光绪六年（1880年）中秋节的前两天，病中的慈禧太后派遣太监李三顺给她的妹妹家、醇亲王府送宫廷特制的中秋礼盒，于是李三顺顺便带着两个小太监拎着八个食盒，想走午门东左门出宫。
按规矩，宫中敬事房如果没有通知门禁，太监是不允许随便出宫的。因此，当李三顺们到达午门时，把守的护军照律不许他们通行。慈禧太后身边的这些太监，一向骄纵成性，李三顺又以“西佛爷懿旨”为护身，非要从这里强行通过，结果双方发生争执，守门的护军玉林、福祥、忠和等人坚决不予放行。
很快，门口的争吵声把当值的护军统领岳林、护军营章京和午门“司钥长”等人都惊动了，他们纷纷赶过来查看。问明原因后，岳林等人劝李三顺先通过敬事房办好手续再出宫，免得坏了规矩，大家都不好交代。李三顺则觉得在小太监面前丢了面子，其一怒之下竟然硬闯午门，结果护军玉林在拦阻时，也不知道是他碰倒了食盒还是李三顺故意将食盒丢在玉林身上，食盒被掉落在地上，里面的东西散落一地。
事情搞成这样，李三顺却跑回去报告慈禧太后，说午门护军无理取闹，不但不让他们出宫，还故意打翻了送往醇王府的食盒；不仅如此，这些人连自己也打，一点儿都不把太后放在眼里。正在病中的慈禧本来就心情烦躁，听到这事后立刻肝火上升，她一把打翻了正待吃的药碗，大骂道：“这帮兔崽子，我还没死，就敢欺负到我的头上来了！”
随后，慈禧立刻派人去将慈安太后请来，哭诉她被人欺负，口口声声说要不将这几个护军杀掉的话，她就不想活了。慈安太后见慈禧发此盛怒，只好将此事交给刑部处理，并亲自交代刑部尚书潘祖荫，要将护军玉林等三人斩首。
潘祖荫不敢怠慢，随后便召集刑部各司最精干的、人称“刑部八大圣人”的八名官员一起审理此案。但是，这八人经审理后均认为护军无罪，于是他们上报潘祖荫说：“既然交给刑部处理，那就应当依照大清律例。如果太后非要杀之，本部不敢与闻。”
接到这个处理意见后，慈禧更是气得两眼发直，她随后带病召见了潘祖荫。其间，慈禧好一阵捶床痛骂，又哭又叫，几如村妇骂街，潘祖荫被骂得冷汗直流，不敢做声。回去后，潘祖荫只得下令重判，玉林、福祥被革去护军，销除本身旗档并发往黑龙江充当苦差，遇赦不赦；忠和著革去护军，圈禁五年，著枷号加责；护军统领岳林交部严加议处。
这个处罚结果出来后，朝中很多官员议论纷纷，认为对护军等人处罚过重而对太监却不置一词，如此过于偏袒，只能助长了太监们的气焰，以后怕是流弊无穷。
这时，朝廷中的“清流派”官员首先站出来为护军抱不平。这里所谓的“清流”，指的是同治、光绪年间清廷中的一批言官，他们取法儒家传统，以刚正不阿相标榜，以评议时政、上疏言事、弹劾权臣、指斥弊政而闻名。大体而言，这些人大都出身翰林或御史，每遇应言之事则一拍而起，声讨纠弹，相互呼应，时人又称之为“清流党”。
一般认为，晚清的“清流党”分前后期，其中可以中法战争为界限。前期清流以军机大臣李鸿藻为首领，其中以张之洞、张佩纶、陈宝琛、黄体芳、宝廷、邓承修等人为主要人物；后期清流则以户部尚书、帝师翁同龢为宗主，盛昱、王仁堪等人是主力，后来又有志锐、文廷式等人参与其中，这些人在甲午战争前后因拥戴光绪而又被人称为“帝党”（与拥戴慈禧太后的“后党”相对应，这是后话）。另外，前期清流多为北方人，所以也有人称之为“北派”；而后期清流多为南方人，故也被称为“南派”。
