清初三藩之乱（三藩之乱始末）
清初三藩之乱简介
清初三藩之乱：清朝初年，由于清朝统治者力量不足以直接控制南方各省，因此分封明朝降将中有功者管理一些南方省份：吴三桂封平西王，镇守云南，兼辖贵州；尚可喜封平南王，镇守广东；耿仲明封靖南王，他死后，儿子耿继茂袭封，镇守福建。三藩为何叛乱，康熙是如何平定此乱的？清初三藩之乱，这里将梳理三藩之乱的始末。
清初三藩之乱过程分析——
一 吴藩倡乱
◎千人石上坐千人，
一半清朝一半明。
寄语娄东吴学士，
两朝天子一朝臣。
云南昆明，康熙十二年（1673年）十一月月底的一天清晨，清平西王吴三桂没有穿着大清官服，反而一身汉式缟素、头戴方巾来到了城郊永历皇帝的墓前，身后三军诸将皆是如此打扮。吴三桂在永历陵前亲自酌酒，三呼再拜，趴倒在地、恸哭不止，身后三军同悲、声震如雷。大放悲声的吴三桂几乎不能起身，而墓中之人、南明的最后一位皇帝——永历帝朱由榔——十年前正是被他擒获绞死的，现在他却拜倒在永历墓前痛哭流涕，这是为何？与其说吴氏是在哭故主，不如说他是在哭自己，他曾抛弃名节、卖力为清朝攻城略地、奋斗半生，换取了一顶王冠、一方属地，正希望在此永享富贵，却接到了朝廷的撤藩令。根据清廷的旨令，他将要回到荒凉的关外，失去现在拥有的一切，连自身安危、子孙性命也不知能否保全，这一切怎能不让他悲从中来呢？
◎永历皇帝墓地
哭陵倡乱后的第二天，全身披甲的吴三桂在校场进行了一次声势浩大的阅兵，发出了一道讨伐清朝的檄文，宣布与清廷彻底决裂，并派人奔赴各地联络部将故交，并遗书平南、靖南二王和台湾的郑经，相约起兵，共击清朝。一场旷日持久、长达八年的藩镇变乱——三藩之乱——拉开了序幕。
吴三桂是明朝辽东人，锦州总兵吴襄之子。崇祯皇帝登基后开武科取士，不满二十岁的吴三桂一举夺得武科举人，后来被任命为明朝总兵官，在明末崇祯年间驻守辽东山海关等地，防备在满洲崛起的后金。崇祯十七年（1644年）三月，已经席卷北方的李自成的农民军（大顺军）逼近北京，惊慌失措的崇祯皇帝朱由检急忙下诏加封吴三桂为平西伯，要他放弃山海关外的宁远（今辽宁省兴城市），火速前来救驾。但吴三桂“不为君亲来故国”，他对势如破竹的大顺军心存畏惧，想保存自身实力，于是故意拖延，以致进军缓慢。从宁远到山海关总共两百余里路程，昼夜兼程疾驰一日可达，但吴三桂三月四日接到入援京师的圣旨，直到三月十六日才抵达山海关与山海关总兵高第会师。入关后的吴三桂又花了五天时间安置随军的家眷与迁来的民众，之后才率主力向北京进发。当他还在勤王的路上时，传来了李自成的大顺军攻破北京，崇祯皇帝吊死在煤山的消息，于是他立即调转马头，返回了山海关。
北京失守后，身在北京的吴三桂之父吴襄也投降了大顺军，被李自成封为侯爵的他还写信劝告儿子吴三桂也尽快归附大顺政权。除了动之以父子之情外，李自成还诱之以利，特意派遣降将唐通携带白银四万两前去犒劳吴三桂等人，并答应投降后给以“封侯之赏”。返回山海关的吴三桂已是腹背受敌、独木难支，他效忠的朱明王朝已经覆灭，现在西有气势如虎、如日中天的大顺军，东有仇杀数十年、虎视眈眈的清朝——权衡利弊后，他认为“吾与北兵（指清军）结仇深，势难归北”，最后决定投降同为汉人的大顺政权。于是他写信回复父亲：本来“国破君亡，儿当以死相报”，可如今父亲谆谆教导，儿子应当遵从父命，做个“孝子”。给自己找了个台阶下后，吴三桂将山海关的防务移交给了前来接洽的唐通，率军再次向北京进发，准备朝见新主。
◎陈圆圆画像
谁料三月二十四日吴三桂行至玉田县时，得知吴家在北京的家产被大顺军抄掠、父亲吴襄被拘捕并被严刑拷问追饷二十万，家属被虐待，自己的爱妾陈圆圆被大顺军将领刘宗敏强占后，立马改变了主意。他怒火中烧地对部下说道：“我不忠不孝，尚有何颜面立于天地间！”“此仇不可忘，此恨亦不可释！”并发誓与大顺农民军誓不两立。怀着满腔怒火的吴三桂杀了个回马枪，驱逐了唐通所部八千人，于四月初四重占山海关。
“吴帅旋关日，文武尽辞行。士女争骇窜，农商互震惊。”形势突变使大批明朝乡绅大为惊骇，一时搞不明白到底发生了什么事。重返山海关的吴三桂在回复父亲的信中怒道：“父即不能为忠臣，儿安能为孝子！”并宣布：“桂与父绝，请自今日，父不早图，贼虽置父于鼎俎旁，桂不顾也。”但他手中仅有五万兵力，根本不足以与大顺军抗衡，现在他只有一个选择，那就是投靠关外的清朝，摆脱两线作战的困境。于是，他决定引清兵入关，效法唐朝向回纥借兵平定安史之乱，向清军“借兵”复君父之仇。
掌握清朝大权的摄政王多尔衮得知吴三桂来投的消息后大喜，立即率领十万大军南下，清朝两代君主虽多次深入明朝腹地劫掠，但都被山海关所阻。此前清朝曾三番五次诱劝吴三桂投降，甚至动员降将、吴三桂的舅父祖大寿进行规劝，但吴三桂不为所动。现在吴三桂主动献关来归，清军不费一兵一卒就可入关，夺取中原的夙愿即将实现，多尔衮不由得惊喜交加。在信中，吴三桂称自己兵少力微，无法与大顺军抗衡，故而以“亡国故臣”的名义向清朝“借兵复仇”，并许诺“攻灭流寇”后清军可以得到大量金帛子女，明朝还会“裂土以酬”。
多尔衮在给吴三桂的回信中假惺惺地声称，听到“流寇”攻陷京师、“明主惨亡”的消息后“不胜发指”，正要率“正义之师”前去讨伐，“救民于水火”。对于吴三桂以明朝遗臣“借兵”的请求，多尔衮根本不予理睬，而是直截了当要他降清，并对他做出了“裂土封王”、“世世子孙永享富贵，如山河之永”的承诺。吴三桂根本没有讨价还价的余地——大顺军已经兵临城下，自己先后八次派遣使者前往清军营中请援，但抵达关外的多尔衮的清军还在游移观望，不肯马上参战。四月十二日清晨，已无退路的吴三桂亲自奔赴多尔衮帐中求援，并与多尔衮达成了协议，双方斩黑牛白马、折箭歃血，向天盟誓：吴三桂遵从满人风俗剃发易服，以示顺从，并承诺以黄河以北之地作为酬谢；多尔衮则进入了梦寐以求的山海关，“帮助”明朝讨平“流寇”、收复北京。
清军入关后与吴军在山海关外的石河内外夹击，很快击败了李自成的农民军，并乘胜追击夺取了北京城。山海关之战结束那天，吴三桂就被多尔衮封为平西王，但清方未允许吴三桂部进入北京城，而是命他绕城而过，领军继续西征，追击大顺军。之后，清军又分兵南下，席卷中原江南，降清的吴三桂见清兵势大，李自成败死九宫山，弘光、隆武等短命政权相继覆灭，南明永历帝四处逃窜，清朝入主中原之势已成定局，便知趣地不再提复明之事，彻底投降了清朝。
被封为清朝的平西王后，吴三桂开始率兵协助清攻打农民军及南明军，由陕甘入川滇，立下了汗马功劳。南明最后一个皇帝永历帝逃至缅甸，也于康熙元年（1662年）被吴三桂擒获处死。吴三桂因此被破例晋升为亲王，成为汉臣中的第一人。
除吴三桂外，被封王的还有早在崇祯六年至七年（1633—1634年，后金天聪七年至八年）间降清的汉将孔有德、耿仲明和尚可喜三人，孔、耿、尚三人原在皮岛的明东江总兵毛文龙手下为将，被毛文龙收为“义孙”，抗击兴起于东北的后金。后毛文龙被蓟辽督师袁崇焕借故诛杀，孔有德与耿仲明感念毛文龙的知遇之恩，心中十分不满，加上得不到上级重用，二人就投奔了山东登莱巡抚孙元化。崇祯四年（1631年）八月，清太宗皇太极率清兵攻大凌河城（今辽宁省锦县现为凌海市），明将祖大寿受困城内。孙元化急令孔有德以八百骑赶赴前线增援，但谁也没想到，孔军路经河北与山东交界处的吴桥（今河北省沧州市吴桥县）时竟因为一只鸡导致了一场兵变，从而也改变了历史的走向。
闰十一月二十七日，孔有德行至吴桥时因遇大风雪，部队给养不足，手下士兵都饥饿难耐。山东兵与登州辽东兵素来不和，吴桥县人又惧怕军队抢劫，纷纷闭门罢市，以至于士兵们无处就食。一个小兵抢了当地望族王象春家仆的一只鸡打牙祭，王家有人在朝做官，自然不会忍气吞声，于是依仗权势要孔有德给个说法。迫于压力，孔有德只得将肇事的士兵穿箭游营。这下士兵们大为不满，纷纷觉得王家欺人太甚，群起闹事杀死了王家的家仆。这样一来，王象春家更加不依不饶，坚持要孔有德对带头闹事的士兵严惩不贷。孔有德只得将士兵正法。此举立刻引得全军激荡悲愤，这一幕恰好被孙元化派遣到西北边塞买马的千总李九成看到，嗜赌如命的李九成已经在赌局上输光了全部公款，恐怕遭到军法处置，正在盘桓如何交差，看到士兵们群情激奋，自思“反亦死，不反亦死”，于是唆使自己的儿子李应元与孔有德发动兵变。孔有德见形势不好，若不顺从自身难保，只好发动兵变，自称都元帅。纵兵洗劫、屠戮了王象春家后，他又杀回山东，兵围登州，并与城中的耿仲明里应外合，占领登州城、活捉了孙元化。崇祯六年（1633年）二月，在围攻莱州数月不克，遭到明军反击后，孔有德与耿仲明率所部两万人突围，渡海逃往辽东，投降了明朝的敌人后金。
投降后金后，孔、耿二人受到了很好的礼遇，以“招徕汉人、以汉制汉”为国策的皇太极不但亲率诸贝勒出城十里去迎接他们，还授予二人高官厚禄，孔、耿二人所率之兵也被编入汉军正黄旗，号“天祐兵”。
◎皇太极
另一明将尚可喜颇有谋略胆识，但受到继任的东江总兵沈世魁的猜忌和陷害，非常愤怒，仰天长叹：“吾束发行间，海上立功，血战十余年，父母兄弟妻子先后丧亡，出万死一生，计不过为朝廷追亡逐叛，而冒功忌能之人，乃出力而挤之死地！今权归（沈）世魁，欲杀一营将，如疾风卷叶，特易易耳。大丈夫将扫除天下，宁肯以七尺之躯俯首就戮乎！”走投无路之际，尚可喜也于天聪八年（1634年）二月携麾下诸将与辖下的五岛军资器械，航海投降了后金。皇太极对他的归降大为欣喜，亲自出城十里迎接，因为尚可喜带来了大批火器大炮，还有许多能熟练使用大炮的士卒和会铸炮的工匠，这些正是后金急需的。尚可喜所部后来被编入汉军镶黄旗，所部号为“天助兵”。孔、耿、尚三人的归降带来了大批汉人，对安抚辽东地区的汉人民心起到了重要作用，并使后金实力大增。皇太极也开了封异姓人为王的先例——孔、耿、尚三人被皇太极分别封为恭顺王、怀顺王和智顺王，成为清军攻明的急先锋，为清政府攻城略地，出力甚多。
清朝重用这些明朝降将，依靠汉兵充当前驱，也是因为八旗兵力不足，不能独自对付农民起义军和南明小朝廷的反抗。在众多的明朝降将中，以孔有德、耿仲明、尚可喜、吴三桂四人出力最多，所以均受封为王。他们率领的军队也成为八旗以外的重要力量。
消灭南明势力后，清朝把八旗主力放置在北方，以保卫京师及驻防各处要地城池，由于兵力不足，加之满兵不适应南方的炎热气候，还不稳定的南方则暂让吴三桂等汉人降将镇守。其中，平西王吴三桂镇守云南，兼辖贵州；平南王尚可喜镇守广东；靖南王耿仲明因部属犯下藏匿逃犯罪，于顺治六年（1649年）畏罪自尽，他死后其子耿继茂承袭了王爵，镇守福建。除了这三藩王外，还有定南王孔有德，但他在顺治九年（1652年）同南明大将李定国作战时被围于桂林，兵败城破后自焚而死，其幼子孔庭训也被李定国杀死，所以无人袭封，仅有一女孔四贞嫁于其属下孙延龄。清廷即以孙延龄为将军代领孔有德原部人马，驻守广西桂林。
◎尚可喜像，约翰·纽霍夫（Johan Nieuhof）绘于1655年
上述汉将在所镇守的地区权力甚大，远远超过了地方官员，并可掌控当地军队、税赋。平西王吴三桂功高兵强，四方精兵猛将多归其部下，清廷又擢升其部将王辅臣为陕西提督、李本琛为贵州提督、吴之茂为四川总兵，马宝、王屏藩、王绪等十人为云南总兵，势力尤其强大。
吴三桂负责镇守的云贵之地原为明朝黔国公沐氏世守的故地。明太祖朱元璋建立明朝、平定云南后，因云贵僻远，元朝余部和一些少数民族不时反抗，就留下大将沐英镇守。沐英智勇双全，在他的统辖下，云贵局势日益稳定，连为人猜忌寡恩的朱元璋临别时都亲切地用手扶着他的背说道：“使我高枕无南顾之忧者，就是沐英你啊！”沐英死后，其子沐春袭爵，之后代代相传，到明朝灭亡时，与明朝相始终的“沐国公”已传到了第十二代。清廷在任命吴三桂镇守云南时，洪承畴就曾援引明朝沐氏世袭云贵之例，建议清朝命吴氏世守云贵，从而安定西南边疆。
◎（单位：人）
| 藩王 | 旗兵编制 | 绿营兵 | 合计 |
| 吴三桂 | 10600 | 21600 | 32200 |
