光绪六年（1880年）时，慈禧太后得了一场大病，久拖不愈，当时宫中御医都束手无策，于是朝廷便以光绪皇帝的名义发了一道上谕，让各地火速推荐医术高明的医生前来京城为慈禧太后看病，越快越好。
慈禧这次生病的原因，主要还是多年的积劳成疾，加之正处于更年期（是年46岁）与伊犁危机，由此一病不起。由于病情危重，慈禧太后这次治病和调理的时间就比较长，正当大臣们为之感到担忧时，宫中突然传来消息——太后崩逝了！
令人吃惊的是，当人们都以为去世的是慈禧太后时，事实上却是另一位——慈安太后。《清稗类钞》中即有这样一段记载，时任军机大臣的左宗棠在听说慈安太后突然暴病身亡后，其顿足大声说：“昨早对时，上边（慈安）清朗周密，何尝似有病者？即去暴疾，亦何至若是之速耶？”另一段记载则说，御医薛福辰在慈安太后去世当天的早晨曾为之请脉，其认为不须服药；是日午后，薛往谒户部尚书阎敬铭，阎留与谈；傍晚时，一户部司员持稿诣请画诺，画稿毕，该司员说：“出城时，城中宣传东后上宾，已传吉祥板（棺木）矣。”薛福辰听后大惊失色，道：“今晨尚请脉，不过小感风寒，肺气略不舒畅耳，何至是？或西边（指西太后）病有反复，外间讹传，以东西互易耶？”
以上两则记载颇有玄机。据宫中的记载，慈安太后突然去世的前一天，她的确照常召见了大臣，当天除了“两颊微赤”外，并无其他异常。次日（光绪七年三月初十），慈安太后感到身体不适，当天就安排休息而没有办公，不料到晚上便突然去世了，年仅45岁。
慈安太后的突然崩逝，不但让人感到意外，也让人疑窦丛生。事实上，在人们印象中，慈安太后一向康健，这次病情何以会如此之重、去世又如此之快呢？对此，民间议论纷纷，由此也演化成诸多的稗官野史。
《清代野记》中说，咸丰在热河临危之际，曾经密授一纸朱谕给慈安太后，说如果某人恃子为帝、骄纵不法的话，你到时即可按祖宗家法惩治。咸丰驾崩后，慈禧太后果然热衷于擅权，甚至宫闱之中也传出了荒淫丑闻。某年，慈禧太后忽然患重病，几至不治。后来有人说是血崩，说是李莲英经常带一个宫外的小伙子史某进宫游玩，小伙子长得身材苗条，面容俊美，有一次被慈禧太后看见，问其是谁，李莲英只好据实回奏。慈禧太后并没有怪罪，反怒为喜，转而将之藏在宫中，昼夜宣淫，不久便有血崩之疾，史某也被杀人灭口；也有说后来生下了光绪，随之送往自己妹妹家（醇亲王府）收养，这也就是慈禧太后不为同治立嗣的原因所在。
也许是慈禧闹得太不像话了，某日，慈安太后在宫中设酒和慈禧太后共饮。酒至中巡，慈安屏退左右，和慈禧说起当年热河咸丰死后，肃顺专权及其政变后励精图治的事情，慈禧也颇为感伤唏嘘。随后，慈安话锋一转，说：“我们老姊妹现在年纪都大了，我们两人相处了二十多年，彼此同心。今有一物，乃是当年先帝所赐，有必要拿给你看一下。”
随即，慈安太后便从袖中拿出一函，正是当年咸丰留下的遗诏。慈禧太后一见，吓得脸色发白，慌忙拜倒在慈安太后脚下，自称有罪，涕泪横流，苦苦哀求。自此，慈禧服侍慈安太后几乎无微不至，丝毫不敢有所得罪。数年过后，慈安太后以为慈禧已无他心，便也逐渐放松了对慈禧的戒备。
