清朝中央机构沿用的是明朝的内阁加六部制（中国传统的吏部、户部、礼部、兵部、刑部和工部），雍正即位后，用军机处架空了内阁，变成军机处加六部的结构。第二次鸦片战争后，为适应新形势的需要，清廷在传统的六部之外特别设立一个新部门，即“总理各国事务衙门”，也就是人们常说的总理衙门。
总理衙门是专门和外国人打交道的外交机构，但随着洋务新政的不断拓展，其功能越来越广泛，包括外交外贸、海关税务、兴办实业、派遣留学生等，都在它的管辖范围之内。庚子年后，清廷按《辛丑条约》的规定将总理衙门改为外务部，并列于六部之首。也许在当时，再没有比和洋人打交道更重要的事情了。
外务部的成立虽然有些屈辱的成分，但也不完全是坏事，其中就有一大创新，即部中不分满汉，领导职位只设一尚书、两侍郎，打破了原先六部中设置满汉尚书和侍郎各一名的制度。这一举措，既减少了一半高官，同时也淡化了民族色彩，实际上是打破了清朝沿袭近两百多年的祖制，而外务部的变化，实际上也是后来的机构改革之先声。
为适应新政的要求，慈禧太后顺应了大臣们的请求，开始在传统六部外设立新的领导机构。1903年9月，为振兴商务、发展实业，清廷成立了一个新的商部，其职能不仅仅局限于商业，还包括实业（工业）和农业。后来，商部又将原有的工部吸收合并，新成立的部门称为农工商部，成为一个负责全国经济发展的中央部门。与此相对应的，地方上也纷纷成立了农工商局，作为地方上的经济管理机构。
在一个长期奉行“农为本、商为末”的国度里，从事商业和实业的人即使富有四海，也一向被那些羞于谈利的士人们所蔑视，但这次不一样了，当时农工商部的地位仅次于外务部，足见清廷的重视程度。中枢部门公开倡导并奖掖实业，这在中国历史上是破天荒的第一次，就连那些朝廷大员们，此时也不再羞于谈及商业和利益，都与时俱进了。
鉴于旧式军队毫无用处，清廷在商部成立次月又设立了一个新部门，这就是主管全国编练新军的练兵处。在后来的中央官制改革中，兵部更名为陆军部（海军部另设），练兵处也被归并其中。紧接着，清廷又成立了财政处作为中央财政管理机构，这一机构在中央官制改革前主要负责清查各地财政收入，中央官制改革后则与户部合并成立一个新的部门，即度支部（相当于现在的财政部）。
1905年10月，清廷又决定成立巡警部（后改名民政部，相当于现在的公安部），以管理全国的警察并负责各地的治安，取代原先的地方保甲制度。同年12月，由于科举制被废除，清廷为适应新教育体系的要求而又成立了学部（相当于现在的教育部），并将原先的国子监吸收合并。为了发展交通和通讯，清廷后来又设立了邮传部。经过这些变化后，原先的六部制已是支离破碎，这也为之后的中央官制改革提供了契机。
●1906年户部（改为度支部）官员合影
1906年12月，清廷进行中央官制改革，除内阁和军机处不变外，新设立或改名称的有11个机构，即外务部、学部、民政部、度支部、陆军部、法部、农工商部、邮传部、海军部、军咨府、资政院、审计院，新政时期的机构调整规模可谓前所未有。至此，隋唐以来的传统六部建制便不复存在，在这些机构里，清廷废除原先的满汉尚书双人负责制而实行单一的领导制，以革除“数人共一职”的低效管理方法。此时的清廷，可谓是半新半旧，看起来虽然还有些别扭，但终究迈出了走向近代社会的重要一步。
除设立新机构外，慈禧太后又下决心将一些有名无实、不适应时代发展要求的旧衙门加以裁撤或者归并。首先被裁撤的是《江楚会奏变法三折》中提到的漕运屯田卫所。屯田和卫所本是为漕运而设立，但当时漕运早已有名无实，屯卫反成为一大弊政。同时被裁撤的还有河东河道总督，这个机构本为治理黄河而设，但收效甚微而每年靡费无数，其被裁撤后，由河南巡抚兼管相应事务。1902年3月，清廷又将一些闲衙分别裁并，如管理太子事务的詹事府（清朝最后三个皇帝都没有子女，太子也无从谈起）被裁并入翰林院，通政司直接被裁撤，太常寺、光禄寺和鸿胪寺被并入礼部，太仆寺被并入陆军部。
随后，清廷又对各级衙门进行整顿，裁汰书吏和差役，简化各级衙门的公文形式和办事程序，改陋规为公费等。由于制度的缺陷，书吏和差役在清朝的待遇极薄，如果按名义上的待遇，这些人根本就不可能养家糊口。也许是出于这个原因，书吏和差役往往在衙门里“舞文弄法，朋比为奸”，而那些科举出身的官长大都不懂实务，“奉吏为师”，往往被这些人愚弄，在地方上危害甚大。新政时期，朝廷严令各级官长亲理政务，裁撤那些扰民害民的书吏和差役，以期提高办事的效率。
