼也无法参加。由于宋孝宗、宋光宗父子之间嫌隙日深，而当政大臣又不公布宋光宗的病情，因此京城谣言四起，人们惊惶失措。不少王公贵族和朝廷官员担心发生宫廷政变，纷纷逃出临安城。枢密使赵汝愚与工部尚书赵彦逾首谋，联络殿帅郭杲、步帅阎仲，并请韩侂胄出面，利用他与宋高宗吴皇后的特殊关系，请出吴皇后垂帘听政，逼宋光宗退位，立宋光宗之子赵扩为帝，强行举行了内禅大礼，史称“绍熙内禅”。赵扩是为宋宁宗。
宋宁宗即位后，赵汝愚与韩侂胄两大政治集团展开了激烈的明争暗斗。赵汝愚倡导理学，收揽天下名士。韩侂胄则攻击赵汝愚有野心，说赵汝愚结党营私，引起宋宁宗对赵汝愚的猜疑，将赵汝愚罢相，逐出朝廷。理学也因此被指斥为“伪学”。当时流行的理学家的各种“语录”等书籍都遭到禁毁；科举考试中凡对义理之学稍有涉及者，也一律不予录取。庆元三年（1197），韩侂胄又支持宰相京镗对赵汝愚集团进行了更进一步的打击，将赵汝愚、周必大、朱熹、叶适、蔡元定等五十九人定为“逆党”，并开列“伪学逆党”党籍，对其予以禁锢。并规定凡与党人有牵连者，不能任官、不能参加科举考试。史称“庆元党禁”。
“庆元党禁”使韩侂胄一手遮天，由此掌握了南宋的军政大权。鉴于自己外戚的身份以及赵汝愚的教训，韩侂胄不愿接受宰相之类的官衔。他在当政期间，只是先后接受了开府仪同三司、少傅、少师、平原郡王、太傅、太师、平章军国事等荣誉头衔，并没有实际的官职，但有着极大的权力。一些无耻的官员甚至把他称为“吾王”。
韩侂胄当权的后期，因蒙古政权在漠北的崛起，金王朝与蒙古各部之间战事不断，宋金对峙的格局出现了有利于南宋方面的变化。韩侂胄看到了金王朝的内外交困，但却没有看到南宋王朝的国势日衰。他认为北伐中原的时机已经成熟，想建立盖世功名以巩固自己的政治地位，便接受其党羽陈自强、苏师旦等人的建议，紧锣密鼓地开始了北伐的准备。为消除内部矛盾，他于宋宁宗嘉泰二年（1202），以朝廷的名义宣布解除“庆元党禁”，追复已死的赵汝愚、朱熹等人的官职；为了激励人心，他于嘉泰四年下令在镇江为韩世忠立庙，并追封岳飞为鄂王，又追夺秦桧的王爵，在政治上为北伐作了充分的准备。
开禧二年（1206）四月，在韩侂胄的主持下，朝廷任命薛叔似为湖北京西宣抚使，邓友龙为两淮宣抚使，程松为四川宣抚使，吴曦为四川宣抚副使兼陕西、河东招抚使，郭倪兼山东、京东招抚使，赵淳兼京西北路招抚使，皇甫斌兼京西北路招抚副使，兵分三路，从长江上游、中游、下游三个方向，对金朝不宣而战，开始了北伐。宋金第四次战争由此爆发。
四月底，宋军的镇江都统陈孝庆攻克泗州，江州统制许进攻占新息县（今河南息县），光州忠义人孙成夺取褒信县（旧治在今河南新蔡包信集）。五月初一日，陈孝庆又攻占了虹县。因进攻顺利，宋宁宗便于五月初七日正式下诏伐金。但就在正式对金宣战的前一天，宋军的江州都统王大节引兵进攻蔡州却遭到挫折，在撤退之时又发生大规模的兵溃，损失惨重。此后，除宋军建康副都统田琳、勇将毕再遇等部略有小胜外，从前线传到临安的都是一连串的坏消息：皇甫斌引军攻唐州，败绩；兴元都统秦世辅出兵行进至城固县（今陕西城固）时，部队哗变，不战自溃；池州副都统郭倬与主管马军行司公事李汝翼会兵攻宿州，败绩；建康都统李爽攻寿州（治今安徽凤台），败绩。金军乘势反攻，南宋各路军队节节败退。
