阿古柏之乱（收复新疆之役）
阿古柏之乱简介
阿古柏之乱：“大将筹边尚未还，湖湘子弟满天山。”这是一首写给清末名臣、军机大臣左宗棠的七言律诗的前两句，称赞左宗棠以垂暮之年，毅然领兵西征，收复新疆，平定阿古柏之乱。这里将详细讲述左宗棠平定阿古柏之乱收复新疆那段荡气回肠的壮丽历史。
阿古柏之乱过程分析——
塔什干城，是今乌兹别克斯坦的首都。
在乌兹别克语中，“塔什干”是石头城的意思，它位于锡尔河右岸，自公元前2世纪初建以来，一直是中亚著名的城市，也是古丝绸之路上重要的商业和交通枢纽之一，这里人烟稠密，商贾云集。
19世纪30年代时，这座城市正被浩罕汗国所统治。当时，在城市中心的巴扎广场上，来自各地的商人们叫卖着各种商品，行人或采购，或游玩，走马观花，流连其中，不时有人取出钱来购买心仪的东西。而广场的角落里，曾有一位男扮女装的“巴特恰”舞童伴随着音乐在一个茶馆中翩翩起舞。只见他面容姣好，舞姿灵动，虽是少年，却有着少女都难以媲美的柔媚姿态，吸引了不少人驻足观看。
没有人会想到，这位名叫穆罕默德·雅霍甫的舞童会在30年后的西域掀起一场血雨腥风，并以“阿古柏”的汉文名字流传后世。
新附旧疆
一鞭秋月度桑干，万里阳关道路难。 大碛沙来云似障，天山风起雪如盘。 弓边血影雕翎碎，笛里羌声马骨寒。 醉泻葡桃三百盏，高飞长剑下楼兰。
这一首诗乃是方希孟所著《塞上杂感十八首》其一。光绪二年（1876年），乌鲁木齐提督金运昌率军入新疆平定阿古柏之乱，方希孟作为幕僚随军出征。在征途中，诗人以昂扬的笔调，写出了从征的豪迈。
新疆，古称西域。自汉武帝派遣张骞凿通西域以来，中原王朝便与中亚地区建起了紧密的联系。在古老的丝绸之路沿线，随着商人、使节的频繁活动，中原文明与中亚文明剧烈碰撞，相互汲取着各自的优秀之处。尤其是大唐王朝，更是以其包容开放、富庶强大得到了中亚地区包括河中、费尔干纳和呼罗珊等地的倾心仰慕。当时的西域，是文明交流之地，也是文化开放之地，祆教、佛教、摩尼教、景教等各种宗教均在此地生根发芽，开花结果。
7世纪末8世纪初，阿拉伯帝国倭马亚王朝的大军越过阿姆河。他们经过20多年的征战，铁蹄先后踏遍了布哈拉、花剌子模和撒马尔罕，并一路攻入费尔干纳盆地，最终到达锡尔河流域。武力入侵的同时，征服者还强迫当地居民放弃原来的宗教信仰，皈依伊斯兰教。在这一过程中，大批历史名城遭到洗劫，许多佛教、祆教和其他宗教的庙宇和神像被焚毁，取而代之的是耸立在大地上的一座座清真寺。
倭马亚王朝很快盛极而衰，取代它的是崛起于中亚呼罗珊地区的阿拔斯王朝。747年6月，阿布·穆斯林发动起义，拥立阿布·阿拔斯为哈里发，发起了向倭马亚家族的复仇之战。750年，唐朝安西四镇节度使高仙芝见大食（阿拉伯帝国）发生内乱，趁机率军攻破昭武九姓之一的石国，占领其都城拓折城（即塔什干城），并俘虏石国国主，准备重建唐王朝在这一地区的霸权。但石国王子却侥幸逃脱，他向新兴的阿拔斯王朝求救。此时的阿拔斯王朝刚刚镇压完河中地区各国的反抗，也想以一战之威奠定中亚地区的归属。
高仙芝得知大食可能出兵的消息后，决定先发制人。他率领安西四镇兵及盟军拔汗那、葛逻禄部共计3万余人率先发起进攻，攻入阿拔斯王朝控制区域。大食方面，呼罗珊总督阿布·穆斯林派出了大将齐雅德率军迎战。751年7月，亚洲大陆的两大强权——崛起中的阿拔斯王朝与鼎盛期的大唐王朝在怛罗斯狭路相逢，唐军战败，损失惨重。不过，驻扎西域的唐军很快恢复了元气，两年后便大破大勃律国。但是不久后爆发的安史之乱使得唐军再也无法西顾。至此，中原王朝失去了在西域的立足点，也断绝了与中亚地区的直接联系，伊斯兰教则趁机在西域大举扩张。
西域本是佛教传播的沃土，在玄奘法师所著的《大唐西域记》中便记载了一系列信奉佛教的小国。其中，于阗作为佛教文化的重要中心，一直是中原佛教的源泉之一。其鼎盛时期，领土“西南抵葱岭与婆罗门接，相去三千里。南接吐蕃，西至疏勒二千余里”，为佛国乐土。不过，于阗王国最终却被信仰伊斯兰教的喀喇汗国攻灭。
喀喇汗国为回鹘人与葛逻禄人所建，其领土主要包括都城喀什噶尔所在的塔里木盆地西部绿洲、帕米尔东部、天山山区以及以巴拉沙衮为中心的中亚七河地区，历代统治者多自称“桃花石汗”。9世纪中期，回鹘汗国被黠戛斯所破，其残部分为四支向不同方向流亡迁徙：进入中原的一支最终融入汉族；入河西走廊的一支被称作“黄头回鹘”，是裕固族的先祖；西迁安西的一支后来建立了高昌回鹘王国；还有一支则远跨葱岭，史称“葱岭西回鹘”。葱岭西回鹘在征服了以巴拉沙衮为中心的葛逻禄汗国后，于9世纪末建立了喀喇汗国。喀喇汗国最初分为两支，长支定都巴拉沙衮，统治者被称为“阿尔斯兰汗”（意为“狮子汗”），幼支最初定都在怛罗斯，统治者被称为“卡迪尔汗”（意为“果敢之汗”）。之后，幼支因为被萨曼王朝击败，遂迁都喀什噶尔。
萨曼王朝与喀喇汗国的对峙形势（840—950年）
喀喇汗国的统治者最初信仰佛教，但摩尼教、景教、萨满教在其统治区内亦拥有众多信徒，然而这种多宗教共处的情况随着萨曼王朝一位叛逃的王子的到来而改变。当时，萨曼王朝发生内讧，国王伊斯迈尔的弟弟纳斯尔在政变失败后，逃往喀喇汗国避难。当时幼支的卡迪尔汗奥古尔恰克接受了其避难请求，并同意在阿图什建造一座清真寺，供其以及来自中亚布哈拉、撒马尔罕等地的商人做礼拜。却不料纳斯尔趁机传教，发展了许多信徒，其中最为重要的一位信徒就是奥古尔恰克的继子兼侄子——萨图克。在萨图克王子的支持下，汗国内大批民众皈依了伊斯兰教，他本人也在纳斯尔的诱导下，萌生了利用伊斯兰势力夺取汗位的野心。当奥古尔恰克回过神来时，伊斯兰势力已经坐大，难以铲除。双方兵戎相见，奥古尔恰克兵败被杀，萨图克则登上了大汗宝座，自称“博格拉汗”（意为“公驼汗”）。
萨图克登基后，宣布伊斯兰教为国教，并以喀什噶尔为中心开始向外扩张。他先是击败了萨曼王朝，夺回了故都怛罗斯，随后发动了对长支大汗的进攻。到其子木萨时代时，幼支最终消灭了长支，实现了喀喇汗国的统一。统一喀喇汗国后，木萨于962年发动了针对于阗国的圣战。
于阗国王供养像
不过，伊斯兰教东扩的脚步在于阗国一代雄主李圣天及其继承者的全力抵抗下，难以前进一步，于阗国甚至还一度在佛教徒的配合下，攻占了喀喇汗国的首都喀什噶尔。但是喀喇汗国有来自中亚、西亚各地圣战者源源不断的人力补充，于阗国的精兵却越打越少。1006年，于阗最终力屈战败，千年佛国就此灭亡，于阗城也被夷为平地。一部分不愿放弃信仰的佛教徒逃亡沙州，投奔归义军曹氏政权。当时，于阗国多次向宋王朝求救，但进出西域的道路已被党项人所隔绝，中原王朝鞭长莫及，只能坐视其灭亡。伴随着于阗国的毁灭，佛教寺庙被焚烧，僧侣被屠杀，香火断绝，钟鼓噤声，伊斯兰教在西域取得了统治地位。穆斯林这样宣扬道：
我们如潮水而至， 攻陷了大小城池。 佛堂庙宇全捣毁， 给菩萨拉屎撒尿。
1041年，喀喇汗国分裂为东西两国，国力日趋衰弱，沦为赛尔柱王朝的附庸。1132年，契丹贵族耶律大石在辽国被灭后率领部众一路西迁，开始其重建辽王朝的努力。高昌回鹘迫于耶律大石的兵锋，率先表示臣服，随后，东喀喇汗国也被其降为附庸。耶律大石在巴拉沙衮建立了虎思斡尔朵，以此为根据地向四方扩张。他先后征服葛逻禄、康里、乃蛮、吉利吉斯等部，并继续向西推进，进入费尔干纳谷地。西喀喇汗国向其宗主国赛尔柱王朝求救，于是赛尔柱苏丹桑贾尔以圣战的名义联合呼罗珊、哥疾宁、马赞德兰、西吉斯坦、古尔等地的穆斯林王公，发兵救援西喀喇汗国。1141年，双方决战于卡特万草原，穆斯林圣战者被契丹人打得大败，西喀喇汗国从此成为西辽的臣属。在占领河中地区后，西辽大军又马不停蹄地攻入了位于阿姆河下游的花剌子模，使其成为西辽属国。至此，西辽疆域东起可敦城，西达咸海，南至昆仑山，北至叶尼赛河上游，国势达到极盛。
西辽王朝统治时期，西域恢复了各种宗教并存的局面，佛教、摩尼教、祆教、景教等多种宗教均在境内自由传播，社会生产也得到了极大发展，各个绿洲呈现一片繁盛景象。1211年，西辽政权被乃蛮部太阳汗之子屈出律篡夺，屈出律篡位后不久即向伊斯兰教世界宣战。他下令封闭清真寺，禁止穆斯林进行礼拜和集会，并对居民们宣布：或改信佛教，或改穿契丹人服装，二者必择其一。这一政策遭到了治下穆斯林的极力反抗，因此当蒙古大军于1218年进入西域后，他们纷纷响应蒙古人。屈出律只得弃城逃走，最后在帕米尔群山间为当地猎户所擒，后被移送给蒙古人。
克孜尔的千佛洞遗址
1225年，成吉思汗分封诸子，原西辽统治的广阔地域为次子察合台所得，察合台汗国就此建立。14世纪中叶，汗国分裂为东察合台和西察合台两部，东察合台汗秃黑鲁·帖木儿是西域地区最先皈依伊斯兰教的蒙古可汗。他要求部下全部改宗伊斯兰教，拒绝改宗的则被当作异教徒或偶像崇拜者处死。1354年，有16万蒙古人集体转信伊斯兰教。在秃黑鲁·帖木儿的支持下，来自中亚的伊斯兰教士进入佛教重镇库车（即龟兹）传教，“逢人便强迫人颂清真言”，佛教寺庙亦被改建为清真寺。佛教徒们虽然奋起反抗，但被大汗的武力所碾压。暴动者或被杀害，或被驱逐，残存者则全部改奉伊斯兰教。至此，绵延千年的龟兹佛教文化就此灭绝。
明朝虽逐蒙古于漠北，但却未能恢复对西域的控制，更谈不上影响中亚腹地，甚至连忠于明王朝的哈密卫最后也被放弃了。14世纪末，东察合台汗黑的儿火者打着圣战的旗号攻占吐鲁番，该地居民被迫改宗伊斯兰教。16世纪初，东察合台王子赛依德在统治阿富汗地区的巴布尔的支持下，攻占喀什噶尔、叶尔羌、和田等地，建立了叶尔羌汗国。随后汗国向四方扩张，基本恢复了原察合台汗国的领地。信仰伊斯兰教的叶尔羌汗王再次发动圣战，西域最后的佛教据点也被连根拔起，曾经的佛国乐土只剩下残垣断壁供后人凭吊。
清朝立国初期，崛起的蒙古准噶尔部攻灭了叶尔羌汗国，建立准噶尔汗国。准噶尔大汗噶尔丹野心勃勃，企图重建游牧帝国。1687年，准噶尔大军向喀尔喀蒙古诸部发起进攻，掀开了准噶尔汗国与清王朝长达70多年的争霸战争的序幕。最终准噶尔人战败，部众或被屠杀，或被同化，最终消失在历史的长河中。准噶尔人的失败也是游牧民族的最后一曲挽歌。至此，游牧民族再也无法威胁中原地区。
清军收复西域后，原先被准噶尔人扣为人质的回部宗教首领大和卓波罗尼都和小和卓霍集占重获自由，并在清政府的支持下取得了在南疆的统治地位，但双方很快决裂。清王朝认为，自己作为中原正朔，对西域统治的合法性可追溯到汉唐，西域乃是帝国不可分割的一部分。顺治三年（1646年），吐鲁番苏丹阿济汗进贡朝贺时，顺治帝便敕谕道：“念尔吐鲁番，原系元朝成吉思汗次子察合台受封此地，故明立国，隔绝二百八十余载，今幸而复合，岂非天乎？”将其视为国之一隅。而以大小和卓为首的回部封建主则以麦加为精神家园，认为自己属于伊斯兰世界，因此视清王朝为异教国家，不愿受其统治，企图重建属于和卓家族的神权统治。
清乾隆二十二年（1757年），大小和卓趁天山北路因阿睦尔撒纳之乱再次烽烟四起之际，发动叛乱。次年二月，清政府先后以雅尔哈善、兆惠为将，率大军进入西域。清军初期虽受挫于“黑水之围”，但最后还是取得了平叛战争的胜利。1759年初，兵败后的大小和卓带着妻孥逃往巴达克山。清军在招降了游牧于帕米尔地区的布鲁特（清时对柯尔克孜族的称呼）部落后，以他们为向导一路穷追。一番追击之下，大小和卓二人仅以身免，逃到了巴达克山。不久后，巴达克山统治者素勒坦沙迫于清政府压力，执杀大小和卓，将其尸首送交清朝。
《平定伊犁受降图》
随着清军平定天山南北路，中原王朝在暌违近10个世纪后，再次重返帕米尔山下。广阔浩瀚的西域地区成了“新附旧疆”，简称“新疆”。乾隆帝夸耀道：“岂汉唐宋明诸代，疲中国之财力，而不能得地尺寸者可比！”
对于清王朝来说，新疆地区“东捍长城，北蔽蒙古，南连卫藏，西倚葱岭，居神州大陆之脊，势若高屋之建瓴”，地理位置十分重要。因此清廷最初的设想是：在新疆地区实行内地的郡县制，将该地区纳入甘肃行省管理，设立甘肃总督兼管巡抚事，以陕甘总督杨应琚为首任甘肃总督。1759年11月，杨应琚受命入新疆考察，筹备改行郡县事宜。
在其提交的郡县制草案中，军事方面，设乌鲁木齐提督，节制伊犁、阿克苏、叶尔羌三总兵，并在各城分设副将、都司、守备等职；行政上，则实行军政合一体制，设立阿克苏、叶尔羌、哈密三兵备道，除叶尔羌道下属的喀什噶尔一府外，其余地区均设厅管理，由通判、同知等官员处理事务。但该方案被乾隆皇帝否决，他认为“伊犁及回部，非巴里坤、哈密、内地可比，即须驻兵屯田，仍当以满洲将军大员驻守，非镇道绿营所能弹压”。
1762年，清政府决定设立伊犁将军，驻节惠远城，下设都统、参赞大臣、办事大臣、领队大臣等，分驻全疆各地，并派驻重兵以巩固边防，实行军政合一的管理机制。全疆被分为伊犁、乌鲁木齐、塔尔巴哈台、喀什噶尔四大政区。在行政上，新疆属于甘肃省，但实际上由伊犁将军统揽全局。
清政府根据各区域的实际情况区别对待，其中乌鲁木齐、昌吉等地实行郡县制；哈密、吐鲁番等最先归附清政府的地区，及游牧于新疆的厄鲁特、土尔扈特蒙古实行扎萨克制度（即盟旗制度）；而天山以南，包括伊犁在内的广大地区，则“因俗而制”，实行伯克制。清政府在各城镇设阿奇木伯克一员，下设伊沙噶伯克一员作为副手，并置伯克多名分掌钱粮、商贾、诉讼、水利等事项。伯克们分别拥有三品至七品不等的品级，并可以按照各自品级占有2—80户“燕齐”农奴及10—150巴特满的养廉田。不过，清政府废除了伯克的世袭制，而是改为流官，由清政府任免、升调，并规定不得在本籍任职，以避免形成地方势力。同时，为了加强对伯克的控制，清政府还规定五品以上的伯克要定期到中央朝觐。
对于当地维吾尔族信仰的伊斯兰教，清政府则有意识地削除其影响力，厉行政教分离原则。乾隆就此专门发布上谕：“阿浑（阿訇）乃回人内诵经识字者，与准噶尔喇嘛相似，从前厄鲁特等不知事体，听信喇嘛，致生变乱，岂可使回人仍因旧习？着传谕舒赫德等晓谕各城回人，嗣后诸事惟听阿奇木伯克等办理，阿浑不得干预。”
其后的历任清朝皇帝均严令禁止阿訇干预政事，明令不得在阿訇中挑选伯克。阿訇的子孙中也只允许一二人可以子承父业，其余需自谋生理。对新疆地区原先实行的伊斯兰教法，清政府则采取逐渐禁止的政策。同治元年（1862年）4月，清政府明令今后在新疆依照大清律判案，永远禁止“查经拟罪”。同时，清政府还废除了天课制度，将伊斯兰寺院土地上的“燕齐”农奴编入民籍，使之成为向清政府直接纳贡的臣民，大大削减了伊斯兰宗教的经济来源。
清高宗乾隆帝朝服像
由于准噶尔战争的影响，新疆北部地区人口锐减，出现了千里空虚的情况。为此，清政府在北疆组织了大规模的移民屯垦行动，除部分携眷前往的驻防绿营实行军屯外，政府还组织甘肃等地贫民移民实边。对于这些移民，政府不仅资助路费，提供饭费、车费、御寒衣物等，还派地方官员带队护送，沿途照料。到达新疆后，移民还可以分到住房及每户20亩的土地。受此优惠政策吸引，许多内地居民纷纷移民新疆，很快就形成了一个个聚居区。如乌鲁木齐到巴里坤一带，不久便有1万多户定居于此，加上驻防的八旗、绿营及其家属，各地前来做生意的商贩，该地逐渐成为边疆繁盛之地，出现了“兵戈销尽为农器，布谷催耕叫塞云”的景象。随着农业生产的恢复与发展，乾嘉时期，新疆每年产粮量接近200万石，粮价之低为全国少有，有“谁知十斛新收麦，才换青蚨两贯余”之说。由于连年丰收，新疆各地仓库均囤积了大量的粮食，有些仓库的粮食甚至存储了十余年之久。
当时有人写诗这样描写垦区景色：
五种大都宜二种，麦花开后稻花香。 更看荞麦花如雪，半似燕乡半越乡。
清政府在新疆采取“轻徭薄赋，与民休息”的政策，乾隆朝《户部则例》中规定：“各城回民自种地亩，视岁收数目交纳十分之一；各城回民承种官地，岁收粮石，平分入官。”大大减轻了群众负担。乾隆帝在《回疆三十七韵诗》中也曾说道：“灭准归王化，赋十存其四。”这种休养生息政策得到了新疆各族群众的支持，道光帝亦曾不无自得地说道：“我朝平定回疆以来，各部回众，咸隶版图，纳赋交粮……回子安居乐业者，垂六十余年。”
但另一方面，清政府又以防止滋生事端为由，实行民族隔绝政策，下令禁止官兵、汉人与维吾尔族人杂居一处。其中南疆严禁汉人移住，并在喀什噶尔、叶尔羌、和田、阿克苏、库车、乌鲁木齐和吐鲁番等地兴建“汉城”，供官兵与汉族民众居住。维吾尔族则居住在老城，即“回城”中。官兵和汉族百姓不许随意进入回城和回庄，维吾尔族妇女则禁止私入汉城。清政府还下令严禁当地驻军擅娶维吾尔族妇女，违者将被治罪。对于同样信仰伊斯兰教的回族和维吾尔族之间的交往，清政府严加限制，不仅严禁内地回族出关充当阿訇，私习经卷，还严禁回、维之间相互通婚。
