正所谓“兵贵神速”，还没等到康梁书生们采取进一步的行动，戊戌年的风暴就已经爆发了。据《戊戌朝变纪闻》中说，就在光绪接见伊藤博文的第二天，慈禧太后突然御临便殿，其设竹杖于座前，并召集了庆亲王、军机大臣、御前大臣等人跪于案右，而光绪皇帝则跪于案左。
随之，慈禧太后便疾声厉色地呵斥光绪：“天下乃是祖宗的天下，你何敢任意妄为！这些大臣，都是我多年历选，留以辅佐你的，你竟敢任意不用！还敢听信叛逆蛊惑之言，变乱朝纲！康有为是个什么东西，能胜于我选用之人？康有为之法，能胜于祖宗所立之法？你难道昏头了，不肖竟至于此！”
骂罢皇帝，慈禧太后又转头责骂那些大臣说：“皇帝年少无知，你们这些人为何不加以劝阻，以为我真不管，听他亡国败家吗？我早就知道他不足以承大业，不过时事艰难，不宜轻举妄动，只得对他留心稽察管束。现在我人虽然在颐和园，但心时时在朝中。我唯恐有奸人蛊惑，所以经常嘱咐你们不可因他不肖，便不肯尽心国事；所幸我现在身体还好，到时必不负你们！”
喘了口气后，慈禧太后又接着说道：“早些时候，奕劻还再三跟我说，皇上既肯励精图治，谓我也可省心。我因想外臣不知其详，并有不学无术之人，反以为我把持，不许他放手办事，今天总算知道这样是不行的。他是我立的皇帝，他要亡国，其罪在我，我能不问吗？你们不力诤，便是你们的罪过！”
群臣听后如捣蒜般地叩头，连称有罪。这时，一向保守顽固的军机大臣刚毅面有喜色，他赶紧上前奏道：“微臣屡次苦谏，但每次都被皇上谴斥。至于其余众臣，也有言谏过的，也有不吭声的。”
慈禧太后听后，又转身问光绪：“要是有臣下变乱祖先之法，你可知该当何罪？你说说，是祖宗之法重要，还是康有为之法重要？背悖祖宗之法而行康有为之邪术，你怎么会昏聩到这种程度？”
此时的光绪早已吓得魂飞魄散，战栗答道：“是我自己糊涂，洋人逼迫太急，我只想保存国脉，通融试用西法，并不敢听信康有为之法。”
慈禧太后听后厉声道：“难道祖宗之法不如西法，鬼子反重于祖宗吗？康有为叛逆，图谋于我，你不知道吗？还敢回护他！”
可怜光绪皇帝当时早已是魂飞齿震，脑子一片空白，竟不知所对。
慈禧太后又厉声追问道：“你知道——还是不知道？或者你也是同谋？”
光绪战栗了半天，说：“知道。”
慈禧太后怒喝道：“既知道，还不将康有为正法，反要放走？”
在得知光绪知道康有为等人的“围园”之谋后，慈禧太后极为愤怒，她斥责光绪说：“我抚养了你二十多年，你竟然要听小人之谗言暗害于我吗？”
光绪被吓得浑身颤抖，好半天才说：“我无此意。”
慈禧太后又是恨又是怒地斥骂道：“痴儿，今日无我，明日还会有你吗？”（大意是，若慈禧太后被害，光绪的地位也难保。不过话说回来，倘若慈禧太后真的被害，光绪是否能掌控政局的确是未知之数）
由此，慈禧太后便宣布训政并收回光绪皇帝的权力，随即又下旨捉拿康有为兄弟。几乎不费吹灰之力，慈禧太后便将戊戌年的维新变法消灭于无形当中。
说到这里，却要说说当年袁世凯的这段公案。戊戌政变后，京城中流传着一首三言歌谣，讽刺的是袁世凯的出卖行径：“六君子，头颅送；袁项城，顶子红；卖同党，邀奇功；康与梁，在梦中；不知他，是枭雄。”按通常的说法（也就是梁启超在《戊戌政变记》中的说法），谭嗣同至法华寺游说袁世凯勤王后，袁世凯佯作答允，等到他回了天津后，便立刻向直隶总督荣禄告密，于是荣禄紧急报告慈禧太后，这才有了政变的发生。
不过，据目前很多史学家的研究认为，戊戌政变其实并非因为袁世凯告密，而是袁世凯得知慈禧太后重新训政后，为了自保而将谭嗣同的密谋向直接上司、直隶总督荣禄和盘托出，后者遂立刻返京，“戊戌六君子”由此被杀。换言之，戊戌变法的失败并非因为袁世凯告密，因为其告密前慈禧太后已经收回光绪帝的权力；但是，袁世凯的告密使慈禧太后得知了康梁等人的“围园杀后”密谋，由此导致了政变的流血化。
之后，慈禧太后又发出密谕，将张荫桓、徐致靖、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第七人先行革职并交刑部治罪。接着，整肃行动进一步扩大化，诸多维新人士如宋伯鲁等人被革职监禁、湖南参与新政的陈宝箴与熊希龄等人被革职永不叙用、徐致靖等人被定罪流放，就连光绪帝和珍妃身边的太监也倒了大霉，在随后几天里被杖毙四人。
