“躬览庶政”，加强集权

朱元璋强化君主专制中央集权制度的关键步骤，是改革国家的政权体制，集军、政、司法大权于一身，使皇权得到高度的扩张。

洪武初年的政权体制袭自小明王，而小明王的宋政权是按照元朝的体制建立起来的。元朝的政权体制，在中央设中书省总理全国政务，最高长官中书令是一个名义上的虚衔，中书令之下设左右丞相，为实任丞相，下设平章政事、左右丞、参知政事为副相。在地方设行中书省，作为中书省的派出机构。除了地大事繁的行中书省有时也设丞相外，一般的行中书省不设丞相。其他的中书省官职，行中书省全都照设。中书省统军政、民政、财政，行中书省也照样管军政、民政、财政，“凡钱粮、兵甲、屯种、漕运、军国重事，无不领之”，号称“外政府”，职权极重。后期四处兵起，地方军政首脑各自为政，往往擅权自专，不听朝廷指挥，形成分裂割据的局面。朱元璋是从宋政权的行中书省丞相起家的，他文檄用龙凤年号，然事皆不禀其节制，做事从来不奏请小明王批准，行中书省俨然是个独立王国。这正好为朱元璋借小明王的旗号暗中发展自己势力提供了便利，所以他对这种制度表示赞赏。但是，随着军事上的不断胜利，他担心部下效而仿之，闹起独立。果然，在朱元璋称吴王前后，臣僚越礼非分的事即时有发生，甚至还出现部将叛变投敌的事件。这不能不引起他的警惕和忧虑，同时也使他认识到这种体制的弊端，说：“元氏昏乱，纪纲不立，主荒臣专，威福下移，由是法度不行，人心涣散，遂致天下骚乱。”不过，当时元朝尚未推翻，战事频繁，无暇进行改革。跻登宝位之后，臣僚越礼非分、违法逾制的事件层出不穷，朱元璋越来越感到改革的紧迫性。洪武三年（1370）十二月，儒士严礼等上言治道，提出臣民不得隔越中书省直接向皇帝奏事，朱元璋即指出：“夫元氏之有天下，固由世祖之雄武，而其亡也，由委任权臣，上下蒙蔽故也。今礼所言不得隔越中书奏事，此正元之大弊。人君不能躬览庶政，故大臣得以专权自恣。”强调君主必须“躬览庶政”，认为这是实现天下大治的一个前提条件。所谓“躬览庶政”，当然是指君主必须亲预朝政，但更重要的是要求进一步扩大皇权，加强君主专制的中央集权，以确保君主能完全按自己的意志行事。此后，朱元璋悉心研究扩大君主权力、加强中央集权的途径和办法。到洪武九年考虑成熟了，便着手对国家机构进行大刀阔斧的改革。

改革首先从地方行政机构入手。洪武九年六月，朱元璋下令改行中书省为承宣布政使司，简称布政司，废除行省平章政事、左右丞等官职，改参知政事为布政使，秩正二品，以“掌一省之政”，主要是民政和财政。十三年，改布政使秩正三品。十四年，改设左、右布政使各一人，二十二年俱秩从二品。布政使是朝廷派驻地方的使臣，朝廷的政策、法令和派给地方的多种任务，就是通过他们下达各府、州、县的地方官执行的。全国除南京直辖区之外，分为浙江、江西、福建、北平、广西、四川、山东、广东、河南、陕西、湖广、山西12布政司，十五年增设云南布政司，共有13布政司。各布政司的管辖范围，大致同元朝的行中书省差不多，但不包括分散于其中的卫地。由于行中书省的名称已叫惯了，朝廷和民间仍把布政司叫作行省，简称为省。布政司不仅职权比行中书省大大缩小，而且性质也发生了变化。行中书省是中书省在地方的分出机构，是中央分权于地方，而布政司则是朝廷的派出机构，凡事都要秉承朝廷的意旨，这是地方集权于中央。在布政司之外，各省还保留原设的提刑按察司，统称为提刑按察使司，简称按察司，仍以按察使为长官，秩正三品，“掌一省刑名按劾之事”；还保留都指挥使司，简称都司，仍以都指挥使为长官，秩正二品，管辖所属的卫地，“掌一方之军政”。从东北到西北直至西南的少数民族聚居区，不设布政司，只设都司，实行军政与民政合一的统治。都司、按察司与布政司同为朝廷的派出机构，合称“三司”。三司互不统辖，均由皇帝直接指挥。凡遇重大政事，都要由三司会议，上报中央的部院。这样，不仅地方机构的权力大大削弱，强化了中央集权，而且地方机构职权专一，又互相牵制，便于皇帝的操控。布政司之下的地方政权机构也做了简化，仍保持府（直隶州）、县（府属州）的二级建制不动。