清末新政全面铺开的同时，对不合时代的旧法制进行改革也成为一项紧迫的任务。清朝时期实行的是行政权和司法权合一的传统专制体制，这与西方的三权分立有着本质的区别。鸦片战争后，外国人借口中国的法律严酷而在租界内行使领事裁判权，拒不遵守中国法律。为了与世界合轨并废除洋人的治外法权，清廷于1902年5月任命沈家本和伍廷芳为修订法律大臣，命其“按照交涉情形，参酌各国法律，悉心考订，妥为拟议，务期中外通行，有裨治理”。由此，沈家本和伍廷芳经过两年的筹备后成立了修订法律馆，开始了对中国历史有着重大影响的修律活动。
沈家本和伍廷芳在修订法律时，第一件事即将中国传统的“刑法为主、诸法合体”的结构打破（如当时的基本法《大清律例》），先区分出实体法和程序法（诉讼法），然后在实体法中再细分出刑法、民法、商法等专门的法律部门。这一变革，实际上是让中国“诸法合体”的传统法律向“诸法分立”的体系转变，中国法律的现代化由此奠定了坚实的基础。
但是，在法制改革的进程中也遇到了很大的阻力，特别在推行司法行政机构改革时。原来，中国传统的地方官是行政权和司法权不分的（县官一肩挑），而新的法制改革则要推行西方法律体系中的司法独立原则，另设独立的审判体系，这让地方官员们觉得自己的权力被部分剥夺，由此纷纷表示不满。就连主张新政的张之洞也对此不理解，说“督抚但司检察，不司审判”后，“则以后州县不亲狱讼，疆臣不问刑名”，那些地方官的权力（及由此带来的油水）岂不是少了老大一块？
阻力虽大，但法制改革依旧要向前推进。在中央司法机构改革中，刑部改名为法部，大理寺改为大理院。改革后的大理院相当于最高人民法院，“与（法部）行政官相对峙而不为其节制”。随后，在地方司法机构改革中，也在各省各级普遍设立高等审判厅、地方审判厅和初级审判厅以行使审判权，而以原先的按察司改为提法司，负责司法行政和监督，以实现地方上的司法独立。当然，架子虽然搭好，但由于相关的司法人才极度缺乏，多数地方直到清廷覆亡，仍旧是县官兼理司法。
在法制提倡文明的同时，社会生活领域也出现了很多变革。其中，引进西方的警察制度就颇为成功。清朝原本实行传统的保甲制度，绿营和地方团练也承担部分的社会治安职责。但总的来说，都不够专业，效率也不高。1902年，袁世凯在直隶试办警察制度初有成效，于是朝廷命各地以直隶为模板，加以推广。
当时的一些生活陋习也受到新政的影响，其中包括禁止缠足和禁食鸦片。缠足是中国历史上最为丑陋和残忍的制度，竟然沿袭千年，令人匪夷所思。对此，很多西方传教士和维新派人士都极为反对，但一直到1902年，慈禧太后才首次以朝廷名义发出上谕，劝戒缠足。由于清廷的公开提倡，清末的“不缠足”运动蓬勃发展，才使得那些饱受缠足戕害的女性同胞得以解放（但在一些偏远地区，这一陋习一直延续到民国一二十年）。
鸦片战争以后，在西方列强的武力威胁下，鸦片贸易得以合法化，不但卷走了中国巨额的财富（鸦片贸易是19世纪最大的单宗贸易），而且让中国人的身心受到严重的摧残。1906年，清廷在发布禁烟上谕的同时，派出使臣与英国交涉禁止输入鸦片事宜。1909年，上海召开了万国禁烟会，中国的禁烟运动得到了国际舆论的普遍同情，在这种情况下，英国答应逐步消减鸦片输入中国，直到1917年彻底禁绝（但在民国军阀混战时期，鸦片重新泛滥成灾并更为加剧，一些军阀甚至用鸦片替代军饷发放）。
1902年，慈禧太后又下令放开满汉通婚的禁令，随后对汉人开放了原先只能由满人担任的职位如将军、都统等。随后，清廷又下令废除旗人不事生产的特权，授予旗丁土地，责令耕种，让普通旗人们自谋生计。不过，话说回来，虽然清军入关后八旗在各地驻防，世代为兵，并享受国家供养和免税等特权，但两百多年下来，一般的旗人（大多数人连满语都不会说，和汉人已无区别）早已穷困不堪，因为当时清廷给旗兵的供给极为微薄，而旗人却不能从事他业，能养家糊口已属不易，很多家庭甚至连普通汉人都不如。从这个意义上说，清廷这一决策表面上是要取消满人的特权、调和满汉矛盾，其实也有甩掉包袱之嫌。只是，说归说，政策归政策，直到清廷覆亡，清末旗人原有的生活方式也没有发生大的变化，直到辛亥年的洪流最终将其全部推上社会，这却是无可奈何之事了。