| 尚可喜 | 3000 | 6000 | 9000 |
| 耿精忠 | 3000 | 6000 | 9000 |
◎注：表中仅是按清朝定制计算的兵额。实际上，三藩编制的兵马数目远远超过此数，有著述估计吴三桂的兵力就达七万人。
天下大定之后，吴三桂也自以为曾为清朝立下汗马功劳、劳苦功高，清军入关时也曾许诺对自己裂土封王，所以他也认为平西王爵位可以世世代代传袭下去，令吴家的子子孙孙永享富贵，于是苦心经营云南。他初镇云贵之际，清廷授予他人事任免大权，连云贵督抚都受他节制。他还可以自由除授属下文武，不用经过吏部和兵部的批准，号称“西选”。于是“西选”之官遍及西南，以致时有“西选之官遍天下”之说。除此之外，吴三桂还积敛大量财富、大肆圈地、兼并土地和大兴土木修建宫室，为世守云南做准备。他不但占了明朝黔国公沐天波七万亩的庄园，还垄断了云南的矿山，遍征民夫为自己开矿铸钱，所铸铜钱流通西南各省，被称为“西钱”。仅康熙十年（1671年），他在云南昆明鸣凤山修建的“金殿”用了铜两百多吨。为聚敛财富，他还私自遣使至西藏，设茶马互市贸易并从中征取关税。
除了紧抓财政大权和人事权外，吴三桂还不遗余力结党营私，用金钱和权势培植势力集团，不仅将重金赠予士人、同僚、部属、师友，还用重金收买大小官员，使其为己所用，以至于云南民间有谚语云：“滇中有三好，吴三桂好为人主，士大夫好为人奴，胡国柱好为人师。”除了结交清朝官员外，吴三桂也与清室联姻，他的儿子吴应熊被朝廷召为额驸，娶了公主。于是，吴三桂自以为根蒂日固不可拔，朝廷不会从他手中夺去云贵。
◎吴三桂在云南修建的铜殿
福建靖南王耿继茂于康熙十年病死后，其子耿精忠袭封王爵。耿精忠经商和经营农庄，“以税敛暴于闽”，还指使部下“苛派夫役，勒索银米”，并且放高利贷，本钱一两，利息每月是一至五六分，借贷者父母妻子都要画押，而且只要借过一次就必须永远借款，若有不服全家都会被拘，在王府为奴打工还息，有妻女貌美的则勒令为娼。虽然清朝实行迁海政策，耿藩却不顾海禁，利用海运跟荷兰及南洋大搞走私贸易，从中牟取暴利。耿精忠还广集宵小之徒，借着“天子分身火耳”之谣，妄称“火耳者，耿也。天下有故，据八闽以图进取，可以得志”，渐有不臣之心。
另一藩王尚可喜则在广东令其部属私充盐商，抬高盐价，每年获利七八万两，又私市私税，连鸡、猪、蔬菜、水果都要收税。广州为对外通商口岸，尚藩垄断海外走私贸易，“每岁所获银两不下数百万”，人称“平南之富，甲于天下”。尚可喜对清廷比较忠心，但年老多病，将兵事交予其子尚之信。尚之信素来桀骜，招纳奸宄、罔利恣行，又酗酒嗜杀，所为所行日益不法。
三藩各据一方，互通声气、广布党羽，势力几及全国之半，实际上已成为割据势力。他们一面搜刮民财，还一面伸手向朝廷索取千百万的粮饷和经费，用于养兵、行政和生活开支。顺治十七年（1660年），仅云南一省的俸饷就达九百余万两，加上粤、闽二藩补贴给云南的粮饷的运费，一年饷银达两千余万两白银——而当年全国的军饷才一千七百余万两！粮食需两百万石，邻近诸省税收不足，则征调于江南，致使有“天下财赋之半耗费于三藩，天下兵员之半统于三藩”之说。
三藩尾大不掉让清廷十分担心，这时在位的是刚继位不久的康熙皇帝——年仅二十岁的爱新觉罗·玄烨，玄烨是顺治帝的第三子。顺治十八年（1661年）正月初七日，年仅二十四岁的顺治皇帝因患天花病死，临终前他接受了德国传教士汤若望的建议，将出过天花而具有免疫力的玄烨选为继承人，以遗诏的形式册立其为皇太子。初九，玄烨即皇帝位，成为清朝入关后的第二位皇帝。
◎少年康熙
康熙即位后因年幼，大权逐渐落到军功赫赫、号称“满洲第一勇士”的大臣鳌拜之手。康熙八年（1669年），已亲政的康熙决意铲除鳌拜，但鳌拜党羽遍布朝廷内外，行动稍有不慎，必将打草惊蛇，酿成大变。康熙不露声色挑选了一批身强力壮的亲贵子弟，在宫内整日练习布库（摔跤）。鳌拜见了，以为是皇帝年少，沉迷嬉乐，不仅不以为意，心中反暗自高兴。五月，康熙召鳌拜入宫觐见。鳌拜此前常出入宫廷，对这次召见便也不以为奇，于是毫无提防就进宫了。此前，康熙曾问身边练习布库的少年侍卫：“你们都是朕的股肱亲旧，你们怕朕还是怕鳌拜？”大家齐声道：“怕皇帝。”康熙于是秘密布置逮捕鳌拜事宜。等到鳌拜一入宫，他一声令下，众少年便一拥而上，鳌拜猝不及防，被摔倒在地，束手就擒。
◎鳌拜
年仅十六岁的天子铲除专横跋扈的鳌拜、夺回大权后，对吴、尚、耿这三个异姓藩王久握重兵、在地方上形成割据势力的情况十分担心。康熙把三藩、河务、漕运列为亟待解决的三件头等大事，甚至书写下来悬挂在宫中的柱子上，夙夜为念。虽然康熙早有撤藩之意，但因为三藩势力太大，握有精兵猛将，又有大功，一时无力也无借口贸然撤藩，只能进行一些人事变动来削弱其力量。比如将吴三桂手下的党羽心腹云贵总督赵廷臣调往浙江任总督，大将张勇为宁夏提督，王辅臣为固原提督，李本琛为贵州提督，刘进忠为潮州总兵……而对弹劾吴三桂种种不法行为的大臣，康熙帝都给予处罚，以此安抚吴氏，打消他的疑心。
清朝虽然表面上实行“满汉一体”的政策，对满汉文武百官一视同仁，实际上还是满族贵族掌握了大权，六部首脑都是满人。一般地位的汉官，清廷还比较放心，但对身处显位又掌握军权的汉将就放心不下了。为了监视与控制这些位高权重的汉臣，清廷让他们把儿子送到京师来服侍皇帝。于是吴三桂之子吴应熊，尚可喜之子尚之信、尚之隆，耿继茂之子耿精忠、耿昭忠、耿聚忠都被送入京师。明面上朝廷是将这些入侍的“功臣”之子召为额驸，与其联姻，并给予优厚地位，极受恩宠，实际上是将他们作为人质扣留在京师，令这些手握重兵的汉臣小心谨慎为朝廷卖命，不敢心存叛逆之念。
俗话说“高鸟尽、良弓藏；狡兔死，走狗烹”，吴三桂等人也深知这一点，他们担心清朝如同历代王朝一样，在统一后大肆屠戮功臣，于是想方设法保住兵权。君臣之间各怀心事，吴三桂等藩王的儿子被留在京师做人质，他们正好利用这个条件探听朝廷的动向。吴应熊等人用重金买通朝臣替吴三桂说好话，并四处刺探消息，凡朝廷大小举动都“飞骑报闻”。吴三桂虽在千里之外，但朝中一举一动无不了如指掌。另一方面，吴三桂也主动交出部分权力，以消除朝廷对自己的疑心，如康熙四年（1665年）奏请裁去五千名云南士兵（实际上裁去的都是些老弱病残），康熙六年（1667年）又以“老眼昏花，精力日减”为由奏请辞去总管云贵两省事务，将部分人事权上缴。朝廷也不再像之前一样再三挽留，而是立即批准。君臣相互疑心，中央集权与地方割据势力之间的矛盾越来越激烈。
这层窗户纸终于在康熙十二年被捅破，这年三月十二日，年已七十岁的平南王尚可喜突然上疏请求归老辽东，希望留其长子尚之信继承平南王爵位继续镇守广东。原来尚可喜已年老，又与子尚之信不能相容——尚之信素来不守礼法，“刚而多虐，勇而寡仁”，他在京师入侍时曾跟他的七弟和硕额驸尚之隆一起饮酒，酩酊大醉后竟引刀刺伤尚之隆，左右急忙相救，尚之隆才保住性命。因尚之信为自己的兄长，尚之隆想将此事隐瞒下去，不料公主十分不忿，告到了顺治皇帝驾前。顺治帝大怒，欲严惩尚之信，后来还是尚之隆极力营救才得以免罪。经此变故，尚可喜担心留在京师充当侍卫的儿子犯法连累自己，就以年老多病需要照料为由，奏请让尚之信回到了广东。但尚之信回到广东后劣性不改，依然经常酗酒后凌虐下人，小则鞭打、大则杀死。平南王府中有专门养狗的狗房，一次尚之信生气，竟然将看狗的狗监杀了，割了其肉喂狗；又一次，尚之信看到一个大腹便便的下人，便说道：“这大肚子里面肯定有宝贝。”竟然将这个下人的肚子剖开，令其当场毙命。尚可喜气急，下令将尚之信杖责三十，但尚之信仍不悔改，甚至常常醉酒后在他老子面前拿着刀比画，借着酒疯撒泼。尚可喜管不了他，担心他惹是生非，最终祸及自己，所以上疏请求归老辽东海城故乡，希望能够保全声誉，得一善终。
早在顺治皇帝在位时，尚可喜就曾表示过引退之意，但朝廷那时正值用人之际，一再挽留。而现在清廷有撤藩之意，却不好开口，此番尚可喜主动要求“撤藩”，正好给康熙皇帝提供了一个千载难逢的机会。经朝廷户、兵两部和议政王贝勒大臣集体商议，清廷以父亲健在、儿子承袭爵位之事没有先例，否决尚可喜的提议，但批准了他归老故乡的要求，并冠冕堂皇地申明：“若留尚之信统兵留守广东，将使父子分离，朝廷实不忍心；况且藩下将士早年就与平南王同甘共苦，如今撤藩，造成他们两地分离，同样不合情理，所以应该全部迁往辽东。”
尚可喜的本意是自己携带部分家口和兵丁撤回关外故乡，把藩地和王爵传给长子尚之信，他虽然不喜欢这个长子，不愿意和其一起生活，但碍于封建礼法，又不能不让其承袭王爵。康熙帝却趁此机会诏令撤掉尚藩，将其兵权尽行削去。尚可喜见事已至此，无法挽回，只得俯首听命，服从接受了。
吴三桂和耿精忠得知朝廷同意尚可喜撤藩后惶惶不能自安，在京师的吴应熊探得朝廷意图后立即秘密派人驰往昆明，向吴三桂传话道：“朝廷素来就怀疑王，尚藩、耿藩都已提出辞职奏疏，而唯独王从没有提出辞职，朝廷对王的疑忌更深了。要赶快写奏疏，派遣使者送来，还来得及。”
吴三桂根本没有功成身退之念，不过他又担心朝廷猜忌日深，于是召集亲信和智囊商议，一部分人主张，不妨先提出请求撤藩的申请，看看朝廷的态度再说。吴三桂认为此主意可取，只要向朝廷表示一下自己并无异心即可，于是命幕僚刘玄初起草辞职奏疏。刘玄初原为大西军将领刘文秀府中的幕客，颇善谋划，大西军兵败后被吴三桂收留，充当顾问幕客，颇受信任。当吴三桂令他写奏疏时，他却不以为然，言道：“皇上很早就想把王调离云南，只是难以开口。现在王若上疏，一定会朝上而夕准。尚、耿二王愿意辞职就让他们辞去，王可永镇云南，为什么要效法他们呢？王不可上疏！”这番话伤了吴三桂的自尊与自信，他听了十分恼怒，气冲冲地说道：“我马上就上疏，皇上一定不敢调我！我上疏，是消除朝廷对我的怀疑！”
于是在康熙十二年七月三日，吴三桂向清廷上了一道自请撤藩的奏疏。几天后，为消除朝廷疑虑，靖南王耿精忠也上疏申请撤藩，吴、耿二人的申请乃迫于形势，试探朝廷意旨。但吴三桂与耿精忠低估了康熙皇帝，这位少年天子早已决意撤藩，吴、耿二藩主动提出要撤，正是他求之不得的事。但在经议政王大臣与户部、兵部共同讨论时，出现了两种不同的意见：以刑部尚书莫洛、兵部尚书明珠为首的众大臣认为机不可失，支持趁此机会撤藩；以大学士索额图和礼部尚书图海等人为首的大臣则认为吴三桂镇守云南以来，边疆稳定，若下撤藩令，吴三桂必反，所以反对。虽然两派意见相左，但大多数人都认为，如要撤藩，应当先撤尚、耿二藩，对势力最大的吴藩则暂时予以保留——耿精忠已属耿藩的第三代传人，他年轻功少、无威望，即使撤藩，他也无胆量首先发难。撤去尚、耿二藩等于先行剪除吴藩的羽翼，孤立吴氏，即使之后吴三桂发动叛乱，亦失两藩之助，也比较容易平定。但年轻气盛的康熙并未采纳大多数人的意见，他认为吴三桂之子、耿精忠诸弟都在京师宿卫，谅两藩不敢生乱，况且三藩“蓄谋已久，不早除之，将养疽成患。今日撤亦反，不撤亦反，不若先发”，因而乾纲独断，决心借此机会一举解决三藩之患，于是下令三藩同撤，俱撤还山海关外。
◎山海关之战（1644年）
吴三桂、耿精忠疏请移藩本来只是做个姿态，是迫于形势，并非本意。尤其是吴三桂，他自负劳苦功高，以为朝廷一定会挽留他，谁料康熙却来了个顺水推舟，使得他进退两难。当朝廷撤藩命令到达云南时，他犹如遭遇晴天霹雳，愕然失望。吴三桂此时已六十二岁，自三十二岁降清以来，已经过去了三十年，他本想仿效明朝沐氏，子子孙孙世代镇守云南、永享富贵，谁知到头来竟是一场空，数十年血战挣得的荣誉和利益即将化为乌有，不由得渐生愤恨。他的亲属与属下得知此事后也多愤愤不平，他们跟随吴三桂转战数十年，四海为家，直到康熙元年才迁到云南安定下来，刚刚广置田产过上安定舒适的生活，现在又要迁到荒凉的关外。很多人不但会失去政治上的特权，仕途也将告终，心中自然十分不满。