最为惨烈的，当然是被杀的“戊戌六君子”。这些人中，康有为的弟弟康广仁恐怕是最冤枉的。他是六君子中唯一没有做官的，也不是维新派的风云人物，他完全是死于杨崇伊密告康氏兄弟“出入宫禁”的谣言。据说，康广仁被杀前在狱中以头撞墙，悲痛呼号，其状惨不忍睹！
六君子中，谭嗣同是给人印象最深的。从政变到流血原本有一两天的时间差，谭嗣同是有机会脱逃的，他完全可以像梁启超一样避居日本使馆，但谭嗣同坚辞不受，其掷地有声地表示：“不有行者，无以图将来；不有死者，无以酬圣主”，“各国变法，无不从流血而成，今中国未闻有因变法而流血者，此之所以不昌者也；有之，请自嗣同始！”
随后，谭嗣同便在浏阳会馆“莽苍苍斋”静待捕者。被捕后，谭嗣同在狱中写下这样一首诗：“望门投宿思张俭，忍死须臾待杜根。我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑。”四天后，六君子未经审判、也未定具体罪名（因牵涉到光绪皇帝，或许是有审而无判；谭嗣同之不走，或许也是为了证明光绪皇帝不曾参与“围园杀后”之谋），就在菜市口刑场被杀。
●戊戌六君子遇害图
六君子就义之日，观者万人空巷。临被杀前，谭嗣同叫监斩官刚毅过来，说“我有一言要对你说！”刚毅扭过头，不予理睬。谭嗣同朝着刚毅的背影，大呼“有心杀贼，无力回天；死得其所，快哉快哉！”
好汉子铁骨铮铮，谭嗣同不愧为一个真正血性的殉道爱国者。可叹的是，六君子引颈就戮之时，守旧势力却纷纷弹冠相庆，这些颟顸污秽的既得利益者在为最后的垂死挣扎而欢呼时，那些对国家民族前途真正忧心如焚的青年志士却喋血街头，这又是何等的讽刺与悲凉。
再说康有为。当慈禧太后下令捉拿康氏兄弟时，老康正安步当车地前往天津，准备奉光绪之令去上海办官报。殊不知，此时京城已经风云突变，所幸当时有人通风报信，康老师才得以在追兵赶到之前换乘英国轮船逃走，最后经香港去了日本避难。梁启超则是在政变发生后避入日本使馆，后来在日本人的掩护下，剪去发辫、改穿和服，乘坐日本军舰逃走，最后和康有为在日本会合。
六君子既死，各新党维新派或逃匿、或监禁、或流放，一时败落；而原本和维新派同气相应的洋务派开明官僚们如李鸿章、张之洞、刘坤一等，也只得缄口自保或者干脆靠边站，神州上下，万马齐喑，唯有那些老朽昏庸的守旧大臣拊掌称快。在慈禧太后的庇护下，这些人掌握了大清帝国的内政外交，视新事物为仇敌，这也是整个晚清最为黑暗的时期。正是在这些人的统治下，才引发了最为荒谬的庚子之乱和八国联军之祸。
至于光绪皇帝，那就更惨了。政变之后，慈禧太后将光绪幽禁于瀛台（瀛台为三海中一小岛，三面临湖，只有一桥可以进出），并派来心腹太监和侍卫对瀛台严密看防，光绪的任何举动，都会有人向慈禧太后报告。从此后，光绪便失去了人身自由。
光绪虽被幽禁，但限于他的皇帝名分，他还得在慈禧太后的逼迫之下，每日像个木偶一样上朝召见臣工，这种苦处比禁锢独处恐怕更要痛苦百倍。这次训政，慈禧太后已经掀掉帘子，直接和光绪并排坐着，形如两君。更可笑的是，每次召对大臣，都是慈禧太后一个人说话，而光绪只有在慈禧太后示意他说话时，才会勉强说上两句。在绝大多数时间里，光绪被置于大庭广厦之中，声音笑貌无一自然，如颠、如聋、如哑，而大臣们对光绪也是以颠聋哑视之，仿佛对待空气一般。
慈禧太后还怕民间舆论对她不利，又让太监们到酒肆茶坊里去传播谣言，诋毁光绪的种种昏庸不道、无端迷信西法，甚至谋杀太后等，这下反让人觉得都是光绪的不是，而慈禧太后训政便是理所当然。如此一来，光绪就更加被孤立了。
某次，光绪见湖中有一水鸟，便让太监给他拿弹弓来射鸟消遣取乐。一个颇有玩心的小太监不知利害，其欣然到房中取出弹弓交给光绪。正当光绪玩得开心时，有太监去报告了慈禧太后。慈禧太后随即追查是谁将弹弓献给皇帝的，小太监听后大恐，自投于湖中。慈禧听说小太监已自杀，仍旧将其他监视的数人，或笞，或罚苦差，无一幸免。从此，光绪再让太监们去做什么事情，那些太监们都一个个充耳不闻。冬天时，瀛台四周的湖水结冰，光绪便从冰上走出去，后来被慈禧太后知道了，很快便让人将冰凿去。有一次，光绪走到太监屋里，看到桌上有一本《三国演义》，他拿起来读了几行，不免长叹道：“朕不如汉献帝！”
《金銮琐记》中说，有一次光绪逃到西苑门口，被多个太监强扭发辫给拉了回去。慈禧太后要光绪一起上朝时，往往有上百人在身边跟随，以防光绪逃走。更有人说，曾亲眼看见光绪因要上朝而出灜台后，仰首向天而望，刚甩开身边的人走到乾清门，便有太监十余人阻拦去路。
如此，皇帝已成笼中人。