此外，清政府还限制内地商人进入新疆，凡进入新疆的商人需领取印票。为控制人员进出，清政府在肃州、托克逊等地设立关卡检查。商人们即使领到印票进入新疆以后，也只能在汉城、回城交界处的“买卖街”才能进行交易。不过，即使有种种限制，各地商业贸易仍取得了极大发展。山、陕、江、浙等地的商人不辞险远前往新疆，到哈密地区进行贸易的民众“肩摩雨汗，货如云雾”，乌鲁木齐的各种商铺达到了500余家，而叶尔羌的商业街则长达10里。其贸易之繁荣，可见一斑。
浩罕与和卓
清政府借助灭亡准噶尔之余威，在中亚地区建立起了宗藩体系，浩罕、巴达克山、博罗尔等国先后遣使入朝称臣纳贡。在《大清会典》中，理藩院徕远清吏司条下，专门有外藩朝贡一项，其中这样记载道：“哈萨克左右部、布鲁特东西部、安集延、玛尔噶朗、霍罕、那木干、四城、塔什罕、拔达克山、博罗尔、爱乌罕、奇齐玉斯、乌尔根齐诸部落汗长，皆重泽来朝，遣使入贡，或三年，或间年，无常期，厥贡罽刀、马匹。”
此时的清王朝沉浸在天朝上国的迷梦中，未能预料到危机即将来临。在清军收复新疆的同时，原先河中地区的霸主布哈拉汗国正陷入长期战乱之中，各地封建主纷纷割据自立，其中最为强大的当属立国于费尔干纳谷地的浩罕汗国。在准噶尔部灭亡后，浩罕汗国趁机填补其留下的势力真空，日益强大，并在之后的一百多年间不断侵扰着清王朝的西北边疆。
费尔干纳谷地位于天山西部，锡尔河上游。其周围崇山峻岭，唯有西面有一缺口，是为“霍占特大门”，锡尔河从此地流出，进入草原。此地物产丰富，早在唐代，路过的玄奘法师便这样描写该地：“土地膏腴，稼穑滋盛。多花果，宜羊马。”同时，费尔干纳谷地位于游牧社会与农耕社会的十字路口，是交通要道，也是重要的商业枢纽。无数商人以此为转运基地，贩卖各种奇珍异宝及土特产品。因其地位重要，中亚地区先后崛起的各个王国，均将其作为必争之地。
《皇清职贡图》中的浩罕人
浩罕汗国是由乌兹别克人建立的。当年帖木儿帝国灭亡后，乌兹别克人在其废墟上建立了布哈拉汗国。17世纪末，布哈拉汗国解体，分裂为若干个小国。其中，乌兹别克人的一支——明格部在费尔干纳建立了自己的政权。由于其定都浩罕城，这一政权被称作“浩罕汗国”。明格部的历史可以追溯到蒙古西征时代。13世纪上半叶，他们曾随拔都汗远征，来到里海一带。16世纪后，他们开始迁入河中地区，并在此繁衍生息。直到18世纪初，明格部首领沙鲁赫才趁布哈拉汗国衰落之际自立为王，裂土称雄。
初期的浩罕算不上强大，其统治者仅拥有“伯克”的称号，不但依附于布哈拉汗国，还长期处于准噶尔汗国的威胁之下。1740年，布哈拉汗国第二王朝被波斯人所灭，之后建立的第三王朝实力弱小，统治者甚至自降身份为埃米尔。浩罕统治者额尔德尼趁机摆脱了依附者的身份，实现了完全独立。在随后的清军平定大小和卓之役中，浩罕与清政府取得了联系。当时，清政府担心大小和卓投奔一向与其交好的额尔德尼，便派遣使者来到浩罕，警告其不得接纳大小和卓。使团一行来到浩罕后，额尔德尼慑于清军兵威，奉表请求内附，并于1759年底派出了第一支使团来到北京朝觐，受到了乾隆帝的隆重招待。随后，乾隆帝又派遣人马护送浩罕使团回国，正式确立了双方之间的宗藩关系。在随后的半个世纪里，浩罕使者先后9次进京朝觐。浩罕的及时称藩好处多多，不但得到了清政府的关税优惠，其商人及商栈也遍布新疆各地，获取了大量的利益。清政府则满足于浩罕的“恭顺”，乾隆帝有一次看到浩罕国进贡的白色海东青后，还兴致勃勃地题诗一首：
霍罕部在天山右，其汗名额尔德尼。 摅诚通贡致方物，鞲来鸷鸟随译鞮。
《皇清职贡图》中的哈萨克人
额尔德尼表面恭顺，实则野心勃勃。他企图以称藩为代价，换取清政府的支持，进而统治布鲁特诸部。布鲁特诸部对清政府来说，乃是西域的重要屏藩，其首领都接受了清政府的顶戴。因此，乾隆帝一口回绝了额尔德尼的要求。但额尔德尼还是难以遏制扩张野心，他于乾隆二十七年（1762年）发兵侵占了布鲁特部控制的鄂什地区。清政府敕谕其归还该地，否则将发兵问罪，但事实上，清政府的重心仍在于维持新疆地区的稳定，并无大动干戈发兵迫使额尔德尼就范的想法。额尔德尼一度因清王朝可能的征伐而惴惴不安，但最后还是窥破了清政府的底线。他在表现出恭敬服软的同时，却将迎送清政府使节的地点改在了鄂什。清政府并未提出异议，等于默认了这一既成事实。
随后，浩罕不断向东扩展，一方面逼迫不服从它的布鲁特部落向清王朝统治区域迁徙，另一方面则不断招徕原清政府管辖的布鲁特部落前往费尔干纳。清政府虽然清楚情况，但除了虚声恫吓外，别无其他反制措施。乾隆三十二年（1767年），浩罕进攻同样是清政府藩属的哈萨克中玉兹，掠去哈萨克中玉兹汗阿布赉之妻，杀阿布赉之弟及其四子。阿布赉哀求清政府派遣大军及大炮前来支援，但乾隆帝不愿卷入中亚冲突，只是下谕命双方和好。在清政府的不干涉政策下，浩罕汗国不断扩张，嘉庆年间又攻占了霍占特、塔什干等地。于是，其疆土与伊犁、喀什噶尔地区接壤，新疆形势也随之趋于紧张。
在之后的一个世纪里，大小和卓的后裔成了浩罕干涉新疆事务的重要砝码。在当时，和卓是中亚伊斯兰社会的精神支柱，各地传承着许多和卓家族的血脉。比如在布哈拉和塔什干，便各自有四个分立的和卓家族，波罗尼都和霍集占便出自其中的一支——阿扎姆家族。伴随着苏菲主义在中亚的传播，和卓因其血统和道统得到了广泛的信仰。在传说中，和卓作为现世存在的“神”，能够创造各种奇迹，甚至能使死人复活。除了平民的狂热崇拜外，当时的统治者也纷纷以其为精神导师。一位和卓曾这样说道：
没有宇宙就有我！ 没有人类就有我！ 先辈之先辈就是我！ 哪里有真理之光，哪里就有我！
大约在16世纪中叶，和卓势力就已经开始渗入新疆地区，当时的伊斯兰苏菲派宗教领袖穆罕杜姆·阿扎姆从布哈拉来到喀什噶尔，在传教之余娶了当地女子为第三房妻子，生下一子，名为伊斯哈克·瓦里。
穆罕杜姆·阿扎姆此人代表了中亚和卓政治的顶峰，有“神学源泉”“真理的卫护者”等称号，具有崇高的威望。因此在传教过程中，他很快获得了大量当地居民的虔诚信仰。在他死后，庶出的伊斯哈克·瓦里与长兄穆罕默德·伊敏争夺教主之位失败，遂辗转来到母亲的故乡喀什噶尔。他在叶尔羌汗国统治者的支持下，在当地取得了巨大成功，其信徒被称作“黑山派”（教徒礼拜时戴黑帽）。其长兄之子穆罕默德·玉素布和卓一派势力随后也进入新疆，其信徒被称作“白山派”（教徒礼拜时戴白帽）。白山派最初在哈密一带发展势力，其后又发展至喀什噶尔。于是两派因争夺信徒爆发了激烈的冲突。黑山派因为得到了汗国统治者的支持，最初处于优势地位，而白山派直到穆罕默德·伊敏的孙子阿帕克和卓时才成功翻身。1667年，阿帕克和卓支持的尤勒巴尔斯夺取了叶尔羌汗位。在新大汗的支持下，白山派对黑山派进行了残酷镇压。黑山派自然不愿引颈就戮，也发动信徒进行反击，由此爆发了一系列的宗教战争。1670年，黑山派的支持者伊斯玛业勒取得内战胜利，夺回大汗宝座，这次轮到白山派被大肆屠杀了，阿帕克和卓也被驱逐出境。
阿帕克和卓被驱逐后，他为了寻求支持者，四处漂泊流浪，曾东游至甘肃、青海一带，在当地的门宦中留下了许多传说。最后他来到了西藏拉萨，拜倒在五世达赖阿旺罗桑嘉措座下。他哀求达赖喇嘛帮助他夺回喀什噶尔的统治权。五世达赖答应了其请求，给他的弟子准噶尔大汗噶尔丹写了一封信。带着这封信，阿帕克和卓来到伊犁准噶尔的汗廷，请求准噶尔出兵相助。噶尔丹此时已夺取了哈密、吐鲁番等地，早就对南疆地区虎视眈眈，达赖的来信正中下怀。1678年，噶尔丹率兵1.2万，以阿帕克和卓为向导，向喀什噶尔进军。蒙古人一路高歌猛进，很快便灭亡了叶尔羌汗国。阿帕克和卓也在蒙古人的支持下，成为喀什噶尔、叶尔羌等地的统治者，并自称“宇宙之主”。为了讨好准噶尔人，这位“宇宙之主”残酷剥削庶民，每年都要向准噶尔汗国进贡10万腾格的白银，同时每月另外进贡4000腾格白银以供噶尔丹使用。阿帕克和卓废除了原先叶尔羌汗国的一系列制度，转而在各地以“沙里亚法”施政，以各种宗教法官、审判官作为地方行政长官。在其宗教禁锢政策下，当地文化遭到了极大摧残，著名的喀什噶尔天文台被拆毁，学校成为念经场所，图书馆中数以万计不符合苏菲派教义的图书均被付之一炬。
为了缴纳上缴给准噶尔汗国的贡赋，同时也为了满足他本人及其家族穷奢极欲的享受，阿帕克和卓实行竭泽而渔的经济剥削政策，使人民“如居水火”，凡是异己分子，都被无情杀戮。其统治很快便遭到了辖内人民的反抗，各地纷纷爆发起义，连白山派的老巢喀什噶尔都被暴动群众所占领。叶尔羌汗国的残余势力也趁机起事，阿帕克和卓不得不狼狈逃往准噶尔人的控制区域。不过，在准噶尔大军的支持下，各路反抗者都被镇压下去，阿帕克和卓再次登上汗位。他大肆反攻倒算，四处捕杀黑山派信徒，黑山派的舒艾布和卓等首领纷纷被杀，只留下逃亡到撒马尔罕地区的达涅尔和卓一支。
1694年，阿帕克和卓为修建其陵墓大兴土木，横征暴敛，叶尔羌的黑山派再次暴动，冲进王宫将其处死。阿帕克和卓死后，其长子叶海亚与他的继母哈纳姆帕德莎为争夺统治权爆发了激烈冲突，叶海亚及其追随者失败被杀，白山派元气大伤。1696年，白山派和卓的后台噶尔丹也因为昭莫多之战战败，势力一蹶不振。叶尔羌汗室后裔阿克巴什趁机再次发起暴动，哈纳姆帕德莎在出逃途中被杀。
阿克巴什夺取叶尔羌地区的统治权后，从撒马尔罕请回了黑山派的达涅尔和卓，白山派则在喀什噶尔拥立阿哈玛特和卓为汗。此时，噶尔丹已自杀身亡，黑山、白山两派均想借此机会摆脱准噶尔汗国的控制。新任准噶尔汗策妄阿拉布坦自然不愿看到这样的局面出现，他先后发动两次远征，碾碎了和卓们的反抗。不过，准噶尔人还是继续保留了和卓傀儡政权，他们任命达涅尔和卓为天山南路叶尔羌、喀什噶尔、和田、阿克苏四城的代理人，条件是达涅尔和卓必须如往常那样支付巨额贡金，阿哈玛特和卓则被羁押于伊犁。1730年，达涅尔和卓病死，此时的策妄阿拉布坦之子准噶尔汗噶尔丹策零下令将天山南路叶尔羌、喀什噶尔、阿克苏、和田四城分别授予达涅尔和卓的四个儿子。
1745年，噶尔丹策零去世，准噶尔汗国由此陷入内乱，7年间换了4位大汗。清军也于1755年再次发起了对准噶尔的远征。黑山派和卓们见良机已至，便发动信徒将准噶尔派驻天山南路各地的官吏、驻军、商人全部驱逐。此时，准噶尔达瓦齐汗的政权正在清军的打击下分崩离析，根本无暇顾及黑山派的叛变。在黑山派和卓额手相庆之际，清军大营迎来了两位表示归顺的客人。他们是白山派阿哈玛特和卓被羁押在伊犁期间所生的两个儿子：长子波罗尼都，称“大和卓”；次子霍集占，称“小和卓”。清政府得到两人效忠后，认为“奇货可居”，决定派波罗尼都返回南疆，授予其招抚管理回部的权力。这一消息对黑山派和卓来说无疑是晴天霹雳，他们集结起军队企图反抗，但在得到清军支持的白山派军队面前很快失败。黑山派和卓家族除阿布杜拉和卓外，全部被杀。至此，黑山派势力一蹶不振。
其后，大小和卓如前所说，因其迅速取得的胜利滋生出巨大的野心，但这一野心却在清军的铁腕打击下灰飞烟灭。不过，虽然大小和卓已然授首，但其后裔却始终难以割弃对新疆的野望，觊觎着这片广袤的土地。他们以圣裔自居，不甘失败，掀起了一次又一次叛乱。当时，霍集占没有子嗣，波罗尼都则有四个儿子。在战争中，波罗尼都年长的三个儿子均被清军俘获，唯有幼子萨木萨克被其乳母带往安集延。在那里，萨木萨克和他的后裔得到了浩罕统治者的庇护。
阿帕克和卓的陵墓
浩罕统治者虽然在境内严厉限制、打击和卓势力，将世俗权力置于宗教权力之上，不但放逐了阿扎姆家族的和卓，还处死了许多装神弄鬼的伊斯兰教士。但萨木萨克及其后裔在浩罕统治者眼里，却是可以利用的重要工具。清政府无疑也意识到了萨木萨克可能造成的隐患，多次派人前去交涉，要求浩罕逮捕并交出萨木萨克，但都被浩罕当局搪塞过去。
乾嘉以后，清政府国势进入衰退期，对边疆的统治也日渐腐败，这给了野心家可乘之机。嘉庆二十五年（1820年）以来，萨木萨克之子张格尔多次在浩罕的支持下，纠集人马越过边境侵入新疆，但前两次均被清军击退。清政府要求浩罕交出张格尔，但仍被浩罕拒绝。浩罕的爱玛尔汗（他是浩罕首个称汗的统治者）甚至还向伊斯兰教名义上的共主土耳其苏丹报告，宣称他为了解救中国异教徒统治下的诸城，已经取得了一系列战事胜利。清政府最初并未认识到边境形势的恶化，认为张格尔只是肘腋之患，浩罕方面则借机要求再次减免关税，但被清政府拒绝。浩罕因未能满足要求，遂以圣战为名，支持张格尔发动大规模入侵。
道光六年（1826年）7月18日，张格尔纠集500余人再次窜入新疆发动叛乱。此次他吸取了前两次失败的教训，在入侵前便派遣奸细潜入新疆，四处联络，并大造舆论，蛊惑了不少民众。他这样宣传道：
但见其一面，即两世受福。 但饮其杯茗，即百虑皆忘。
喀什噶尔参赞大臣庆祥派兵围剿，结果反被围困。清政府在收到边关急报后，于8月命伊犁将军长龄为扬威将军，调集各路援军3.6万余人会师阿克苏。此时，张格尔仍顿兵于喀什噶尔城下，他虽裹挟了大批民众，但却缺乏攻城能力，只得向浩罕求援，称愿将喀什噶尔割让给浩罕。在浩罕大军的支援下，张格尔终于在9月26日攻陷了喀什噶尔汉城，庆祥兵败自杀。张格尔又分兵先后攻陷英吉沙尔、叶尔羌、和田等地，建立了听命于浩罕的伪政权，并自封苏丹。但此时，各路清军已集合完毕，浩罕方面的援军则因为分赃不均已经离去。次年3月，清军发起反击，先后在洋阿尔巴特庄、沙布都尔庄、阿瓦巴特庄等地中歼灭叛军主力，于月底进抵喀什噶尔城下，粉碎了叛军的顽抗，张格尔不得不落荒而逃。至4月底，英吉沙尔、叶尔羌、和田等地已全部被清军收复。但张格尔并不死心，于道光八年（1828年）春节再次窜入新疆，但由于其入侵期间的暴虐行为，南疆群众对他深恶痛绝。他无法立足，很快便在喀尔铁盖山被清军擒获，并于当年6月被解往北京，枭首示众。为此，清政府驱逐了浩罕商人，并中断了两国之间的贸易。
张格尔虽死，但浩罕并未放弃利用白山派和卓入侵新疆的野心。很快浩罕当局便找到了替代者，他便是张格尔之兄玉素甫。道光十年（1830年）7月，浩罕大军4万余人护送着玉素甫侵入边境，沿路烧杀抢掠，再次兵围喀什噶尔，并进犯叶尔羌、英吉沙尔等地，但被清军分别击退。浩罕见无法取胜，本土又受到布哈拉汗国进攻，只得退兵。同时，清政府方面因为财政负担严重，也不得不与浩罕媾和，不但发还了抄没的浩罕商人财产，还允许浩罕政府派遣官员呼岱达进入新疆境内，管理浩罕商人并征税。大量浩罕商人进入喀什噶尔等地定居，生儿育女，并享受不被清政府管理的特权。这批特权阶层在喀什噶尔至少有6000人，成为一大隐患。
浩罕因此日益骄横，不断派兵侵扰边境，还在喀什噶尔自行对不属于其管辖的克什米尔、巴达克山商人擅自征税，甚至到各村镇委派官吏。道光二十七年（1847年）7月，卡塔条勒（玉素甫之子）、倭里罕等和卓后裔纠集起人马再次掀起叛乱，这次叛乱史称“七和卓之乱”。他们在喀什噶尔城内浩罕商人的内应下攻陷了回城，并再次进犯叶尔羌等地，一路上烧杀抢掠，犯下了许多可耻的罪行。清政府急调各路清军围剿，当年11月，清军在战场上大败叛军，和卓及其幸存的走狗全部被驱逐出境。在逃亡途中，他们煽动、裹挟了1万多名维吾尔族群众随其一起出逃，结果这些群众衣食无着，又遇到大雪，许多人冻饿而死。卡塔条勒因此次失败被当作了弃子，其掠夺来的大量财物均被浩罕当局没收，本人也成为囚犯，失去了自由。
《平定回疆得胜图》之收复喀什噶尔之战
之后的10年间，又多次发生了和卓后裔窜入境内，企图掀起叛乱的事件，但均是小股流寇入侵。直到咸丰七年（1857年）6月，倭里罕再次掀起了大规模的叛乱。倭里罕是张格尔弟弟巴布顶之子，自幼野心勃勃，曾屡次策动叛乱，得到了浩罕当局的青睐。他在白山派大阿訇密尔爱玛提和南疆浩罕商人的内应下，打着圣战的旗帜侵入南疆，很快便控制了喀什噶尔、英吉沙尔、巴楚、叶尔羌等地区的大片土地，清军只得据守城堡以待援军。倭里罕在其控制区域实行极其黑暗残酷的伊斯兰教法统治，每天都有几十人因违反其禁令被杀。他用砍下的头颅堆成了4座10层高的人头塔。直到9月，伊犁等地清军援兵陆续来援，解了各地之围，最终将其赶出了南疆大地。