稍晚，又对中央机构进行改革。朱元璋认为丞相制度是妨碍君主“躬览庶政”的一大障碍，说：“昔秦皇去封建，异三公，以天下诸国合为郡县，朝廷设上、次二相，出纳君命，总理百僚。当是时，设法制度，皆非先圣先贤之道。为此，设相之后，臣张君之威福，乱自秦起，宰相权重，指鹿为马。自秦以下，人人君天下者，皆不鉴秦设相之患，相继而命之，往往病及于君国者，其故在擅专威福而致是欤？”取消行中书省后，加强了中央对地方行政、财政、司法的控制，丞相的职权增大，和皇帝的冲突更加严重，朱元璋于是决心废除丞相制度。洪武十三年正月，左丞相胡惟庸因谋反而被诛杀，朱元璋对文武大臣宣布：“朕欲革去中书省，升六部，仿古六卿之制，俾之各司所事，更置五军都督府，以分领军卫，如此则权不专于一司，事不留于壅蔽。”随即下令废除中书省和中书省的丞相，仿照周官六卿执政之制，把中书省的权力分属吏、户、礼、兵、刑、工六部。各部长官尚书由原先的正三品升为正二品，副长官侍郎由正四品升为正三品。这样，六部便成为替皇帝总理政务的全国最高一级的行政机构。中国历史上延续1700多年的丞相制度从此废除，丞相职权由皇帝兼使，皇权空前地加强。

丞相制度被废除后，全国的重大政务都由皇帝亲自处理，臣僚唯面奏取旨而已。朱元璋尽管起早睡晚，克勤不怠，但还是忙不过来，遇到重大问题也无人商量。于是他除命翰林和左右春坊帮看诸司的奏章并兼司平驳之外，又于洪武十三年九月设置四辅官以“协赞政事”。但所用的四辅官都是来自乡间的老儒，“淳朴无他长”，起不到作用，到十五年七月又下令废除。接着，在十五年十一月又依照宋朝制度，以“辅导太子”的名义设置殿阁大学士，随侍皇帝左右，以备顾问。这些大学士秩仅正五品，其职责实际上并未超出翰林官“以论思为职”的范围，对军国大事鲜所参决。后来，经过建文（1399—1402）、永乐、洪熙、宣德诸朝的发展，殿阁大学士的品秩不断提高，职权日益扩大，逐渐形成独具特色的内阁制度。不过，终明一代，内阁始终不是法定的中央一级的行政机构或决策机构，而仅是为皇帝提供顾问的内侍机构而已。

在废除中书省的同时，朱元璋又撤销大都督府，改设左、右、中、前、后五军都督府。每个都督府以左、右都督为长官，秩正一品，各领所属都司和卫所的军队，以分散中央军事机构的权力。并规定五军都督府管兵籍，掌军政，但无调动军队之权，兵部掌军官铨选和军令，但无直接指挥军队之权。“征伐则（皇帝）命将充总兵官，调卫所军领之；既旋则将上所佩印，官军各回卫所”，“兵部有出兵之令，而无统兵之权，五军有统军之权，而无出兵之令……合之则呼吸相通，分之则犬牙相制”。这样，既可防备将领擅调兵力发动叛乱，又使军权集中到皇帝手中。