吴三桂的侄儿吴应期和女婿胡国柱、夏相国、郭壮图等人纷纷进言：“王威望、兵势举世第一，戎衣一举，天下震动！只要把世子（吴应熊）、世孙（吴世霖）想法从北京弄回来，占领江南后可与清朝划地讲和，这就是汉高祖刘邦‘分羹之计’也。如果就迁于辽东，他日朝廷吹毛求疵，我们只能引颈受戮！不如举兵，父子皆可保全！”为怂恿岳父举事，胡国柱又派人散布流言：“北上河南、湖广，沿路设置刀斧手，埋伏地雷，专候王过时，杀戮无遗。”吴三桂手下有一谋士方光琛善于谋略，自比管仲、诸葛亮，他也趁机劝吴三桂：“王欲不失为富家翁乎？一入笼中就任人烹饪矣！”并为其谋划，“闽、粤、楚、蜀、秦几省可传檄而定”，其他各省“战胜攻取，如指之掌”，支持吴三桂起兵。
吴三桂权衡利弊，知道做大清的忠臣，保住在云南的权势，二者已是不可兼得；加之认为康熙帝年少、乳臭未干，清开国时能征惯战的老将都已故去，自己已无敌手，于是决定铤而走险，举兵反清，但长子吴应熊和长孙吴世霖尚在北京，他如起兵，儿孙将有杀身之祸。夫人张氏也为此劝他不要造反，他老泪纵横地向胡国柱哭诉道：“只恨应熊还在北京！”胡国柱于是建议秘密派人前往北京，把吴应熊与吴世霖从北京接回云南再作商议。
吴三桂的心腹到达北京后，吴应熊却不愿回云南，原来他的想法与吴三桂相反，他想的是“终守臣节，保全禄位”，反对父亲起兵造反。当他得知吴三桂已下定决心以武力抗拒撤藩时，又对是否回云南徘徊不定，他舍不得丢掉禄位，也不忍心背着妻子偷偷回云南，天天暗自哭泣。吴三桂派来的心腹见吴应熊优柔寡断、无意南下，只得秘密带了吴应熊的庶子吴世璠匆匆回了云南。
康熙不让吴三桂有喘息的机会，他在八月就连向兵部、吏部、户部发出了撤藩的指令，并命礼部侍郎哲尔肯等赴云南，户部尚书梁清标等赴广东，吏部侍郎陈一炳等赴福建，各持敕谕，分别同该省藩王与官员协商，负责该藩动身启程等事宜。
九月七日，作为钦差的礼部侍郎哲尔肯、翰林院学士兼礼部侍郎傅达礼抵达云南昆明东的归化寺，在这里，他们遇到了受吴三桂指示的庄民们的请命，这些群众演员公然请求将平西王吴三桂留在云南。哲尔肯大怒：“吴王自请移家，你们谁敢说保留！？”并下令将为首的人逮捕，给了吴三桂一个下马威。吴三桂还未准备充分，又见来者不善，不敢仓促行事，只得暂时隐忍，一面恭恭敬敬拜受朝廷的撤藩诏令，一面暗地里加紧谋划。
吴三桂与部下商定了两种起兵方案：一是以云南为根本，在云南就地起事，进可攻退可守，但进攻北京则路途遥远；二是假意撤藩，行至河南时突然发难，占据中原腹心，出其不意直捣黄龙，攻取北京，但将云南交出便失去了根本，如果事有不测，将进退失据，而且中途作战时不好安置携带的家属。吴三桂思前想后，不愿舍弃已经苦心经营了十多年的云贵之地，于是决定实行前一方案。
哲尔肯与傅达礼到达云南后，同吴三桂商议启程日期，吴三桂采用缓兵之计，有意拖延，哲尔肯几次催问行期，他都闭口不谈。每次朝廷使者或云南巡抚朱国治前来询问启程日期，吴三桂都答复：“缓商。”从不改词。直到十一月四日他才上疏朝廷，并向哲尔肯与傅达礼表示，十一月二十四日启程，全藩北撤。放出迷惑朝廷的烟雾后，吴三桂及其心腹加紧了谋划与准备，暗中部署兵马严守关口，封锁消息、禁遏邮传，只许入而不许出，并勾结他省旧部，又联络了耿精忠，准备起兵叛清。
商议起兵之名时，刘玄初提议：“明亡未久，人心思旧，应立明朝后人，奉以东征，天下必定群起响应。”但另一谋士方光琛则持不同看法，他认为“当年出山海关乞师清兵，乃是自己力量不足；但后来永历帝逃亡缅甸，被王穷追不舍、擒获杀死，这如何向天下解释？以王现在的实力，立明室后人、恢复明朝容易，但成功之后，如何处置？篦子坡之事还能做第二次吗？”吴三桂听了也觉得心虚，遂决定自立名号为“天下都招讨兵马大元帅”，并密寻工匠，刻铸大印，准备起兵。
云南巡抚朱国治等人侦知，立即向朝廷密报，谁料使者被吴三桂的巡逻兵丁查获。吴三桂得知事情败露，加紧准备。
对于吴三桂的拖延战术，云南巡抚朱国治毫不厌烦，每三日就来问一问行期，搞得吴三桂对他十分反感。虽然吴三桂已经定下了动身的日期，但丝毫看不出吴氏有搬家的准备，眼看行期将近，哲尔肯与朱国治等人不免着急。十一月十五日，哲尔肯、傅达礼等钦差会同朱国治再次前往王府，催促吴三桂起行。吴三桂留几人吃饭，席间待客殷勤谦和，却绝口不提搬迁之事，朱国治忍不住逼问道：“三位大人候久，平西王若无意搬迁，三大人自回京师复命。”
◎平西王府龙凤金杯
朱国治原为江苏巡抚，在江苏时就以权谋私，有贪污的行径，而且搜刮无度，人称“朱白地”；他还屡兴大狱，滥杀无辜，“哭庙案”中的大文人金圣叹就死于他之手。因遭到当地士绅百姓的反对，朱国治被调离了江苏，转任云南巡抚。刚来时，他卑躬屈节想要结交吴三桂，每次见到吴三桂都行大礼，甚至溜须拍马——吴三桂曾作诗咏牡丹，朱国治听了后急忙唱和，还逼他人效仿。但吴三桂很鄙视他，对他不予理睬。朱国治热脸贴了冷屁股，渐渐心生怨恨，于是开始监视吴三桂，将其不法行径密报朝廷。吴三桂得知朱国治秘密弹劾自己，也十分恼恨，双方嫌隙日深。此番朱国治见朝廷已下定决心撤藩，便底气十足紧逼着吴三桂启程，甚至鼓动商民罢市，谁料吴三桂一句话，商民就“开市如故”，两人矛盾已公开化。
吴三桂见朱国治如今屡次当面给他难堪，不由怒火中烧、勃然变色，指着其大骂道：“咄咄朱国治，我把天下给了别人，只此云南是我用血汗挣来的，如今你这贪污小奴不容我安身吗？！”
哲尔肯见势不好，赶忙出面调解，好言劝道：“吴王请息怒，搬迁事与巡抚无关。”随后几人便赶忙起身告辞。这时吴三桂私自铸造“天下都招讨兵马大元帅”大印的事情也被侦察得知，哲尔肯等人见吴三桂反行已露，急忙商议对策，最后商定由哲尔肯留在云南稳住吴三桂，傅达礼回京师奏明皇上，朱国治上疏报告此事。但朱国治犹豫了两天也不敢上疏，傅达礼骑马东行没有百里，就被守关的吴军兵将阻挡住了去路，被迫回转。
叛乱一触即发。
二 桂闽从叛
◎七星再拜真天子，
分明火从耳边起。
杀尽三山牛出血，
身骑白马军中止。
五天后，也就是康熙十二年十一月二十一日清晨，吴三桂召集诸镇将官赴王府会议，云南巡抚朱国治等官吏也奉命而来。全身戎装的吴三桂威坐殿上，正式宣布起兵，与清廷决裂，并下令将不愿抗清的朱国治和一干官员全部逮捕关押，钦差大臣哲尔肯与傅达礼也被拘留软禁。吴三桂还派人传令不得随意杀害这些官员，但命令到时，朱国治已被胡国柱率兵乱刀砍死了。当年苏州有一民谣曰：“天呀天，圣叹杀头真是冤，今年圣叹国治杀，明年国治又被国柱歼。”今日果应其言。
自此日起，吴三桂自称“天下都招讨兵马大元帅”，建国号“周”，以明年为周元年。接着他又选择吉日率三军拜谒永历帝陵，准备誓师北伐。拜谒前，他对诸将说道：“拜别已故君主，应当穿故君时的衣服见他。”说完指着自己的头说：“我先朝曾有此帽子吗？”又指着自己的衣服道：“我先朝曾有此衣服吗？我这老臣将易服祭拜故君，你们自己考虑该不该易服。”诸将听了都表示愿意易服。
在蓄发易服、哭祭了永历帝陵后，吴三桂正式下令“兴明讨虏”。第二天天刚亮，鼓角齐鸣，吴三桂在昆明郊外的校场进行了大阅兵。各镇将士整队入场，军容肃然，长枪、大戟、画甲、雕弓，罗列左右。吴三桂全身披甲，拉弓连发三箭，皆中目标，三军顿时欢呼雷动。演示完射箭后，吴三桂又在校场策马疾驰，每跑一圈就接手一件兵器——六十二岁高龄的他英气逼人，对各种长短兵器运用自如，以示自己宝刀未老。三军将士看得精彩，不时爆发出欢呼赞叹之声，士气一时大振。
吴三桂动员了广大将士后，又先声夺人，发出了一道讨清的檄文：
◎原镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下水陆大师兴明讨虏大将军吴，檄告天下文武官吏、军民等知悉：
◎本镇深叨明朝世爵，统镇山海关。一时李逆（指李自成）倡乱，聚众百万，横行天下，旋寇京师，痛哉毅皇烈后之崩摧，惨矣！东宫定藩乏颠跌，文武瓦解，六宫恣乱，宗庙瞬息丘墟，生灵流离涂炭，臣民侧目，莫可谁何。普天之下，竟无仗义兴师勤王讨贼，伤哉！国远夫偈可言？
◎本镇独居关外，矢尽兵穷，泪干有血，心痛无声，不得已歃血订盟，许虏藩封，暂借夷兵十万，身为前驱，斩将入关，李贼逃遁，痛心君父重仇，冤不共戴，誓必亲擒贼帅，斩首太庙，以谢先帝之灵。幸而贼遁冰消，渠魁授首，正欲择立嗣君，更承宗社封藩，割地以谢夷人。不意狡虏遂再逆天背盟，乘我内虚，雄据燕都，窃我先朝神器，变我中国冠裳，方知拒虎进狼之非，莫挽抱薪救火之误。本镇刺心呕血，追悔无及，将欲反戈北逐，扫荡腥气，适值周、田二皇亲，密会太监王奉抱先皇三太子，年甫三岁，刺股为记，记名托孤，宗社是赖。姑饮泣忍隐，未敢轻举，以故避居穷壤，养晦待时，选将练兵，密图恢复，枕戈听漏，束马瞻星，磨砺警惕者，盖三十年矣！
◎兹彼夷君无道，奸邪高涨，道义之儒，悉处下僚；斗霄之辈，咸居显职。君昏臣暗，吏酷官贪，水惨山悲，妇号子泣，以至彗星流陨，天怨于上，山崩土震，地怨于下，官卖爵，仁怨于朝，苛政横征，民怨于乡，关税重征，商怨于涂，徭役频兴，工怨于肆。
◎本镇仰观俯察，正当伐暴救民，顺天应人之日也。爰率文武臣工，共襄义举，卜取甲寅年（康熙十三年）正月元旦寅刻，推封三太子，郊天祭地，恭登大宝，建元周启，檄示布间，告庙兴师，克期进发。移会总统兵马上将耿（精忠），招讨大将军总统使世子郑（经），调集水陆官兵三百六十万员，直捣燕山。长驱北地，出铜鸵于荆棘，奠玉灼于金汤，义旗一举，响应万方，大快臣民之心，共雪天人之愤。振我神武，剪彼嚣氛，宏启中兴之略，踊跃风雷，建划万全之策，啸歌雨露，倘能洞悉时宜，望风归顺，则草木不损，鸡犬无惊；敢有背顺从逆，恋目前之私恩，忘中原之故主，据险扼隘，抗我王师，即督铁骑，亲征蹈巢覆穴，老稚不留，男女皆诛，若有生儒，精习兵法，夺拔痪谷，不妨献策军前，以佐股肱，自当量材优擢，无靳高爵厚封，其各省官员，果有洁己爱民、清廉素著者，仍单仕；所催征粮谷，封储仓库、印信、册籍，赉解军前，其有未尽事，宜另颁条约，各宜凛遵告诫，毋致血染刀头，本镇幸甚，天下幸甚！
这篇檄文写得慷慨激昂、气贯长虹，今日读来也是凛凛然有气魄，吴三桂扬言要为“故君”复仇，但苦于找不到“新君”拥立，只好诈称辅佐崇祯之子——传说中的朱三太子。满口“君父之仇，不共在天”，把起兵反清说成是为恢复明室，意在收揽天下人心。他把昔日引清军入关说成是迫不得已，这倒是事实，但避重就轻，把自己剃发易服、投降清朝说成是潜伏敌后三十年、为恢复明朝卧薪尝胆，檄文中强调清朝背盟毁约，而对自己为清朝卖命、扫灭南明，擒杀永历皇帝一事却只字不提。
云南本是吴三桂辖地，他一声令下，全省响应，少数抗拒不从的官员被清除。在拜祭了永历帝陵后，十二月初一，吴三桂宣布自云南出兵北伐，三军战旗皆用白色，士兵头戴白色毡帽，以示不忘明朝旧恩，为永历皇帝挂孝。吴三桂留下大将胡国柱镇守云南后方、郭壮图为“留守总管大将军”负责后勤，并派养子王屏藩率兵四万由贵州北上取四川，以吴国贵、夏国相为前驱，率大军八万东进，兵锋先指贵州，他自领马宝诸将随后进发。
康熙十二年十二月十日，差往贵州备办吴三桂搬迁事务的兵部郎中党务礼、户部员外萨穆哈暗地里弄到了两匹马，偷偷奔出贵阳，快马加鞭疾驰了十一昼夜赶到北京，直奔兵部衙门。到门口下了马，累得精疲力竭的两人一时气厥，抱着柱子上气不接下气说不出话来。堂吏赶忙用水灌进两人口中，过了好一会儿，二人才慢慢醒过来，第一句话就是：“吴三桂反了！”
得知吴三桂反了的消息后，举朝震动！大学士索额图立即奏请诛杀建议撤藩的大臣来安抚吴三桂，并与吴氏妥协。但康熙皇帝并不将大臣当作“替罪羊”，而是把责任揽在了自己身上，称“撤藩出自朕意，他们何罪之有？！”并立即决定以武力讨伐。安定了“主撤派”之心后，康熙调兵遣将防守四川、陕西、湖北等战略要地，又下令停撤耿、尚二藩，以防他们倒向吴三桂，并授予驻防广西的已故定南王之婿孙延龄为“抚蛮将军”，统兵固守，牵制叛军北进。最后，他发布通告，削去吴三桂王爵，予以声讨，通告云：