四川宣抚副使吴曦在北伐失利的情况下，向金朝称臣，割让关外西和州（治今甘肃西和）、成州（治今甘肃成县）、凤州（治今陕西凤州）、阶州（治今甘肃武都）四郡。金朝册封吴曦为蜀国王。吴曦降金，受到四川军民的强烈抵制，四川宣抚使司随军转运使安丙与监兴州合江仓杨巨源，兴州中军正将李好义等人互相联络，起兵诛杀吴曦，平定了这次叛乱。
韩侂胄将苏师旦贬谪韶州，斩郭倬于京口，流放李汝翼、王大节、李爽等人于岭南；改任一向对金主和的丘崈为签书枢密院事、督视两淮军马。韩侂胄一面拿出自己的家财二十万补助南宋的军费，以鼓励军队士气，一面又让丘崈派人与金军接洽议和，打算在不伤体统的情况下与金朝议和，以结束战争。然而，由于山东、京东招抚使郭倪所部在六合遭到惨败，陕西、河东招抚使吴曦叛宋降金、自立为蜀王，金军不肯轻易休战，提出要宋廷罢免韩侂胄作为议和的前提条件。韩侂胄大怒，立即将丘崈免职。不久，由于吴曦的反叛被平定，加之金军又提出要将韩侂胄绑赴金朝方可议和，而且议和的条件异常苛刻，韩侂胄于是下决心，要与金军血战到底。
以杨皇后、皇子赵
、礼部侍郎史弥远等人为首的主和派在私下秘密串联，决定暗杀韩侂胄，然后遣使向金请和，以结束战争。开禧三年十一月二日早晨，史弥远指使权殿前司公事夏震率兵三百人，在韩侂胄上朝的路上将韩侂胄挟持到玉津园的夹墙内打死。嘉定元年（1208），宋廷完全遵照金朝的要求，与金签订了嘉定和约，改金宋叔侄之国为伯侄之国，岁币由银绢各二十万两、匹增至各三十万两、匹。此外，南宋还另付给金军犒军银三百万两。
嘉定元年，史弥远升任丞相，把持了南宋朝政。这时，因蒙古政权的崛起，在宋金第四次战争中虽赢得胜利、但也元气大伤的金朝很快便遭受了蒙古军的猛烈进攻，被迫迁都南京开封（今河南开封）。嘉定七年，因真德秀的提议，南宋乘机停止了向金朝输纳岁币。嘉定十年，金宣宗决定分兵南侵，企图扩充疆土，补偿对蒙古战争的损失。宋金第五次战争于是爆发。战争绵延了10多年。
在四川战场，金军攻陷宋军的重要军事要塞皂郊堡（今甘肃天水西南），重创宋军，并乘势南下。兴元府（治今陕西汉中）都统制吴政率军抗击，在黄牛堡（今陕西凤州黄牛堡）战死。但金军的攻势也被遏止。沔州都统制张威在大安军（治今陕西宁强大安镇）指挥宋军歼灭了孤军深入的金军精锐，迫使金军北撤。随即，四川宣抚使安丙联合西夏夹攻金军，组织反攻。夏兵因攻打巩州（治今甘肃陇西）不下而退兵，四川宋军的北伐也因此而偃旗息鼓。在京湖战场，金军屡攻枣阳军（治今湖北枣阳）、樊城等地，但京湖制置使赵方督率扈再兴、孟宗政等部力战，挫退金军。宋军随即反攻唐州、邓州等地，与金军形成对峙局面。在山东和两淮战场，因金朝统治下的山东地区爆发杨安儿、杨妙真、李全等领导的红袄军起义，占据山东绝大部分地区，从而减轻了长江下游宋军的军事压力。李全等各支起义军配合宋军，最终挫败了金军对两淮地区的大举进犯。
由于宋朝军民的坚决抵抗，金宣宗南侵计划宣告破产。金哀宗即位后，出于无奈，只好决定结束侵宋战争，宣布“更不南伐”，并派使臣到南宋要求恢复和好。然而，南宋方面断然拒绝了金朝的议和要求。宋金双方在武装冲突结束的情况下，仍处于敌对状态。