洪武十三年五月，还下令罢除御史台。

诛杀胡惟庸，废除丞相，罢中书省，又改大都督府为五军都督府，并罢除御史台，这些都是震动全国的重大举措。为了防止意外事变的发生，朱元璋采取了一系列的相应措施。首先是安抚百姓、军士和官吏。洪武十三年二月，下诏郡县举荐聪明正直、孝弟力田、贤良方正、文学之士与精通术数者；四月，命群臣各举所知人才；到年底，各府、州、县荐举至京者达860余人，授予各种官职。第二年正月，又命新授官员，各举所知人才；八月，再次诏求明经老成儒士。十三年三月，诏减苏、松、嘉、湖四府重租赋额，“旧额田亩科七斗五升至四斗四升者，减十之二；四斗三升至三斗六升者，俱止征三斗五升；以下仍旧”。五月，谨身殿遭到雷击，朱元璋又认为是自己犯了错误上天示警，下诏实行大赦，“除十恶不宥外，洪武十三年五月初三日以前巳、未发觉结正，罪无大小，咸赦除之”。并宣布：“军民已有定籍，敢有以民为军、乱籍以扰吾民者，禁之。自洪武初至十二年终，军民逋逃、追捕未获者，勿复追”，“山西民为军者二万四千余户悉还为民”。同时宣布，“太平、镇江、宣城、广德、滁和今岁夏秋税粮免其征”。接着，又下诏释放在京及临濠屯田输作的罪犯；免除全国今年田租；全国官员以罪罢黜、情非实犯者，遣赴京师，仍授以职；从征士卒老疾者，许以子代，老而无子及妇人寡居，有司资遣还乡。八月，还将全国学校师生的廪膳，由洪武初年的月米六斗增至一石，鱼肉盐醯，皆官给之。第二年三月，再次实行大赦。其次，加强对勋臣宿将的控制，洪武四年李善长致仕后，朱元璋曾赐给公侯仪仗户，以民户充之。胡惟庸案发后，李善长“以老辞仪从”。十三年三月，朱元璋命易以军，“诏以京卫军士充公侯仪仗户，韩国公李善长、魏国公徐达皆二十户，曹国公李文忠等皆十九户，侯皆十五户”。胡惟庸案发后，朱元璋还命翰林院的儒臣辑录历代诸侯王、宗戚、宦官之属“悖逆不道者”凡212人，“备其行事，以类书之”。六月书成，赐名曰《臣戒录》，颁给内外之臣，“俾知所警”。第三，加强对北元的警戒和打击，防其乘机内犯。十三年三月，命燕王朱棣就藩北平。九月又命景川侯曹震、营阳侯杨璟、永城侯薛显赴北平督兵屯田，以加强北边的防御力量。同年三月，西平侯沐英至灵州，遣候骑侦知北元部将脱火赤在亦集乃路，率兵长途奔袭，获其部曲以归。五月，都督濮英又进兵赤斤站，获故元豳王亦怜真及其部曲而还。七月再进兵苦峪，擒获故元省哥失里王等。十一月，北元平章完者不花、乃儿不花入犯永平，明守军奋起反击，指挥刘广战死，千户王辂击败之，擒获完者不花。第二年正月，朱元璋命徐达为征虏大将军，汤和、傅友德为左、右副将军，率师征讨乃儿不花。四月，徐达率诸将出塞，进至潢河（今内蒙古西拉木伦河），击败乃儿不花，“获全宁四部以归”。

由于这些措施的实行，局势显得比较平静，未出现意外的突发事变。朱元璋于是继续进行机构改革，洪武十五年十月，设立新的中央监察机构都察院，置监察都御史为长官，秩正七品。十六年，改设左、右都御史为长官，秩正四品，翌年升为正二品，与六部尚书品秩相同。都御史代表皇帝对行政和军事系统实行监督，“职专纠劾百司，辨明冤枉，提督各道”，至凡“大臣奸邪，小人抅党，作威作福者”，“百官猥葺贪冒，坏官纪者”，“学术不正，上书陈言变乱成宪，希进用者”，均可举发弹劾；遇有朝觐、考察，还可“同吏部司贤否陟黜”，职权极大。朱元璋说他“以六部为朕总理庶务，都察院为朕耳目”。台职与部权并重，故都御史与六部尚书合称“七卿”。都察院与六科彼此分权，又互相牵制。都察院之下，设十三道监察御史。一布政司为一道，浙江、江西、河南、山东各10人，福建、广东、广西、四川、贵州各7人，陕西、湖广、山西各8人，云南11人，共110人。这些监察御史品秩与外任知县相同，只有七品，但权力不小，“主察纠内外百司之官邪，或露章面劾，或封章奏劾”，在京巡视京营，监临乡、会试及武举，巡视仓场、内库、皇城等，在外则巡按，清军，提督学校，巡盐，茶马，巡漕，巡关，仱运，印马，屯田，出征则监军记功等。而巡按则“代天子巡狩”，凡政事得失，军民利病，皆可直言无避，“所按藩服大臣，府、州、县官诸考察，举劾尤专，大事奏裁，小事立断”，更是威权赫赫。必须指出的是，十三道监察御史并非都察院都御史的属官，不仅彼此不相统辖，而且还可互相纠举。另外，在洪武十四年还设置大理寺，以大理寺卿为长官，秩正三品，“掌审谳平反刑狱之政令”。刑部、都察院、五军断事官所推问的狱讼，均需经过大理寺的复审。大理寺与刑部、都察院合称“三法司”。三个司法部门互相牵制，便于皇帝的操控。

中国古代的监察制度，原来是既控下又监上的，上至最高君主，下至百官臣僚，都在监控的范围之内。到宋代，随着君主专制的加强，台谏的职权趋于合一，御史台与谏院合称“台谏”，但其监控的对象仍包括君主在内，规定谏官“凡朝政阙失，大臣至百官任非其人，三省至百司事有违失，皆得谏正”，给事中“如政令有失当，除授非其人，则论奏而驳正之”。吴元年（1367）设立的御史台，基本上是继承宋代的“台谏”合一体制。洪武十三年（1380）五月罢除御史台后，六月曾“置谏院官左、右司谏各一人，秩正七品，左、右正言各二人，秩从七品，书吏四人”，但当年就废除了。十五年十月设立都察院后，十一月设立谏院，“以兵部尚书唐铎为谏议大夫”。但未几，唐铎又“左迁监察御史”，谏院大概也随之撤销，最后还是恢复台谏合一的体制。由于没有专职的谏官，由监察御史一身兼掌言事与察事，职权混一，逐渐导致台权对谏权的吞并，使都察院变成纯粹的天子耳目之司了。所以，在洪武年间还有韩宜可、周观政、王朴等监察御史直言谏诤之事，以后便很少见到这种现象。与此同时，朱元璋赋予六科给事中的职权，是专门封驳六部的章奏，称作“科参”，而没有封驳皇帝诏令之权。经过这番改革，监察机构就完全变成皇帝监控臣僚的工具，进而强化了君主的专制。