虽然清政府平定了浩罕当局所支持的历次和卓叛乱，但这同时也暴露出了清政府在新疆统治的种种弊端。其民族隔离政策人为地阻隔了新疆各族民众与内地在政治、经济和文化方面的交流，中原汉文化难以浸润新疆地区，使它仍停留在伊斯兰文化圈，很难形成中华意识。不少有识之士纷纷上书朝廷要求改变原有政策，解除限制进入南疆的律令，允许内地商民携眷垦种，通过移民实边加强对新疆的控制，以杜绝外部势力的窥伺。
道光十一年（1831年），清政府终于颁布上谕，解除了不许汉族群众定居南疆的禁令，决定将西四城（喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔、和田）可种之闲地，招民开垦。内地民众可以携带眷属前去定居，同时也可以耕种当地维吾尔族的土地。随着禁令的解除，各地都出现了“眷户日增，人烟日众”“出口谋生者纷至沓来”的良好局面，南疆的社会生产也有了极大发展。
不过，新疆地区吏治的日益腐败严重破坏了原本和谐的民族关系，当地官吏“文荒武嬉，复犬羊其民而虐用之”。咸丰年间出任甘肃布政使的张集馨对新疆官吏做出过这样的评价：“各城办事大臣，半系不学无术，而东三省人尤为贪悍。或奸淫回妇，竟不放归；或遇事科求，肆行洒派。”各级伯克作为土皇帝也是作威作福，他们以官府为后盾，鱼肉乡里，残酷剥削百姓，“伯克土霸，日增其富。小户回子，少有积蓄，辄为所咀嚼”。据统计，南疆257个伯克及其家族占据了当地40％的土地，库车地区的一名阿奇木伯克霸占的官田和民田竟多达42800余亩，并常年役使198户农奴为其无偿服役。除此之外，伯克们还肆行摊派：“回性贪黩，将亏取赢，是以大臣要米一石，伯克则科派数百石；要物一件，伯克则科派数百件。各庄小回，积怨入骨。”
林则徐在谪戍新疆时，在南疆地区看到的便是这样一幅景象：一路上不见炊烟，若是瓜果成熟季节还好，可以摘来充饥，除此之外，一天只有几个冷冰冰的馕饼充饥。大部分人都衣衫褴褛，不管寒冬酷暑，都是赤脚走路，连双鞋子都没有，生计十分艰难。
在这种情况下，新疆很快爆发了大规模的民众暴动。随后民众的反抗行动又被伊斯兰教上层教士攫取了领导权，导致清政府在新疆的统治秩序解体，最终为早已觊觎新疆的外国侵略者的入侵提供了可乘之机，并引发了为祸10余年的“阿古柏之乱”。
烽火连城（上）
阿古柏的兴起与帝国主义在中亚的扩张有着莫大的关系。19世纪工业革命后，西方列强瓜分殖民地的运动步入高潮。在这股殖民浪潮中，亚洲内陆，尤其是英属印度与俄国之间的地区，逐渐成为英俄在亚洲瓜分的主要目标之一，并以此为舞台展开了一场大角逐。
沙俄一向觊觎中国西北边疆。早在17世纪初，沙俄便开始侵入额尔齐斯河中游的草原地带，企图将厄鲁特蒙古变为俄国的臣民，将厄鲁特蒙古的土地变为俄国的领土，但是遭到了厄鲁特蒙古王公的一致抵制。17世纪30年代，准噶尔部崛起，沙皇政府又笼络准噶尔部封建领主，不断派出使节，赠送礼物，煽动他们投向俄国怀抱，以实现其吞并中国西北边疆领土的野心，但先后两任准噶尔首领巴图尔与僧格均严词拒绝。直到噶尔丹夺取准噶尔汗位后，他为实现其吞并天山以南地区、青海及喀尔喀蒙古，建立准噶尔帝国的野心，开始与沙俄相互勾结，大肆出卖领土、权益。至18世纪初，沙俄已占据额尔齐斯河流域大部及叶尼塞河上游，侵略矛头直指唐努乌梁海地区。1715年10月，受沙皇彼得一世的命令，布霍列茨中校率领全副武装的侵略军2900余人乘船来到亚梅什湖，企图入侵并夺取传说中的叶尔羌金矿。当时的准噶尔首领策妄阿拉布坦断然拒绝了俄国人的劝诱，他率军万人直逼俄军据点，将其团团围住，迫使俄军毁坏城堡后逃离。
《乾隆阅兵图》
贼心不死的俄国人于1720年再次武装入侵。他们沿着额尔齐斯河一连航行了12天，深入准噶尔腹地，后被噶尔丹策零击败。但俄军还是沿额尔齐斯河修筑了一系列城堡，即西伯利亚堡垒线。在清军平定准噶尔的战争中，沙皇俄国又对准噶尔上层贵族进行了一系列挑唆和收买活动，并不顾清政府的强烈抗议，庇护了阿睦尔撒纳等人。1760年起，俄国人又以考察的名义深入额尔齐斯河等地，设立标记，建立据点。1764年，他们还来到中国内湖斋桑淖尔进行测绘。为此，清政府加强了边界巡视，并修建了一系列城堡，从而挫败了沙俄的入侵野心。
但是在哈萨克草原方向，俄国人取得了巨大的成功。沙皇彼得一世曾这样表现出他难以抑制的野心：“吉尔吉斯部（即哈萨克）……是通向亚洲各国、各地区的锁钥和门径，因此，该部需置于俄国的保护之下。”1716年和1718年，沙俄强行建造了鄂木斯克堡和塞米巴拉金斯克堡，取得了从东北方进攻哈萨克草原的前哨阵地。在沙俄的逼迫下，哈萨克中、小玉兹的一些部落被迫向其表示臣服。随后，俄军修建了奥伦堡、特洛伊茨克堡等据点，形成了一条从里海北岸沿乌拉尔河和乌依河直到鄂木斯克附近的弧形堡垒线，并与西伯利亚堡垒线相连接。1822年，沙俄政府颁布《西伯利亚吉尔吉斯人条例》，取消了中玉兹汗的权力，并开始向哈萨克中部和东部进军，逼近巴尔喀什湖地区。
18世纪中期，英国将法国势力逐出印度后，逐步完成了对印度次大陆的征服，并开始在南亚和欧亚大陆的地理分界线上同中国发生接触。19世纪初，英国又将位于喜马拉雅地区的廓尔喀（尼泊尔）、哲孟雄（锡金）、布鲁克巴（不丹）诸小国纳入势力范围。此时的沙皇俄国采取修筑堡垒线的方法，沿着里海到阿尔泰山一线开始全面向南推进。至19世纪30年代，俄国先后进行了14次远征，夺取了包括哈萨克草原在内的大量土地。俄国的上述行动引起了英国的高度警觉，后者随即提出了“精明无为”政策。具体而言，该政策的主要宗旨是：军事上压服与印度接壤的小国，外交上频繁向中亚派遣外交官、考察团、传教士收集情报，理顺英俄在中亚的关系，避免摩擦，消除隔阂，避免两国发生大规模冲突，争取在帕米尔、兴都库什山、喷赤河上游地区建立隔离带，防止俄国势力染指印度。
克里米亚战争失败后，在近东地区扩张受阻的俄国再次将侵略矛头指向中亚。一旦俄国完全控制了中亚，那么俄军既可从西北方向经伊朗、赫拉特直抵印度，亦能翻越帕米尔高原从阿富汗北面直抵印度。为遏制俄国势力南下，危及其在印度的统治，英国开始寻找代理人，并将侵略的触角伸向了处于变乱中的新疆地区。
摘自《回疆志》的新疆全舆图
进入19世纪60年代以来，清政府的统治陷入危机之中：在内部，太平天国运动和捻军起义虽然依次平息，但在西北陕甘诸省，又爆发了规模惊人的回民起义；在外部，英法联军发动了第二次鸦片战争，先后攻陷广州、天津、北京等地，将富丽壮观的圆明园付之一炬，并逼迫清政府签订了一系列不平等条约，出让大量主权。俄国也趁火打劫，先后逼迫清政府签订《中俄北京条约》《勘分西北界约记》，在东北夺取了乌苏里江以东包括库页岛在内约40万平方公里的土地，在西北则割占巴尔喀什湖以东、以南44万平方公里的土地。其势力大举进入新疆地区，逼迫清政府增开喀什噶尔为商埠，同意其在喀什噶尔设立领事馆。
在内外交困的局面下，清政府在新疆的统治摇摇欲坠。当时新疆一年的军政开支就需要白银200万两，全靠内地各省协济，这笔支出约占当时清政府年财政收入的5％。由于内地军务未竣，度支告匮，所有新疆各城经费及军饷几乎无从筹拨，到1862年时，内地协饷全部断绝。由于得不到军饷，新疆各地爆发了军队“纠众乞饷”“胁官索饷”的事件。为筹措军饷，阿克苏办事大臣绵性在阿克苏增设盐税，规定平民每人每月交纳普尔钱两文。这种赋税称为“筷头税”，致使“庶民倾家荡产，可是催税的鞭子却仍然在他们的头上挥舞”。官府大开捐纳之门的同时，吏治也更加败坏，“他们想都没有想到怜悯百姓，忠心报国。只有钱，那些为买官而花掉的钱才是他们最关心的东西……他们像挖树根一样暗暗毁坏着伟大可汗的天下”。在当局竭泽而渔的压榨措施下，新疆各地经济凋敝，民众抗粮、抗徭的斗争也日益频繁。
当时，新疆各地还居住在大量被称作“东干人”的回民，他们的祖籍也多来自陕甘等地。在陕甘回民起事后，就有人潜赴新疆“暗相煽惑”，其中“有教首阿訇妥明者……以星禄卜筮游金积、河湟间，与各回目相识。乘乱由西宁潜出关”。虽然清政府一向严禁内地伊斯兰教士进入新疆布道，但此时其统治力衰微，已经难以控制。
同治三年（1864年），库车首先发生了民众暴动。在渭干河近旁，一批无力交纳粮赋而被迫服劳役的农民在开渠垦荒期间，有许多人因冻饿而死。不堪忍受的饥民们最终发起暴动，一个夜晚就杀死了2名官吏和15名伯克，随后又向库车城进发。6月4日，在来自陕西玉门的回民杨春的联络下，库车城外的回民在马隆等人的带领下趁机起事。“突然间，犹如祸从天降，一些东干人，一夜之间变乱谋反，放火焚烧了外厢巴扎尔（集市），杀死了异教徒的头面人物。这时英吉沙尔城阿奇木伯克的儿子阿拉雅尔伯克也率领一些含冤的穆斯林协助了他们。大家同心同德，放火烧毁了官府的衙门。”
6月6日，暴动群众攻入城中，库车办事大臣萨灵阿等官吏及8名伯克被杀。他们一开始准备拥戴库车郡王爱玛特为首领，但爱玛特忠于清政府，不愿参与其中。他这样说道：“你们是少数人，和台（泛指汉族）的百姓很多。你们无法和他们对抗。我们家族好几辈人为大汗效劳，得到了官位、财富、水、土地，我自己也曾好几次晋见过大汗。我们祖辈吃的都是大汗的盐，享受大汗给予的荣华富贵。现在，无论如何，我们也不能对给过我们盐吃的大汗翻脸。虽然大汗是一位异教徒，我也要信守诺言，尊重我所吃过的盐。我不做你们的首领。你们情愿让谁做你们的首领都可以。我已经七十多岁了，再也没有奢望和追求了。”见爱玛特不愿就范，暴动的群众便将他处死了。
最后，库车人拥立了一位当地的伊玛目热西丁和卓为首领，将他扶上了白色的毛毡。热西丁登上汗位后，被称作“汗和卓”，又被尊称为“圣人穆罕默德最伟大的后裔，宇宙力量的主宰者”。热西丁将人间的一切不幸都归罪于所谓异教徒的统治，号召民众进行圣战。他这样煽动道：
几个世纪过去了，穆斯林被没有信仰的异教徒和残暴的压榨者踩在脚下侮辱和轻视，现在安拉给了穆斯林以许可和支持，给了我们力量，让我们毫不迟疑地向异教徒挥去伊斯兰的宝剑。现在最重要的工作是，只要我与你们的生命还存在，就要把它投入战争。进行圣战能为全体人民带来利益，这是安拉仆人的职守和本业，甚至可以看作是最重要的功课。
至此，这一反抗清政府的运动沦为消灭异己的工具，汉人要么被迫改宗伊斯兰教，要么被杀。随后，热西丁下令穆斯林在礼拜日做呼图白时呼喊自己的名字，为其祝福，并下令铸造刻有自己名字的普尔钱。热西丁派兵东征西讨，先后攻占了阿克苏、库尔勒、喀喇沙尔（今焉耆）等地。他的胜利极大地鼓舞了其他地区的穆斯林，天山南北各地很快形成一片烽火连城的景象。
库车王府
在成功策动库车暴动后，杨春又来到乌鲁木齐，在那里他联络了当地驻军绿营参将索焕章起事。索焕章出身甘肃回民望族，其父索文曾任甘肃提督一职，在军中颇有地位。同样来自甘肃的阿訇妥明在潜入新疆后，便居住于索家，索焕章“素蓄异志”，两人一拍即合。当时乌鲁木齐都统平瑞为筹措军饷，只得加派钱粮，州役马全、驮户马八都是回民无赖，借机大肆敲剥，汉民则结团自保。双方发生械斗，马全等人兵败逃出城去。城内回民遂在南关礼拜寺集合商讨起事，“明炬议事，戈矛森然”，这一情况被遣勇朱小贵告发，但朱小贵反被索焕章以妄报军情所杀。7月15日，索焕章在当地门宦的支持下，推妥明为主帅，组织回民起事，并于7月29日攻占了乌鲁木齐汉城。提督业布冲额逃至索家，才发现索焕章是幕后主使，绝望之下仰药自杀。全城满、汉官兵及百姓1.3万余人被害。乌鲁木齐满城则在被围困80多天后，被回民武装掘开城墙后失陷，都统平瑞兵败自杀。其后妥明自称清真王，改年号为清真2893年，并排挤了索焕章，独自攫取了大权。索焕章最后郁愤而死，杨春则在围城之时因内讧被一名撒拉族阿訇所杀。
7月26日，叶尔羌城也发生了暴动，汉民7000余人被杀，残存清军只得退守汉城。7月至10月间，绥来、奇台、阜康、呼图壁等地纷纷失陷，汉族群众多遭屠戮，其中阜康地区死难群众多达4—5万人。
10年之后，帮办新疆军务金顺的幕僚周先檀经过奇台县，看到的仍是这样一幅景象：
空城黯黯悄无人，一片荒墟劫后因。 巢燕凄凉难觅主，野花缭乱不成春。
我们再看清政府方面的对策。清政府当时有驻军约1.5万人，主要分为三部分，即八旗、绿营及“伊犁四营”。其中八旗为主力，约7000人；绿营多为回族士兵，约2000人；“伊犁四营”则分别为从东北、蒙古等处调来戍边的锡伯营、索伦营、察哈尔营和东归的土尔扈特部蒙古组成的厄鲁特营，约6000人。这支驻军除守备新疆的主要城市外，还要负责驻守漫长边境线上的各个“卡伦”（满语，“哨所”之意），兵力分散之下，根本难以应付四处燃起的烽火。伊犁将军常清对此一筹莫展，只能连忙上奏，请求催调各路官兵援助新疆，以扑灭各地燃起的烽火。清政府接到急报后，迅速做出反应，免去了因贪赃枉法而声名狼藉的伊犁将军常清的职务，令伊犁参赞大臣明绪接替常清为伊犁将军，又指示新任陕甘总督杨岳斌率领所部精锐立刻赴任，接手新疆军务。清廷同时从各地调兵遣将，分别命乌里雅苏台将军麟兴、荆州将军穆图善等人分别率兵赶赴陕甘，并命令奉旨简放的各城领队、办事大臣迅速抵任治所，剿灭各地叛军。
叶尔羌城
然而，新疆的局势还是急转直下。9月，布鲁特族首领思的克与回族首领金相印在喀什噶尔起兵。10月，妥明攻占乌鲁木齐满城，都统平瑞自焚，兵备道伊昌阿及部下2万余人被害。不久后，伊犁宁远城失陷，伊犁将军驻地惠远城、满营驻地惠宁城也被围攻。新任伊犁将军明绪急调锡伯营、索伦营马队800人回守惠远城，又招募汉民、哈萨克壮士3000人共同守城，才确保惠远城暂时不失。妥明军见惠远城城池高大、防守严密，遂转攻古城。入援的2万喀尔喀蒙古兵奉命解古城之围，结果一触即溃，败退的残军一路狂奔逃到科布多城。见蒙古兵战斗力低下，清政府不得不下令将其撤散。陕甘总督杨岳斌虽是湘军宿将，在与太平军的交战中屡立战功，受一等轻车都尉世职，但此时手下却无多少兵马，需回湖南募集，一时难以成军。荆州将军穆图善所部则远在湖北，即使星夜兼程，赶到新疆也需一定时日。为解新疆危局，清政府又急令湘军名将鲍超率所部霆字营出关，但鲍超的部属不愿远征，竟以欠饷为由哗变于湖北金口，朝廷竟也无可奈何。
1865年3月，在坚守了近3个月后，古城失陷，领队大臣惠庆及以下官兵连同妇女7000余人被杀。伊犁将军明绪作为新疆最高军政长官，却陷入无兵无饷的境地，各地索兵请饷，纷纷告急，“而所望者关内劲旅，奈相隔万里，缓不济急”。明绪甚至萌生了借师助剿，希望借助俄军来平定叛乱的念头。清政府最初也对俄国出兵抱有期望，但在与俄国交涉过程中，认识到俄国狼子野心，为害更大，最终放弃了这一想法。
此时，在新疆各地，除了库车的热西丁“汗和卓”政权和乌鲁木齐的妥明“清真王”政权外，伊犁地区的迈孜木杂特、肖开特、艾拉汗等人亦先后自称“苏丹”，割据伊犁河谷地一带，和田地区则由自称“帕夏”的哈比布拉所占据。他们一面过着骄奢淫逸的生活，“每天享用着丰美而种类繁多的各类饮食，吃着北京风味的饭菜，还有许多美丽的女人轻歌曼舞，犹如天堂的仙女降临，时刻相伴”；一面又打着圣战的旗帜，蛊惑群众，制造民族仇杀，煽动民族分裂，将新疆淹没在血泊中。为了生存，各地汉族群众纷纷结寨自保，形成一系列民团组织。这些民团“结寨堡，集精壮”，且耕且战，自屯自守，收容了各地逃来的大量难民，在极端艰苦的条件下孤军奋战将近10年，保护了许多群众的安全。
在取得对各地清军的胜利后，各个割据势力间很快便陷入倾轧之中。他们为了争夺地盘，相互攻伐不休。其中喀什噶尔的形势最为复杂，回民首领金相印、白山派首领托合提马木、布鲁特首领思的克三派各自占据一块地盘，而汉城则仍为清军所控制。此外，库车的热西丁政权也对喀什噶尔虎视眈眈。为了应付内忧外患，思的克想到了流亡在外的白山派和卓家族，希望能依靠这一家族的声望来赢得维吾尔人的支持。1864年9月，他与金相印联合起来，由金相印亲自带队来到浩罕迎接白山派和卓后裔。在金相印一行动身后不久，热西丁便命令堂叔——驻守乌什的赫提夫，出兵奔袭思的克等人。在经过短暂的交火后，思的克命令部下停止抵抗，迎接赫提夫入城。赫提夫不防有诈，以为思的克乃是真心臣服，便愉快地住进了城内一处别墅中。结果刚住进去，他就与他的卫队失去了联系，马匹、武器也全部被没收，他这才发现自己已被软禁。软禁至第9天，在当地一些名流的斡旋下，赫提夫才不得不答应与思的克各守疆界，互不侵犯，然后灰溜溜地离开了喀什噶尔。