这时，山东抗金的红袄军逐渐发生了分化。李全、杨妙真夫妇不再反抗女真统治者，而是着力发展个人实力，企图依违于蒙古、金、南宋三方势力之间，确保自身的地盘。他们先是依附南宋，在羽翼丰满后则又打算占据扬州，进而渡江夺取南宋政权。后因兵败，又投降了蒙古政权。另一首领彭义斌则坚持抗金，并与蒙古军进行斗争。他曾向南宋当局提出南北配合，先收拾李全，后收复中原的建议。然而，只图苟安一隅的宋廷却置之不理。最后，彭义斌在五马山陷入蒙古军的包围，在激战中战死。而李全叛变后，先是占据了楚州，随后又悍然出兵进攻扬州。
宋理宗绍定四年（1231），宋朝廷在忍无可忍的情况下，决定对李全用兵。淮东安抚副使赵范和提点刑狱赵葵兄弟指挥精锐宋军在扬州城下展开反击，李全战败被杀。
绍定六年，史弥远病死，宋理宗亲政。这时，北方形势已经发生了急剧变化。蒙古军包围了金朝的行都南京开封，金哀宗出逃蔡州。蒙古军与南宋相约，出兵夹击金朝。同年七月，宋将孟珙出兵，与蒙古军联合作战，包围了蔡州，端平元年（1234）正月，蔡州被宋、蒙军队攻破，金朝灭亡。
南宋政权企图利用金朝灭亡之机占据黄河以南地区。端平元年夏，宋廷派遣赵葵、全子才等人率军进驻原北宋的三京，即东京开封府、西京河南府和南京应天府。因河南地区遭受长期战乱，三城又被蒙古军掳掠一空，宋军严重乏食。当蒙古军反攻洛阳时，宋军无力抵抗，导致三京溃败。蒙古政权遂以此为借口，对南宋发动了大规模的进攻。
端平二年，蒙古皇子阔端和曲出分路进攻四川与荆湖地区。宋将曹友闻在阳平关（今陕西宁强西北）一线击退了蒙古军。曲出军在攻破枣阳军和郢州后，也在襄阳一线受挫。次年，蒙古军再攻四川，曹友闻在阳平关战死，蒙古军遂长驱入川。除川东的夔州路外，四川的绝大部分州县失陷，人民惨遭屠掠。而襄阳的宋军因赵范统领无方，南军（原南宋正规军）与北军（新招募的中原兵）发生冲突，北军纵火焚毁府库，投降蒙古，南军亦在南撤时大肆抢掠，蒙古军便进而占领了襄阳。
嘉熙元年（1237）二年，宋将杜杲先后在安丰军（治今安徽寿县）和庐州（治今安徽合肥）大破进犯的蒙古军。蒙古宗王口温木花领兵进攻黄州（治今湖北黄冈），宋将孟珙麾军迎战，将蒙古军击退。接着，孟珙又与蒙古军大战三次，收复信阳军，攻打襄樊；后又攻下光化军、蔡州等地，与蒙古军对峙。孟珙以江陵府为大本营，大兴屯田，训练军队，并积极派兵策应四川战事。时值蒙古大军正进行第二次西征，攻宋兵力不足，战局因而暂时稳定下来。
南宋丧失蜀道天险后，蒙古军经常由川北山地进入成都平原，进行杀掠破坏。南宋被迫将四川安抚制置司自成都府迁往重庆府，以重庆为核心，构筑起川东防御体系。淳祐二年（1242），余玠出任四川安抚制置使。他采纳有识之士的建议，因山筑垒，将各州治所都移入山城，使之成为坚固的军事要塞。余玠还在成都平原兴置屯田，积贮粮食，教练军旅，屡次击退蒙古军的侵扰。余玠守蜀十年，最后因遭到丞相谢方叔等人的谗诬，服毒自杀。
蒙哥登上汗位后，再次集中兵力大举攻宋。宝祐六年（1258），蒙哥亲率主力进攻四川，而命忽必烈率军进攻鄂州（治今湖北武汉市武昌），兀良合台率军绕道自云南攻入交阯（今越南）、继而转攻潭州（治今湖南长沙）。开庆元年（1259），宋将王坚率军民死守合州取得钓鱼城大捷，重创来犯的蒙古军。蒙哥也在激战中死于军中。蒙古军被迫撤围退兵。忽必烈率军猛攻鄂州，宋朝廷派重臣、宋理宗贾妃之弟贾似道督师救援；兀良合台进攻潭州，也遭到宋将向士璧的顽强抵抗；双方在荆湖地区展开了激烈的攻防战。贾似道曾在难于支撑时，一度派人以向蒙古称臣纳贡、双方划长江为界的条件向忽必烈求和。当忽必烈闻知蒙哥的死讯后，因急欲北返争夺汗位，遂答应了贾似道的议和条件而撤兵。