◎逆贼吴三桂，穷蹙来归，我世祖章皇帝（顺治帝）念其输款投诚，授之军旅，赐封王爵，盟勒山河，其所属将弁崇阶世职，恩赉有加，开阃云南，倾心倚任。迨及朕躬，特隆异数，晋爵亲王，重寄于城，实托心膂，殊恩优礼，振古所无。讵意吴三桂，性类穷奇，中怀狙诈，宪极生骄，阴图不轨，于本年七月内，自请搬移。朕以吴三桂出于诚心，且念其年齿衰迈，师徒远戍已久，遂允所请，令其休息，乃敕所司安插周至，务使得所。又特遣大臣前往，宣谕朕怀。朕之待吴三桂，可谓礼隆情至，蔑以加矣。
◎近览川湖总督蔡毓荣等疏称，吴三桂径行反叛，背累朝豢养之恩，逞一旦鸱张之势，横行凶逆，涂炭生灵，理法难容，神人共愤。今削其爵，特遣宁南靖寇大将军统领劲旅，前往扑灭，兵威所至，刻期荡平。但念地方官民人等，身在贼境，或心存忠义，不能自拔；或被贼驱迫，怀疑畏罪，大兵一到，玉石莫分，朕心甚为不忍。爰颁敕旨，通行晓谕，尔等各宜安分自保，无听诱胁，即或误从贼党，但能悔罪归诚，悉赦已往，不复究治。至尔等父子兄弟亲族人等，见在直隶各省，出仕居住者，已有谕旨，俱令各安职业，并不株连。尔等毋怀疑虑，其有能擒斩吴三桂头，献军前者，即以其爵爵之；有能诛缚其下渠魁，及兵马城池，归命自效者，论功从优叙录。朕不食言，尔等皆朕之赤子，忠孝天性，人孰无之！从逆从顺，吉凶判然，各宜审度，勿贻后悔。地方官即广为宣布遵行。
这通告与吴三桂的檄文真是“相得益彰”。双方互相攻击，但都避重就轻，顾左右而言他，对自己不利的往事闭口不谈，康熙皇帝称当年是清朝好心收留了投降的吴三桂，并大谈朝廷给予吴三桂的隆礼厚恩，以示并无亏待吴氏，但吴三桂怀有狼子野心，恩将仇报、犯上作乱；通告中把吴三桂为清朝夺取全国所立的不世之功一笔勾销，对于当年多尔衮与吴三桂订立的“裂土封王”的协议也一字不提。最后，康熙帝还不忘开出赏格：若有能杀吴三桂的，就可封王！但他也明智地在通告中表示，不会株连“误从叛军”的吴氏属下大小官员，对叛军予以分化瓦解。
十二月二十八日，吴三桂进入贵阳，兵不血刃传檄得贵州全省，贵州提督李本琛等跟随吴三桂反。该省曾由吴氏总管，心腹遍布各处，虽然后来吴三桂辞去了总管之位，但该省实际仍是吴氏的势力范围，他的讨清檄文一到，其心腹立即起兵响应。云贵总督甘文焜不愿降吴，他勒令妻妾七人全部自杀后率十余人逃往镇远，想扼守此地，以阻吴三桂东进。谁料镇远守将已经投降吴三桂，闭门不纳甘文焜一行人。面对前后追兵，甘文焜的儿子劝他继续向东逃走，甘文焜道：“封疆之臣，当死封疆事，过此则非黔地矣。”随即自刎而死。
康熙十三年（1674年）年初，吴三桂正式称“周王”，废弃康熙年号，改元“利用”，这也表示他已准备建立自己的新王朝，而不再以恢复明室为己任，使得一大批明朝故臣遗老大失所望，纷纷视他为篡逆而不再支持他。明室旧臣谢四新特意作诗一首讽刺吴氏，其诗云：
◎李陵心事久风尘，
三十年来讵卧薪？
复楚未能先覆楚，
帝秦何必又亡秦！
丹心早为红颜改，
青史难宽白发人。
永夜角声应不寐，
那堪思子又思亲。
另一些已经归顺清朝的原明朝官员也因吴三桂的反复无常而鄙视他，称他为“在明亡明，事清叛清”的两朝乱贼，对他十分厌恶，并予以声讨——这也成为吴三桂后来失败的原因之一。
轻而易举夺得云贵两省后，十二月二十九日，吴军前锋进入湖南，攻陷毫无防备的“滇黔门户”沅州（今湖南省芷江），切断了澧州（今湖南省澧县）与辰州（今湖南省沅陵）之间的交通。
吴军的迅猛攻势使毫无防备的清兵大为惊恐，湖南提督桑额不愿坚守，从澧州城逃往湖北宜昌，远在长沙的偏沅巡抚卢震竟丢弃长沙不顾，逃到岳州（今湖南省岳阳市）去了。康熙闻讯大怒，立即下令吏、兵二部逮拿卢震治罪，并急令清军速往武昌、长沙和荆州等地驻防，防止吴军渡过长江北上。
吴三桂虽然是匆忙起兵，但清廷的准备也不足，调往长沙、岳阳、常德等地的清军行动迟缓，到了长江北岸后又畏缩不前。二月初，吴军大将夏国相不战而得澧州，常德也被吴军拿下；另一大将张国柱率部攻陷衡州（今湖南省衡阳市），进逼长沙，城中人心惶惶，官兵无心守城，守将连部属带城池都献给了吴军；吴三桂则日夜兼程，一鼓而下，攻克了辰州。三月初，吴军大将吴应期与张国柱水陆并进，又夺下了洞庭湖之滨的重镇岳州，湖南全境皆属三桂，吴军前锋已达湖北澧州、石首、华容、松滋一线，来援的清军虽然云集荆州、襄阳、武昌、宜昌，却不敢渡江撄其锋芒。
吴军在湖南的全胜引起了连锁反应，康熙十三年三月十五日，在与湖南一江之隔的湖北，襄阳总兵杨来嘉在谷城（今湖北省谷城县）起兵响应吴三桂；十九日，江北郧阳（今湖北省十堰市地区）副将洪福也在郧阳反清，但很快被清军击败。而在四川，传来了四川提督郑蛟麟、巡抚罗森、川北总兵官谭弘、吴之茂响应吴三桂，宣布反清的消息，这些将领大多都是原明朝军官，其属下的各府州县也随之叛清。吴将王屏藩由镇远北进，从水路进入四川，先后攻取了巫山镇（今重庆市巫山县）与夔州府（今重庆市奉节县），然后舍舟登陆，断绝了清军的粮道，迫使在保宁（今四川省阆中市保宁镇）的清军退兵，至此，全川都被吴军控制。王屏藩乘胜追击，又进入陕西占领了汉中。
更为严重的是，在吴三桂的影响下，在清王朝统治的心脏北京也发生了变乱，康熙十二年十二月二十二日，京师中自称“朱三太子”的杨起隆联络八旗奴婢数千人，头缠白布、身束红带，聚众放火烧毁城门，建年号“广德”，起兵反清。虽然这次叛乱很快就被平定，但清统治者仍心有余悸。
◎孝庄画像
吴三桂起兵仅三个月就得了滇、黔、楚、蜀四省，反清烽火波及南北，康熙一面下令处死在京的吴三桂之子吴应熊和其孙子吴世霖，并毁掉了关外的吴家祖坟来表示与叛军势不两立；一面指示广西的孙延龄出兵断了吴军在湖南的后路，与南下清兵前后夹击灭叛军于湖粤之间。出人意料的是，康熙的指示发出仅六天后，就收到了孙延龄据桂林反叛的消息。
孙延龄原是定南王孔有德手下的一名小卒，在清太宗年间（1626—1643年）跟随孔有德降清，后来受到孔有德赏识，不断被提拔，孔有德甚至将自己的独生女儿孔四贞许配给了他。孔有德在桂林败死时，孔四贞尚年幼，她从桂林军中逃出回到了京师，被孝庄皇太后收养在宫中，作为义女，岁俸如同郡主。后来她以“格格”身份嫁与孙延龄，清廷为追念孔有德的功绩，特令孙延龄为广西将军，统辖孔有德旧部，虽无藩王之名，仍驻守桂林，出镇广西一省。
但孙延龄出身卑微，才能平庸、低下，只是凭借岳父才显贵，朝野众人和原定藩旧部对他很是轻视，纷纷觉得他根本没有承袭勋爵之理，许多人还揭发他贪污、杀人等犯法之事。孙延龄年少又不知自制，处处以将军自居，要求原定南王孔有德的属下待他要如同待孔定南一样，行跪拜之礼，引起藩下将领不服与不屑。他也不事军事，终日以鱼鸟为乐，并且“骄纵放肆”，数次侮辱都统王永年等人，与属下积怨日深。
孙延龄除了与都统不和外，与妻子也不睦。孔四贞娇宠任性，因自己是孝庄太后养女，贵为“和硕格格”，位居“极品”，在孙延龄面前趾高气扬。待孙延龄被封为广西将军，她被封为“一品诰命夫人”，变成了“妻从夫贵”，让生性高傲的她内心十分不平，认为是丈夫私通内院搞的鬼，于是夫妻之间逐渐不和。孔四贞的包衣佐领（相当于管家）戴良臣曾向她推荐自己的亲戚王永年为都统，孙延龄与王永年不合，不允其请，且对戴良臣十分厌恶。戴良臣则利用孙孔夫妻二人间的不和互相挑拨，说孙延龄薄待格格这边的人。最后，在孔四贞的强迫下，孙延龄被迫向朝廷请命，令王永年为都统。孔四贞得势后忘乎所以，惟戴良臣之言是从。王永年升为都统后也处处与孙延龄作对，搞得孙延龄的话根本没有人听，以至于广西一军“惟知有都统，不知有将军，亦不知有格格”。这时，孔四贞才醒悟，大为后悔，但已于事无补。
孙延龄失去军权后愤愤不平，于康熙十二年二月向朝廷告状，参劾王永年克减军饷、僭乱不法。王永年等人也不甘示弱，在七月上疏揭发孙延龄贪赃、纵容属下虐民等诸多不法之事，双方互相攻讦，搞得沸沸扬扬，以致桂林城门白天紧闭，乡民都不敢入城。最后，王永年竟然唆使他人身怀利刃刺杀孙延龄！为此，清廷特派大臣赴桂林调查，虽然所查属实，王永年也被逮捕入狱，但康熙为了安抚孙延龄，又看在孔有德有功的面子上，对孙延龄给予了宽免，未予处置。但这已让孙延龄心生不满，怀恨在心。在云南突变、吴氏反清之后，孙延龄收到了吴三桂送来诱使自己起兵的信件——吴三桂曾认孔四贞为“义女”，孙延龄算是吴三桂的“义婿”——于是，他决定趁此机会先杀王永年等人泄愤，夺回兵权，然后起兵反清。
康熙十二年十二月二十二日，清廷为了安抚孙延龄，特授予他为“抚蛮将军”，统兵固守广西，并将王永年从狱中放出，仍管其事。但孙延龄深恨王永年，于康熙十三年二月二十八日诈称议事，将诸将骗至他的府内，事先伏下精兵。议事完毕诸将起身离座时，孙延龄掷杯为号，刀斧手齐出，王永年、戴良臣等三十余人都被杀死。
孙延龄反清后，自称“安远大将军”，广西大部响应从叛，只有在柳州的回族将领、广西提督马雄与孙氏不睦，予以拒绝。孙延龄派人拿着高脚牌去招降马雄，马雄见了大怒，骂道：“竖子无礼！”将牌子砸得粉碎。孙延龄引兵来攻柳州，在柳州城下被马雄击败，但马雄也被流矢射中面颊，两人怨恨更深。此时，吴三桂大军已入广西，马雄力不能支，于是声称：“我降平西王，不降孙延龄！”派人向吴三桂请降，吴三桂授其“怀宁公”，并遣马雄的儿子马承荫守南宁。
广西反清后不到一个月，又传来福建耿藩易帜叛清的消息。
耿精忠是耿藩第三代王，耿仲明的长孙，耿继茂的长子。顺治帝曾把肃亲王豪格的女儿许配给他，论起辈分来，康熙还是他的叔伯内弟。耿精忠与吴三桂心意相通，上疏请求撤藩实非本意，接到吴三桂约其起兵的密信后，经过一番密谋筹划决定响应，王府中十四岁以上的男子都被配发弓矢，日夜操练骑射。耿精忠的母亲周氏得知儿子密谋“造反”，很是生气，屡次责备、力图阻止他反叛。但耿精忠心意已决，根本不听。他母亲气愤之极，竟绝食而死。
耿精忠虽已决定反清，但对福建总督范承谟十分顾忌。范、耿两家世代交好，当初清廷封“三顺王”，就是范承谟的父亲范文程极力向朝廷主张的。耿仲明与范文程交谊深后，两家还曾经联姻——耿精忠的妹夫是范承谟的侄儿。耿精忠与范承谟关系也很亲密，双方来往，低一辈的耿精忠自称“侍生”，因耿精忠已袭爵为王，为表尊敬，范承谟则自称“弟”。吴三桂反叛后，康熙立即下令停撤平南、靖南二藩，诏令耿精忠“固守地方，不必搬家”，以示安抚。但耿精忠心怀鬼胎、疑虑重重，他见朝廷两次差遣使臣来闽，怕范承谟接到“密旨”暗害自己，接到朝廷诏令后阖府披甲三日，自己也全副武装，如临大敌，但他又担心范承谟不肯从叛，于是决定先要挟范承谟。
耿精忠言行反常，藩王府中进行演习也不知会督抚，又不晓谕居民，天未亮就炮声隆隆，一直响到夜晚，城中百姓惊骇万分。晚间，耿精忠又亲自在城头、校场操练士兵，或一更，或半夜，忽操忽止，角号声齐动，人心惶惶。范承谟恐怕变生肘腋，自虑总督标下只有两三千标兵，难以与藩府的万余兵丁匹敌，于是想借巡视海疆为名逃离福州虎口，前往闽安镇联络兴化、漳州、泉州三府官兵防备耿精忠。
范承谟还未出行，耿精忠就率先发难了。康熙十三年三月十五日一大早，耿精忠诈称海寇来犯，召集大小官员到王府议事，范承谟已有预感，托病不去。这时，已经答应耿精忠一同反清的福建巡抚刘秉政前来相约，范承谟只好一同前往。一到王府议事厅，突然炮声震响，伏兵四起，耿精忠的手下亮出利刃，杀气腾腾，要范承谟选择：要么降，要么死！忠于清朝的范承谟见此情形骂不绝口，耿精忠立即下令将他逮捕。有一两个士兵不知情，以为范、刘二人乃是一伙，竟上前误把刘秉政的胳膊抓住。耿精忠的党羽马九玉急忙申斥道：“不干巡抚事！”刘秉政两颊通红，低头无语，好不尴尬。马九玉挥手令他退下，他才急忙出去。
耿精忠见范承谟倔强不肯从叛，又忌惮他的威望，不敢杀他，就将他连同他家属五十余人全部打入大牢，囚禁了起来。后来又派刘秉政前去牢中劝降，谁知一见面，范承谟上前就给了刘秉政一脚，将其踢翻，把他骂了回去。耿精忠见范承谟不服，下令对其百般折磨，在被关押的两年里，范承谟蓬头垢面，通身生满了虮虱蚊蝇，疾病缠身，每天只吃半碗饭，只求速死！每天他都要骂一阵耿精忠，然后写诗明志，没有笔砚，他就把木棍烧成炭条，将生平写在墙壁上，洋洋数千言，成了《画壁遗稿》。
