恭亲王奕訢被赶出军机处后，清廷政局随即发生了微妙的变化。其中尤其值得注意的是，慈禧太后规定军机处在大事处理上须会同醇亲王奕譞商办。这种做法，实际上是以奕譞代替了奕訢的军机首领地位。
按说，奕譞是光绪皇帝的生父，他理应回避朝政才对，何况奕譞这个人也算乖觉，他在儿子载湉被定为皇上后，很快便上疏说自己得知消息后，“身战心摇，如痴如梦”，致使“旧有肝疾等症”发作，委顿成废，请求辞去各项差使，免得其他大臣们弹劾他以皇帝本生父的名义干政。事后，奕譞又闭门谢客，作出不问政事的高姿态，以求自保并借以保护深宫中的光绪小皇帝。
对于奕譞的表现，慈禧是非常满意的。作为补偿，奕譞的醇亲王爵位也很快赏为世袭罔替，成为继清初的八大“铁帽子王”及怡亲王、恭亲王后的第十大“铁帽子王”。同时，奕譞今后碰到“皇帝升殿和皇帝万寿”时，可不用随班行礼（因为按儒家学说，即使儿子是皇上，父亲也不应给儿子行礼）。
事实上，在老六奕訢和老七奕譞两个小叔子中间，慈禧明显要偏向奕譞，因为后者不仅仅是自己的妹夫，而且他不像奕訢那样有主见和咄咄逼人。当年扳倒肃顺八大臣时，奕譞还亲自带兵捉拿了首犯肃顺，对慈禧可谓忠心耿耿，让人大可放心。
但是，慈禧太后的决定很快遭到了言官御史们的反对。他们认为，醇亲王奕譞参与政事不但在礼仪上多有不便，而且会引起“太上皇”干政的隐忧。对此，慈禧太后不以为然，她并不担心奕譞作为军机领班会造成什么隐患，因为她相信自己具备操控朝政的能力，也深知奕譞对她一贯是效忠尽力，服从有加。
可惜的是，忠心未必能干，没主见也往往意味着没能力，这往往是相对应的。相比而言，奕譞的能力和城府远不如兄长奕訢，加上他总担心别人会说自己以“太上皇”的名义干政，生怕慈禧对他起疑心，遇事也总是畏畏缩缩，不敢当头。更让人担忧的是，奕譞的政见和行为方式与奕訢大都不合，这也给朝政转变的缝合带来了不小的麻烦。
对奕譞的能力和作风，慈禧当然心里清楚得很。不过，任何专制者选人的标准首先是忠心，能死心塌地为自己服务，那就是他们最为看重的。在慈安太后去世、奕訢被扫地出门后，失去了制衡力量的慈禧也开始有点儿由着其性子来执政了。可惜的是，慈禧毕竟是个文化程度有限、见识相对浅陋且又缺乏战略眼光的深宫女主，清廷政局也由此步入一个平庸而缺乏朝气的局面，这和奕訢当政时显然差了一大截。
从新的军机处大臣名单上，可以明显看出这点。如名义上的军机领班礼亲王世铎，此人乃一才见平庸的老贵族，系清初入关后世袭罔替的“铁帽子王”之一。世铎是礼亲王代善的九世孙，道光三十年（1850年）承袭礼亲王，同治年间被授内大臣、宗人府右宗正、宗令等职。世铎为人平和，平日里和颜悦色，从未与人红过脸，但这个老好人最大的毛病便是遇事毫无主见，只知道一味敷衍，唯顶头上司眼色行事。譬如，醇亲王奕譞被任命为统领军机后，世铎老先生虽然贵为首席军机，却凡事均前往奕譞处讨主意，即使风尘仆仆，亦不为苦。说白了，就是不愿意承担责任罢了。世铎这样的人，在中国官场上很多，这种人不但不会出什么事，而且仕途上还官运亨通，这世铎就做官一直做到清朝灭亡。可惜的是，他肯定不是什么有所作为的好官。
另一位满人军机额勒和布是满洲镶蓝旗人，咸丰二年（1852年）进士，后来做过统兵大员，在东北镇压过马贼，还在新疆当过乌里雅苏台将军。一度病休后，清廷重新任命他做理藩院尚书、户部尚书和内务府大臣等职务。总体而言，在官员们揽权纳贿的晚清，额勒和布的操守廉洁不但才具一般，而且他本人一向木讷寡言，不善与人交往。
和额勒和布经历相似的军机大臣张之万，他是道光二十七年（1847年）的状元，河北南皮人，系清末名臣、清流党张之洞的族兄。张之万曾历任修撰、河南学政、内阁学士、礼部侍郎兼署工部等职，同治初年参与编写了《治平宝鉴》，由此得到慈禧太后的重视。和曾国藩一样，张之万在太平军起义时以文人典兵，在河南巡抚任上督师镇压捻军，并做过河道总督、漕运总督，后来又做过浙闽总督。光绪八年（1882年）时，张之万调任兵部尚书，这次他入值军机处，还兼署吏部尚书。