有一次，慈安太后生了小病，一天正好慈禧来看望，慈安见慈禧左臂缠了一块白布，以为她受伤了，便问怎么回事儿。慈禧说：“前日参汁中，曾割臂肉一片同煎，聊表我的心意。”慈安太后大惊，感极而泣说：“我真没有想到你是如此的好人，先帝怎么会怀疑你呢？”随之，慈安太后便取出密谕，当着慈禧的面把它烧了。
慈禧心头窃喜，后来便开始逐渐放肆。某日，慈安太后到慈禧住处，两人谈了一会儿话后，宫女送上一盒月饼，慈安尝了一个后觉得味道很好，说这似乎不是御膳房里做的吧？慈禧说不是，这是自己妹妹家做的，姐姐要是喜欢的话，明天再给你送过去。慈安太后说太麻烦了，就算了吧。慈禧说，我们姐妹何必见外，我妹妹家就是你妹妹家。
过了几天，慈安太后果然收到了慈禧送来的月饼，样式和味道和上次吃到的没什么两样。不料，当天晚上慈安太后便觉得腹痛难忍，御医来后也束手无策。没过多久，慈安太后便含恨去世，估计就是慈禧在月饼中下了毒。
慈安太后被慈禧用毒饼害死及咸丰密诏事均来源于恽毓鼎的《崇陵传信录》，恽毓鼎曾担任过光绪皇帝的日讲起居注官。此后，这两种说法又被各种野史加以夸大演绎，不过这些故事情节固然生动有趣，但终究禁不起推敲。如熟稔清宫掌故的著名学者金梁即对此提出质疑：“近人依托宫闱，流言无实，尤莫甚于恽氏笔录所载孝贞暴崩事。即云显庙手敕焚毁，敕语何从而知？食盒外进，又谁确见？恽氏曾事东朝，横造影响无稽之言，后之览者，宜深辟之。”
事实上，慈安和慈禧这两宫太后的关系一向比较融洽，并不存在什么尖锐的矛盾。慈安虽贵为中宫之首，但她本人识字不多，又为人和善，对政治也没有兴趣。如曾出使欧洲的薛福成即记载说，“东宫见大臣，呐呐如无语者。每有奏牍，必西宫为诵而讲之，或竟月不决一事。”所幸的是，慈禧则对政治颇有天赋，正好弥补了慈安的缺陷。在两宫太后的垂帘听政安排中，慈安德高望重，慈禧才干突出，可谓相得益彰。在近三十年的时间里，宫中的两个重要女人一直保持了相对和谐与稳定的关系，这在以往的后宫历史中都是不多见的。
当然，慈禧与慈安也不是完全没有矛盾，如前面提到的安德海被杀和同治选皇后之事。安德海是慈禧太后宠信的太监，他在出京南下途中被山东巡抚丁宝桢杀掉，这得到了慈安太后和恭亲王奕訢的支持；另外，同治选皇后时，他违背了慈禧太后的意旨而选择了慈安太后看中的阿鲁特氏，这让慈禧感到十分郁闷，她无法理解和原谅的是，自己的亲生儿子竟然会将慈安太后置于比自己更高的地位。
但是，这两件事尚不足以证明慈禧对慈安怀恨在心，因为杀安德海的丁宝桢后来非但没有被慈禧太后非难，反而一升再升，死后还获得了“文诚”的谥号；而对于同治和皇后的不满，随着这两人的先后离世，慈禧也似无必要记恨于慈安太后。
由此看来，说慈禧谋害了慈安显然只是民间传闻，并没有确凿的证据支持。事实的真相很可能是，慈安太后的确是突然发病而亡。当时，光绪的师傅翁同龢兼任礼部尚书，由于其负责办理了慈安太后的丧仪，因此得以了解慈安太后的整个发病过程和死因。
日记中，翁同龢记载了慈安太后发病后的脉案、药方和病情进展状况：“晨方：天麻、胆星；（脉）按云类风痫甚重。午刻一（脉）按无药，云神识不清、牙紧。未刻两方虽可灌，究不妥云云，则已有遗尿情形，痰壅气闭如旧。酉刻，一方云六脉将脱，药不能下。戌刻（晚八时前后）仙逝。”
由此可以看出，慈安太后是突然发病，并有神识志不清、牙关紧闭、尿失禁和痰壅气闭的临床症状，而御医脉案中判断的“类风痫甚重”，其实就是现在所说的脑中风，或者说是现代医学中说称的脑血管疾病。