耿精忠囚禁了范承谟，铲除了反对他的势力后，自称“大明总统兵马大将军”——比吴三桂的“元帅”低一级——蓄发易服，宣布反清。康熙得知后一面派“定南将军”希尔根统领大军由江西、“平南将军”赖塔由浙江、“平寇将军”根特巴图鲁由广东，分三路进剿；一面传谕招抚耿精忠的部将，表示如果“悔罪”来降，就既往不咎。为了孤立吴三桂，康熙帝也没有处死耿精忠在京的两个弟弟，而是宣布胁从者不问、立功者受赏，剿抚并用、软硬并施。对耿精忠本人，康熙表示：“谅耿精忠必系一时无知，堕人狡计，与吴三桂不同。”意思是，只要他投诚，朝廷也会宽容。
耿精忠起事后不到一个月，全闽就降附，他又分兵三路向江西、浙江展开了进攻，以白显忠为将出西路，攻江西，进犯建昌（今江西省南城县）、广信（今江西省上饶市）、饶州（今江西省鄱阳县）；以马九玉为将，出仙霞岭为中路，攻浙江金华、衢州（今浙江省衢州）；以曾养性为东路，专攻浙江沿海，取温州（今浙江省永嘉县）、台州（今浙江省临海市）、处州（今浙江省丽水市）、绍兴等地。清军毫无防备，惊慌失措，浙江将军图赖听到警报后吓得瘫软不起，时称“抬不动将军”；巡抚田逢吉“顿足不已”，人称“跌足巡抚”；总督李之芳“掀髯不已”，人称“撚髯总督”。
短时间内，东路曾军连陷浙江平阳、温州，破乐清、下天台、仙居，并攻取了绍兴府属嵊县等地；西路军攻陷了江西建昌、广信、饶州、抚州等地，甚至一度占领了长江沿岸的彭泽、湖口二县，并进入安徽，占领徽州，威胁清朝的江南粮仓；中路大军进入金华和衢州府境内，但由于清军援兵及时赶到，耿军屡次围攻二城都未攻下。
在西征北伐的同时，耿精忠又联络广东潮州总兵官刘进忠煽乱广东；又致信在台湾的郑经，许以割让福建南部沿海漳、泉二府之地，约他重返大陆，进兵潮、惠，共击清朝；还南联琉球王国，索取军需，以为外援。一时间，“东南半壁，尽入版图”。
在东南沿海抗清的郑成功在收复台湾后不久去世，他的儿子郑经在台湾仍一直坚持奉明朝年号，力图恢复明朝。康熙二年（1663年）十月，清军联合荷兰水军，一举攻下了郑氏在福建沿海的抗清基地——金门和厦门；康熙三年（1664年）三月清朝又派兵攻下了铜山，不敌清军的郑经退守台湾孤岛，独自抗清已力不从心。接到耿精忠相邀后，郑经认为这是千载难逢的机会，于是立即派人马在福建沿海登陆，陆续占领绍安及建宁等处，并开始在当地招兵买马。
◎郑成功
但耿郑的联盟只维持了数月便宣告破裂，耿精忠见来到厦门的郑军“兵不满两千，船不过百只”，便很轻视郑经。起兵前，耿精忠怕福建各地文武官员不服，故而请郑经前来助战，不料起事后仅派出数名骑兵、发出几张檄文就得了全闽之地，又见己军在浙江、江西等地攻势迅速，形势一片大好，于是心生悔意，力图阻止郑经前来助战。他不但下令照旧实行“海禁”，寸板不许下海，禁止己军与郑军交易，而且不再兑现分给郑军船只并安插兵丁的诺言。
郑经得知耿精忠突然变卦后即差使者前去责备他背约，耿精忠直截了当地答道：“你回去告诉你的主人，各地分守，勿作妄想！”但“请神容易送神难”，感觉被耍了的郑经勃然大怒，他从台湾征调六分之四的士兵充实军队，令冯锡范与刘国轩发兵攻下了同安和海澄（今福建龙海市海澄镇）。康熙十三年五月，泉州守将暗通郑经，驱逐了耿军的守将，将城池献给了郑军。八月，漳州守将黄芳度也归降了郑经。九月，郑军大将刘国轩率军在枫亭列阵二十里，与耿军大战，耿军多为新募，胆怯不能死战，很快被击溃，郑军一直追到兴化城下。
◎郑经画像
耿精忠见连失同安、海澄、泉州、漳州等地，十分恐惧，派使者到厦门与郑经谈判，想要“索地请和”，要求郑经归还漳、泉二州，并表示愿意将沿海岛屿划归郑经，还承诺“通商贸易”，不再禁止台湾与大陆贸易。但郑经不予理会，回书驳斥耿精忠“墨迹未干”就失信背约，并回复：“天下是我太祖（朱元璋）之天下，又不是你耿精忠的！”“昔日清朝全盛，我尚且与之争衡于吴越，今日你耿精忠区区一旅，何足道哉！？”
耿精忠起兵后不但“背盟毁约”，还妄自尊大，俨然以盟主自居，竟向郑经发号施令，派人送去敕印，封其为“大将军”。郑经很不服气，道：“耿精忠食清朝的俸禄，乃是明朝叛逆，怎能封我郑经？！”郑经自诩为明朝海外孤忠，视耿精忠为明朝叛逆，自然不愿屈居其下。双方又在是否尊奉明朔的问题上争得不可开交，最后，郑经发布公告不再与耿精忠合作，只愿同吴三桂联合共扶明室，恢复明朝基业。但他不知道的是，吴三桂已经另起炉灶，无意复明了。
十一月，郑军又攻下了漳浦镇。耿精忠怕受到郑经与清兵的夹击，于是向吴三桂求助。吴三桂本来想让耿精忠北进据守钱塘江，郑经由海路直取南京、天津，断北兵粮道，在东南战场上牵制清军，自然不希望耿郑两家互相攻击，消耗反清力量，于是特意派使者为两家调解，称耿、郑为“唇齿之邦，辅车之势”，希望两家化干戈为玉帛，团结起来、一致抗清。这时，郑经已得知吴三桂自立了名号，十分不满，大将刘国轩说道：“吾家在海外数十年，称奉明朝年号，今吴号‘周’，耿称‘甲寅’，大逆不道，我带兵来是要攻打你们两家的。如果你们反正奉明朝年号，我不难进镇江、上南京，否则你们两家都是我的敌国！”由于三方各有企图、同床异梦，所以矛盾根本无法化解，争吵不断。直到康熙十四年（1675年）一月，耿郑双方才达成协议，商定以枫亭（今仙游县枫亭镇）为界，北方属耿精忠，南方属郑经，双方的争斗才暂时告一段落。
在耿郑互相攻讦之际，清军已增兵南昌、杭州、衢州、吉安、袁州、九江、金华等战略要地，加紧了对浙赣等地的攻势。为防止耿军与吴军在江西会师，康熙命安亲王岳乐为定远平寇大将军，自安徽向江西进军，威胁吴三桂东翼，并阻断耿军西进之路；又命简亲王喇布为扬威大将军，统军镇守南京；康王杰书为奉命大将军、贝子傅喇塔为宁海将军，进攻浙江耿精忠部。自七月至十一月间，清兵与耿军在浙赣两省展开激烈争夺，接连收复了江西饶州、石城、彭泽，浙江嵊县、诸暨、义乌等失地，开始了反击。
三 四方鼎沸
◎明朝头，
清朝尾，
过了三周年，
依旧归康熙。
——尚之信反清后的广州民谣
吴三桂在云南起兵之际，曾发书信约他在各地的旧部、故交一起反清，驻甘肃平凉的陕西提督王辅臣和驻甘州的甘肃提督张勇也收到了信札。此二人原为吴三桂部下，后先后调离云南。吴三桂本以为凭借自己往日对王、张二人的恩情，他们一定会闻风而动，听命于他。可出乎意料的是，王、张二人均拒绝从叛。
王辅臣出身卑微，原为明末农民起义军将领，曾在李自成军中服役，其人骁勇善战，在马上如飞，绰号“西路马鹞子”。他身高七尺、面目白皙、卧蚕眉，又被人称为“活吕布”，后投在山西大同总兵姜瓖麾下，之后又随姜瓖在大同反清。满洲八旗兵围攻大同，每次见到“马鹞子”乘黄骠马出战，都不敢撄其锋，“皆披靡败走”。为迷惑清军，王辅臣与另两员大将轮番骑黄骠马出城，清军不知哪个是真王辅臣，哪个是假王辅臣，不敢应战，贻误许多战机。
大同之战持续了近十个月，顺治十六年（1649年）姜瓖兵败被杀后，王辅臣又投降了清军，免于被诛，被英亲王阿济格收入汉军正白旗下，进驻北京。后来阿济格因罪被诛，王辅臣也沦为了辛者库（满语“奴仆”之意），但王辅臣凭借大同之战已声名远扬，京城之中无论满汉，都以认识“马鹞子”为荣，连顺治皇帝都闻其大名，特意提拔他做了一等御前侍卫。之后王辅臣随军南征，先侍奉洪承畴，后又在吴三桂手下为将，因他骁勇善战，而且“恭以事上，信以处友，宽以待人，严于御下”，吴三桂十分喜爱他，待他犹如自家子侄，凡有美食美器必定先赐给他，王辅臣也感恩戴德、竭诚侍奉。
康熙四年（1665年），王辅臣奉命征讨云南土司乌撒，与诸将在一马姓总兵营中聚餐，酒酣耳热之际，一王姓总兵发现王辅臣碗中有只死苍蝇，赶忙好心地大声提醒——因为东道主马总兵待下属十分酷虐，部下有小过就用木棍一顿好打，往往有被一棍打死者，因此得个诨号“马一棍”——王辅臣出于好意，不想让伙夫因此受到责打，闹出人命，故意不以为然说道：“我等从枪林箭雨走出来，九死一生，吃饱饭就满足了，哪里有闲心讲究吃食？便是有苍蝇也吃得下去。”但王总兵不解其意，反而不信，执意要与王辅臣打赌，称：“您要是敢吃死苍蝇，我就把自己的坐骑输给你！”王辅臣大话已说出口，无法收回，只得硬着头皮吞下死蝇，这时吴三桂的侄子吴应期不知趣地凑过来打趣道：“王兄如此贪爱坐骑，别人与兄长打赌吃死苍蝇，兄长就吃，如果有人跟兄长打赌吃粪便，兄长你也要吃屎吗？”王辅臣被激，平白无故吃了个死苍蝇，心中憋屈得已不自在，见吴应期又来打趣，不由得恼羞成怒，趁着酒兴起身，指着吴应期的鼻子怒骂道：“吴应期！你自恃是平西王的子侄，竟敢当众羞辱我！人家惧怕你们吴家王子王孙，我却不怕！且看我如何掏出你吴家子孙的脑髓，嚼你们的心肝，挖你的眼睛！”说完一拳砸在饭桌上，“咔嚓”一声，桌子四足皆断，桌上茶碟、饭盂、酒杯一股脑儿摔得粉碎。左右人吓得皆不敢言，吴应期赶忙趁乱溜之大吉。
次日酒醒，双方皆有后悔之意，吴应期亲自来到王辅臣的营帐拜伏于地，向他赔礼道：“昨日因酒醉，出言伤兄，望兄见谅。”王辅臣也对自己小题大做深感悔意，双手扶起吴应期道：“我醉了，出口伤人，兄不怪罪我，为什么还要自责呢？”于是双方言归于好，开筵欢饮，相好如初。谁知此事被人添油加醋，辗转传到了吴三桂耳中，吴三桂听了很不高兴，叫人传话给王辅臣：“你王辅臣跟吴应期酒后争吵，都是少年兄弟，喝醉骂座是寻常之事，便厮打起来也无妨，又不是妇女有了私情怀孕，怕被打掉了胎？只是何必牵扯上老夫？说‘你是王子，我敢吃王的脑髓心肝！’别人岂非要背后掩口笑话我‘吴三桂这个老头平日对王辅臣爱如珍宝。王辅臣却恨得要吃他脑髓呢’！这岂不是令人寒心？”并特意派人捎信警告王辅臣：“下次不要这样了。”
吴三桂此话让王辅臣大为不满，性格倔强的他认为吴三桂偏向自家侄儿，不愿再受制于人、寄人篱下，于是一气之下派人携重金赴京师买通了朝廷重臣，要调离云南，到甘肃任职。朝廷正想拆散吴三桂的党羽，恰好此时平凉提督空缺，于是康熙特点王辅臣补缺，将他调往平凉。
吴三桂得知王辅臣要离开云南后如失左右手，十分不舍，王辅臣来王府辞行的时候，他拉着其手说道：“你到了平凉不要忘了老夫。你家里穷、人口多，万里迢迢，怎么受得了？”并特意取出白银两万两给王辅臣做路费。
不过，与康熙帝的“圣眷隆恩”比起来，吴三桂的这一点恩情就显得微不足道了。王辅臣在北京觐见皇帝时，康熙爱惜他是个将才，舍不得他赴平凉上任：“朕真想把你留在朝中，朝夕相见。但平凉边庭重地，非你去不可。”眷眷之情、溢于言表，还特意让钦天监为他选一个好日子启程。选定日期后，康熙又道：“行期已近，朕舍不得你走。上元节就要到了，你陪朕看完了灯再走。”到了临行这天，康熙又接见了王辅臣，与他温言细语谈了很久，并且重加赏赐。最后，康熙指着御座前的一对蟠龙豹尾枪道：“此枪是先帝（顺治帝）留给朕的，朕每次外出必把此枪列于马前，为的是不忘先帝。你是先帝之臣，朕是先帝之子。他物不足珍贵，唯有把此枪赐给你。你持此枪前往平凉，见到此枪就如同见到朕，朕想到留给你的这支枪就如见到你一样。”康熙帝以九五之尊，屈身慰劳，王辅臣被感动得一塌糊涂，他痛哭流涕拜伏于地，久久不起，说道：“圣恩深重，臣肝脑涂地，不能稍报万一。”在与吴三桂笼络王辅臣的竞争中，康熙赢得了第一个回合。
接到吴三桂的策反密信后，王辅臣立即派儿子王继贞于康熙十三年二月初将吴氏的信使押解到北京，将信札报告给了朝廷，以示忠心。另一个将领张勇也将吴军来使和“逆书”上交朝廷处理。康熙皇帝得知后大喜，称赞王辅臣“果不负朕，疾风知劲草今日乃见之”，立即对他予以嘉奖，命其固守地方。康熙鉴于四川失守、西安危急，又派遣被授以全权的刑部尚书莫洛率满军去陕西节制诸将，相机行事。