为了了解下情，朱元璋曾于洪武三年设察言司，寻罢。十年七月，又设通政使司，以通政使为长官，秩正三品，“掌受内外章疏敷奏封驳之事”，并有参预大政之权，“凡议大政、大狱及会推文武大臣，必参预”。通政使居于七卿之下的最高位次，与六部、都察院之长和大理寺卿合称“九卿”。

在国家机构的改革过程中，朱元璋对官吏的回避制度做了适当的调整。洪武十三年正月，将洪武初年所定的南北更调法改为三大区域互调之法，“以北平、山西、陕西、河南、四川之人于浙江、江西、湖广、直隶有司用之，浙江、江西、湖广、直隶之人于北平、山西、陕西、河南、四川、广东、广西、福建有司用之，广西、广东、福建之人亦于山东、山西、陕西、河南、四川有司用之”。洪武二十六年还规定，户部的官员“不得用浙江、江西、苏松人”，户部的吏员“不许用江浙、苏松人”。对巡按御史，洪武二十六年也规定，不得到原籍及与自己有仇隙的地区出巡。

为了监视臣僚，朱元璋在明朝建立之前，就常派手下的亲信利用特务手段搞侦察活动。他的亲随伴当从行小先锋张焕，在龙凤十二年（1366）以后即常被派作特使，到前线军中传达政令和察事。明朝建立后，朱元璋又起用许多心腹充当检校，察听在京大小衙门官吏不公不法及风闻之事，“无不奏闻太祖知之”。这些检校既有文官，如高见贤、夏煜、杨宪、凌说等，也有禁卫军官，如兵马司指挥丁光眼、金吾后卫知事靳谦、毛骐之子管军千户毛骧、耿忠等，还有和尚，如吴印、华克勤。检校的足迹遍及大街小巷，勋臣小吏都在其伺察之中。有一次，检校察听将官家属，发现有女僧引诱华高、胡大海妻敬奉藏僧，行“金天教法”，朱元璋下令将两家的妇人及女僧统统投水淹死。京城各部皂隶原先都戴漆巾，诸司衙门原先都挂牌额，检校派巡卒阴伺诸司得失，发现礼部皂隶白天睡觉，兵部晚上不设巡警，就把礼部皂隶的漆巾和兵部衙门前的牌额偷偷拿走，以示惩罚。礼部皂隶从此不戴漆巾，兵部衙门也无牌额，成了明代的典故。老儒钱宰奉命编《孟子节文》，朝罢低吟：“四鼓鼕鼕起著衣，午门朝见尚嫌迟。何时得遂田园乐，睡到人间饭熟时？”检校偷听后向朱元璋报告。第二天，在文华殿宴毕，朱元璋召见诸儒，对钱宰说：“昨日好诗，然何尝嫌汝，何不用忧字？”钱宰被吓出一身冷汗，忙磕头谢罪。不久，朱元璋便让他退休，遣送回到老家。国子监祭酒宋讷有一天独坐生闷气，面有怒色，检校见了，偷偷给他画了张像。第二天，朱元璋问宋讷昨日为何生气，宋讷大吃一惊，说有个国子监生走路很快，摔了一跤，撞碎了茶具。我惭愧自己有失教诲，正在自责哩。但陛下怎么会知道这事呢？朱元璋拿出画像给他看，他恍然大悟，忙顿首谢罪。宋溓为人诚谨，朱元璋曾夸奖他“事朕十九年，未尝有一言之伪，诮一人之短，始终无二，非止君子，抑可谓贤矣”。但仍派人暗中察听他的行动。有一天，宋溓与客人饮酒，第二天朱元璋问他：昨日喝酒没有，座上客人是谁，吃了什么菜？宋溓如实回答，朱元璋才笑着说：“诚然，卿不朕欺。”有时，朱元璋甚至换上老百姓的衣服，亲自伺察大臣的活动。就连为人谦虚谨慎、安分守己，并为明皇朝的创建立下盖世之功的徐达，也受到朱元璋的猜忌。他在为徐达撰写的神道碑中，就承认自己曾因所谓“太阴数犯上将”的星象而“恶之”，谓：“（洪武十七年甲子）太阴数犯上将，朕恶之，召罢北镇，劳于家。”洪武十八年初，徐达背上生疽而卧床，朱元璋仍不放心，又微服私访其家。徐达从枕褥下抽出一把宝剑，对他说：“戒之戒之，若他人得，以戮汝也。”此后，朱元璋再也未敢到勋臣之家微服私访。