金相印一行来到浩罕后，受到了浩罕摄政王阿利姆·库里的接见。此时的浩罕已经风雨飘摇，俄国大军兵临城下，但浩罕还是决定继续插手新疆事务。这次，浩罕找出的傀儡是波罗尼都的曾孙——张格尔之子布素鲁克，他被任命为喀什噶尔汗，浩罕大臣阿古柏则作为其勇士长及代理人随行。阿利姆·库里要求布素鲁克写下书面保证，同意只当名义上的统治者，过吃喝玩乐的生活，军政大事全由阿古柏负责。不过，浩罕已经派不出多少人马了，最初与阿古柏等人同行的只有6名随从，之后经过补充，也仅仅只有68人。当时很少有人认为阿古柏他们会取得成功，许多人认为这次任命乃是一次放逐。因为阿古柏与摄政王之间一向不和，他们彼此敌视，阿古柏认为库里是自己晋升的障碍，而库里则视阿古柏为自己可能的竞争对手和取代者，一直想找机对付阿古柏。在别人看来，阿古柏作为浩罕内部倾轧的失败者，最好的结局也无非是像一个勇敢的军人般战死沙场。其实对阿古柏来说，这反倒是一个重要的契机。浩罕已经是一座随时可能倒塌的大厦，离开浩罕意味着他能够摆脱控制，自立为王。他在得知喀什噶尔的局势后，极力怂恿布素鲁克，让他表示愿做浩罕的马前卒。
在这里，我们先来简单回顾一下阿古柏这位奸雄早年的人生经历。阿古柏于1820年出生在一个名叫匹斯坎特的小城，这座小城位于塔什干以南约80公里处。他的父亲普尔·穆罕默德·米尔扎是当地的一个小官吏，他曾在库拉玛有过一次婚姻，并育有一个名叫穆罕默德·阿利夫的儿子。阿古柏是其来到匹斯坎特后所娶的第二任妻子所生。但是不久后，阿古柏父母便离异了，他跟随改嫁的母亲来到当地一位屠户家中。母亲病逝后，无依无靠的他成了孤儿，流落到塔什干城，成了一位舞童。
塔什干是其人生的第一个舞台，在那里，他拜了一位街头艺人为师，学会了精湛的舞技，并以此为进身之阶，结识了许多达官显贵。不久后，一位路过的官吏看中了他的美貌与舞技，将他收为娈童带到浩罕，转送给了马达里汗的侍从官穆罕默德·卡里姆·卡希卡。1842年，浩罕败给布哈拉汗国，马达里汗战死沙场。随后，布哈拉进占浩罕城，全国上下一片混乱。在大动荡中，时任浩罕阿奇木伯克的卡希卡加入了对汗位的角逐，结果战败身亡。最后，呼达雅尔在穆斯林·库里的支持下，成为浩罕新的统治者，穆斯林·库里则出任宰相一职。此时，已经长大成人的阿古柏回到家乡，投奔塔什干城总督纳尔·穆罕默德·库什。他将美丽的同母妹妹献给了库什，成了库什的姻亲。这门亲戚关系对阿古柏的晋升大有帮助，阿古柏以此关系进入军中，不久后便被晋升为五百夫长，成为浩罕的一名中级军官。约在同年，阿古柏成婚。1847年，由于其展示出来的杰出军政才能，他又被派往位于锡尔河下游的城市阿克摩斯杰德出任和硕伯克。该城为浩罕边境重镇，地位十分重要，阿古柏由此成为浩罕的重要官员。在讲究家族关系、部落关系的浩罕宫廷中，阿古柏没有强大的家族支持及金钱保障。因此，他的每一步升迁都要付出比其他人更多的努力，他也在层出不穷的各种宫廷阴谋中逐渐变得冷漠无情，狡诈多变。
浩罕汗国的皇宫与军队
阿古柏像
此时，俄国的势力逐渐侵入浩罕。至19世纪中叶，他们已推进至锡尔河一线，扼守河口的阿克摩斯杰德因此成为俄国人的眼中钉。1853年，一支俄军在彼罗夫斯基将军的率领下，开始向该城进攻。俄军本以为24小时内便可结束战斗，但在阿古柏的顽强抵抗下，战事持续了近一个月，城防在俄军连续20多天的大炮轰击下变得千疮百孔。阿古柏知道该城失陷只是时间问题，于是派遣使者至俄军中决定投降。然而俄军因遭受到的抵抗恼羞成怒，拒绝接受投降，继续发起攻击，并在次日夺取了该城。但阿古柏成功突围，没有落到俄国人的手中。俄国人在占领阿克摩斯杰德后，按照惯例将其改名为“彼罗夫斯基城”，以示纪念。虽然阿古柏奋力抵抗，但在宫廷倾轧中，有人指控他接受了俄国人的贿赂，因此防守不力，导致城池陷落。为此，阿古柏被贬为“弥尔”（酋长）。
1858年，感到芒刺在背的呼达雅尔汗下令处死了他的宰相穆斯林·库里，浩罕国的政局再度动荡。呼达雅尔汗的哥哥毛拉汗预谋废黜呼达雅尔汗，沉寂多时的阿古柏加入了这一集团，希望借机翻身。不久后，毛拉汗政变成功，呼达雅尔汗被废黜，阿古柏恢复了和硕伯克的地位。随后，他出任边境重镇库拉玛的长官。
1860年，阿古柏被召至塔什干，辅助当地长官抵抗俄军入侵。但此时浩罕再度发生政变，毛拉汗被杀，已经隐居两年的呼达雅尔汗复出。见风使舵的阿古柏再次转投呼达雅尔汗，保住了自己的地位。之后，吉尔吉斯的一个酋长阿利姆·库里策划拥立希尔·阿里汗的孙子沙赫·姆拉德为王位继承人，企图取代呼达雅尔汗，阿古柏也参与其中。不过当呼达雅尔汗的军队逼近时，阿古柏放弃了阿利姆·库里委托他坚守的霍占特，逃到了布哈拉汗国去避难。在那里，他表现出对伊斯兰教的极端虔诚，因此得到了许多教士的青睐。
1863年，阿利姆·库里再次策划阴谋废黜呼达雅尔汗，阿古柏回到浩罕积极参与其中。政变成功后，赛义德被拥立为新汗，呼达雅尔汗则继续占据浩罕南部地区。阿利姆·库里成为摄政王后，为酬谢阿古柏做出的贡献，再次任命他出任库拉玛长官。不过，阿利姆·库里并不信任狡诈多变的阿古柏。不久之后，阿利姆·库里在进军塔什干途中路过库拉玛时，宣布了新的人事任命，他的亲戚海达尔·库里接替了阿古柏的职务。阿古柏则作为随从人员被带到了塔什干，负责抵御俄国人，直到他受命前往新疆为止。
烽火连城（下）
当阿古柏与布素鲁克一行人踏上前往喀什噶尔的道路后，也许是出于建功立业的野心，也许是出于对布素鲁克和卓血统的敬仰，中途有不少人加入了这支队伍。来到喀什噶尔城下时，阿古柏的队伍已经颇具规模。此时思的克心中颇感后悔，布素鲁克具有宗教号召力，而阿古柏则精明能干，毫无疑问他们将反客为主。于是他伪称清军即将发起进攻，试图阻止阿古柏等人继续前进，但无济于事，阿古柏决心将冒险进行到底。1865年1月，当阿古柏簇拥着布素鲁克进入城中时，思的克不得不违心地表示欢迎。
阿古柏深知拥有自己的武装才是立足之本，因此他以布素鲁克的名义纠集起一支数千人的军队，其中来自浩罕的400多名安集延人是其倚仗的中坚力量，被阿古柏委以重任。站稳脚跟后，阿古柏开始排挤思的克，准备独霸喀什噶尔。一次主麻礼拜后，布素鲁克等人刚刚走出清真寺，就有人疾呼：“和卓们已经回来了，我们一起把乞卜察克人赶走吧！”话刚说完，就有无数人拿起棍棒向思的克的部下打去。思的克被迫出走至英吉沙尔，在那里他招募起一支军队发起反击。但阿古柏的军队不断有人来投，思的克却得不到当地维吾尔人的支持，双方的实力发生了逆转。在野战中，思的克的布鲁特军队难以抵挡狂热的阿古柏所部，很快败北，只得退守喀什噶尔北部山区。在最后的战斗中，为激励士气，布鲁特人派出了一名叫作苏兰齐的勇士来到阵前，要求对方也派出勇士和他单挑。阿古柏阵中出战的是最初追随他的六名勇士之一，名叫阿卜杜拉。决斗中，阿卜杜拉虽然矮小，但却干净利落地战胜了高大的对手。经此打击，布鲁特人士气更为低落。思的克无奈之下，只得抛弃部众，逃亡塔什干。
进行射击训练的阿古柏军
阿古柏随后率军攻下了英吉沙尔，但在进攻喀什噶尔汉城的战斗中遭到了失败，损失不小。不过阿古柏并未因此绊住脚步，他本人受原叶尔羌城副阿奇木伯克尼牙孜的邀请，向叶尔羌挺进。布素鲁克则被留在喀什噶尔，继续监视汉城的守军。此时的叶尔羌城中，多方势力割据一方，回城被以原叶尔羌城阿奇木伯克阿不都热合满为首的地方势力和以苏来曼为首的回民武装占据，清军余部则被困于叶尔羌汉城内，仍拥有一定的实力。此外，库车统治者热西丁的兄长谢赫纳扎尔丁所率领的一支7500人的军队也进入了该城。
阿古柏充分利用叶尔羌城内回、维两族之间的矛盾，仅仅凭借一支几百人的小队伍便攻入了叶尔羌城。随后，他因为清洗当地的宗教领袖及其部下，与谢赫纳扎尔丁所部爆发了激烈的冲突。激战中，城门突然被库车军的大将哈木丁关闭，阿古柏的部下见此情形，纷纷失去战意，为了活命他们纵马跳下城墙，结果许多人毙命于城下，即使轻伤者也摔断了手脚。这时，恰好有一处城门没有来得及关闭，阿古柏便从这里逃出了城。却不料马失前蹄，连人带马跌进了护城河里。眼看着失去坐骑的他就要坐以待毙，这个时候，一位名叫穆罕默德巴巴的十夫长打此经过，看到这一情景，连忙将阿古柏扶到自己的马上，这才逃出生天，回到了喀什噶尔。
阿古柏在逃亡路上丢光了所有辎重，狼狈不堪，不过，他的实力并没有伤及筋骨。他随后便集结军队，于1865年4月攻下了英吉沙尔汉城。在迫使清政府守军投降后，阿古柏对俘虏进行了大屠杀，“大部分和台死于非命，少部分充当了穆斯林”，遇难者多达2000余人。英吉沙尔是阿古柏入侵南疆后以武力攻占的第一座城池，他通过控制喀什噶尔至英吉沙尔地段，取得了战略回旋地。
占领英吉沙尔后，阿古柏向浩罕本土送上了包括9门大炮、9名美女、9匹骏马在内的礼物以请功报捷，并拥立布素鲁克正式登上了汗位。
英吉沙尔的失陷使得喀什噶尔汉城的清军愈加孤立，而布鲁特首领思的克也因为再次战败而不得不接受阿古柏的同盟条件。同时，阿古柏还通过谈判收编了一支骁勇善战的巴达克山人，阿古柏的势力愈发强大。
1865年初夏时分，阿克苏、库车、吐鲁番等地的割据势力决定联合起来对付越来越咄咄逼人的阿古柏。他们集合起一支4万人的大军进驻至巴楚，威胁着喀什噶尔的安全，而阿古柏所能集合的力量不到对手的三分之一。为了振奋士气，他将布素鲁克也带到了战场上。双方最后激战于英吉沙尔附近。在激烈的战斗中，阿古柏军最初节节败退。布鲁特人和巴达克山人先后退出了战场，原本被当作精神核心的布素鲁克更是成了第一批逃跑的人，最后只剩下阿古柏的直属部队抵挡着对方的进攻。面对潮水般涌来的敌军，阿古柏高喊着“胜利是真主的恩赐”死战不退，全身多处负伤，最终迫使联军不得不因伤亡过重而撤军。阿古柏抓住机会发起反击，斩获颇丰，联军中有1000多名回族士兵见势不妙，连忙转投其麾下。这次大捷使阿古柏身上又多了一层光环，布素鲁克则因在这一战中表现出来的胆怯无能，声誉一落千丈。
随着阿古柏取得一系列胜利的消息传回喀什噶尔，据守汉城的清军终于失去了坚守的勇气。9月1日，经过谈判后，清军在守将绿营守备何步云的带领下，打开城门投降，他们依旧被安置在喀什噶尔城中，但被迫改宗伊斯兰教，成为阿古柏军队中的组成部分。何步云因为将女儿嫁给阿古柏，被允许继续统率这支残军。进入喀什噶尔汉城后，阿古柏纵兵大掠三天，无数无辜群众死于侵略者的屠刀之下。这年秋天，浩罕大将玉努斯江率领败兵7000余人投奔阿古柏，随其一同前来的还有布素鲁克的堂兄弟倭里罕、卡塔条勒等人，极大地增强了阿古柏的力量。
1866年3月，伊犁惠远城被攻陷，伊犁将军明绪兵败自杀，已革将军常清被俘。至此，清政府在新疆的统治几乎全被摧毁，其势力仅限于东疆的哈密、巴里坤，北疆北部的额尔齐斯河至塔城一线。其中，从河西走廊通往新疆的咽喉要道星星峡仍在清政府控制之中。
此时，由于沙俄的步步紧逼，浩罕汗国迅速瓦解。这既断了阿古柏的后路，又让他挣脱了束缚。阿古柏开始筹谋在新疆建立自己的统治王国。他开始怠慢布素鲁克，并很少再借用布素鲁克的名义发号施令。沉溺于享受的布素鲁克感受到了阿古柏的威胁，也联络各方势力准备推翻阿古柏。在阿古柏第二次入侵叶尔羌时，布素鲁克在布鲁特人的支持下，突然回到喀什噶尔，宣布阿古柏是一个叛教徒，要求喀什噶尔的伊斯兰教长老宣布阿古柏为不受法律保护的人。但这些长老们已全部被阿古柏收买，反而说阿古柏伯克值得被本国和整个伊斯兰世界称道。阿古柏得知消息后，迅速与叶尔羌的守军议和，日夜兼程地赶回了喀什噶尔。布素鲁克只得匆忙逃走，他的堂兄弟倭里罕则被阿古柏下令丢至枯井中处死。不过，阿古柏认为丢弃和卓旗帜的合适时机尚未到来，于是没有立即称汗，而是扶持阿帕克和卓的另一位后裔卡塔条勒登上汗位。但卡塔条勒同样不甘心充当阿古柏的傀儡，不久后便被阿古柏秘密毒死。在葬礼上，阿古柏假惺惺地流着眼泪，束着象征悲伤的腰带，装出一副伤心的模样。
卡塔条勒死后不久，布素鲁克回到了喀什噶尔。阿古柏展示了他的“宽宏大度”，又一次把布素鲁克推上汗位。布素鲁克见识到阿古柏的手段后，不敢再有丝毫的反抗举动。在和卓的旗号下，阿古柏完成了侵吞新疆计划的第一步。阿古柏在稳定喀什噶尔，消除后顾之忧以后，便展开了侵略计划的第二步：在伊斯兰教“圣战”的旗帜下，开始了侵占南疆的军事行动。
阿古柏的士兵
库车的热西丁政权是阿古柏在南疆所面临的最强大的敌人，但此时前者已经因为内部斗争而逐渐衰弱。谢赫纳扎尔丁在叶尔羌城击败阿古柏后，日益专横跋扈，导致此战胜利的最大功臣哈木丁负气离开，谢赫纳扎尔丁随后也因驾驭不了该城错综复杂的局势不得不离去。1865年7月，热西丁以兄长加玛力丁为主将，第二次征伐叶尔羌。摄于加玛力丁大军的声威，叶尔羌各方势力不得不表示臣服，他们带着大批礼物出城来到加玛力丁军中，“用自己的面颊，擦去胜利者马镫上的尘埃”。8月，在顺利夺取叶尔羌后，加玛力丁率领大军继续西进，试图一举夺取喀什噶尔，彻底驱逐阿古柏。这支远征军数量庞大，号称有7.2万人之多。当时的历史学家这样记载道：“集结如此众多的士兵，在和卓们执政以来是不曾有过的。”加玛力丁还带上了200辆装满镣铐的马车，准备在攻占喀什噶尔后，让俘虏们带上这些镣铐，回到库车来宣扬自己的胜利。两军激战于英吉沙尔境内的罕依热克村附近，加玛力丁所部虽然拥有费时两年造就的装备和兵器，但却一触即溃，“连两个时辰都未对抗得了，便像尘埃一样消失了”，最后不得不“丢弃下大批的炮火、帐篷、兵器、粮秣和财宝，用马鞭凶狠地抽打着坐骑，逃入失败之路，奔阿克苏方向而去”。对于阿古柏来讲，罕依热克之战是其东越帕米尔以来获取的又一次重大军事胜利。随后，阿古柏乘胜进入叶尔羌，将其纳入势力范围，克奇克汗被任命为叶尔羌的阿奇木伯克。
次年，热西丁决定再次西征喀什噶尔，他认为“如果不这样做，这些敌人一旦强大起来，后果将是不可想象的。因为他们是靠近我们的最凶恶的敌人”。伊斯哈克被任命为此次军事行动的主将，他是热西丁家族中年轻一代的佼佼者，在热西丁政权建立过程中屡立战功，“所到之处，都会响起胜利的凯歌，胜利之门似乎专为伊斯哈克和卓而敞开”。但是热西丁嫉妒伊斯哈克的成就，害怕他的这位侄子取代自己的地位，因此调拨给伊斯哈克的军队都是临时招募的市井恶少，精锐旧部则被留在了阿克苏和库车。在伊斯哈克的率领下，库车军很快再次攻下了叶尔羌。1866年6月，阿古柏再次出兵，他并未与伊斯哈克正面交锋，而是先攻取巴楚，断绝了伊斯哈克与其后方库车的联系，随后再率军直逼叶尔羌城下。由于热西丁原本答应给伊斯哈克增派的乌什和阿克苏的军队迟迟未能到达，伊斯哈克决定趁阿古柏立足未稳之际，率军出城劫营，没想到尼牙孜秘密派人向阿古柏告密，劫营部队中了埋伏，损失惨重。伊斯哈克被迫投降，但他得到了阿古柏的款待，在被赠送了大量礼物后回到了巴楚。
阿古柏以“圣战”的名义连克数城，塔里木盆地南缘只剩下和田地区还未被其控制。和田的“帕夏”哈比布拉乃伊斯兰教法官出身，以对伊斯兰教极端虔诚著称。他在夺取当地政权后，也曾向浩罕求助，但浩罕派来的援军在经过喀什噶尔时，却被阿古柏截留。哈比布拉为了偏安，只得向库车的热西丁和卓称臣求和。1866年12月，阿古柏攻占莎车，对当地民众进行了残酷的屠杀，“东干人的尸首像伟大的农民收下的庄稼一样，零乱地横躺在旷野上，鲜血染红了这片土地”。随后他借布素鲁克的名义，以一个伊斯兰教虔诚信徒的身份写信给哈比布拉。信中说：“我来到喀什已有一段时日，为了信徒的义务，我曾参拜了喀什的所有麻扎（陵墓），然而美中不足的是我没能够参拜伊玛目加帕尔·沙迪克的麻扎。为了这个心愿，我想借道和田，为此不得不向您伟大的心灵发出请求。”阿古柏让布素鲁克在信上盖了章。哈比布拉完全相信了这一谎言，他认为不能拒绝一个虔诚的穆斯林所提出的要求，因此同意布素鲁克前来参拜。但他没有想到的是，此时此刻，布素鲁克已经完全失去了权力和自由，他原本拥有的600名近卫军已被剪除殆尽，完完全全成了傀儡。阿古柏将其像一具木偶一样随军携带，到处利用和卓的名义来为自己攫取利益。
阿古柏抵达和田城后，再次向哈比布拉表示来和田是为了朝拜加帕尔·萨迪克的麻扎。哈比布拉对此深信不疑，出城迎接阿古柏，并进入了阿古柏的军营中。阿古柏假意拥抱哈比布拉，趁机将其骗入营帐，推入暗室，又把前来迎接父亲的哈比布拉之子尼木托拉汗抓了起来，之后两人均被处死。接着阿古柏的部队就开进了和田城，先锋部队进入宫廷后，迅速接管了所有仓库。哈比布拉汗的妻子被软禁，和田城的官吏有的被处死，有的被监禁。两昼夜后，和田城内居民才知道究竟发生了什么事，他们纷纷涌上街头，手里拿着各种各样的武器，来到阿古柏的大帐，质问哈比布拉及其儿子的去向。面对愤怒的居民，阿古柏下令武力解决，于是全副武装的士兵向手持棍棒的居民冲去。和田居民并不畏惧阿古柏的屠刀，依旧前赴后继地冲向阿古柏。“最后阿古柏本人也不得不上马和这些人厮杀起来。”这是一场残酷的单方面屠杀，以至于阿古柏的士兵都被鲜血熏得头昏眼花，已经快要失去举起战刀的腕力了。后来，阿古柏又命令“所有随军前来经商的屠户和在和田的异乡屠户帮助军队进行屠杀”，这些屠户像宰杀牲畜一样在护城河的旁边宰杀着人群，护城河中填满了尸体。就这样，阿古柏以阴谋诡计和屠杀夺取了和田城。