谁知未过多久，传来了王辅臣袭杀莫洛，举兵反叛的消息，这一突变令康熙皇帝大为震惊——原来莫洛率兵进征四川，很快收复了阳平关（今陕西省宁强县西）与朝天关（今四川省广元市东北），占领广元（今四川省广元市），并包围了由吴三桂侄儿吴之茂与大将王屏藩据守的保宁。双方自五月对峙到九月，清军军饷逐渐供应不足，一些绿旗兵发生哗变，纷纷逃亡。四川叛军不断出兵深入敌后骚扰，已切断了清军广元与宁羌州之间的饷道，莫洛在陕西汉中与四川保宁交界处受阻，进退失据。由于粮饷不济，清军只得于十二月初退回宁羌州，驻扎在南教场，与王辅臣的兵营相距两里多地。王辅臣属下标兵与满洲兵不和，互相忿争辱骂。初四日，双方矛盾升级，王辅臣手下的兵将高喊着：“要粮饷！要好马！”突然向莫洛的大营发起了进攻，莫洛亲自督率满兵反击，将王辅臣的标兵击败。王辅臣心中不平，一不做二不休，也率军来复战，一时间“枪炮矢齐发”，莫洛猝不及防，激战之中被鸟枪流弹击中喉咙毙命，其手下满兵受到重创，溃散士卒均被王辅臣收降。
兵变之后，王辅臣手下士兵大多逃散，仅剩下千余人，势单力孤，遂赶忙退往略阳。为支援莫洛，康熙曾命豫亲王多铎第七子、多罗贝勒董鄂为定西大将军，率兵入川支援。但董鄂行军缓慢，四个月后才到达西安，他在行至沔县的路上得知兵变的消息，虽然此时王辅臣只有千余人且军心涣散、不堪一击，但董鄂竟不敢前去迎战追击，而是急忙经凤县栈道逃回汉中，奔往西安。广元、朝天关等要地尽皆失守，董鄂急忙向朝廷奏报，但对王辅臣为何叛变，他也是一头雾水，一无所知。
王辅臣突叛，康熙十分震惊，前不久王辅臣还揭发了吴三桂，并派遣儿子王继贞入京报告，如今他儿子还在京师他就突然举兵反叛，这实在让康熙想不通。但康熙最终还是决定赦免王辅臣，表示对变故一概不究。他先召见了王辅臣的儿子王继贞，王继贞一到，他劈头就是一句：“你父亲反了！”王继贞一时也摸不着头脑，应声道：“我一点也不知道！”等到康熙将陕西方面的奏报出示给他看时，王继贞才神情突变，吓得浑身战栗，口噤不能言。康熙抚慰他道：“你不要害怕，朕知你父亲忠贞，绝不至于做出谋反之事。大概是经略莫洛不善于调解和抚慰，才有平凉兵哗变，胁迫你父亲不得不从叛。你马上回去宣布朕的命令，你父亲无罪，杀经略莫洛罪在众人。你父应竭力约束部下，破贼立功，朕赦免一切罪过，决不食言！”给了王辅臣台阶下后，康熙还施以攻心之术想把王辅臣争取过来，不让其与吴三桂合流，为此他特意放回王继贞，并下了一道敕谕抚慰。
康熙这道如同长信的敕谕通篇没有一句指责之语，反而把兵变的责任全部揽到了自己身上，自责没有知人善任才导致变故，并表示对所有参与兵变的官兵都一概宽免，不予追究。在敕谕中，康熙还回忆了自己与王辅臣之间的桩桩往事，晓之以理、动之以情，希望王辅臣能够回心转意，别辜负君臣之间的情谊和朝廷的重托。
康熙十四年正月十三日，康熙帝的敕书送到了略阳，王辅臣与众将领“恭设香案，跪听宣读”后备受感动。王辅臣自称“臣听闻之下，肝肠寸断，心胆俱裂”，唯有向北京方向“号泣，抚众哀鸣而已”，接着便上奏申诉兵变原因：他称莫洛为人偏执，先是不听他的良言忠告，对他的战略建议置若罔闻，又目中无人排斥汉将汉兵，让生性高傲倔强的他十分不满。当时他顾虑文武不和，“恐误大事”，于是上奏请求调离四川离开莫洛，随军往征湖南，但康熙却以无论在四川还是到湖南，都是为朝廷效力为由，竟不准奏。后跟随大军征略四川时，莫洛又将他所属官兵中的两千匹好马尽行调给满洲骑兵使用，给他们分配的却是些“劣瘦茶马”。十月初，马匹还未到即催促他起程进川，这分明是想陷他于死地！所以众将士皆心怀怨恨，十二月初四行至宁羌州时，又因粮饷不足，士卒忍饥挨饿，军心不稳，以致属下哗变，索要粮饷好马，莫洛中流弹而死，其军溃散，实非他的本意。
得知王辅臣起兵反清后，吴三桂大喜，立即派人送来了二十万两白银作为军饷，还铸造了“平远大将军陕西东路总管”的大印，并指示已入川的大将王屏藩与吴之茂由汉中出兵支援陇西。
现在，王辅臣骑虎难下。虽然康熙表示既往不咎，但他还是心存疑虑，担心这只是皇帝的权宜之计，谁能肯定朝廷以后就不追究了？于是，他决定接受吴三桂的白银和大印，开始反清。
王辅臣先是说降了秦州（甘肃天水）守将，然后烧毁了陕甘两省交界的凤县偏桥，并派兵把守栈道，断绝了清兵粮道，引导吴军北进，汉中、兴安等镇遂落入吴军王屏藩等部手中。凤县的清军粮草不济，只得被迫突围退回西安。王辅臣趁机搜集散兵扩充队伍，率旧部回师平凉后向各地发出信函，约会各镇起兵。于是，甘肃固原（今宁夏固原）、定边、巩昌（今甘肃省陇西）、阶州（今甘肃省武都）、洮州（今甘肃省临潭东）、岷州（今甘肃省岷县）、临洮、兰州等地先后叛清，陕西的同州（今陕西省大荔）、葭州、洛川、宜川、吴堡、清涧、米脂等地也相继沦陷，陕甘地区一时叛乱迭起，鄂尔多斯蒙古部也趁机犯边，骚扰甘肃永固地区。到三月，陕西只有西安一府及邠、乾二州没有失陷，甘肃只剩下河西走廊一带仍为清军所有，未叛的只有甘肃提督张勇、西宁总兵官王进宝和宁夏总兵官陈福，后来宁夏兵变，陈福被乱兵杀死，其位置由赵良栋接任。
其中，张勇和王辅臣一样，原来都曾在吴三桂手下为将。康熙在得知吴三桂起兵反清之后，放心不下张、王二人，第一时间下发了一封诏书给他们，要二人防备吴三桂派人过来策反，一经发现，要立即举报，上奏朝廷。除了这份明面上的诏书外，康熙还给了两人各自一份口诏，让二人相互监视。
王辅臣和张勇接到诏书后约定，如果发现前来策反的使者，二人一起举报。可王辅臣立功心切，竟然瞒着张勇自己一个人抢先向朝廷举报了。康熙大为赞赏，毫不吝啬赐了王辅臣三等精奇尼哈番（世袭子爵）的爵位，其儿子王继贞也被授予大理寺少卿的官职。
张勇得知后十分不高兴，无论是战功还是资历，自己都要比王辅臣高得多，自己当甘肃提督时，王辅臣还只是一个辛者库，现在王辅臣反倒后来居上，与自己平起平坐。当王辅臣反清后派遣使者又来策反张勇时，张勇毫不犹豫斩杀了使者。张勇与王辅臣不同，他虽为武将，却只能坐着轿子指挥战斗——由于早年他的脚受了箭伤，伤到了骨头，所以不能骑马，但他善于用兵，而且喜欢穿着文人服饰，在阵前饮酒赋诗，十分儒雅。后来的乾隆皇帝读史书读到张勇的事迹也钦佩不已，赞叹道：“真有古代儒将风范也！”
王进宝出身农民，原为张勇手下战将。王辅臣反清后烧毁了黄河上的浮桥，并且沿河驻兵防守。就在张勇为如何渡河而头疼不已的时候，忽然得到消息说王进宝已经渡河西进了！原来王进宝趁敌军不备，在王辅臣没有设防的蔡湾，利用羊皮筏子成功渡河。由于渡河工具狭小，他只带了一小支军队孤军深入。但就是这支孤军不断穿插、设伏、偷袭，成功将黄河沿岸敌军全部驱逐，最后抵达兰州城下，并切断了兰州的粮道。在后援部队到来后，王进宝又围而不打，兰州城内叛军最后只好投降。王进宝也因此一战成名。
另一员大将赵良栋在宁夏总兵官陈福被杀后迅速赶往宁夏，斩杀了带头造反的士兵，然后对其他人表示既往不咎，迅速平定了一场兵变。他善于练兵，后来被康熙盛赞为“天下第一良将”。张、王、赵后来被称为“河西三汉将”，这三人也成为之后平定王辅臣、恢复陕甘的主力。
陕西、山西向来被称为京师的“右臂”，与山海关外被称为“左臂”的辽东遥相呼应，西北的陕甘地区一反，反清军即可进入山西，进逼清朝的心脏——北京。因此王辅臣反清后，清朝已是三面受敌，长江之南几乎尽为叛军所有，吴三桂屯兵于湖广，窥视江北；耿精忠得势于东南，威胁苏杭；王辅臣勾连西北，山西震动；西南的交趾（今越南）与东北的朝鲜也陈兵边界，蠢蠢欲动。“东、南、西、北，在在鼎沸。”康熙十四年三月二十五日，长城以北的京师附近又爆发了蒙古察哈尔汗布尔尼乘吴三桂起事，煽动蒙古各部叛清的变乱。
布尔尼是蒙古第三十五任大汗、漠南蒙古察哈尔部首领林丹汗之孙，成吉思汗的嫡系后裔，林丹汗当年被皇太极击败，在逃跑中病死于打草滩。皇太极招降了其子额哲，把自己的第四个女儿、公主马喀塔许配给他，并将他统领的蒙古部纳入蒙古八旗。被封为亲王的额哲死后，其弟阿布奈“继娶其嫂”继承了王位，布尔尼即为这位清朝公主所生，算是康熙帝的表兄弟。按照早期的满蒙习俗，弟娶兄嫂是很正常之事，但阿布奈未经请示就擅自决定令清廷很是生气。而阿布奈对祖先败于满人之手也耿耿于怀，他不服清朝号令，曾长达八年不去京城朝贡，连顺治皇帝发丧都没参加。
康熙元年，公主马喀塔去世，按照满洲丧葬习俗，公主生前衣物珍宝都要焚毁，但贪财的阿布奈却一概不烧，反而用来扩充军马，这引起了清廷的警惕。康熙八年（1669年）五月，康熙与孝庄太皇太后以“你祖先坟在沈阳，我们要去祭拜”为名，要求阿布奈同去，诱骗其进京。阿布奈进京后马上被朝廷监禁，以“无藩臣礼，大不敬”的罪名被削去王爵，由其子布尔尼接替了王位。八月，布尔尼来京觐见，临走时奏请见他父亲一面，清廷不许，布尔尼愤怒归去。虽然怀恨在心，但他依旧对朝廷恭顺，只暗地里等待时机发难。
◎孝庄画像
吴三桂在云南起兵后，康熙屡次谕令布尔尼率兵南下平叛，但布尔尼都拒不行动。到了康熙十四年，布尔尼闻得吴三桂已兵临长江，清大军倾巢南下，又侦察到京师空虚几乎无满兵，遂决定起兵，从狱中劫出父亲阿布奈，恢复昔日的蒙古帝国。
但他的计划被长史辛柱公主发觉，辛柱暗中派其弟向清廷告密。孝庄太皇太后与康熙皇帝得知后立即召各部蒙古王爷进京议事，以探虚实。有了父亲的前车之鉴，布尔尼自然不肯自入囚笼，最终其他各部蒙古王爷都到了，只有布尔尼兄弟不来。三月二十五日，布尔尼率右翼察哈尔兵三千起兵反清，自称蒙古大汗，宣布“恢复大元”，并向张家口进军，威逼京师。在布尔尼的煽动下，内蒙古奈曼部布鲁特兄弟率族人响应，宣府的察哈尔左翼四旗官兵也发生哗变，毁掉长城边墙投奔了布尔尼。
察哈尔部的叛乱使清朝面临被叛军南北夹击的困境，康熙急命豫亲王多铎之孙鄂札为抚远大将军出师，前往征讨，但苦于手中无兵，又想调遣蒙古科尔沁部与土默特部前去平叛，但又怕两部蒙古与布尔尼合流。最后还是他的老祖母——孝庄太皇太后给他推荐给了一个人选，此人就是在户部做后勤的都统大学士图海。于是，康熙起用图海为副将军出征，因为京师兵马大多南调，“宿卫尽空”，图海只得征召了京师满蒙老弱残兵及八旗家奴数万人前去征剿。
图海率万人出征，因无粮饷，只得放纵属下抢掠所过州县村落。快到目的地时，图海动员士卒：“之前你们所抢掠的东西，都是些老百姓家里不值钱的东西。察哈尔的开平（今内蒙古多伦），继承了元代数百年之业，积攒的珠玉宝物不可胜数，你们如能获取一件，就可以终身富贵了！”所谓重赏之下必有勇夫，众人受了物质刺激之后士气大增、踊跃前进。四月二十二日，清军进至达禄（今河北省沽源），布尔尼埋伏于山间，列阵等待。他的埋伏被清军侦察兵发现，图海指挥队伍搜山猛攻，布尔尼亲率大队摆列火器抗击，但图海的骑兵最终冲破了布尔尼的阵地，大破蒙古伏兵。布尔尼两次整军复战，都被击溃，兄弟二人几乎全军覆没，只率三十余骑落荒北逃至科尔沁境内。
◎清平察哈尔之战
这时，科尔沁和硕额驸沙津率军前来协助清朝平叛，因迟到未能与清军会师，行至扎鲁特恰好遇到逃跑的布尔尼兄弟，立即率军将其包围。因布尔尼之弟罗布藏的妻子是沙津之妹，罗布藏是沙津的妹夫，所以罗布藏把妻子——即沙津之妹——送到军前请降，谎称兄长布尔尼已经逃走，自己前来乞命。沙津将妹妹留在军中，命罗布藏先招来布尔尼方可饶命，并遣三十骑与罗布藏同往布尔尼军营中，布尔尼与罗布藏见沙津紧追不放，料难被宽恕，兄弟两人又一同逃走。沙津率骑兵追到后，将两人射死。
之后，图海又号召扎鲁特部击败从叛的奈曼部，杀其首领布鲁特兄弟。经此变故，不但囚禁在盛京的阿布奈被处死，连林丹汗直系后代中的男子也被康熙下令处死，蒙古黄金家族嫡系血统由此断绝。察哈尔部从此被清朝列为蒙古四十八旗之外，官不得世袭，事不得自专，沦为了皇家牧马场。
面对四方逐渐恶化的局势，康熙保持了惊人的镇定，他为了安定惶恐的军心、民心，每日游景山、观骑射，以示胸有成竹。有人投帖子讽谏，康熙看后也置之不理。事后，他回顾往事时说道：“当时朕若稍有疑惧之意，则人心动摇，或致意外，未可知也！”