检校横行霸道，连开国元勋李善长等人都怕他们三分。朱元璋则对他们非常欣赏，说：“有此数人，譬如恶犬，则人怕。”并给一些察听有功的检校升官，如毛骧以管军千户升为都督佥事，掌锦衣卫事，典诏狱；耿忠做到大同兵马指挥使；杨宪做到中书省右丞、左丞。连和尚吴印、华克勤，也还俗做了大官。

检校不隶属于专门的机构，只能察听而不能直接逮捕判刑。到洪武十五年，又特设既能察听又具有逮捕判刑权力的专门机构锦衣卫。它的前身是龙凤十年（1364）三月仿元拱卫直而设的拱卫司，领校尉，上隶于都督府。不久，改名拱卫指挥使司，再改为都尉府。洪武二年（1369），定名为亲军都尉府，管领左、右、中、前、后五卫亲军，下设仪鸾司。十五年四月，罢府及司，设锦衣卫亲军指挥使司，以卫指挥为长官，秩从三品，十七年改为正三品。所隶有大汉将军、力士、校尉，“掌直驾侍卫、巡察缉捕”。凡遇朝会或皇帝出巡，锦衣卫官得具卤簿仪仗，率领大汉将军1507人侍从扈行。平时，得派员轮流宿卫，保护皇帝的安全。还负责巡逻街途沟洫，缉拿盗贼奸宄之徒。锦衣卫下设镇抚司，掌本卫刑名，兼管军匠，民间称之为“诏狱”。十五年，增设北镇抚司，专治诏狱，而将原设的镇抚司改称南镇抚司，专理军匠。“天下重罪逮至京者，收系（锦衣卫）狱中，数更大狱，多使断治，所诛杀为多”。二十年正月，朱元璋得知诏狱“非法凌虐”囚犯的情况，说：“讯鞫者，法司事也。凡负重罪来者，或令锦衣卫审之，欲先付其情耳，岂令其锻炼耶？而乃非法如是！”这时，胡惟庸早已被族诛，受牵连的案犯多已被杀，而三法司机构也已渐健全，他便“命取其刑具悉焚之，以所系囚送刑部审理”。二十六年二月，蓝玉又被族诛，可能对皇权构成威胁的功臣宿将已被屠戮殆尽，六月他下令禁止再设诏狱，规定锦衣卫不得刑审囚犯，“凡所隶者俱属法司理之”。不过，到了永乐年间，明成祖朱棣因自己称帝有篡夺之嫌，为了伺察臣民的动静，又恢复锦衣卫诏狱，令其亲信纪纲领锦衣卫亲兵，负责诏狱的工作。纪纲遂用其党羽庄敬、张江、王谦、李春等，缘借作奸数百千起，怨声载道。永乐十八年（1420），明成祖又下令设立由宦官掌理的专门刺探外事的东厂，从此东厂与锦衣卫合称厂卫，成为明史上臭名昭著、恶贯满盈的特务机构。

随着国家机构的改革，权力高度集中，皇权极大膨胀，朱元璋又对中央决策机构中的廷议制度加以完善。明朝建立后，为了集思广益，避免决策的失误，朱元璋除早朝和午朝（又称晚朝），由百官就军政事务面奏讨论之外，沿袭历朝的传统惯例，军国大事皆召集有关大臣讨论，然后再由自己权衡利弊得失，做出决定，交付实施。如洪武元年二月，中书省臣李善长等进郊社宗庙议，朱元璋敕礼官、翰林院、太常诸儒臣：“卿等宜酌古今之宜，务在适中，定议以闻。”八月，又“诏中书省及台、部集耆儒议便民事宜”。二年，朱元璋“召诸老臣，问以建都之地”，老臣提出建都关中、洛阳、汴梁、北平等各种意见，朱元璋则认为：“今建业长江天堑，龙蟠虎踞，江南形胜之地，真足以立国；临濠则前江后淮，以险可恃，以水可漕，朕欲以为中都，何如？”结果“群臣皆称善”，于是命有司营建中都。三、四年，“以中原田多芜，命（中书）省臣议，计民授田”。十五年七月，命群臣“议屯田之法”。到二十四年，由于中央机构改革完成，朱元璋进一步规定：“今后在京衙门，有奉旨发放为格为例，及紧要之事，须会多官计议停当，然后施行。”此后，朱元璋的几代后继者又陆续加以改进，廷议制度进一步得到完善，不仅扩大集议的内容，举凡国家的典章制度、军国大事，如立君立储、继嗣、建都、封爵、郊祀、宗庙、典礼、亲藩、民政、漕运、赏功罚罪、边政海防以及政区的变动、大臣的任命等等，都在集议之列，而且廷议的程序也更为规范。在宣德以前由皇帝亲自主持，正统以后，凡所议之事属于某部，则由某部尚书主持。参加者包括阁臣、九卿、科道官及与所议内容有关的文武官员，人数自三四十人至百人不等。廷议之后，主持者应将会议的各种意见上奏，由皇帝定夺。皇帝认为所议不合，可以发回重议，甚至加以否决，而径自按己意发布谕旨，交付施行。