此时，库车的热西丁政权再次发生内讧。哈木丁与加玛力丁两人为争夺一座村庄的归属权发生了冲突。哈木丁率部下抢占了原本由加玛力丁管辖的村庄，以弥补其在战争中遭受的损失，并一度切断了阿克苏城与乌什城之间的正常交通。最后，加玛力丁将哈木丁哄骗到阿克苏城，然后将其逮捕押送到库车，交由热西丁发落。阿古柏听到这一消息后，欣喜若狂：“感谢真主，将来，阿克苏城和库车城，不经战斗就会为我所有。”
而对热西丁来讲，却是屋漏偏逢连夜雨。在库车以东，吐鲁番盆地的额敏和卓家族突然起兵，他们联合城中的回民击败了库车政权委任的阿奇木伯克，随后便点齐兵马，跨越戈壁，攻占喀喇沙尔，兵临库尔勒城下。热西丁被迫再次启用伊斯哈克与哈木丁两人，这才击退了来自东线的威胁。但阿古柏此时抓住库车政权难以两线作战的破绽，果断出兵，迅速攻占了阿克苏，随后又迫降了驻守乌什的赫提夫。从库尔勒回师的哈木丁见大势已去，便率领部下向阿古柏投降。1867年6月15日，阿古柏兵临库车城下，大举攻城，库车人殊死抵抗，甚至将阿古柏的长子胡达·胡里打死在巷战中。但最后，库车城仍旧陷落了，热西丁被俘后被阿古柏下令处死。驻守在喀喇沙尔的伊斯哈克见库车失陷，也献城投降，库车政权至此灭亡。
随着库车的热西丁政权覆灭，阿古柏在南疆取得了决定性的胜利。这时他认为和卓这面旗帜已没有作用了，于是他一脚踢开布素鲁克，建立起所谓的“哲德沙尔国”，阿古柏自封为“毕调勒特汗”（意为“洪福之王”）。由于阿古柏利用伊斯兰教侵占了整个南疆，因此，布哈拉汗国的埃米尔赛依德·穆扎法尔也尊其为“阿塔勒克哈孜”，即“战士的导师”。随着阿古柏势力的日益扩张，他自觉地位已经十分牢固，终于撕去了最后的伪装，“咬碎了良心”，将布素鲁克这位“为其撑旗的吐热以朝觐的名义送往了人们不宜知道的路上”。
吐鲁番的额敏和卓郡王府遗址
1869年，阿古柏开始向吐鲁番进军，乌鲁木齐的妥明“清真王”政权派遣2万大军进驻该城，不仅成功击退了阿古柏的进犯，还一举收复了库车与拜城。为了解除妥明政权的威胁，阿古柏加紧与吐鲁番的其他势力进行联系。当时吐鲁番地区的形势非常复杂，除了妥明的势力外，还有蒙古土尔扈特部及汉人民团徐学功的势力。狡诈的阿古柏设下骗局，以帮助清政府讨贼为名，骗取信任，得到了土尔扈特部的支持。随后，他又利用徐学功对妥明的仇恨，与其结成了同盟。徐学功祖父、父亲都是屯戍新疆的绿营中下级军官，他从小习得一身高强武艺，在当地颇有名气。在他22岁时，乌鲁木齐陷落，徐学功只好逃居乡村，他集结了20多名壮士为保护乡里而战，并以劫掠回庄财物度日。为躲避回民武装的追剿，他在乌鲁木齐的南山地区建立了营地，这里地处天山腹地，山高林密，有许多天险屏障，土地也十分肥沃，因此先后逃来依附于他的百姓有1万余户，其民团也发展到有民兵5000余人。徐学功的马队非常出名，骤若风雨，对手往往望风而逃。徐学功屡与妥明作战，先后杀敌1万余人。
在与徐学功的会谈中，阿古柏假意要为清政府效力，帮助朝廷讨贼，希望徐学功与其一起进攻妥明，并表示在夺取吐鲁番后，将南疆诸城归还清政府，到时候只求得一个“哈密王”的封号即可。徐学功被其欺骗，率2000人与其会合一起攻打吐鲁番，同时派人到哈密，将阿古柏的情况报告了清政府，清政府此时方才得知阿古柏入侵新疆。
得到徐学功所部的支持后，1870年2月，阿古柏再次发兵。经过9个月的围困之后，他最终用火炮攻下了吐鲁番城。随后，他一路向北进发，越过天山后，迅速拿下了达坂城，之后一路前进，在乌鲁木齐附近安营扎寨。妥明见阿古柏兵临城下，决定派兵偷袭阿古柏的大营，但由于突降的风雪使士兵迷了路，偷袭未能成功。阿古柏孤注一掷，将所有的士兵都投入了战斗，妥明军殊死作战，“硝烟弥漫，天空一片黑暗，子弹像雨点般飞来”，最终因回民武装落后，结果大败，几乎全军覆灭。阿古柏乘胜向乌鲁木齐进攻。妥明于1870年11月21日举城投降。他被削去“清真王”的称号，拘押了起来。阿古柏进入乌鲁木齐后，任命吐鲁番降将马仲为阿奇木伯克，再也不提报效清政府之事。
徐学功这才发现自己受骗上当，于是他不断派遣骑兵劫杀阿古柏的小股部队及商队。阿古柏一开始想收买徐学功，但被拒绝。1871年5月，阿古柏命令马仲率军进攻徐学功的营地，徐学功则联络各路民团发起反攻，大败马仲所部，攻克乌鲁木齐满城，擒杀马仲。乌鲁木齐的回民也趁机再次拥立妥明复位。阿古柏亲自率军1万人前来驰援，迫使民团退往南山。妥明病急乱投医，派出几百名孩童，让他们手持《古兰经》，迎着阿古柏的追兵高声朗诵，企图阻止阿古柏的进军。但阿古柏不为所动，下令将这些孩童砍成碎片。妥明被吓破了胆，狼狈逃往玛纳斯，于1876年死在那里。阿古柏军再次攻占乌鲁木齐后，进行了残酷的报复，许多回民被活活烧死，有的则被当成箭靶乱箭射死，活着的人也被迫缴纳10—1000两的银子作为罚金。随后，阿古柏又在叛徒的指引下，趁民团过中秋节之际，率兵袭破南山营地，徐学功率残兵100余人退往乌苏，后应清军之邀来到绥来沙山子，召集旧部3000余人屯田。1872年5月，他联络回民武装再次起兵，一路攻克昌吉、呼图壁等城，进逼乌鲁木齐汉城，各路武装齐聚在其旗下，号称有20多万人。阿古柏连忙从南疆调集大军前来围剿，连续击败徐学功部将的阻击，解了乌鲁木齐之围，并“尽掠其遗赀，搜刮汉、回民人金帛转输南路，实其窟穴，而驱其丁壮踞守乌垣各城，以为屏蔽”。徐学功所部则因损失惨重，只得退兵。
“哲德沙尔国”
哲德沙尔政权建立后，阿古柏以浩罕等国的制度为样板，建立起一整套统治机制，以便更好地掠夺百姓。作为外来政权，他视新疆当地维吾尔族、回族为异己分子，政府权力几乎全被来自浩罕的安集延人所垄断，政府的官方语言也是乌兹别克语。“阿古柏约束土人极严刻，出一谋，决一策，非浩罕人不能参与，选官设将亦浩罕人居多。”
为了展示自己的权威，阿古柏制定了严格的礼仪制度。在朝会上，阿古柏高高在上，朝臣必须站在离他很远的地方，很少有人能被允许坐下。即使是他最信任的人，在其面前也必须显示出谦恭和顺从的姿态。所有官员都必须听从他的命令，回答问题也要带着“怯懦的表情和求恕的语气”。因为稍有不慎，便会惹怒这位暴君，从而遭受残酷的报复。
在“中央”层面，他建立了秘书机构“米尔扎”，米尔扎们负责将阿古柏所下的口谕记录下来，并派人通过驿站系统传递到各处。米尔扎的首领被称作“米尔扎毕西”，地位仅次于阿古柏，负责处理或向阿古柏转呈包括财政收支、武器调配、使节往来及法官任命在内的行政事务。米尔扎毕西虽有宰相之名，却无宰相之实，因为阿古柏“一意孤行，他的意志至高无上，他不信任别人”，他需要的只是为其服务的秘书，而不是礼绝百僚的百官之长。据统计，他所任用的历任米尔扎毕西除一人外，均为浩罕人。
阿古柏及其爪牙
在地方上，阿古柏建立起了被称作“苏玉尔阿列（君主的恩赐）”的军事封建采邑制，其追随者按不同级别领有采邑，采邑内的各族人民成为受封人的农奴。采邑内的赋税等各项收入均归受封者本人，受封者则抽出部分税收以“贡赋”的名义“奉献”给阿古柏。阿古柏将其统治区域分作喀什、英吉沙尔、叶尔羌、和田、阿克苏、乌什、拜城、库车、库尔勒和吐鲁番十个大区，同时在大区外及大区内另设行政区，最后形成了犬牙交错的局面。
各行政区的最高行政长官为阿奇木伯克，他们管辖的地域虽有贫富大小的区别，但彼此间无隶属关系，而是统统直接受命于阿古柏。各地的阿奇木伯克多为浩罕人，即使一开始有少数维吾尔人担任此职，但不久后也会被以各种理由解职。阿奇木伯克在辖区内拥有最高权力，负责维持秩序、收缴税赋、任命吏员、执行法庭判决等行政事务，并为阿古柏的征服活动提供兵源及给养。阿奇木伯克之下，又分别设立了伯克、米尔或萨卡尔等官职，负责协助阿奇木伯克征收赋税、维持地方秩序，但没有阿古柏的授权，阿奇木伯克无权撤换他们。
不过，阿奇木伯克的领地不能世袭，也无薪俸，他们的收入全靠对地方的掠夺，横征暴敛越得力，其收入也越高。因此，他们想方设法地向阿古柏表示忠心，以保住自己的采邑。除了封建义务规定必须上缴的粮食、现金外，阿奇木伯克还要在固定时间朝贡送礼，这种礼物被称作“九九礼”。礼物的多寡决定着阿古柏的恩宠程度，因此地方上的阿奇木伯克纷纷残酷搜刮领地内的百姓，如果实在搜刮不到足够的东西，为之举债亦在所不惜。
比如和田的阿奇木伯克尼牙孜·哈克木（莎车人）为了博取阿古柏的青睐，稳固自己的地位，每值主玛日（星期五）都要派人给阿古柏送去20个元宝和同样重量的沙金，10年间从无间断。除此之外，他每年还照例奉送两次各种名贵的礼物给阿古柏。有一次，他送去了11秤沙金、1000个元宝、800匹马，其中200匹马是鞍具俱全的战马，200匹驮着各种物品，还有400匹驮着各种名贵的狐皮、貂皮、绸缎等物。他所进贡的礼物是如此丰厚，以至于其他地区的送礼者惊讶地“不约而同地咬住了自己的手指”。正因为这样，即使阿古柏并不信任尼牙孜·哈克木，也找不到理由将他撤职。
为了加强对地方的控制，阿古柏还亲自任命军事法官到各地巡视，对阿奇木伯克等地方官员进行监督。阿古柏有时还亲自巡幸地方，以震慑地方上的离心倾向。一旦他发现地方独立性增强，就会下令割断几个人的脖子，并命人拽着他们的尸体四处示众，借以警示他人。
在阿古柏统治期间，警察、特务遍布各地，为维持这样一支力量，阿古柏下令每星期向民众征收一次警察捐。其中秘密警察由阿古柏本人直接控制，他们作为阿古柏的耳目无处不在，渗透在所有阶层中，没有人知道他们是谁，他们如何行动，但是每个人都能感受到他们的存在，并处在他们的监视之下。“社会的各个阶层普遍存在着疑惧，在官邸里的长官，在法院里的拉伊斯，在棚铺里的店主，在茅舍里的工匠，都终日惴惴不安，因为不知与他进行最友好谈话的邻人是否正在详细推究他的言语，以便发现其中是否有任何图谋不轨的形迹。”
同时，在各地的市场、街巷、道口还密布着着装统一的市政警察，他们日夜巡察，可以直接逮捕在宵禁时间仍在街上活动的人，并随意鞭笞违反命令的民众。阿古柏统治时期，行人必须到专门的机构申请通行证，上面记载有姓名、职业、来自何处、去至何处等信息，如外出必须携带通行证。警察会在一些重要地点、道口对来往行人进行盘查，违者将被拘捕。
为了维持军事上的侵略扩张，阿古柏通过各种手段掠夺民众财富，其中最主要的手段便是制定严苛的赋税制度。为了确保征税力度，每个阿奇木伯克手下至少有好几十个税吏，多的则有六七百名，“他们给庶民不断派下各种名目的苛捐，不论这些负担有多重，不论是20天罡或30天罡。白天应交应办的不得拖到晚上，晚上应交的不得拖至破晓”。
如果不幸生活在阿古柏治下，你会发现耕种粮食作物的土地会被征收什一税（乌什尔税），只有伊斯兰教会的土地和为阿古柏服兵役以代替缴税的人所占有的土地才会免税，其余所有种植谷物的土地都必须缴纳此税，税率为粮食收入的十分之一。但是在很多情况下，阿古柏派出的税吏所征收的税额要比法定的高3倍之多。他们要求农民在尚未动用分毫收成之前，甚至还未付地租之前，就把三分之一的收成上缴。如果你认为种植粮食税赋太高，转而种植蔬菜、瓜果、棉花、烟叶等经济作物，则需缴纳所谓的丈地税（塔纳比税）。阿古柏规定，根据作物的种类和产值，每1塔纳比（约2.77亩）土地应缴纳1—10天罡不等的赋税，但实际征收额远远高于定额。除此之外，你还要向阿古柏缴纳各种针对土地的附加捐税，比如麦草税（萨曼普尔税），最初仅为上交麦秸，最后则发展为缴纳现金。这笔附加税无定额，由本地负责征税的官吏谢尔克尔自行确定。甚至于你还要支付谷物作为谢尔克尔及其征税人的酬劳及开销，这笔附加捐被称作“卡甫散”。
如果你决定从事畜牧业，那你一年要缴纳两次畜产税。一次在春季牲畜产羔时，被称作“青税”，另一次则在秋季牲畜膘肥时征收，被称作“白税”。通常情况下，税吏要求以现金形式支付。但这两个季节正是牲畜价格最低的时候，你不得不低价出卖你照料了许久的牲畜，因此实际税率要高于名义税率。
如果是商人的话，你会发现阿古柏的手下经常会到你的店铺赊购商品。他们会这样说：“伟大的阿古柏陛下怎么会不付钱呢，不过就是没有现钱，先记账吧。”置于价格，当然也是按照阿古柏的估价来定，既然阿古柏陛下这么赏脸，那你便要投桃报李，将一部分商品作为礼品送给他，以报答他的惠顾。赊欠的钱款往往好几年都不见踪影。如果你大着胆子妄图讨要的话，轻则丢进牢房吃顿官司，重则送掉老命。更多时候，阿古柏连打张白条也不愿意，而是以“征用”的名义将你的货物变相无偿没收。
除了这些赋税之外，你还必须负担各种无偿劳役，包括为军队提供民夫、运输工具，为兵营、官家及其他“公共房屋”提供柴草燃料，为各级官员耕种土地，为过往官员及使者提供食宿及交通工具等。阿古柏每次出行，在其居住的地方，附近居民总要事先准备好各种菜类、肉类、草料、日用品乃至大街上都找不到的东西，供大军消耗。不论是湖泊沼泽，还是深山荒谷，或是一望无际的荒漠，都要做好这种准备。
即使你死去，阿古柏也同样不会放过你，很快税吏便会登门来向你的家人收取遗产税。税吏们可以对你的遗产任意估值，然后以高估的价值征税，你的家人如果付不出税款，便只能将家产变卖一空。很多时候，即使变卖家产也不能纳完这笔赋税。这还算好的，有时税吏会对你的家人说，这些家产都是你们家长的积蓄，既然家长已经死了，那就充公支援阿古柏陛下的事业。谁敢质疑，立刻就有如狼似虎的打手将人捆起来一顿痛打。一夜之间，你的家人便会失去家园，流离失所。
1875年阿古柏统治下的新疆
此外，阿古柏还会以查出新垦地为名，把耕者的土地再出售给耕者，以掠夺更多的钱财。当时有人愤怒地斥责道：“我们高贵的阿古柏陛下将七层土地都卖完了，百灵鸟只得到羊背上打窝，因为天地间没有它停留的余地了。”
阿古柏还通过铸造货币来掠夺财富，其中流传最广的为名叫“天罡”的银币，阿古柏用这种银币替代清乾隆以来在阿克苏铸造的普尔钱与制钱。阿古柏所铸的天罡银质与重量参差不齐，“成色分量，任意低减，图售其奸，故市价相权，不能允协，民以为苦”。除此之外，阿古柏还下令铸造了金币“铁剌”和铜币“普尔”。为了谄媚其精神上的祖国，阿古柏在铸造的货币上均铸上了土耳其苏丹阿卜杜勒·阿齐兹的名字。阿古柏规定铁剌金币1枚合白银1两，或天罡银币20枚。天罡每枚作银5分，合50枚普尔。阿古柏利用不同货币之间的兑换肆意搜刮民财。例如，清政府铸造的最大的银锭在集市上按1100天罡通用，但收入“国库”时则按1000天罡计算；而浩罕的银元重量等于2枚天罡，但阿古柏的“国库”却按照1.5枚天罡来兑换。阿古柏利用这种压价，用他铸造的天罡来收购浩罕银元，再把它们改铸成新的天罡，从而大获其利。
天罡银币
这样沉重的负担毁得各族人民倾家荡产，颠沛流离。在阿古柏及其爪牙的肆意压榨下，越来越多的各族百姓沦为奴隶。阿古柏本人就拥有3000名奴隶，而当时其统治区域内的总人口也不过100万人。在喀什噶尔的奴隶市场，每名强壮的男奴售价40天罡。许多蒙、汉、维、回、哈萨克、布鲁特等族儿童被卖到费尔干纳、浩罕、巴达克山，甚至卖到土耳其去当奴隶。人们想方设法逃离这片难以生存的土地，有的辗转千里来到北京，请求大清皇帝吊民伐罪，收复新疆，更多的则是以朝圣或给商队充当向导为名一去不返，像这样的人每年都有好几千。
为了获取伊斯兰宗教势力的支持，阿古柏把自己扮成伊斯兰教捍卫者。在“哲德沙尔国”，伊斯兰高级教士拥有一系列政治、经济特权。他们被阿古柏授予一连串荣誉头衔，并占有大量免税土地。阿古柏还挑选能工巧匠，大量修建、扩建清真寺和伊斯兰教圣徒的麻扎，花费了大量民脂民膏。其中位于喀什噶尔的阿帕克和卓的麻扎和清真寺在阿古柏的修缮下，拥有了新疆地区从来未有过的辉煌塔顶，成为整个中亚地区最为壮丽雄伟的麻扎。他本人也表现得极其虔诚，没有错过一次礼拜。