吴、耿两藩先后反清后，镇守广东的尚可喜却按兵不动，他将吴三桂派来的两名使者及收到的约他起兵的“逆书”一并解往北京，报告朝廷，并宣布与自己的儿女亲家耿精忠——耿继茂的女儿嫁给了尚之信，尚可喜次子尚之孝的女儿则是耿精忠的儿媳——划清界限。为了表示对朝廷的忠贞不贰，他还特意修了一座“尽忠楼”，以示绝不辜负“皇恩”。康熙为表彰尚可喜，特意于康熙十四年正月晋升他为亲王——汉臣能得到的最高爵位。
◎耿精忠
虽然尚可喜不愿叛清，但广东已被叛军势力包围。康熙十三年四月二十日，广东潮州（今广东省潮安县）总兵官刘进忠举兵叛清。刘进忠原为靖南王部下，后调任广东，耿藩叛清后，刘进忠立即暗地里与耿精忠联络，发动兵变，于四月二十二日把耿军迎进了潮州城。
刘进忠在潮州府反清后，只有普宁、惠来二县不从。尚可喜得知刘进忠反叛后立即向朝廷报告，并派其子尚之孝、尚之节统兵讨伐刘进忠，尚军连破数县，屡败叛军，尚之孝收复程乡（今广东省梅州）、平远、饶平、大埔、澄海等地；尚之节率兵自程乡间道进入福建，沿途恢复了大埔县（今广东省大埔北），逼近潮州，四面受敌的潮州已成孤城。惊慌失措的刘进忠想要求救于耿精忠，但此时郑经已航海入闽，攻下了漳、泉二郡，潮州通往福州的道路已为郑军截断，刘进忠只得转而投靠郑经。郑经封刘进忠为“定虏伯”，并派大将刘国轩等人率众万余来救，尚军寡不敌众，退守普宁。
就在粤东战火蔓延的时候，又传来了粤西的高州总兵、原明朝锦州总兵官祖大寿第四子祖泽清在六月间反清的消息。祖大寿乃吴三桂的舅父，早在清太宗时期就投降了清朝，祖泽清算是吴三桂的姑舅表兄弟。祖泽清叛清后招引广西叛将马雄等军进入广东，连陷雷州、廉州、德庆、开建、电白等郡县，尚军屡战失利，叛军直抵新会，逼近首府广州。
粤东郑军刘国轩部与刘进忠合军后，于康熙十五年（1676年）春节前的除夕攻破了尚军在普宁的大营，乘胜追击，一举占领了广州外围的博罗，东西两路反清军已经分别兵临肇庆、惠州，离广州不到两百里，广州省城已危在旦夕。各地“土寇”也趁机起事，聚众煽乱，碣石、程乡、东莞等地陆续投降叛军，郑经水师亦由靖海、甲子所登岸，围攻惠州。一时“粤东十郡，竟失其四”。耿精忠大军进犯江西建昌、抚州和赣州，吴三桂也派军东进，攻占了江西袁州、吉安等地，与耿军形成掎角之势，切断了江西清军和广东之间的联系。吴三桂在派军压迫尚氏投降的同时，还派人游说尚可喜长子尚之信，许其“世守广东”，利用尚氏家中父子兄弟之间的矛盾，诱其倒戈归降。
◎骑在马上的尚之信
面对东西受敌、日益恶化的局势，已七十三岁的尚可喜忧愤交加，老病加重，考虑到自己年老病多，不足以应付事变，长子尚之信虽然勇猛但有酗酒恶习，常凌虐下人，不足以托付大事，不想把王爵传给他。尚可喜手下有个心腹谋士名叫金光，博学多才，善于出谋划策，尚可喜凡有大事必召他商议，对他很是信任宠爱。但金光此人却颇为自负，不欲屈居人下，曾经从尚可喜军中逃跑。尚可喜深知人才难得，急忙派兵丁将他抓回——为防止金光再次逃跑，竟将他的脚筋挑断！因此，金光又被称为“跛金”。
康熙十年，尚可喜因年老多病，奏请康熙批准尚之信回广东管理政事。尚之信回到广东后，发现父亲将王府的大小事务都交与金光处理，对金光把持王府大权十分不满。金光惧怕尚之信，于是在尚可喜面前进言：“安达公刚而多虚，勇而寡仁，若继承王爵，必不利于国家，请废他立次子（尚）之孝。”尚可喜也怕尚之信掌握兵权后招惹来灾祸，于是向朝廷奏请将自己的王爵传给次子尚之孝，康熙马上同意，并晋封他为亲王（汉人晋封亲王的，此前只有吴三桂一人），下令尚可喜保守广东，牵制叛军。尚可喜急需援兵，康熙心急如焚，赶忙从山东等地抽调兵力南下，但路途遥远，半年里五次调兵，只有五分之一的兵力抵达广东。
尚可喜任贤不任长使尚之信怀恨在心，被剥夺王爵继承权后，他更加怨恨，常常骂诸弟为“杂种”，对母舅、姑丈及父亲手下的奴仆不是鞭打就是杀戮。尚之孝得知自己袭爵后其兄十分不满，竟不敢承袭王爵，要求辞掉。尚可喜左右亲信和妻妾也十分害怕，日夜在尚可喜面前哭泣，乞求“善后之计”。尚可喜病重，对尚之信也是无可奈何。
这时，尚之信得到了吴三桂答应事成之后，让他世守广东的密信，于是在康熙十五年二月二十一日发动兵变，炮击驻防广州的满兵大营，并发兵封锁父亲的府第，接受了吴三桂“招讨大将军”的封号。
病重的尚可喜闻讯气急，挣扎着起来要投缳自尽，被左右发现救下，从此被软禁，困顿病榻、苟延时日。十月二十九日，忧病交加的尚可喜一命呜呼，临死前还不忘取出清太宗赏赐的冠服，穿戴起来向北叩头。他对诸子说：“吾死后，必返殡海城（今辽宁海城），魂魄有知，仍侍奉先帝。”说完溘然而逝，年七十三岁。尚之信夺取大权后立即逮捕了劝尚可喜不要把王位传给自己的谋士金光，并且立即处死，报了私仇。
夺下大权后，尚之信派人逼迫尚之孝退兵。三月，被围困在惠州的尚之孝穷蹙无粮，不得已向吴三桂请降，吴三桂命他退兵广州，将惠州、归善、博罗等地让与郑经，双方遣使通好，以东莞、新安、石浓为界。郑经留刘国轩守惠州，刘进忠等人则领兵回潮州。
虽然投吴反清，但尚之信没有得到多少好处，吴三桂只封了他个“辅德公”，后见他愤忿不满，才晋封他为辅德亲王。后来因战事紧急，吴三桂又屡次向尚之信索取重金助饷，他先是令马雄驻屯三水（今广东省佛山市三水区），索取饷银十万，尚之信只得给了吴军十万饷银。谁知没过几天，吴军又来催要饷银百万，尚之信只给了三十万，吴三桂嫌不足。除了要钱外，吴三桂还派亲信赴广东任两广总督和广东巡抚，分割尚之信的权柄，尚之信因此心生不满，吴三桂屡次催他出兵大庾岭助战，他都予以拒绝，而是坐镇广州城中天天饮酒、不问政事。吴三桂以为尚之信没有大志，对他不以为意。
从“叛降”吴氏，到“归正”清廷的两百八十余天里，尚之信未派一兵一卒与清军作战。有史家云尚之信首鼠两端、见风使舵，坐山观虎斗，想要从中渔利；也有史家认为尚氏是为保地方，假意从叛，《尚氏宗谱》中记载：尚之信曾以蜡丸藏书，上奏北京，称自己是假意降吴，实为保护地方，待清廷援兵来到即行反正——所以之后清兵一至，广东就即刻“反正归降”了。
四 王耿归降
自古汉人逆乱，亦唯以汉兵剿平。彼时岂有满兵助战哉？
◎——康熙
康熙十三年初，吴三桂的前锋已抵达湖北境内、长江南岸的松滋，与清军大本营荆州隔江对峙。原明朝领土的三分之一都已被吴军收复。
虽然吴军已经饮马长江，但实际上没有利用清军未集的大好形势趁势北进。吴三桂的许多部将对大军停顿不前、不过长江十分不解，谋士刘玄初也写信劝说：“我军已经旗开得胜，应该一鼓作气、直捣黄龙，现在却屯兵不进，待清军四方之兵集结，则坐失良机，大事去矣！弱者若与强者争斗，弱者之利在于速战速决，强者之利在于比拼实力；富人与贫者打官司，贫者钱少，希望尽快将案子完结，富者则乐意把案子拖得长久一些。西南地区素来贫瘠，云南一隅之地的财赋抵不上江南一郡。现今吴越之财货、山陕之勇武，云集荆、襄、江、汉之间，我军若与清军久持，如同弱者与强者较量实力，贫者与富者比拼财富一样，必定对我军不利啊！”吴三桂读了这封信后无动于衷。部将中有人提出兵贵神速，应“疾行渡江，全师北向”，经襄阳北伐中原，直捣燕京；还有人提出舍荆州而不攻，顺江东下，直取南京，占领长江下游后断绝清朝的南北漕运；又有人提出出兵巴蜀，进据关中，进则由山西向北京进军，退则塞崤函以自固……但吴三桂一律不听，任由吴军在松滋驻屯了三个多月。
虽然吴军完全可以渡江长驱而进，但吴三桂有几分顾忌，他始终对满洲的八旗精兵颇有惧意，当有将领提出渡江北进时，他“密戒”道：“你们不知虚实，我与他们一同用兵多年，其骑射是最不可挡的。如今我们依山阻水，还可以自守，若到平原地方，你们如何敌得过。”另外，吴三桂云南起兵之前就曾谋划二策：一策为以云南为根据地起兵北伐，进可攻、退可守，但耗时漫长；另一策为假意同意撤藩，待行至河南时突然发难，直捣清朝腹心，吴三桂以后策太过冒险而采取了前者。待起兵之后，年老气衰的他不敢冒险，“欲出万全，不肯弃滇、黔根本”，他担心主力渡江北上后，中道受挫，会陷入进退失据的境地。入京觐见的朝鲜使臣也看出了这一点，在向朝鲜国王报告清朝形势时指出了吴三桂的战略错误：“吴三桂如有大志，扫清中原则必已深入，现尚据一隅而不进，其无大志可知也！”
◎满洲八旗军装
另外，吴三桂还抱着能与清朝“裂土议和”的幻想，希望清朝放回其子吴应熊，与他划江而治，所以不愿再冒险北进。他不但托西藏五世达赖喇嘛居中向清朝说和，还将被扣留在云南的礼部侍郎哲尔肯与翰林院学士傅达礼放回了北京，让他们捎信与康熙皇帝，希望清朝与他讲和、“裂土罢兵”。
还有一说，吴三桂进驻衡阳后曾去衡山岳神庙占卜，庙有一只如同铜钱大小的白色“神龟”，这只专门用来占卜的白龟被奉为神灵。吴三桂得知后前去占卜，他把全国山川地图放在神座前，将白龟置于地图上，心中祝祷，看此龟究竟走向何方。只见白龟在图中蹒跚盘旋循走，始终不出长沙、常德与岳州之间，后转至云南而止。占卜三次结果都一样，吴三桂暗暗吃惊，不敢轻出湖南，亦不敢渡江。
不过吴三桂的期望落空了，康熙收到他的信后表示：要么束手投降，要么被剿灭，朝廷绝不会与“叛军”妥协。康熙十三年四月，吴应熊父子被处死的消息清廷已通告全国，吴三桂得到消息时正在饮酒，听到后霎时脸色大变，手也不禁发抖，把杯子放下，老泪纵横地说道：“今日真是骑虎难下啊！”他一向善持两端，进退有据，现在清廷诛他爱子幼孙，已表明与他势不两立，绝不妥协！吴三桂失算了，他已经如同过河的卒子不能后退，只能拼命向前了！
不管吴三桂屯兵不前的原因究竟是什么，吴军屯兵不进给了康熙调兵遣将、集结兵力的宝贵时间。至康熙十四年四月，清朝已初步完成了对各战略要地的兵力部署，南下的清军已经迅速进入武昌、荆州、彝陵、郧阳等战略要点，形成了一道严密的防线，遏制吴军北上。为保障防线及时得到补给，康熙又采用了供给渐进之法，即“以备应援”“络绎奔赴”，若湖南有警，金陵（今南京）驻兵可旦夕而至，金陵有事，则调安庆之师来援，再调兖州之兵充实安庆，由远及近，如流水增援，使战场上“无鞭长不及之虑，无远征劳顿之苦”。
虽然康熙不断向前线增兵，战局却一直毫无进展。荆州已聚集了十万满汉大军，但主帅顺承郡王勒尔锦面对敌军畏缩不前，只知敛取地方财物，一味向朝廷索饷要兵，对康熙要求他渡江作战的命令一再拖延，一直拖了两年；统帅尚善等将领每天除了批阅和上报军情，无事可做，便整天高卧在营帐。济尔哈朗之孙、简亲王喇布率兵到了江西后只待在城中，不敢出战；西北战场的“定西大将军”董鄂也是胆小如鼠，躲在西安深居不出，听任叛军攻城略地。康熙任命这些皇亲国戚为帅，是觉得自家人比较可靠，谁料这些皇室贵胄承袭父辈的爵位后养尊处优，大多庸懦无能，压根没见过千军万马的战阵，根本不敢亲自上阵与敌军硬拼，与清朝刚入关时敢攻敢战、所向披靡的开国老将形成了鲜明对比。清军的畏缩与吴三桂的顾虑，导致战场上出现了长期的僵局。
◎西北战场
吴三桂将主力精锐近二十万人布置在湖南，并以七万人马据守岳州、澧县等地。岳州位于湖南东北部，长江南岸湖面宽阔的洞庭湖畔，三面环水，乃长江中下游的水陆要冲之地，洞庭湖水又与长江一脉相连，洞庭湖的水军可以顺流而下出长江。占有此地，便可断绝南北交通。吴三桂特别重视此城，特意派自己的侄子吴应期率数万精兵防守。为了固守该地，吴军又在与陆地相通的一面挖掘了三道壕沟，筑起了堡垒，设置陷坑、鹿角，阻挡清军的骑兵；并在洞庭湖峡口处打下木桩、竹签，阻止清兵水军船只进入湖内。
吴三桂一面在岳州、澧县水陆要冲部署重兵，使荆州清军不能渡江；一面先发制人，由长沙分兵进入江西，力图打出一条去福建的通路，与耿精忠会师。康熙十三年九月，吴军进入江西，连陷袁州及萍乡、安福、上高、新昌等诸州县，与耿精忠军形成东西夹击之势。康熙得知，急忙命安亲王岳乐统率大军进入江西，先后收复上高、新昌、万年、新城诸县，再克广信、饶州。吴三桂的女婿夏国相坚守萍乡，清军久攻不下，双方在江西陷入僵持。