高级官员的选任，是皇帝掌握的一项重要权力。明朝初期，高级官员有缺，皆由吏部推举人选，报请皇帝亲简。后来，为了集思广益，避免失误，在宣德年间开始出现会举制，改由吏部尚书同内阁、各部、都察院、通政司、大理寺三品以上官员共同举荐的任命方式，称为会举。至成化年间，会举制废止，为皇帝亲简或吏部推选所取代。至成化年间，形成了廷推与敕推两种形式。两京衙门的堂上官有缺，由本部奏请，吏部尚书会各部、都察院、通政司、大理寺三品以上官推举，叫作廷推。但内阁大学士及兵、吏两部尚书有缺，则由皇帝敕令吏部会同九卿及科道掌印官推举，叫作敕推。不论会举、廷推还是敕推，都要提出正推与陪推的名单，供皇帝点选。皇帝可从中点用，也可全部否决而出特旨任命。

常朝与廷议、会举、廷推、敕推制度，构成中央决策运行机制的重要组成部分，起到了集思广益、减少失误的作用。

此外，朱元璋还对洪武三年实行的分封制度做了某些改革。分封制度是与中央集权原则相违背的，洪武九年山西平遥训导叶伯巨上书，即对此提出尖锐的批评，朱元璋拒绝接受。十一年和二十四年，他又两次将其他几个儿子分封为王。这样，朱元璋的26个儿子，除长子朱标立为皇太子，第二十六个朱楠早死未及封王，第九子朱杞死于受封的次年，因无子嗣而除封之外，实际上分封了23个儿子和1个从孙，共24个亲王。不过朱元璋尽管坚持分封制度，但他还是根据强化中央集权的原则，对诸王的政治权力做了某些限制和削弱。洪武九年，取消了王傅府，只保留王相府，后又规定王相府官员的职权只限于王府之内，毋出位以干有司，不得干预地方事务。十三年，又撤销王相府，只保留王相府下属的长史司，左、右长史的职权也只限于“掌王府之政令，辅相规讽以匡王失，率府僚各供乃事，而总其庶务焉”。十四年还规定，王府官员任满黜陟，“俱取自上裁”，从而将亲王的行动置于皇帝亲信的直接监视之下。

但是，为了使诸王能起到镇抚地方、藩屏王室的作用，朱元璋继续加强诸王的军事权力。洪武初年分封诸王时，护卫军士人数并不很多，仅供侍从护卫而已。到洪武末年，各王府三护卫的建制已逐渐健全，少者3000，多者至19000人。封在内地的藩王，有的拥有护卫精卒16000余人，牧马数千匹。封在北方的塞王兵力更为雄厚，如封在大宁的宁王朱权，就拥有“带甲八万，革车六千”的护卫军。不仅如此，朱元璋还赋予诸王以监督地方守镇兵的权力。《皇明祖训》明确规定：“凡王国有守镇兵，有护卫兵。其守镇兵有常选指挥掌之，其护卫兵从王调遣。如本国是险要之地，遇有紧急，其守镇兵、护卫兵并从王调遣。”还规定：“凡朝廷调兵，须有御宝文书与王，并有御宝文书与守镇官。守镇官既得御宝文书，又得王令旨，方许发兵；无王令旨，不得发兵。”并规定，诸王有起兵帮助朝廷讨伐奸臣的权力：“如朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王统领镇兵讨平之。”这样，诸王也就由皇帝在地方的政治代表演变为军事代表。

随着分封制度的改革，《祖训录》也不断进行修改，并更名为《祖训条章》，再更名为《皇明祖训》，最后于洪武二十九年十二月形成定本而颁之天下诸司。

经过改革和整顿，君主专制中央集权制度在唐、宋的基础上大大发展了一步。行政、军事、司法监察三大系统的机构互相独立，三权分治而又彼此牵制，最后均直接归属皇帝操控，全国最高决策权力完全集中于君主一人之手。朱元璋对此非常满意，洪武二十八年六月，特敕谕文武大臣曰：“我朝罢相，设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下庶务，彼此颉颃，不敢相压，事皆朝廷总之，所以稳当。以后嗣君，并不许立丞相，臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，处以重刑。”九月，命礼部颁行《皇明祖训》时，又特地规定：“后世敢有言改更祖法者，即以奸臣论，无赦。”