阿古柏严厉推行伊斯兰教法典，以伊斯兰教规来禁锢各族人民，规定一切诉讼、审判只能以宗教方式进行，由宗教法庭处理。宗教法庭独立于地方行政当局，一般设于清真寺内，有的设在巴扎。宗教法官被称作“哈孜”，在主要的城镇，宗教法庭往往配备多名哈孜，分别负责刑事、民事、宗教、公共道德方面的案件。他们负责调查案件，并给出判决。在哈孜做出判决后，案件会被送交至教法解释者穆夫提处，由其通过判决，然后再将案件送交主管上诉的阿里姆处批准，最后送交当地的阿奇木伯克，由后者监管执行。如遇疑难案件，则由总哈孜负责裁决。在宗教法庭的审判过程中，《古兰经》《圣训》是判决的主要依据。由于没有成文法，一切全凭宗教法官们的随意解释，阿古柏本人则保留了对重要案件及涉及谋反案件的最终裁决权。
为了恫吓民众，每个城市和大村庄最显眼的地方都树立着绞刑架，让人一眼就能看到。不断有人被处以死刑，一些不便公开处死的人则被毒死。据统计，在阿古柏统治时期，新疆地区先后有4万多人被阿古柏的法庭处死。除此之外，阿古柏的法庭还保留了鞭笞、断肢、剥皮等种种酷刑，被判处徒刑的“罪犯”，则囚于地牢或水牢。所谓水牢，即掘一深井，让犯人扶梯而下，然后将梯抽出，犯人被浸泡在水里。
阿古柏在每个城市和村庄都设有拉伊斯，由他们监督伊斯兰教规和习惯的执行。这些执法官吏有权进入每户住宅，检查人们日常生活中的衣着、发式、行为以及宗教礼仪是否符合伊斯兰教规。他们身上带有象征权力的鞭子，如果发现违反教规的人，就会对其进行无情的鞭笞。只要他们出现在街头，妇女和儿童看到后，都会害怕地向四面八方飞奔。
自古以来，维吾尔族便是一个能歌善舞的民族，“男女皆习之，视为正业，女子未嫁，必先学成”，当时有人作诗这样描述他们载歌载舞的情景：
一片氍毹选舞场，娉婷儿女成双双。 铜琵独怪关西汉，能和娇娃白玉腔。
但是，这样其乐融融的情形却在“哲德沙尔国”不复存在，因为害怕民众聚集起来反抗其残暴统治，阿古柏下令禁止一切广场舞蹈和集体娱乐活动，萨玛舞和巴伊噶活动均被禁止，妇女们出门必须戴面纱，晚上不允许外出，21点后必须就寝。在人人自危的情况下，一到夜间就一片死寂，音乐声和歌声都消失了，连欢快的笑声也不复存在。过去人们愉快居住的地方，现在仿佛被一种永远不能摆脱掉的忧郁气氛所笼罩。
阿古柏统治下的新疆居民
1876年，当俄国使臣库罗帕特金出使新疆时，他看到的是一片死气沉沉的景象，整个新疆大地好像“一座庞大的寺院”。城市里一副贫穷肮脏的样子，许多人连土布做的衣服都穿不起，许多妇女因为饥饿奄奄一息地躺在地上，与富丽堂皇的清真寺形成了鲜明对比。他因此断言：“只要阿古柏与清朝政府的战斗打响，将激起本地居民参加反对阿古柏的暴动，因为他们承担着无力交纳的捐税，并为喀什噶尔现行的种种规章而深感苦恼。”
但对阿古柏及其爪牙们来说，这里无疑是人间天堂。他们“成天骑着高头大马，挥霍金银，吃着人间少有的饭菜，携带着女人随心所欲地干各种丑事”。他们随意奸淫妇女，抢占维吾尔族百姓的妻女，8岁以上“悉被奸淫，死者十常七八”。供阿古柏父子寻欢作乐的宫殿、行宫遍布南疆各城，里面充斥着掠夺来的各族妇女，仅阿古柏一人便占有600多名妃妾。如果他怀疑妃妾不忠，便会下令在寝宫中挖一个大坑，将妃妾活埋。阿古柏每次行军，都有庞大的供应车队跟随，其中包括50辆运载金银和天罡的马车、50辆运送铜钱的马车、200峰驮着衣服的骆驼，还有1000匹马，其中500匹鞍具齐全，500匹仅备床褥，还有5000头奶牛。阿古柏本人则享用包括几百头羊、好几车鸡和鸡蛋、好几车羊油和清油在内的大量食品，仅负责用马驮水的士兵就有500人。他驻军的地方，连禽兽都可以饱餐一顿，而其统治下的人民却因饥寒交迫挣扎在死亡线上。在无数人的鲜血和尸骨上搭建起的宫殿里，阿古柏及其爪牙肆意吮吸着各族人民的脂膏，天山南北也因此陷入无尽的黑暗地狱中，各族人民时刻盼望着祖国的解救。
大将筹边
新疆的乱局无疑给了正在深入中亚地区的英俄殖民者极好的干涉机会。早在1865年，英属印度测量局官员约翰逊，就在前来乞援的和田“帕夏”哈比布拉使者的带领下，来到了和田地区，并搜集了大量有关新疆地区政治、经济和地理的情报。随后他返回印度，将他在和田搜集到的情报，以及哈比布拉对英国的态度上报英印政府。旁遮普的英国官员福赛斯极力主张与哈比布拉加强联系，以其为代理人介入新疆事务，为英国的经济利益服务。但英印当局则认为局势尚不明朗，现在介入为时过早。不久后，哈比布拉政权便被阿古柏吞并，英国人随后便将拉拢的目标指向了阿古柏。双方以克什米尔土王为中介，很快取得了联系。1866年，阿古柏为取得英国人的军火资源，派遣一个使团来到了克什米尔，并在那里与英印当局进行了会谈。在会谈中，阿古柏的使者表示一定采取措施为英印商人赴南疆贸易提供方便，并确保印度商队的安全。
俄国则利用新疆乱局，通过武力恫吓和外交讹诈大肆扩张。1864年10月，沙俄政府迫使清政府签订了《中俄勘分西北界约记》，通过该和约及后来签订的三个子约，沙俄割占了中国西北部边疆约44万平方公里的领土。11月，俄国外交大臣戈尔恰可夫向欧洲各国提交了一份阐述其“侵略有理”思想的通牒，其中这样写道：“俄国在中亚的地位，如同一切与处在半开化的、没有定型的社会组织的游荡民族接壤的文明国家的处境一样。在这种情况下，维护边境的安全和商业往来的利益，永远要求更文明的国家对那些以狂暴、野蛮扰人的邻居拥有一定的统治权。”这份通牒便是俄国征服中亚的宣言。
当时，俄军已经攻陷了中亚最大的城市塔什干，整个哈萨克草原都已被其收入囊中。为巩固对新征服地区的统治，俄国于1867年成立了以塔什干为中心，直属陆军部的“土耳其斯坦总督府”。该总督府下设两个省：锡尔河省和七河省。俄国在中亚的扩张，引起了英印政府的警惕。1867年9月，印度总督劳伦斯建议把中亚划分为英国的势力范围和俄国的势力范围。1868年2月和6月，沙俄政府先后迫使浩罕和布哈拉汗国与之签署不平等的《通商条约》，使两国沦为俄国的附庸。俄国势力在中亚的迅速扩张，引起了英国政府的恐慌。
1868年，当阿古柏再次派遣使节来到拉合尔时，迅速得到了旁遮普省督的接见。旁遮普省的官员建议英印当局援助阿古柏，资助他武器和金钱，使其在沙漠上站稳脚跟。随后，在英印当局的支持下，英国退役军官海沃德与茶叶商人罗伯特·沙敖先后进入新疆，拉拢阿古柏。其中海沃德在南疆地区进行了大量的测绘活动，绘制了地图，并由此得到了皇家地理学会授予的金质奖章。罗伯特·沙敖则以商务考察的名义对沿途商贸情况进行了调查，窃取了大量的政治经济情况，并写下《喀什噶尔行记》一书，同样得到了皇家地理学会授予的奖章。罗伯特·沙敖来到喀什噶尔后，被当作英国派来的使节得到了阿古柏的盛情接待。阿古柏一连接见了他三次，甚至表示愿意成为英国维多利亚女王的臣属。罗伯特·沙敖于1869年夏返回印度后，立即向英印政府报告了阿古柏伪政权对英国的态度，并大肆宣传南疆人烟稠密、物产丰富，市场具有无限潜力。罗伯特·沙敖的宣传得到了英国资本家和殖民分子的支持，他们纷纷要求，英国政府应当在俄国人介入前将新疆纳入英国势力范围。
此时，刚刚到任的印度总督梅奥伯爵也一反其前任劳伦斯的审慎态度，他向英国政府正式提交报告，建议英国政府支持阿古柏在南疆独立建国，其政权将作为英国保护国存在，并立即与俄国政府谈判，和沙俄达成瓜分新疆的协议。1869年秋，英、俄两国在圣彼得堡举行了关于划分中亚势力的谈判。但由于俄国当局对南疆同样势在必得，因此双方并未达成共识。为抢在俄国人前面控制南疆，英印当局派遣福赛斯为使节，先后两次前往新疆，加紧与阿古柏的联系。1870年初，英国驻华公使威妥玛甚至奉英国政府之命，来到总理衙门虚声恫吓，要求清政府放弃新疆，当即遭到清政府的严词驳斥。期间，英印政府与阿古柏政权之间的贸易迅速增长，大量枪支、弹药、火炮源源不断地通过古老的贸易线路流入阿古柏手中，英国人甚至还帮助他开办了武器制造厂。
英国的举动让俄国人感到恐慌，这一系列动作意味着英国势力将对俄国的侧翼实现包围，而从当时的情况来看，阿古柏更倾向于英国一方。阿古柏虽想借助俄国人的力量保住自己窃取的中国领土，但也极为疑惧俄国人。因为，沙俄的目标在于完全控制新疆，让阿古柏变成如中亚诸汗那样的附庸，阿古柏目睹了俄国的对浩罕的入侵和对布哈拉的征服，自然预感到如果被俄国人控制，将遭到同样的命运。而且，以前他作为浩罕将领，曾多次在沙场上与俄军激战，曾身中5枪，创痕犹在，每次抚摸伤痕，阿古柏心里仍会涌起对俄国人的憎恨。1870年，英印政府派以福赛斯为首的使团赶赴新疆，与阿古柏进行谈判。福赛斯一行抵达喀什噶尔后，受到了阿古柏的隆重接待，阿古柏对他们的到来感到异常喜悦。为取得阿古柏的信任，福赛斯赠给阿古柏1门大炮和1万支枪。就这样，阿古柏完全倒向了英国这边。
虽然英国政府宣称，福赛斯一行不具有任何使团性质，也没有任何政治目的，但还是引起了沙俄极大的猜疑和嫉妒。为了对阿古柏施加更大的压力，1871年5月，沙俄土耳其斯坦总督考夫曼命令俄军迅速占领伊犁等地。俄军分两路进发，于6月底先后击败当地回民武装，攻占拱宸、瞻德、绥定、惠远等城。7月4日，俄军又占领伊犁苏丹政权的驻地固尔扎，夺取了整个伊犁地区。阿古柏感到形势严峻，急忙派遣使者携带着致英国女王和英属印度总督的信函出访印度，向英国求援。沙俄政府在侵占伊犁后，则开始修建军用公路，调集重兵，摆出一副随时干涉的姿态，并发出最后通牒。1872年6月，阿古柏慑于俄国的军事压力，与沙俄订立了《俄阿通商条约》，主要内容为：俄商有权在南疆各地自由通商，并在各市镇建造商行和货栈，派驻商业代理人；俄国商品运入南疆只纳2.5％的进口税，作为交换，俄国承认阿古柏为“哲德沙尔元首”。
土耳其苏丹阿卜杜勒·阿齐兹
阿古柏并不甘心成为俄国人的傀儡。1873年初，阿古柏派遣使节来到加尔各答，与印度总督诺思布鲁克密商共同对抗沙俄事宜。随后，阿古柏的使节又访问了伊斯坦布尔，给伊斯兰世界的宗主土耳其苏丹阿卜杜勒·阿齐兹送去了骏马、童男童女、绸缎、瓷器、黄金、茶叶等礼物，以寻求伊斯兰世界的帮助。当时的土耳其泛伊斯兰主义盛行，准备建立一个保卫伊斯兰教、反对俄国的伊斯兰大同盟，因此阿古柏的使节得到了阿卜杜勒·阿齐兹的盛情款待。苏丹笑纳了阿古柏的礼物，接受了阿古柏臣服于他的请求。他回赠阿古柏一顶皇冠和各种宝石装饰起来的帽子、衣服、宝剑，以及包括1200支步枪和6门加农炮在内的军火，还册封其为埃米尔，更派遣军事顾问前往新疆，协助阿古柏编练军队、巩固统治，这标志着阿古柏得到了以土耳其苏丹为代表的伊斯兰封建神权的支持。阿古柏为此十分高兴，穿戴着土耳其苏丹赐予他的皇冠、衣服，佩着宝剑，毕恭毕敬地向土耳其方向拜了又拜，以示感谢。此外，他还将“国旗”改得与土耳其的一模一样。1875年，面对清政府出兵的压力，阿古柏的使节再次出使伊斯坦布尔，请求土耳其派兵援助，接管七城的统治，并允许其到麦加朝圣。土耳其苏丹虽未答应这一要求，但还是给予其4000支步枪及6门山炮在内的大量军火支援。
当然，英国也没有放弃对阿古柏的拉拢，印度总督诺思布鲁克声称不把喀什噶尔看作在俄国势力范围之内，也不认为最近俄国和喀什噶尔签订的商约使他的看法有了什么变化。1873年夏，英印政府专门组建了中亚贸易公司，并在这年秋天再次派福赛斯使团前往喀什噶尔，向阿古柏递交了英国女王的亲笔信。阿古柏表现出一副感激涕零的样子，他对福赛斯说：“女王就和太阳一样，在她的温和的阳光里，像我这样可怜的人才能够很好地滋长繁荣。我特别希望获得英国人的友谊，这对我是不可少的。”
1874年2月2日，双方在喀什噶尔签订英阿《喀什噶尔通商条约》。条约共12则，主要内容为：英国承认阿古柏在其统治区的统治地位，派驻大使级的政府代表常驻阿古柏宫廷；作为交换，英国人将享有领事裁判权和最惠国待遇；同时，英国及其附属国居民可以自由出入阿古柏政权控制区域，并有权在此居住、经商、购置土地等，阿古柏政权对从印度运入的商品所征收的关税，不得超过商品价值的2.5％。英属印度与“哲德沙尔国”之间的贸易额由此逐年增长，至1876年，达到了300万卢比，其中包括大量军火贸易，单1874年的一笔交易，英国人就卖给阿古柏2万支滑膛枪。
在英国和土耳其的支持下，阿古柏对俄国态度逐渐强硬起来。这使俄国人颇为恼怒，一度准备发兵讨伐，但由于浩罕发生了大规模的暴动而未能实现。
清政府方面，虽然从19世纪50年代开始，大规模的内乱就不曾断过，太平天国运动、捻军、陕甘回民起义更是相继而起，直接威胁着清政府的统治，使其不得不“暂弃关外，专清关内”，全力对付“腹心之患”。但清政府并没有放弃新疆的打算，在新疆发生变乱后，清政府便迅速做出了反应。1865年2月，清政府任命成禄（胜保旧部）为乌鲁木齐提督，率兵3000进驻哈密，收复失地。但是成禄心中畏惧，一路上磨磨蹭蹭，动作缓慢。虽然朝廷多次下旨催促，但他依旧梭巡不前，并诿过于关内各道，说是他们提供的粮草不够，所以无法前行。成禄好不容易行至位于河西走廊中部的高台县，又遇到肃州回民起事，占据了嘉峪关及肃州城，他正好以此为由驻兵肃州高台县，从此兵不出城，也不肯再前进。驻兵高台期间，虽然各地运来的军饷足够供养其所统军队，但他仍大肆摊派粮草、煤炭、油烛等物，并向附近州县勒索年节犒赏。至1870年春，成禄搜刮到的财物包括捐输仓斗粮10余万石、捐钱约10万串，合银不下30万两。他用这笔盘剥来的钱财在当地养了个戏班子，沉醉于饮宴游乐之中，全不将收复新疆的使命放在心中。后来，他更是将自己宠爱的三姨太从北京接了过来，将这边塞小城当作了自己的安乐窝。高台地方贫瘠，民众难以承担摊派，成禄竟然借口当地百姓谋反，滥杀包括学童在内的无辜百姓200余人。
成禄虽然逗留不前，但哈密办事大臣文麟却率领一部清军进驻哈密。1869年8月，哈密协办大臣景廉也抵达哈密。清军即以巴里坤和哈密为基地，在汉族团练武装的支持下，与妥明的“清真王”政权展开了激烈的拉锯战。沙俄侵占伊犁后，清政府一面派使者前去交涉，一面派署理伊犁将军荣全进驻塔城，在塔城—库尔喀喇乌苏—博罗塔拉一线布防，做好收复伊犁的准备。并且命令景廉相机攻取乌鲁木齐。
从1874年起，随着各地起义相继被镇压，清政府开始调动清军，准备收复新疆。这年正月，广东陆路提督张曜率所部嵩武军行抵玉门关。3月，前乌里雅苏台将军金顺和凉州副都统额尔庆额率军出关。8月，清政府任命乌鲁木齐都统景廉为钦差大臣，督办新疆军务，金顺帮办军务，督率张曜、金顺、额尔庆额各部出关。清政府又命令陕甘总督左宗棠督办关外粮饷和转运事宜，以袁保恒为帮办，共图新疆。
但在清军准备出关收复新疆之际，1874年5月，日本入侵了台湾。当时日本政府以琉球船民被台湾高山族居民杀害为由出兵台湾，最后清政府妥协，以向日本政府赔款白银50万两了结此事。这一事件在清政府内部引起了关于“海防”和“塞防”之争的激烈辩论。当时，清政府连年用兵，还要支付大量赔款，财政十分拮据。因此，直隶总督李鸿章上《筹议海防折》，以军费紧张为由，建议清政府放弃新疆。他认为新疆万里穷荒，没有战事一年也要支出300万两白银，得不偿失，即使勉强收复，周边又强敌环伺，最后肯定也无法守住，而且新疆对中国来说只是肢体，失去也不伤元气，不像海防乃是腹心大患。因此他建议撤回新疆各路兵马，将节省下来的经费匀做海防欠饷。在他的影响下，“海防论”一时甚嚣尘上，除江苏巡抚丁日昌等封疆大吏外，光绪的生父醇亲王也赞同罢西征之说。英国驻华公使威妥玛也派出代表，提出将伊犁让与俄国，天山南麓让与阿古柏。清政府因此举棋不定，已经开始的西征计划一时陷入困境。
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| 广东提督张曜 | 李鸿章 |
山东巡抚丁宝桢、湖南巡抚王文韶、江苏巡抚吴元炳等封疆大吏则认为沙俄才是心腹大患，应该全力西征，“俄人不能逞志于西北，则各国必不致构衅于东南”。1875年3月，清政府将李鸿章等人的奏议寄给左宗棠，令他统筹全局，通盘筹划。
左宗棠（1812—1885年），字季高，湖南湘阴人，自小胸怀大志，曾写下“身无半文，心忧天下；手释万卷，神交古人”的对联以铭心志。左宗棠虽然科场不利，屡试不第，但他遍读群书，钻研舆地、兵法，致力于经世致用，表现出卓越的眼光和出众的能力，因此得到了当时许多名人的推崇。1849年，林则徐因病开缺回乡，路过湖南时，他特地深夜邀请这位布衣晚生到湘江岸边的一叶小舟上相见。两人一见如故，畅谈治国方略，并结为忘年之交。林则徐认定左宗棠是绝世奇才，于是将发配新疆期间整理收集的资料悉数托付左宗棠，并赠言道：“东南洋夷，能御之者或有人。他日西定新疆，非君莫属。”