至于另一个军机大臣孙毓汶，他在46岁时才科举中试，虽说是个探花（咸丰六年，1856年），但人生经历不是很顺利，由此也养成了善于察言观色的性格。孙毓汶在太平军时期曾回原籍举办团练，以抗捐被劾而革职遣戍，直到同治元年（1862年）才靠输饷复官。受此挫折后，孙毓汶更是锐气全无，凡事只管一味寻思上头的意思，后来他想方设法结交了宫中第一太监李莲英，由此成为慈禧的宠臣。当时人对孙毓汶的评价不高，不过众人都承认他拍马屁的功夫的确是一流。
实事求是地说，奕譞的这套新班子，无论在威望、见识、能力乃至人品上，或者对国际事务和国内政情的了解，都比奕訢那届军机班子相去甚远。唯一的亮色，是户部尚书、人称“救时宰相”的阎敬铭。阎敬铭和孙毓汶一样，也在科举和仕途上走得不顺，但多年的挫折和历练反使得他更为清廉耿介。
清人笔记《春冰室野乘》中说，阎敬铭长得身材短小，相貌古怪，二目一高一低，一副未老先衰的模样，阎敬铭为此没少吃亏。有一次升迁考核中，阎敬铭本大有希望，但被考核的官员刚一列好队，负责考核的某亲王就被阎敬铭的怪模样吸引住。他看了看，觉得此人长相不雅，不适合升官，便高声道：“阎敬铭先起去！”这下把阎敬铭给气得半死。不过，阎敬铭虽然“其貌不扬”，但却“心雄万夫”，他为官数十年，严正无私，诸多恶势力都对他畏惧有加，人称“活阎王”。
阎敬铭一生最大的成就在于理财。光绪八年（1882年），阎敬铭上任户部尚书，当时户部官员素质低下，账目混乱，一些贪官往往利用职权中饱私囊，危害很大。阎敬铭上任后，决心革除积弊，力行改革。他上任的第一天，就亲自看账，并找来各管事的官员问账，结果发现无论是领办、会办还是总办，居然都不知部库存银几何、出纳几何和盈亏怎样，有的人甚至连算账、看账都不会。
户部掌管朝廷的财政命脉，但因为管理无方，竟然成为官员贪污的利薮，阎敬铭调查了实际情况后，其上奏朝廷说：“满员多不懂筹算，事权多半由胥吏掌握。这些胥吏平日弄虚作假，贪得无厌，要想从根本上厘清度支账目，凡南北档房及三库等处，非参用汉员不可。”由于当时清廷财政困难，库款亏空，慈禧太后同意了阎敬铭的整顿要求。在其主持下，户部采用了新的度支记账制度，随后又裁退了部分蛀虫官员和胥吏，并重新选用了一些有才干的汉人官员，从而扭转了清廷的财政困窘状况。
阎敬铭经手的国库银子数额巨大，数不胜数，但他本人却是一个出奇的俭朴之官。光绪三年（1877年），山西省遭遇灾荒，出现了大量的饥民，清廷虽然屡派官员前去赈济，但饥情并没有得到缓解。于是，阎敬铭被派去视察赈务。阎敬铭到山西后，穿一身粗糙的“褡裢布”做的官服上堂，要是见到属下穿着绸缎的，定要被他责骂，甚至要罚捐饷济灾。阎敬铭升堂办公时，属员们经常听到后面的机声轧轧——原来，其夫人就在大堂后纺绩，他家冬天的衣物絮袍，都出自其夫人之手。在阎敬铭的主持下，山西灾情才稍微缓解。
《清稗类钞》中有一趣闻，说阎敬铭家中饭食极其粗陋，某次他请某新上任的学政来家里吃饭，桌上摆的都是些干烧饼和蔬菜，一点儿肉食也没有。阎敬铭还像往常一样吃得津津有味，而学政大人则目瞪口呆，根本无法下筷。阎敬铭一边嚼着烧饼，一边还不断劝学政多吃，学政没办法，只得勉强吃了半碗米饭，随后赶紧匆匆告退。回去后，学政对别人大吐苦水：“阎大人这哪里是请客，简直就是祭鬼啊！”
阎敬铭的精打细算很快和慈禧太后的铺张浪费发生了冲突。在光绪亲政的前几年，慈禧太后想将颐和园重新整修一下，以便自己撤帘归政后能够住在里面颐养天年，但由于重修工程规模浩大、费用惊人，身为户部尚书的阎敬铭推三阻四，不肯拨银子，这也就引发了后来的海军军费之争。