随着国家机构的改革，朱元璋也对百官的俸禄制度进行了调整。攻占应天后，由于战争还在进行，经济尚待恢复，财政还很困难，朱元璋只能继续沿用元朝的职田制度，“听从武官开垦荒田，以为己业”，文官拨给典职田，召佃耕种，“送纳子粒，以代俸禄”。到洪武四年，始令中书省与户部共同拟定文武官员俸禄的文件。这个文件规定的百官岁禄比前代明显偏低，它按官员品级的高下，定出正、从九品共18级官员的岁禄为：“正一品九百石，从一品七百五十石；正二品六百石，从二品五百石；正三品四百石，从三品三百石；正四品二百七十石，从四品二百四十石；正五品一百八十石，从五品一百六十石；正六品一百石，从六品九十石；正七品八十石，从七品七十五石；正八品七十石，从八品六十五石；正九品六十石，从九品五十石。省部、府县、卫所、台宪诸司官验数月支。”不过，因为当时的经济恢复刚在起步，到处存在大量荒田，明政府仍继续给公侯、武将及百官拨赐公田。仅洪武十年十月“制赐百官公田，以其租入充俸之数”，就颁赐“公侯、省府、台部、都司、内外卫官七百六十人，凡田四千六百八十八顷九十三亩，岁入米二十六万七千七百八十石”。

由于洪武初年的田赋征收，夏季以麦为主，秋季以米为主，称为本色，所以官俸也都按月发米。从洪武三年起，田赋除征收米、麦外，还折收布、绢等东西，称为折色。如当年九月，户部因赏赐官军用布数量甚多，奏请令浙西四府秋粮内收布30万匹，朱元璋曰：“松江乃产布之地，止令一府输纳，以便其民。余征米如故。”六年九月，又“诏直隶府州及江西、浙江二行省今年秋粮、令以绵（棉）布代输，以给边戍”。到九年四月，又“命户部天下郡县税粮除诏免外，余处令民以银钞丝绢代输”。户部奏：“每银一两、钱千文、钞一贯折输米一石，小麦则减直十之二，绵、苎布一匹，折米六斗、麦七斗，麻布一匹折米四斗、麦五斗，以彩绢代输者，亦各以轻重损益。愿入粟者，听。”因此，朱元璋便在九年二月批准户部的奏请：“文武官吏俸、军士月粮，自九月为始，以米麦钞兼给之。其陕西、山西、北平给米什之五，湖广、浙江、河南、山东、江西、福建、两广、四川及苏、松、湖、常等府给米什之七，余悉以钱钞准之，储麦多者，则又于米内兼给。每钱一千、钞一贯各抵米一石，麦减米价什之二。”官俸和军士月粮，也就实行本折兼支了。

从洪武九年起，朱元璋陆续进行地方和中央机构的改革。与此同时，社会经济也逐步得到复苏和发展。明朝于是对俸禄制度进行了适当的调整。洪武十三年二月，颁布敕令，将官员的薪俸分为禄米与俸钞两项，并相应提高了各级官员岁禄的数额，规定百官的岁禄为：“正一品禄米千石，从一品九百石；正二品八百石，从二品七百石；正三品六百石，从三品五百石；正四品四百石，从四品三百石；皆给与俸钞三百贯。正五品二百五十石，从五品一百七十石，俸钞皆一百五十贯；正六品一百二十石，从六品一百一十石，俸钞皆九十贯；正七品百石，从七品九十石，俸钞皆六十贯；正八品七十五石，从八品七十石，俸钞皆四十五贯；正九品六十五石，从九品六十石，俸钞皆三十贯。”当年三月，又制定吏员的月俸制度，规定“一品、二品衙门，提控、都吏月俸二石五斗，椽史、令史二石二斗，知印、承差、典吏一石二斗；三品、四品衙门，令史、书吏、司吏二石，承差、典吏一石；五品衙门，司吏一石二斗，典吏八斗；六品至杂职（衙门），司吏一石；光禄司等，典吏六斗”。同时，还确定了教官、首领官、杂职官的俸禄，规定“教官之禄，州学正月米二石五斗，县教谕月米二石，府、州、县训导月米二石。首领官之禄，凡内外衙门提控案牍、州吏目、县典史，皆月米三石。杂职之禄，凡在京并各处仓库、关场、司局、铁冶，各处递运、批验所大使，月米三石，副使月米二石五斗，河泊所官月米二石，闸坝官月米一石五斗”。