1852年，太平军入湖南，围攻长沙，左宗棠应当时的湖南巡抚张亮基之邀，入幕参赞军务，由此开始了他一生的功名事业。在随后的岁月里，他先后辅佐张亮基、骆秉章两任湖南巡抚，内清四境，外援五省，时人有“天下不可一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠”之语。1860年，他随同曾国藩襄办军务，编练楚军，率军先后转战江西、安徽、浙江、福建、广东等地，历任浙江巡抚、闽浙总督等职。在平定太平天国的战事中，他立下殊勋，受封一等恪靖伯，成为清王朝中兴的主要功臣。1867年，左宗棠又受命出任陕甘总督，平定西北乱局。他到任后，即定下“先捻后回”的方略，接连取得大捷，顺利平定了蔓延数省、死伤千万的陕甘回民起义。
1875年4月12日，左宗棠上奏清政府，提出了海防、塞防并重的建议。左宗棠着重指出，一旦放弃新疆，外敌必将得寸进尺，到时候不但陇右危急，蒙古各地也将不保，停兵节饷对海防未必有利，对边防则必定大有损失。至于军饷耗费巨大的问题，左宗棠则提出了兴办军屯、民屯的建议。左宗棠的主张得到了军机大臣、总理各国事务衙门大臣文祥的大力支持。他认为放弃新疆乃是自撤藩篱，到时候敌人步步紧逼，势必形成两面受敌的不利境地。因此在廷议时，文祥力排众议，坚决主张西征。最终，清政府下定决心出兵收复新疆。1875年5月，清政府改派左宗棠为钦差大臣、督办新疆军务，金顺为乌鲁木齐都统，帮办新疆军务。
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| 陕甘总督任上的左宗棠 | 湘军军营 |
左宗棠受命后，立即开始裁汰冗员，整军经武，实行精兵政策。他将金顺部47营缩编为19营，将原景廉部34营编为19营，对其旧部徐万福回湘招募的4营勇丁则派员点验，将青壮者并成3营。对成禄旧部，在成禄被革职拿问后，左宗棠将该部12营挑汰整顿，并成3营。驻守哈密的文麟所部也进行了就地整顿，除保留吉林、黑龙江马队外，其余一律裁汰遣撤。经过一番裁汰后，西征军的战斗力得到了极大提升，同时也节约了大量粮饷。此外，左宗棠还着力提升西征军的武器装备，除在西安、兰州机器局大量仿制西洋枪炮外，还在上海、汉口、西安等地设立采买机构，大量采购西洋军火，确保西征军装备较先进的枪炮弹药，使其足以对付装备英国新式武器的阿古柏军队。与此同时，左宗棠还专门组建了一支专业化的炮兵部队，装备有后膛炮12门。
1875年7月，当沙俄政府派出的以索思诺夫斯基为首的所谓“科学贸易考察队”来到兰州刺探军情时，他们惊讶地发现，清军拥有的武器包括德国的毛瑟步枪、美国的雷明顿步枪等，不但在质量上堪比欧洲军队，数量上也毫不逊色。他们不得不承认，阿古柏的事业已经到了尽头，因为交战双方的实力太过悬殊。英国人包罗杰也评论这支军队不同于以往的中国军队，已经近似于一个欧洲强国的军队。
《孙子兵法》云：“凡用兵之法，驰车千驷，革车千乘，带甲十万，千里馈粮，则内外之费，宾客之用，胶漆之材，车甲之奉，日费千金，然后十万之师举矣。”根据当时的军粮配置，步兵每人每天配给军粮1斤10两，骑兵每人每天配给军粮2斤，战马每日每匹需饲料4—5斤、草料12斤。“粮运两事，为西北用兵要著”，为解决军粮问题，左宗棠一方面下令在哈密地区屯田，一方面建立了四条运粮路线：第一条路线从甘肃河西出发，出嘉峪关、过玉门，到达哈密；第二条路线从包头、归化城出发，经乌里雅苏台、科布多，至巴里坤；第三条路线从宁夏出发，过蒙古草原，到巴里坤；第四条是通过俄国人购买粮食，从斋桑淖尔出发，运至古城。当时，俄国正忙于准备与土耳其的战争无暇东顾，同时也为了削弱英国人的势力，便同意了左宗棠购买粮食的要求。经多方筹措，至开战前，左宗棠已经搜集了4000多万斤粮食。但一路转运到前线的费用惊人，“出关之师，粮运至哈密，每百斤已费银十一两有奇”，更不用说运输到乌鲁木齐以及更远的地方。除此之外，军械添置、军衣军饷发放，均需筹措大量银两。但此时清政府国库拮据，只拨付了一部分钱粮，而各省的协饷也是时有时无。为了确保西征的军饷开支，左宗棠将希望寄托在“红顶商人”胡雪岩身上。两人之间合作多年，在左宗棠镇压太平天国、创建福州船政局、兰州织呢局等事业中均活跃着胡雪岩的身影。胡雪岩果然不负厚望，他多方活动，以江苏、浙江、广东等地海关收入为担保，从汇丰银行借银1195万两，又以各省协饷作保，从华商手中借得175万两白银，有力地保障了收复新疆战事的顺利推进。
运粮的驼商
大军云集，粮草齐备，只待得令出征，但由何人统帅这支大军呢？左宗棠认为自己年老体衰，精力不济，于是毅然保举了湘军中的后起之秀，时任三品卿衔见署西宁道的刘锦棠。这年，刘锦棠刚刚30出头。但左宗棠称其英锐果敏，才气无双，足当重任，于是指派其为总理行营营务，指挥西征诸路兵马。当左宗棠询问刘锦棠出关作战需要多少人马时，他豪迈地回答道：“胜兵万人，足以横行，不在多也。”
刘锦棠（1844—1894年），字毅斋，是左宗棠的同乡，出身湘乡农家，先辈世代务农。太平天国运动爆发后，其父刘厚荣与弟弟刘松山投入湘军王鑫部。但不久后，他的父亲便战死于岳州，时年9岁的刘锦棠只能与祖母陈氏相依为命。为了复仇，少年时期的刘锦棠开始精研军事，到15岁时，他来到江西，投入叔父刘松山所部，开始了自己的军旅生涯。此时刘松山已因战功擢升为参将，所部称“松字营”。刘锦棠在其叔父军中参赞军事，随其转战江西、安徽等地，深得刘松山的赏识。1864年，刘锦棠因保卫湘军祁门大营有功，被两江总督曾国藩保举为知县，并赏戴蓝翎，时年20岁。太平天国起义被镇压后，他又加同知衔，并赏换花翎。从1866年起，刘锦棠随刘松山赴河南、河北、陕西等省，参与围剿捻军的战事。在其参加的十多次战役中，每战必捷，因此被左宗棠保奏，以道员即选，并加按察使衔。1869年，在镇压陕西回民起义的过程中，刘锦棠又立殊勋，降服董福祥、张俊、李双良等20万众，因此加布政使衔，并被赐予“法福灵阿巴图鲁”的称号。
1870年2月，刘松山在攻打甘肃金积堡马化龙领导的回民武装的战斗中，中炮阵亡。回民武装趁机发动猛烈反击，并切断了湘军粮道。在主将战死、粮道被断的不利情况下，刘锦棠挺身而出接过指挥权，击退了回民武装的反击，并以此威服诸将，顺利掌握了军权。后经左宗棠奏请，刘锦棠以三品卿衔正式接管刘松山旧部。在随后的战事后，刘锦棠身先士卒，谋而能断，先后攻占金积堡外570多个堡寨，迫使马化龙和其子马耀帮于次年1月出降。不久后，刘锦棠按照左宗棠所示，将马化龙及其亲属伙党1800多人全部处死。开炮打死刘松山的回民头领马八条则被剖腹剜心，以祭奠刘松山的亡灵。在为其叔父报仇后，刘锦棠扶灵回乡，回到湖南。
《平定陕甘新疆回匪战图》
1872年7月，刘锦棠带着招募来的一些湖南子弟，回到甘肃，再次投入镇压回民起义的战事中。他率部连战连捷，先后攻占西宁、肃州等重镇，迫降马文禄、马桂源等回民武装重要首领，另一回民武装重要首领白彦虎则率残部进入新疆。至1875年1月，陕甘地区各路回民武装均被剿灭。刘锦棠也因为其立下的战功被任命为署西宁兵备道。随着西征军主帅的任命下达，他也即将攀上其人生事业的最高峰。
风驰电掣克顽敌
1875年夏，左宗棠在兰州召开分统以上将领参加的军事会议，商讨作战计划。会上，左宗棠与刘锦棠两人将战略方针定为“先北后南，缓进速战”。所谓“先北后南”是因为新疆地势北高南低，先行收复北疆，可以居高临下，控扼南疆，同时乌鲁木齐周边土地肥沃，可以就地解决大部分军粮。“缓进急战”即战役与战役之间准备要充分，故前进要缓，一旦发起进攻，则必须迅速结束战斗，防止顿兵坚城之下。
1876年2月，各路大军陆续向肃州集结，主力为刘锦棠所部马步25营（包括董福祥部数营甘军），部将有汉中镇总兵谭上连、宁夏镇总兵谭拔萃、陕安镇总兵余虎恩等人。除此之外，西征军的阵容中还包括广东陆路提督张曜所部嵩武军16营，凉州副都统额尔庆额所部马队，乌鲁木齐都统金顺统帅的旧部与原景廉、成禄部共40余营，记名提督徐占彪所部蜀军7营等，以及后来征调的金运昌所部卓胜军10营，共计7万余人。英国人得知清政府下令收复新疆的消息后，连忙派遣福赛斯以英印政府代表的身份来华活动。4月8日，福赛斯会见了李鸿章，他极尽恫吓之能事，吹嘘阿古柏的实力，称俄国人也将帮助阿古柏，企图动摇清政府西征的决心，但清政府并没有为其所动。
“腰横剑气腾空出，侧耳乡音夹路闻。”1876年4月，西征军主力湘军马步25营，先后分四批出星星峡，向哈密进发。4月26日，刘锦棠亲提大军从肃州起程，踏上了西征的漫漫征途。
19世纪70年代的肃州
与西征军相比，阿古柏的军队无论在兵力上还是士气上都远远不如。“哲德沙尔国”的常备军约为3.5万人，主要兵种有步兵、骑兵、炮兵和抬枪部队。其中步兵被称作“沙尔巴兹”，主要以火枪为武器；骑兵被称作“吉杰特”，是军中精锐，主要使用腰刀和卡宾枪，而一部分东干人骑兵则使用长矛；炮兵由2个炮兵连组成，使用的武器有滑膛炮和线膛山炮；抬枪部队则主要由汉人和东干人组成，使用一种类似小型火炮的大型火绳枪，需4个人才能使用。同时，阿古柏在乌鲁木齐、吐鲁番等地组建了东干人团练，兵力约为1万人。他们的武器主要来自英国、土耳其等地，此外英国人的中亚贸易公司还能为阿古柏源源不断地提供军火。
阿古柏军队的训练最初是依照阿富汗、英国、俄国各式操典的结合体进行的，但在与土耳其建立联系后，土耳其式操典成了阿古柏军队的主流，来自土耳其的教官充斥着“哲德沙尔国”的军营。阿古柏的军队实行军衔制，由下至上分为列兵、达巴什（十人长）、皮扬吉巴什（五十人长）、玉子巴什（百人长）和胖色提（五百人长）。遇有战事时，阿古柏会临时任命一位拉什卡尔巴什为最高军事指挥官，由他指挥5—10个五百人队。各级指挥官中除少数维吾尔族军官外，几乎全部为浩罕人所把持。其军中的维吾尔族士兵均为强制征发而来，每家每户都必须出1—2人从军，但他们很难按时获得军饷，很多时候除了每天的2个馕外别无他物。有的士兵在5年服役期内只领到了2件长衫和25腾格现金，没有获得任何给养。
为加强对军队的思想控制，阿古柏在军中派驻司法官、经训诠释官、宗教治安官等宗教官员，由他们传达军令，监督军令执行，灌输伊斯兰极端思想。但是，除少数阿古柏的心腹爪牙外，强制征发来的当地士兵均士气低落，时有逃亡。而安集延等地招募来的雇佣兵，他们来到新疆的目的只是为了掠夺和发财，能为阿古柏的“王冠和宗教进行战争的人”极其稀少。
除此之外，阿古柏还得到了逃窜至新疆的白彦虎残部的支援。1873年9月，白彦虎所部回民武装在遭到刘锦棠部重创后，其残部6000余人逃入新疆，向哈密城进犯，清政府急令景廉调派马队星夜兼程赶赴哈密。白彦虎一度攻破哈密回城，俘虏了哈密王伯锡尔的福晋，但很快被赴援的清军大败，只得再次窜逃。1873年10月，白彦虎率残部退往吐鲁番，在那里，他投靠了阿古柏。为了笼络白彦虎，阿古柏将自己的女儿嫁给了他。白彦虎在投降阿古柏后，率部进驻玛纳斯，后受阿古柏之命，进窜沙山子、马桥等地，并以此为跳板北上，进犯科布多南境，切断清军补给线。白彦虎忠实地贯彻了阿古柏的要求，多次出兵窜扰清军。1874年1月，白彦虎在乌梁海地区劫得清军饷银百万两之多，随后他率军向玛纳斯急归。清政府急调附近清军及民团截击。1月19日，徐学功及所部400余人发现白彦虎行踪，但徐学功考虑到自身兵力薄弱，难以正面截击，于是他心生一计，称自己乃是阿古柏派来的援军。白彦虎不疑有诈，遂让徐学功与其同行，白彦虎在前，徐学功则跟在其后面。次日，徐学功突然向白彦虎后队发起进攻，大败白彦虎，夺回了全部被劫饷银。随后，白彦虎又多次窜扰，袭击清军粮道，但皆被清军击败，不得不退往乌鲁木齐。
5月，西征军前锋谭上连部抵达巴里坤。随后，谭拔萃和余虎恩也相继率部到达。5月底，刘锦棠来到哈密，他下令将哈密存粮全部运至巴里坤、古城两地，以确保物资供应。清军的布置是：以徐占彪所部蜀军保护粮道安全，防敌北逃；金顺部驻兵最前线的济木萨，并分兵一部防止乌鲁木齐方面的敌军逃往玛纳斯；张曜所部嵩武军驻守哈密，防敌东窜。而阿古柏的布置是：以马人得为乌鲁木齐阿奇木伯克，率军驻守乌鲁木齐，同时统筹古牧地、昌吉、呼图壁和玛纳斯诸城；白彦虎部驻守红庙子（乌鲁木齐汉城，即迪化州城所在地），主力则集结于古牧地，妄图阻挡西征军前进。
白彦虎所部回民武装
7月1日，刘锦棠抵达古城，驻兵木垒河。7月11日，他率轻骑来到济木萨金顺的驻地，查看前线形势，商讨进军方略。双方商定合军出击，直捣白彦虎主力驻扎的古牧地，只要古牧地被攻克，敌军势必不能固守乌鲁木齐和红庙子，而只能退守吐鲁番。7月21日，刘锦棠率兵来到济木萨，与金顺部会合。7月28日，两军又进驻济木萨以西120公里的阜康县城，直逼古牧地，随后发动了西征以来的第一场战役——古牧地之战。
古牧地，又名“辑怀城”，位于今乌鲁木齐市米东区，乃是乌鲁木齐的北大门，也是阿古柏的第一道防线。在清军主力向阜康一带集结的时候，白彦虎一面向阿古柏求救，一面离开红庙子，来到古牧地坐镇指挥。阿古柏在得知清军大举进逼的消息后，立刻命令阿孜木库尔率领600精骑与4个五百人队增援白彦虎，他本人则率主力1万余人作为后援。
面对这一情况，刘锦棠当机立断，下令发起进攻。阜康通往古牧地的那条大路，从离阜康城20里处的西树儿头子至黑沟驿之间的50里全是戈壁，除甘泉堡一处枯井外别无水泉，即使甘泉堡这处古井开掘后也只能供100多人一天饮用。于是白彦虎让开大路，屯兵于水源地黄田，筑卡树栅，以引诱清军从大路出击，准备趁清军人困马乏之际，突然发起袭击。刘锦棠询问当地土著，得知水源地黄田就在黑沟驿之上，而其上游就是古牧地的时候，决定将计就计。他于8月9日派出一部分士兵来到甘泉堡，故意在那里挖掘枯井，摆出一副从大路出击的样子，以迷惑敌军。白彦虎果然中计，只待以逸待劳击败清军。却不料刘锦棠于次日率部与金顺会合后直趋黄田，迅速占据了山冈位置，随后于黎明时分发起了猛烈的进攻。参将董福祥率所部直捣中坚，势如猛虎下山，有诗赞道：
手牵牙旗夺隘入，骁腾无一不当百。 守贼晾醒睡眼看，突讶神兵从天来。
从睡梦中惊醒过来的敌军在经历了最初的慌乱后，开始了有组织的抵抗。陕安镇总兵余虎恩与记名提督黄万鹏两将率马队分左右两路直扑敌军，其雷霆一击迅速击败了敌军马队的反扑。不过，敌军并未立即溃散，而是在会合后发动步兵再次反扑。刘锦棠遂命跟进在马队后面的宁夏镇总兵谭拔萃、汉中镇总兵谭上连两部居中迎敌，马队则绕至侧翼左右包抄，如暴风骤雨，锐不可当。敌军终于抵挡不住，在丢下大量辎重后狼狈逃窜。刘锦棠一路追击至古牧地，见该城城墙高大坚固，一时难以攻克，遂回到黄田暂作休整。
首战告捷后，8月12日，西征军来到古牧地城下，刘锦棠部驻东北面，金顺部驻东南面。次日，阿古柏派来的援军在阿孜木库尔率领下从红庙子驰援而至，刘锦棠遂命马队在步兵配合下下山迎敌，迅速将其歼灭。阿孜木库尔当场被毙，只有100余人逃脱。随后，西征军步兵在开花大炮的支援下，先后攻克城外的山垒和城关两地，清除了敌军城外据点，从而完成了对古牧地的包围。由于清军具有压倒性的火力优势，敌军只得困守孤城。在清军火炮的猛烈射击下，古牧地多处城墙被炸出缺口，破城只是时间问题。
董福祥
刘锦棠与金顺商议后，决定在8月16日晚发起总攻。由谭拔萃等将领率军攻打城东北角，谭上连等部攻打东城，总管湘军营务处的罗长祜则指挥城南炮队，掩护攻城部队。同时，刘锦棠又命记名提督谭和义、谭慎典等将伏兵护城壕中，等炮火炸开城墙后强行攻入。除此之外，为防备敌军弃城逃窜，刘锦棠还布置了多路人马防守城外诸要津，以截击逃敌。刘锦棠本人则亲率马队驻守城南山垒督战。
8月17日拂晓，伴随着震耳欲聋的火炮声，西征军发起了总攻。清军猛烈的炮火迅速炸开了城墙，先锋董福祥在囊土填平壕沟后，率部首先从缺口冲入，与守敌进行了激烈的巷战。经一番激战，西征军全歼守敌6000余人，而自身仅付出了阵亡158人、伤455人的轻微代价。唯一遗憾的是白彦虎不在城内，因此未能将其擒获。不过，在缴获的一封乌鲁木齐阿奇木伯克马人得写给古牧地守将的信中，刘锦棠得知乌鲁木齐城内的精锐已经全被调去古牧地，现在城防空虚，而南疆的援军尚未赶至。刘锦棠当机立断，决定乘胜追击，一鼓作气攻下乌鲁木齐。