面对蒙古强大的军事压力，宋理宗却沉溺于声色，宠信阎贵妃和宦官董宋臣、卢允升等人。丞相董槐因主张抑制外戚和宦官势力，从而遭到外戚和宦官的怨恨。侍御史丁大全与董宋臣、卢允升相勾结，弹劾董槐，并派兵强行将董槐劫持出朝。两年后，丁大全拜相，南宋朝政更加腐败。开庆元年（1259），丁大全因遭到弹劾罢相，贾似道被拜为右相。景定元年（1260），贾似道入朝独擅朝政，将左相吴潜排挤出朝，宋度宗赵禥即位后，贾似道被尊奉为“师臣”，一手遮天。
获得汗位后的忽必烈为最后攻灭南宋，接受南宋降将刘整的建议，调整战略部署，将主攻方向由长江上游转移到了长江中游，并为此编练了强大的水军。咸淳四年（1268），蒙古军开始包围南宋江汉平原的军事重镇襄樊。经过数年激战，襄樊的宋军陷入绝境。宋军屡次救援，都被蒙古军击败。
公元1271年，忽必烈改国号为大元。次年，南宋民兵领袖张顺和张贵率壮士三千人，乘轻舟顺流而下，一路血战，突破重围，进入襄阳城中。襄樊守军获得了食盐、布匹等补给，而张顺和张贵却先后战死。咸淳九年，元军切断襄阳和樊城的浮桥联络，攻破了樊城。樊城守将范天顺和牛富战死，襄阳守将吕文焕在迫不得已的情况下降元。
襄樊失陷，使南宋的长江防御体系趋于崩溃。元朝丞相伯颜于是统率大军沿汉水和长江东下，水陆并进，击破南宋部署在长江、汉水一带的大量水军。黄州、蕲州、江州（治今江西九江）、六安军、安庆府、池州（治今安徽贵池）等地宋军因斗志全丧，相继降元。
宋恭帝德祐元年（1275），贾似道在万般无奈的情况下，抽调诸路宋兵十三万，草草拼凑起一支大军，集结于芜湖，摆出与元军决战的架势。同时，贾似道又派使者前往元军大营，以称臣纳币的条件向元军求和。伯颜拒绝了贾似道的请求。两军遂于鲁港、丁家洲一带（今安徽铜陵附近）开战，在元军的攻击下，宋军溃败，贾似道乘小船逃到扬州。他后被革职贬斥，在流放途中被押解官杀死。
元军乘势进军，攻陷建康府。宋将张世杰在镇江府附近的焦山集结了大批水军，拟配合扬州等地的宋军实施反攻。元军以火箭攻击，大败宋军，进逼临安府。皇太后谢道清等人不顾文天祥、张世杰等人的反对，于德祐二年带宋恭帝出降。但守扬州的李庭芝和姜才，守潭州（治今湖南长沙）的李芾，守重庆府的张珏，守静江府（治今广西桂林）的马塈等，都坚持抗战，最后不屈而死。
陆秀夫、张世杰、文天祥等人拥立宋度宗的儿子宋端宗赵昰在福州即位，改元景炎，坚持在江南西路、福建路和广南东路一带继续抗元，图谋恢复。因作战失利，赵昰由张世杰、陆秀夫护卫，逃往海中，后病死于
洲（今广东雷州湾外的硇洲岛）。文天祥在赣州战败，在转移途中遭到元军追击，在海丰北的五坡岭被俘。张世杰和陆秀夫拥立赵昺为帝，改元祥兴，退至厓山（在今广东台山与斗门之间的海上）。祥兴二年（1279）春，元军向厓山发起进攻。二月六日，宋军战败，陆秀夫背着赵昺投海而死。南宋灭亡。张世杰率部乘十余艘战船护卫杨太后突围而走，不久因遭遇台风，溺死海中。文天祥誓不降元，宁死不屈，最后被元世祖下令处死，在大都就义。
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