洪武四年和十三年所定的俸禄制度，都是按年定禄而按月支取，一年的俸禄按月一平均，不可避免地要出现升斗的零头。朱元璋认为这种做法“甚非所以示朝廷忠信重禄之道”，于二十年九月下令调整百官的俸禄，规定“自今百官月俸皆以石计，或止于斗，毋得琐碎”。户部根据他的谕旨，将原先的禄米、俸钞两项，改为禄米一项，按月发放，奏定“正一品月俸米八十七石，从一品七十四石；正二品六十一石，从二品四十八石；正三品三十五石，从三品二十六石；正四品二十四石，从四品二十一石；正五品一十六石，从五品一十四石；正六品一十石，从六品八石；正七品七石五斗，从七品七石；正八品六石五斗，从八品六石；正九品五石五斗，从九品五石”。这次调整，名义上是为了体现朝廷的“忠信重禄之道”，实际上除正一品（岁禄1044石）和正从八品（正八品岁禄78石，从八品岁禄72石）、正九品（岁禄66石）略有提高，从九品（岁禄60石）维持原定的数额外，其他品级都比前减少。明代官俸的标准从此固定不变，“自后为永制”。到二十年八月，朱元璋又“令公、侯、伯皆给禄米，论功定数”，而让他们“各归旧赐田于官”。中国古代以职田充当俸禄的制度从此废除，这是一个历史的进步。

由于从洪武九年起田赋本色与折色兼收已成为一种常态，朱元璋在洪武十八年十二月又敕令户部：“凡天下有司官禄米，以钞给之，每钞二贯五百文代米一石。”《明史·食货志》更谓：“十八年，天下有司官禄米皆给钞，二贯五百文准米一石。”但是，此项规定并未完全落实。因为直到洪武二十六年，朱元璋还“令凡在京府部等衙门官吏俸给，每岁于秋粮内起运，拨付各衙门收贮，按月造册支给”，说明当时俸禄的发放仍是本折兼支的。因此，洪武十年调整的俸禄制度，虽将禄米、俸钞两项标准归并为禄米一项，但实际支付时并不全部给米。《明史·职官志》虽将此项更定百官禄米制度的年代误记为洪武二十五年，但明确指出：发放时“俱米钞兼支”。

洪武年间，社会经济尚处于恢复与发展时期，人民的生活水平不高，朱元璋所定的俸禄标准并不算低。汉代的三公地位与明代正一品官员地位相当，东汉三公月俸350斛（古代1斛为10斗，南宋末年改1斛为5斗，2斛为1石），明代正一品官员月俸87石，汉代比二百石官员地位与明代的从九品官员相当，东汉比二百石官员月俸27斛，明代从九品官员月俸5石，从表面来看，两者相差达四五倍之多。不过，我国古代的度量衡是随着时代的不同而不断变化的。仅以升为例，据吴承洛的研究，东汉1升合今0.1981市升，明代1升合今1.9737市升。据此推算，明代官员所得禄米数量要稍多于东汉的官员。问题在于，东汉官员在俸禄之外得到赏赐之类的其他收入要比明代官员多。同时更要看到，洪武初年俸禄全部给米，从洪武九年起虽改为米钞兼支，但本色即米所占比重较大，而折色部分即钞币所占比例较小，而且禄米折钞还能随钞值的变化做出调整。如洪武九年规定“钞一贯折输米一石”，到十八年因钞值下跌又改为“每钞二贯五百文代米一石”。所以当时官员的生活还较宽裕。不过官俸的本折兼支已成定制，到明中期折色部分在官俸中所占比例越来越大，官员的俸禄便打了一个大折扣。加上洪武二十年所定的百官俸禄数额成为“永制”，此后明代的官俸虽然也有一些变动和调整，但品官薪俸之额基本维持洪武二十年所定之额，而没有根据经济的发展、人民生活水平的提高做出适当的调整，便凸显出百官俸薪的低薄。当时一个正一品的官员一年的俸禄1044石，“十石之米折银仅三钱也”，全年俸禄约折成银子300余两，竟抵不上一个富家子弟日常的生活费用。职位卑微的官吏，本折兼支的结果，实际拿到的俸禄更少，甚至难以支付一家人日常的生活费用。因此，在明代的中后期，一些官吏便不顾国家的法纪，贪污纳贿，聚敛钱财，导致贪风的炽盛。高薪未必能够养廉，但低薪肯定是难以养廉的，正如明末清初的思想家顾炎武所言：“今日贪取之风，所以胶固于人心而不可去也，以俸给之薄而无以赡其家也。”此话不无道理。朱元璋要求他的后继者遵守他制定的各种典章制度，不许改易，并大力惩治贪腐，以求吏治的清明。但他万万没有想到，其子孙恪守他制定的俸禄制度而不变，却导致他所不愿看到的贪腐的重现！