爬梳历史记载的话就会发现，慈安太后的病其实早而有之。翁同龢在日记中就曾经记载了慈安太后的两次发病史，一次是同治二年二月（1863年3月），慈安26岁时，当时病症表现为“有类肝厥，不能言语”，可能是中风的先兆，不过这次因为慈安年纪轻，很快便得到恢复。七年之后，33岁的慈安再次“厥逆半时许”，所幸治疗及时，没有造成严重后果。
从某种程度上说，慈安太后的死也不能完全说与慈禧毫无关系。或者说，正是因为慈禧太后久病不愈，不得已之下，慈安太后被推上了前台，去面对那些不得不处理的政务，而慈安本人并不是一个善于理政的人，这对她来说无疑是一个极为繁重的苦差事，让她不堪重负、身心疲惫，进而引发昔日的宿疾。
据陈昌《霆军纪略》中记载，光绪六年（1880）五月二十七日，原霆军统领鲍超觐见慈安太后，后者问：你这到湖南好多路？奏：轮船不过十余日至湖北，由湖北不过十余日即到任所；问：你咳嗽好了没有？奏：咳嗽已好。谕：我靠你们在外头，你须任劳任怨，真除情面，认真公事！奏：仰体天恩，真除情面，认真公事，不敢有负委任；问：湖南有洋人否？奏：洋人曾到湖南，因湖南百姓聚众一赶，后遂未到湖南。
由此也可以看出，慈安召见大臣只是礼仪性的，大多是问问身体如何、地方情形如何，她本人却不会提出任何指示性意见和指导性见解，事实上她也确实不太懂朝政。这段时期被顶出来理政，也主要是因为慈禧患病，不得已而为之。
事实上，从发病前一日慈安太后“两颊微赤”的情况来看，这可能已经是脑血管疾病的前兆了。以慈安的知识水平和应对能力，她都远远不如慈禧，理政吃力，由此疲劳过度引发脑出血，这种可能性相当不小。由此，慈安太后为何会突然暴毙也有了相对合理的解释。
对于慈安后事的处理，慈禧的做法还是无可非议的。在其去世后，慈禧立刻召集在京的王公大臣入宫商议安排慈安太后的后事。天明之后，慈禧命太监揭开蒙在慈安太后脸上的“面幂”，令在座的王公大臣们瞻仰，当时惇亲王奕誴、醇亲王奕譞、各御前大臣、内务府大臣等人均亲眼看过慈安太后的遗容。在此过程中，慈禧并没有遮遮掩掩，而是大大方方地安排一切，这也表明她心中无鬼。
另外，对于民间传闻说慈禧慢待慈安太后、甚至只给慈安准备了一个很小的棺材之事，这也显系谣传。事实上，慈禧为慈安太后准备了一个很大的金匮，当时翁同龢也记载说慈安太后的“金匮甚大”，而且也是按照祖制将慈安太后的遗体在其死后第二天放入棺材，而并非是民间所称的提早入殓。
不管怎么说，慈安太后的中年早逝，这让与之相处了近三十年的慈禧感到孤独和寂寞的同时，也为她后来的一人独裁专权扫清了道路。尽管慈安太后的死并没有引起清廷政局的任何变动，但其中潜藏的巨大变化却绝不可等闲视之。
从某种意义上来说，慈安太后虽然极少参与政治亦无参政的能力与谋略，但她作为正宫太后，其存在本身就是对慈禧独裁专权的一种莫大威慑和有力约束。换句话说，只要慈安太后在世，慈禧就不敢过于任意妄为、一手遮天。更微妙的是，慈安太后的死也使得唯一能平衡慈禧政治力量的奕訢集团失去了一个极为重要的倚靠对象，而慈禧的党羽势力也由此大增，双方的平衡很快就会被打破。如此一来，虽然当时的政局风平浪静，但其中却是潜流涌动，随时都可能爆发出来。
