太平天国的灭亡：内部矛盾严重和缺乏现代化武器

洪秀全重用族弟洪仁玕，引起了太平天国内部的不满。为了取得平衡，洪秀全封陈玉成为英王，封李秀成为忠王。但是，恢复了自信的洪秀全将国名改为天父天兄天王太平天国，并假托神秘之梦的启示来强化自己的权威。此举招致李秀成和李世贤兄弟的反感，造成了李氏军阀与洪氏家族的对立。

太平天国后期的代表人物忠王李秀成与干王洪仁玕的矛盾开始于1860年李秀成进攻上海。6月，攻入苏州的李秀成向上海的英法美三国领事表示希望就缔结友好关系开展协商。8月，李秀成又通知诸外国，太平军不会威胁上海租界的外国人居住区。但是，太平军却受到英法联军攻击，损失数百人，李秀成本人也负伤撤退。

据近年台湾发现的洪仁玕供词中所述，原本洪秀全派洪仁玕去苏州与洋人交涉签订通商和好章程。但李秀成不依所议，认为“我天王江山可以打得来，不能讲得来也”，因此“众洋人知不能和乃去”。洪仁玕指责李秀成擅自采取行动破坏了他与洋人的交涉。

确实，当时英法联军正与清军在天津交战，决定两国转为支持清政府的《北京条约》尚未签订。但是，英国方面拒绝了洪仁玕的请求。7月，美国人华尔率领的雇佣军洋枪队（欧美人任军官，中国人当兵，后改名为常胜军）开始与太平军交战。至此，太平天国与列强签订通商和好章程已基本没有可能性。洪仁玕依仗在香港接触欧洲文明的经验，试图与列强进行交涉的希望，被残酷的历史现实背叛了。

李秀成对江南地区发起进攻后，清政府任命曾国藩为两江总督，以图守住江南财源重地。因湘军无法从长江上游战线脱身，曾国藩派弟子李鸿章赴安徽仿照湘军编练军队，李鸿章军招募的兵员将领主要来自江淮一带，故称淮军。另一方面，英王陈玉成率兵往武汉，准备与李秀成军汇合进攻湘军。但李秀成却不顾洪秀全西进的命令，热衷于在江南地区扩大势力范围。未能与李军汇合、陷于孤军的陈玉成转寄希望于与捻军首领苗沛霖合作。但由于苗沛霖的出卖，陈玉成为清军所杀害。

这一时期，太平天国起义时的严格军规已然涣散，投降太平军的清军士兵的行为尤为恶劣。将领之间的关系不断恶化，建设新国家的理想也渐行渐远，粮草不足导致太平军陷入争夺粮食的作战。

另一方面，清政府的统治力量也日趋削弱。捻军、广西天地会、贵州苗族等纷纷响应太平天国起义，全国各地爆发叛乱。但是，由于平素深受压迫，起义军当中，为发泄不满而进行掠夺等负面行为的也大有人在。另外，太平军以天朝官军自居，蔑视其他起义军为贼匪，因此两者也未能团结合作。

1862年，李鸿章率领的淮军在英国援助下加入上海战线，常胜军也由现役英国军官戈登担任统领。列强对这些军队加以近代化武装，开始了对太平天国的军事镇压。加入李秀成军的英国青年呤唎揭露英国对太平天国的干涉是为了维护其在鸦片贸易中获得的利益。呤唎强烈指责戈登对信奉基督教的太平天国的屠杀，他说：“我的国家对他们（太平天国）的态度，让我每思及此，便以自己是英国人而感到羞耻。”而常胜军与淮军则倚仗现代化武器连续发动进攻，1864年5月，太平军最后的要塞常州失守。

1863年，太平天国形势十分危急。李秀成返回天京，劝说洪秀全“让城别去”，即舍弃天京，暂避西北，日后再图东山再起。洪秀全不听，断然拒绝说：“朕铁桶江山……何惧曾妖者乎”，并与包围天京的湘军交战。1864年5月，洪秀全病倒。6月，于弥留中下达了最后一道天王诏旨“大众安心，朕即上天堂，向天父天兄领到天兵，保固天京”。7月19日，湘军攻陷天京，宣告历经十四年的太平天国灭亡。李秀成在护送洪秀全之子（幼天王）逃亡途中被俘，在狱中写下数万言关于太平天国的供状，但在完成供状当天被曾国藩处死。洪仁玕也在江西被清军俘虏遇害。