8月18日，在留下一部分军队防守古牧地后，刘锦棠亲率大军分三路直趋乌鲁木齐。迫于西征军的凌厉攻势，白彦虎、马人得等自知难以抵挡，仓皇出逃。于是，清军不费一枪一弹地收复了乌鲁木齐三城，缴获敌军存粮100多万斤。此时，经过阿古柏匪帮及其爪牙的反动统治，乌鲁木齐城内一片凋敝残破，仅有汉回居民数十人。正所谓是：
乱后全无旧井屯，萧条兵火数家存。 炊烟带雨迷荒市，蔓草连根入断垣。
“夜奏甘泉书报捷，重恢疆域种葡萄。”就这样，刘锦棠取得了三日连克四城的辉煌战果。迫于西征军的赫赫声威，昌吉、呼图壁等地敌军望风披靡，纷纷南逃。对于这一战，英国人包罗杰评论说：“这次进军，其行动是如此的隐蔽，而攻击又是如此的神速和巧妙。基于此，其战果之显著，不管是在中国还是在中亚细亚的历史上都是前所未有的。”
收复北疆之战
与此同时，北疆清军也攻克了妥明残部据守的玛纳斯北城。早在2月份，清军便已经着手攻打玛纳斯了。2月23日，凉州副都统额尔庆额、总兵冯桂增为抢头功，率吉江马队约2000人乘夜扑城，结果失利，额尔庆额身负数创，冯桂增战死，阵亡官兵200余人。在随后的围城战中，各路清军又各行其是，以至于久攻不下。直至8月份，守将余小虎等人见大势已去，率亲信南逃后，清军才趁势攻下北城。残余回民武装据守南城负隅顽抗。清军在攻打南城的战斗中，再次遭受挫折，损失颇重。于是，金顺不得不率部前去支援。而刘锦棠则留在乌鲁木齐，指挥各部肃清北疆各地残敌。10月，金顺等部久攻玛纳斯南城不克，不得不向刘锦棠求援。于是刘锦棠派遣罗长祜等人率领步队6营、马队5旗（一旗为半营，共125骑）前去增援。各路清军会合后，于11月6日攻下了玛纳斯南城。至此，西征军收复了北疆所有地区，使肃州、哈密、塔城连成一片，防止了阿古柏北窜的可能性。
不过，由于已至冬季，大雪封山，粮草辎重难以运输，同时军中因水土不服患病者也较多，西征军不得不暂缓进军，以待次年雪融冰消，再整军出发直指南疆。
在西征军收复乌鲁木齐，取得北疆战事大捷的同时，英国为维护其在新疆的利益，出面进行所谓的调停。驻华公使威妥玛通过李鸿章转告清政府，称英国将代阿古柏向清政府乞降，其“哲德沙尔国”可以作为清政府属国存在，但是只隶版图，不必朝贡，以免劳师糜饷，兵连祸结。10月中旬，总理各国事务衙门将这一情况转告左宗棠，并征询其意见。左宗棠对此予以了坚决驳斥，称南疆乃中国领土，阿古柏窃据此地，即是大清之贼，岂有让其立国之理。所谓代阿古柏乞降，只是英国为维护其利益的借口，断不能从。
1877年1月，清政府首任驻英公使郭嵩焘抵达伦敦，英国政府即命威妥玛与其谈判新疆事宜。威妥玛称阿古柏的“哲德沙尔国”是主权国家，要求清军立刻停止进攻，这样既有利于中英之间的贸易，也能防止俄国长期占据伊犁。同时，威妥玛还提出英国愿意出面调停，让阿古柏遣使议和。在谈判过程中，郭嵩焘向清政府提出意见，力主对英妥协，认为西征劳师糜饷，新疆为无用之地，只要阿古柏不再滋事便应当和解，让阿古柏的政权作为清政府附属国存在。这一主张无疑极其短视，为左宗棠坚决反对。
阿古柏方面，虽然北疆诸地全为清军收复，但损失的人马多为白彦虎等回民武装，其主力并未受损。在清军于北疆休养之际，他调兵遣将，集结精锐，沿天山一线利用关隘重点设防，其中达坂城、托克逊、吐鲁番三城均布置重兵，三城互成掎角之势，击其一点，其余两地可以分兵驰援。阿古柏企图依靠这一铁三角防线阻遏清军南下，继续维持其“哲德沙尔国”的反动统治。其中，达坂城守将为其大总管爱伊得尔呼里，有精兵5000人；吐鲁番守将为布素鲁克之侄艾克木汗、马人得和白彦虎，守军约8500人；托克逊城则由其次子海古拉防守，有步骑6000人、大炮6门；阿古柏则亲自坐镇喀喇沙尔指挥，其布置在前线的总兵力为27000人。
威妥玛及其使馆内随从
对于阿古柏的这一布置，左宗棠认为只要三处得手，歼灭其主力部队，则如破竹之势。因此，左宗棠决定，由徐占彪、张曜率所部人马攻打吐鲁番，刘锦棠则率主力攻打达坂城，在两城克服后，再进攻托克逊。为加强刘锦棠所部实力，左宗棠还调来了侯名贵指挥的炮队1营（有后膛炮12门）及肃州镇总兵章洪胜等人率领的马队3营。张曜、徐占彪也分别得到了马队和炮队的补充，实力有所增强。
1877年4月，在经4个月的补充和休整后，西征军再次启程，发起了收复南疆的战役。4月14日，刘锦棠亲率大军由乌鲁木齐南下，于4月16日兵临达坂城下。该城雄踞通往南疆的要道，阿古柏在山口修建了高大坚厚的新城，由其悍将爱伊得尔呼里把守。当时守敌将湖水引入城下草泽中，形成了一汪深及马腹的泥塘。他们自恃有此天险万无一失，于是放松了防备。刘锦棠通过侦查得知这一情况后，遂命余虎恩、谭上连两将率部急驰，乘着夜色悄悄渡过泥塘，迅速占领了城外有利地形，将达坂城四面合围。次日，守敌才发现城池已被包围，慌忙开枪射击。中午时分，刘锦棠冒着敌军密集的子弹，来到城下巡视。其坐骑中弹而死，但刘锦棠不为所动，易马继续前行，并指挥各营迅速挖掘壕沟，修筑营垒。
4月18日，西征军将开花大炮运至城下，开始修建炮台。此时，敌军托克逊守将海古拉得知达坂城被围，派骑兵1500人前来解围，但被清军击退。守敌企图突围，但这一计划被从城中逃出的当地维吾尔族群众报告给了清军，刘锦棠遂命令在城外布满火炬，将城垣周边照得亮如白昼，使敌军行动无所遁形。
4月20日，在侯名贵的指挥下，西征军的火炮对达坂城进行了猛烈轰击。敌军炮台首先被摧毁，随后城墙也被轰塌多处。守敌根本无力还击，只得坐以待毙。不久后，西征军的一颗炮弹击中敌军弹药库，引起剧烈爆炸，声震全城。在大风的助力下，火焰迅速蔓延，引爆了其他弹药。西征军则趁着敌军混乱之际发起总攻，一举攻克该城。此役，毙敌2000余人，俘获1200余人（包括守将爱伊得尔呼里及6名五百人长），缴获战马800多匹、各类枪炮军械1400余件、大炮1门，而清军仅仅战死52人，受伤116人。
攻克达坂城后，刘锦棠对俘获的敌军进行了甄别，其中附从的土尔扈特人和维吾尔人均给以衣粮，放还原籍。释放的俘虏回到托克逊后，阿古柏害怕他们会削弱军队的战斗意志，于是下达了处决令。一部分人被杀，剩下的人听到消息后投奔了清军。此消息一出，南疆各地与阿古柏更是离心离德。同时，阿古柏的军队在听说达坂城被攻克，“一人一骑不返”的消息后，也是乱作一团，或向清军出降，或逃亡喀什噶尔，阿古柏根本难以约束。
列阵中的湘军
此时，国际形势也对清政府极为有利。1877年4月24日，俄国以拯救土耳其压迫下的基督徒和保护斯拉夫兄弟为由，向奥斯曼土耳其宣战，发动了第十次俄土战争。俄国人企图通过战争控制巴尔干，进而控制黑海通往地中海的咽喉博斯普鲁斯海峡，以打通出海口。英国的注意力也被转移至巴尔干方向，再也无暇顾及新疆地区。对英国政府来说，阿古柏只是能够利用的对象，绝不会为他牺牲自己的利益。
“将军金甲夜不脱，半夜军行戈相拨。”4月25日拂晓，刘锦棠在白杨河分兵两路，一路由罗长祜率领，共计马步6营，与徐占彪、张曜会合后攻打吐鲁番；一路由他亲自率领，共计马步14营，直捣托克逊。刘锦棠主力行军至小草湖时，当地维吾尔族群众纷纷前来报告，称敌军准备逃窜，并焚烧附近村庄，准备裹挟当地居民一起西逃。于是，刘锦棠挥军疾进，于15点左右行至距城10里之地。刘锦棠只见前面火光四起，枪炮声隐约可闻，知道敌人就在附近，遂命令马队立刻奔驰前进。双方在城郊展开激战，刘锦棠亲率主力驰来，横截敌军，敌军节节败退，只得焚烧存粮、火药，弃城逃窜。清军奋力追击，酣战通宵，贼尸遍野。4月26日，刘锦棠收复托克逊。此役，清军杀敌2000余人，俘敌100余人，缴获战马200余匹、枪械2000余件，自身仅伤亡90余人。同一日，罗长祜所部也抵达吐鲁番，与徐占彪、张曜所部会攻该城。此时，白彦虎已经再次丢下城池逃窜，守敌马人得势单力孤，被迫率部投降。由于粮饷一时难以运到，刘锦棠与左宗棠商议后，决定先行休整，待8月秋凉后继续南下。
至此，西征军在决战中歼灭了敌军主力，打开了通往南疆的大门，阿古柏利用天山之险布重兵顽抗的企图破灭。刘锦棠也因为这一功勋赏戴双眼花翎，“其以监司受戴，恩与督抚无异，朝廷眷注之隆，为二百年所未有”。
收拾金瓯一片
十万旌旗环大漠，莫教勃律过天山。
在刘锦棠率领西征军凯歌高奏、狂飙推进的同时，阿古柏的反动政权也在土崩瓦解中，大小官吏纷纷给清军写信输诚，连他的首席司库乌守尔见大势已去，也携带着阿古柏用于前线的所有金银并伙同50余人投奔到西征军阵营。饱受阿古柏苛政荼毒的当地维吾尔族欣喜地欢迎西征军的到来，“各城阿奇木、阿浑、玉子巴什携酒酪，献牛羊，络绎道左”，他们或为向导，或随清军打仗。阿古柏军中的维吾尔族士兵也纷纷丢下武器，向清军投诚，“没有一个城镇向皇帝陛下的大军射过一粒子弹”。
在南疆各地，到处都流传着这样一首民谣：
和台人从北京赶来了，就像天上的明星。 安集延人转身逃走了，就像林中的猪锣。 他们来去空空，这些安集延人！ 他们仓皇逃窜，这些安集延人！
5月29日，众叛亲离的阿古柏在阿勒泰暴卒。其死因众说纷纭，最流行的说法是，阿古柏知人心已去，日夜哭泣，最终服毒自杀。还有说法是，他是被和田的阿奇木伯克尼牙孜·哈克木毒杀的，虽然“他们在一起时，犹如蜂蜜和黄油混在一起不分你我，但在背地里却彼此玩弄阴谋，想方设法努力消灭对方”。据说他重金收买了阿古柏的几名侍从，而阿古柏当时由于一连串失败的打击，脾气极为暴躁。有一天，他在痛打他的一位书记官后，十分口渴，便让侍从进茶来，茶中已被放入毒药，他喝下后中毒身亡。此外，还有一种说法是，阿古柏在打死一名办事不力的书记官后，继续殴打他的一名司库，没想到司库居然反抗，反而将阿古柏打得失去知觉，随后阿古柏伤重而死。
阿古柏死后，众人秘不发丧，直到其次子海古拉率兵从喀喇沙尔来到库尔勒后，才于6月1日宣布了阿古柏的死讯。阿古柏死后，“哲德沙尔国”迅速因内部争权夺利四分五裂。海古拉匆匆宣布艾克木汗为副手，命其主持库尔勒一带的防务后，便以运送阿古柏尸体为名，准备回喀什噶尔与兄长伯克胡里争夺汗位。
但是海古拉刚离开便后院失火，艾克木汗自立为汗，改称“艾克木汗条勒”，并派兵占领了阿克苏。失去退路的海古拉只得硬着头皮带着随从继续前进，6月23日，他在克孜勒苏河的一座桥上被他的哥哥伯克胡里派人截杀。还有说法是，伯克胡里亲自用枪打死了他。8月13日，伯克胡里率兵打败艾克木汗条勒，进占阿克苏，艾克木汗条勒逃往俄国。不久后，他又率兵击败了已经投诚清军的尼牙孜·哈克木。但这并不能挽回“哲德沙尔国”最终灭亡的结局。清军收复南疆的新一波攻势已经开始了。
在西征军整军备战的同时，左宗棠还从全局出发，思考如何治理大乱后的新疆。他一面在各收复地区设置善后局，作为临时政府，招合离散，组织生产，一面又提出了设置行省的建议。他认为，面对内忧外患的动荡局面，原有的军府体制已经不适应治理新疆的需求，为了杜绝外敌的觊觎，必须在新疆设置行省，改行郡县制。
8月25日起，休整了4个月的西征军拔营依次出发，一路上设哨驻垒，稳步前进。10月初，刘锦棠亲率马步军主力与各路人马齐聚曲惠。10月3日，刘锦棠命记名提督余虎恩、黄万鹏率马步14营攻打库尔勒城，准备一举歼灭据守此地的白彦虎部众。他本人则率大军于10月5日出发，直捣喀喇沙尔。当时留驻喀喇沙尔一带的白彦虎，听说西征军即将到来，连忙掘开海都河（又称“通天河”）堤坝，妄图阻碍清军前行，以河水掩护其逃亡。顷刻间，洪水蔓延数百里，来不及逃走的附近居民，被淹死无数。当清军来到河畔时，只见一片汪洋，最浅的地方也到马背位置。西征军依靠当地蒙古族群众的帮助，绕道百余里，抵达开都河东岸，之后派出一部搭造浮桥，挖修车道；另一部则轻骑简装，渡过水漫区，直取喀喇沙尔。
海都河
10月7日，西征军进入喀喇沙尔，当时城中水深数尺，一片泽国景象，官署、民舍荡然无存，城中居民均被裹挟而走。10月9日，西征军进入库尔勒城，得到的同样也是一座空城。据俘虏告知，白彦虎在抢掠秋粮后，裹挟大批民众运粮西走库车。但当时清军运粮的车驼未至，过水泽时又丢弃了过多的军粮，因而出现了断粮的情况，刘锦棠只得下令暂缓前进。他一面飞书后方，要求尽快将粮食运至前线，一面挖掘地窖，搜寻当地居民窖藏的粮食，解燃眉之急。10月12日，军粮终于运到，刘锦棠立即拣选精锐，追击白彦虎。
由于白彦虎裹挟了大批百姓，因而行进缓慢，西征军日夜兼程，终于在10月16日于轮台赶上了其逃亡大队。敌军后队千余人排队迎战，西征军一阵猛冲，阵斩百余人，其余敌军纷纷四散奔逃。西征军继续追击40里后，再次发现敌军踪迹，其中持械者不过千余人。此时白彦虎见清军追至，不敢恋战，丢下大批被裹挟的群众狼狈而逃。10月17日凌晨，白彦虎刚刚逃到库车，刘锦棠便已亲率大军追抵城下。见城下郊野都是不愿跟从白彦虎逃亡的维吾尔族群众，刘锦棠下令猛击敌阵，歼敌千余人，白彦虎率残部逃脱。此战，西征军连续奋战6昼夜，追击900里，一路解救被裹挟的各族群众10万余人。10月21日，西征军收复拜城。在短暂休整后，西征军于次日履冰而行，“风头如刀面如割，马毛带雪汗气蒸”。西征军在急行军80里后，于铜厂地区再次追到正在渡河的敌军。西征军趁机掩杀，刘锦棠亲率骑兵中路突击，再次大败白彦虎。敌军人马之尸堆积河中，水为之不流，但依旧未能擒获白彦虎。10月24日，西征军追至阿克苏城下，等待清军多日的当地维吾尔族群众打开城门，迎刘锦棠军队入城。西征军继续穷追猛打，一直追到戈壁滩上，不见敌军踪迹，这才收兵回返。当白彦虎摆脱追兵，逃至喀什噶尔附近时，其部众已不足百人。这次追击战，西征军一路穷追猛打，不给敌军以任何喘息机会，在短短20多天内行军3000里，收复4城，取得了极大的战果。有诗赞道：
铁谷关头万岭齐，军声直走海都西。 前锋夜半遮归虏，马上生擒胖色提。
正当刘锦棠打算在阿克苏等地休整一段时间，补充兵员和给养，等张曜率军到达阿克苏后，再合兵直捣敌军老巢喀什噶尔时，原清军降将何步云宣布反正。他趁伯克胡里率兵攻打和田城的尼牙孜·哈克木时，率领数百满汉军民占领了汉城，俘获了伯克胡里的家眷。伯克胡里连忙回转，杀回喀什噶尔，包围了汉城。何步云依靠高大的城墙顽强据守，并派遣使者向刘锦棠求救，望其立即赴援。刘锦棠得知消息后，当机立断，决定由余虎恩从阿克苏出发，正面佯攻，记名提督黄万鹏等人从乌什出发，取道布鲁特边界，迂回包抄，他本人则率军进驻巴尔楚克和玛纳巴什，以作策应。
12月17日，余虎恩和黄万鹏两军进抵喀什噶尔。此时伯克胡里正与白彦虎合围汉城，城外贼骑遍布，城内火光冲天，何步云竭力抵抗，战事正酣。余虎恩见此情形，立即发起攻击。在清军的两面夹击下，敌军毫无斗志，顷刻间土崩瓦解，纷纷四处逃窜，叛国贼金相印父子也被俘获，后被处死。清军一路追亡逐北，直至中俄边界。由于伯克胡里和白彦虎率残部逃入俄国境内，清军不得不回返。攻占喀什噶尔后，清军一路高唱凯歌，守敌均望风披靡。12月21日，清军收复叶尔羌。12月24日，袭取英吉沙尔。次年1月2日，收复和田。至此，除伊犁地区还在沙俄手中外，其余失地已全部光复。从库尔勒开始，清军在两个月的追歼战中，军行“五千余里，未尝亡一裨将，兵威之盛，汉唐开边之臣所未闻也”。
收复新疆之役
清军西征所取得的巨大胜利，粉碎了英、俄帝国主义侵占新疆的阴谋，极大地振奋了国民。维吾尔族历史学家莎依然米这样写道：“虽然可汗秦（泛指中央政权）周边的俄国、德国、英国、意大利或其他皇帝曾企图侵略大可汗，但是大可汗在他们面前就像一座大山一样呈现出自己的雄壮。其他皇帝就像一条小河一样冲撞大山，但无法动摇它，它们将慢慢地平静下来。”同时，这巨大的胜利也使得帝国主义瓜分中国的野心不得不暂时收敛，正如包罗杰所说：“中国人克复新疆，毫无疑义，是近50年里在中亚发生过的最值得注意的事件。同时，这是自一个多世纪前乾隆征服这个地区以来，一支由中国人领导的中国军队所曾取得的最光辉的成就。这又以一种更为不合我们口味的方式证明，中国具有一种适应能力，必须承认这是在中亚日常政治生活中一个很重要的事实。”
1882年3月，虽几经波折，清政府最终还是虎口夺食，从俄国手中收回了伊犁地区，新疆建省一事终于再次提上议事日程。1884年11月17日，清政府发出上谕，正式确定新疆建省，刘锦棠成为首任新疆巡抚。1885年9月5日，左宗棠病逝，享年73岁，谥号“文襄”，取其“辟地有德、甲胄有劳”之意。
最后，让我们用左宗棠好友杨昌浚所作的一首诗来结束：
大将筹边尚未还，湖湘子弟满天山。 新栽杨柳三千里，引得春风度玉关。