从某种程度上说，“清流党”大多是没有实权的言官，而为牵制恭亲王奕訢和地方上的汉人实力派，慈禧太后也有意无意地纵容他们作为平衡力量。正因为如此，同治、光绪年间那些“清流党”争相弹击，言辞凌厉，成一时之风气。
光绪初年，张之洞、张佩纶、黄体芳、宝廷四人被合称“翰林四谏”，在当时政坛上锋头极健，为士人所瞩目。午门案发后，清流派官员激愤异常，决心一逞锋芒，讨个公道。张佩纶最先看到午门案的上谕，于是便告诉了时任翰林院左庶子的张之洞，后者又去找了右庶子陈宝琛，两人一商议，便决定分别上奏。
陈宝琛写了一折一片，指出护军是奉职行令，如此处罚将造成护军不敢严守禁门，以后太监只要说声“奉有中旨”，护军便不敢阻拦放行，势必造成严重后果。写好后，陈宝琛让人送给张之洞征求意见，张之洞觉得奏片的口气太激烈，劝他不要上奏。这时，张佩纶来访，看了奏片后拍手称赞，连说不用可惜，于是陈宝琛便将一折一片同时上奏。
与此同时，张之洞也写了一个很长的奏折上奏。奏折中，张之洞没有为护军辩护，而从防范太监的角度入手，以历史教训为鉴，警告慈禧要防止宦官专权。不仅如此，张之洞还特意举出嘉庆年间有太监内应的“林清之变”及其当时发生的“天棚火药案”“刘振生擅入宫禁案”，以加强他的观点。
张之洞与陈宝琛的奏折几乎同时上达，慈禧接到后反复思量，特别是张之洞所提到的“天棚火药案”和“刘振生擅入宫禁案”，更是让她觉得事态严重。说来也巧，“午门护军案”后，宫中又连续发生了两个案子，其一是内务府工匠在拆除宫殿遮阳防暑的天棚时，在长春宫的屋顶天棚上发现了大包黑火药和引信。长春宫是慈禧的住所，此案案情重大，当时内务府都不敢将此事禀告病中的慈禧太后。
不料此事尚未查明，又发生了“刘振生擅入宫禁”的事情，而且这次还让慈禧亲自撞见了。原来，就在当年十一月初八中午，慈禧太后在路过体元殿西配殿时，居然发现一个身穿老羊皮袄的中年汉子坐在台阶上一边抽烟，一边吐痰，猝然间这么一碰上，慈禧是气得差一点儿晕过去。经审问后，得知此人名叫刘振生，他认识一个名叫魏丰的苏拉（宫廷杂役），于是央求魏丰带他进宫长长见识，一饱眼福。这个魏丰也是不知死活，竟真的把他带入宫内。由于午门案的教训，这段时期护军不太敢盘查太监、苏拉，于是两人安然入宫。入宫后，魏丰有事走开了，老刘胡走乱走，不巧被慈禧撞见。此事发生后，神武门当值护军及刘振生所经各处值班失察的太监，一大批人都受到严厉的处分，刘振生则被斩立决。
在张之洞和陈宝琛两人奏折的警示下，慈禧宣布撤销之前午门案的处罚上谕，交刑部重新改判：玉林改为杖一百，流二千里，福祥改为杖一百；忠和改为杖一百，圈禁二年；岳林免交部议处；太监李三顺责三十板；首领太监刘玉祥罚月银六个月。
据说，禀理此案的恭亲王奕訢在反复阅读张之洞和陈宝琛的奏折后，拍案赞叹：“这才是真奏疏！”客观地说，恭亲王的赞誉并非虚赞，在慈禧盛怒、百官缄口的情况下，清流党人敢于大胆上争并为护军挽回死局，也的确令人刮目相看。
不过话说回来，清流人物虽然饱学善辩，文章作得漂亮痛快，而且攻讦当权者不留情面，但言谈之间大多“闭门造车”，不通实务。慈禧太后当时也认为，清流中的大多数人物可以做言官，或者还可以做学官，但乏有稳重成熟的务实干员，难以担当重任。倘若那些清流闹得凶了，便要让他们去做做实事，吃吃苦头，也乘机杀杀他们的威风。果不其然，后来这招儿还真就用上了。