除在东路进军江西外，吴军还从四川进入陕西，沟通兴安、汉中的叛军，企图与王辅臣会合。在湖南战场，吴三桂于康熙十四年五月到达松滋，调来大批战船，扬言渡江与清军决战，并声称要决开夹堤以江水灌入荆州城，使得清军大为紧张。但这只是吴三桂的声东击西之计，他摆出进攻姿态是为了吸引荆州的清军，暗地里却分出驻守岳州的部分精兵进据宜昌东北的镇荆山，约会杨来嘉、洪福等反清势力，准备攻打夷陵（今湖北省宜昌市夷陵区），企图经此联络湖北郧阳、均州、谷城等城，打开通往西北的通道，与王辅臣合兵，将湖北战场与陕甘战场连成一片。但这一企图遭到了清军的反击，防守荆州的清军统帅勒尔锦令贝勒察尼率部拦江阻击，吴军六十多艘战船被清军夺去，企图北上的吴军被击退，被迫退回宜都（今湖北省宜都市）——湖南战场也形成了相持之局。
在东、西、中几个战场上，西北陕甘地区临近京师，对清朝威胁最大，甚至连朝鲜的使臣也感到了形势的紧张，称：“王辅臣在陕西，只隔山西一省，北乃北京，切急之忧也！”三十年前，李自成就是以西北陕甘地区为基地，经山西进军北京，灭掉了明朝的。于是，康熙决定先扑灭西北的叛乱。
康熙以为陕西久久不能平定，是因为“乱首”王辅臣据守的平凉未破，决定“擒贼先擒王”，重点用兵剿灭王辅臣。而秦州位于兰州、巩昌、平凉与汉中之间，清军若夺取此城，便可从中间突破，切断各地反清军之间的联系，掌握军事上的主动。
康熙十四年三月四日，定西大将军多罗贝勒董鄂率大军抵达秦州城下，并将此城包围。围城半月后的四月二十日，从四川和平凉来援的叛军万余人向清军袭来，城内八千余名叛军也蜂拥出击，企图里应外合夹击围城的清军。双方激战数次，叛军均未得逞。这时，甘肃总兵孙思克率援军从巩昌赶到，闰五月二十五日，秦州的叛军陷入绝境，只好投降。清军乘胜追击，又收复了秦州附近的礼县、清水、西和等县。
失去秦州后，王辅臣大为惊恐，急忙将精兵收缩至平凉。清军围困秦州时，西宁总兵官王进宝包围了被称为“河西五郡咽喉”的兰州，清军扎下相连的营寨围攻，屡次将冲围的叛军打回城，被围困的叛军企图造木筏偷渡黄河逃跑，被王进宝沿城外黄河岸边设置的伏兵击退。击溃叛军后，王进宝又到城下予以招抚，六月二十七日，走投无路的叛军献城投降。
在此之前，另一位汉将张勇也率部包围了巩昌，围困了两个月，王辅臣急派三千余人从东门潜入城中援守，双方开炮激战，死伤颇重。六月二十五日，安西将军穆占等率援军抵达巩昌，大军云集城下招抚城中军民，叛军陈科等接受招抚，率众出降，巩昌十七州县被清军收复。八月初三，张勇部收复阶州。六月二十九日，平逆将军毕力克图率领的满蒙联军进入延安，收复了延安府所属肤施、保安、宜川、安定和陕甘边界的重镇定边。
就在清军扫清了平凉外围据点，王辅臣指日可灭时，又生了变故。兴安（今陕西省安康市）游击将军王可成等人复叛，并与四川叛军会合。清军军粮告匮，清将席卜臣被迫率部撤离汉中，退往西安。兴安的叛军与四川叛军会合后，攻陷旧县关，逼近西安。
康熙得知后大怒，在他的督促下，董鄂、毕力克图等部于八月十五日抵达平凉，但兵力不足，围城不严，只能远远地离城驻扎。得到清朝大军向平凉集结的消息后，吴三桂急令四川吴军前去支援，王屏藩率军攻秦州；吴之茂率部出川，屯兵单家口；谭弘以所部增援平凉；在兴安的叛军也出击，进犯商州……虽然王辅臣在平凉只有兵四千余名，但因平凉的清朝大军怯战不敢强攻，又围城不严，吴三桂派来援助的一千多名云南土司兵竟全部进入了平凉城，导致清军围困平凉四个月都未攻下。董鄂又以满洲贵族自居，看不起汉将张勇，张勇感到董鄂轻视自己，也不愿与其合作攻取平凉，于是上疏称自己兵力单薄，不愿离开巩昌。各地叛军乘隙起事，相互支援，形势一时又急转直下。
在围城期间，康熙仍未放弃对王辅臣的招抚，一再申明王辅臣反叛是被“逼胁”，并表示“既往不咎”，希望王辅臣“悔罪来归”。王辅臣则使出诈降之计，他上奏康熙表示愿意归降，但借口“如何安抚兵民”，皇上“天语未及”，又以手下官兵疑惧瞻顾为由边谈边打，争取时间。九月初三，王辅臣还寄书一封给董鄂，求他为自己说情，要求皇帝在午门颁旨，赦他无罪，并派有威望的大臣前来受降。康熙看出这是王辅臣的缓兵之计，指出：“秦州诸处官兵来降，朕悉赦其罪，王辅臣怎能不知？况且先前朝廷使臣至今仍被他扣押。”提醒董鄂“王辅臣乞降乃是诡计，为的是苟延时日、延缓我军进攻”，并告诫道：“勿因其诈言，耽误进兵之计。”九月十七日，王辅臣再次给董鄂写信，提出三项要求：一以士卒皆怀畏惧为由，要朝廷先放回他前次派遣的使臣；二要皇上再次下诏赦免其罪；三要求投降后仍驻守平凉。
愚钝的董鄂见了三项要求，不但不气愤，反而上疏为王辅臣说情，希望朝廷“宽宥其罪”，并称“现今大军仅够围城，若贼军势穷突围，难保王辅臣不逃走”。康熙见了董鄂的上奏大为气恼，斥责董鄂“一意专主招降”，道：“此乃王辅臣缓兵之计，为的是诱我缓兵……如王辅臣驻守平凉，吴军进攻西安、逼近秦州，难保王辅臣不趁隙复叛也。”
康熙屡次催促进兵，但董鄂畏惧王辅臣骁勇，迟迟不敢进兵，旷日持久的平凉之战毫无进展，康熙于是决定换将。康熙十五年二月二十六日，康熙以贻误军机为由罢去董鄂多罗贝勒和议政的资格，降为闲散宗室，起用平定布尔尼之乱的图海为“抚远大将军”，总辖陕西满汉大军出征，前往平凉。
图海是满洲正黄旗人，因康熙二年征剿大顺军余部郝摇旗、李来亨有功，屡次升迁，后任户部尚书。图海大智大勇，康熙十三年察哈尔蒙古首领布尔尼反清，就是他平定的，为清廷解除了北顾之忧。所以，康熙特意命他全权总管陕西军政事务，前去救急。
三月十七日，图海率大军抵达平凉。康熙又谕令张勇从巩昌、毕力克图从延安、孙思克从洮州前去增援，并从荆州前线抽调了三千满兵去平凉。五月十七日，会攻平凉的清兵已达十万人马，包围了平凉城。图海军抵达平凉后，诸将请求乘势攻城，图海道：“仁义之师，先招降然后才攻打。我凭借皇上的天威，讨伐这些凶残的逆贼，不用担心无法攻克。但顾念城中数十万生灵，他们没有一个不是朝廷的赤子，如今惨遭叛贼劫掠到这种地步，覆巢之下，杀戮一定很多。等他们主动投降归诚，体现圣主好生之德，不是更好吗？”并特意将话传到城内，城中军民听说后莫不感泣，多有出城来投诚者，城中人心因此逐渐动摇。
之后，图海勘察了地形，决定先取城北的虎山墩——此山冈高数十仞，若得此冈，便可俯视全城、鸟瞰城中，而且这里是平凉通往西北饷道的必经之路，王辅臣夺占固原后，特意在这里部署了万余精兵，步兵在前、骑兵在后，且布列火器挨牌防守。
图海抵达平凉的第二天就向虎山墩发起了进攻。为争夺此山冈，清军以步兵为前驱、骑兵殿后，并以火器助攻，轮番进逼，双方从上午一直激战到午时，士兵被杀伤及坠崖而死者不可胜数，王辅臣军支持不住相继败阵。图海又令穆占等军驻守平凉山南，用红衣大炮轰击内城，南北夹击，终以重大代价夺取了虎山墩。此战之后，清军军威大振。城中被围时间已久，粮饷断绝，以致杀马为食。清军把大炮运至冈上，居高临下向城内发射，城内顿时一片惊慌，军民恐惧。胜利在望之际，图海又“剿抚并用”，他趁城内兵民惶恐之际，派遣幕客周昌进城劝降，王辅臣势穷粮尽，表示愿意归降。历时一年零六个月的陕甘之乱宣告平息。
虎山墩之战二十七天后的六月七日，王辅臣将平凉军民册与吴三桂所赐的“平远大将军印”等物献给图海，表示归降。王辅臣虽已投降，但仍心怀疑惧，不肯面见图海。图海再次派周昌与侄儿进城极力安抚，在王辅臣提出要见他时，图海单枪匹马到城下与其相见，王辅臣被图海的诚意感动，在六月十五日出平凉城，亲自到图海营帐中“叩头谢恩”，并立誓再无二心。
康熙得知图海仅用旬月就收复了平凉后非常满意，下令恢复王辅臣的原官职，并加太子太保，升为“靖寇将军”，留图海与他一起留镇陕西，命其立功赎罪，并抽调兵马，以前锋统领穆占为帅前往荆州助剿吴三桂。王辅臣手下的将吏，康熙也下令一律赦免。对立下大功的图海，康熙帝做了七言绝句诗赞颂：
◎两朝密勿重元臣，秉钺登坛西定秦。
钟鼎功名悬日月，丹青事业画麒麟。
威名万里作长城，壁垒旌旗壮远征。
绥靖边陲驰露布，凯旋立奏泰阶平。
平凉归降后，陕甘局势急转直下，来与王辅臣会合的吴之茂得知平凉已破，便于六月二十六日夜从秦州退却，清军佛尼勒、张勇、王进宝等部率军追击，大败吴军，吴之茂仅以十余骑越山而逃；穆占也与六月二十七日击败王屏藩，恢复了礼县；八月三日，张勇攻取阶州，叛军献城投降，固原、庆阳、嘉峪关等地也相继投诚，关陇地区基本平定，吴军被逐回四川，陕西只有汉中与兴安两处仍被吴军占据。
在东南战场，清军也取得了一系列胜利。耿精忠反清后不到一年，陆续攻占了浙江和江西的二十余城。清军发起反攻，收复了抚州、饶州、徽州等地，虽然未能完全夺回被耿军攻陷的府县，但阻挡住了耿军的攻势，使进入江西的耿军始终未能进入湖南与吴三桂会师。双方激烈交战，反复争夺金华、衢州等地，互有胜败，一时胜负难分。
康熙十四年正月，浙江的清军在桃花岭击败耿军，收复了处州。处州丢失后，耿精忠深感不安，下令发起反击围攻金华，并企图夺回处州，但被清军击退，未能如愿。围攻衢州的马九玉部也未能得逞，被清军赖塔部击败。八月十日，清将傅喇塔又在浙江大败耿军曾养性部，夺回仙居（今浙江省台州市仙居县）。曾养性退守黄岩（今浙江省台州市黄岩区）茂平岭，企图凭山带江阻止清军。清军探明经土木岭可通黄岩，这里有四十里路不能骑马，连耿军都认为此处险要，没有派兵守卫。傅喇塔于是与杰书秘密商议由此地进兵，清军悄悄伐木运石开通栈道，从土木岭间道突袭，出其不意直攻茂平岭，耿军猝不及防，纷纷逃窜。清军乘胜直趋黄岩，曾养性不敢久守，趁夜突围，败走温州而去。傅喇塔率军围攻，但温州三面环水，易守难攻，清军不能由陆路进军，围城数月，久攻不下。
二十日，另一支清军到达乐清，这里的耿军已逃得无影无踪，清军得以安然进城。九月三日，清军追至永嘉上塘，与三万耿军相遇，双方水军从早晨一直鏖战到傍晚，不分胜负。但清军最后还是占了上风，耿军万余人被斩，被缴获的军器物资堆积如山。清军将领自诩此役“大战大胜，从古所仅有”。十九日，连战连胜的清军又攻下了青田县，逼近福建。
在江西战场，康熙十四年四月十五日，安亲王岳乐率清军克复了江西建昌、宁州。但由于农历五月江南已进入夏季，天气炎热，北军十分不适，于是岳乐撤军南昌，避暑休整。在江西乐平的耿军趁势进攻，饶州再次被攻陷，省会南昌受到威胁。清军组织反击，于闰五月二十六日重新夺回饶州。五月下旬，以满洲兵与土默特蒙古兵为主力的清军收复了广信城和附近诸县，但在六月二十五日攻取建昌东部的石峡（在江西建昌东部，临近福建）时，因天气炎热，人困马乏，误中耿军埋伏，死伤惨重，被迫退回新城（今江西省黎川县）。
在福建，郑军攻下了漳州。漳州守将黄芳度之父海澄公黄梧原为郑成功部下，顺治十三年（1655年）他据海澄叛郑降清，不但使郑成功失去了数百万计的军械粮饷，而且失去了一个拱卫厦门的重要据点。顺治皇帝为表彰其功，特意加封他为“海澄公”。耿精忠反清后传檄招降黄梧时，黄梧正生背痈，见到檄文后愤急于心，背痈迸裂病危，死前向儿子黄芳度交代后事时嘱咐儿子千万不要从叛，并且要提防台湾郑经来袭。第二天，黄梧痈溃而死。黄芳度接管军务后即招募兵勇日夜训练，假意降郑，采取“坚与耿拒，伪与郑和”的政策，私下里暗通清朝。
郑经怀疑黄芳度有二心，要他出城助战，黄芳度不从，于六月起兵反郑。当年黄梧叛郑后曾挖掘郑成功在南安的祖坟，杀郑芝龙也是他提议的，所以郑经对他有切齿之恨。康熙十四年，郑经亲自带兵围困漳州，用巨炮猛轰漳州城，五十几丈城垣被毁。黄芳度率领守城军民冒着炮火，且战且筑城修复雉碟，经过近半年的攻防，郑军仍屡攻不下。期间尚可喜曾遣兵来救，但只攻入福建永定，最终无功而还。十月，城中粮食已尽，守城中军总兵吴淑之弟吴潜私通郑经，开东门献城。黄芳度率兵巷战，最终不敌，在开元寺投井自杀，郑经深恨黄家挖掘毁坏郑家祖坟，进城后下令“有藏黄氏一人者灭族！”将黄氏三十余口尽行诛杀，又将黄芳度的尸首从井中拖出五马分尸，并发掘出黄梧棺椁戮尸以泄愤。
随着战事的持续，到年底时耿军粮饷已现匮乏，叛军四处掠取，士卒逃亡，百姓怨恨，人心惶惶，内部已出现分裂迹象：总兵张存屯于顺昌，不听耿精忠调遣；邵武总兵彭世勋按兵不动，已暗通清军，表示如进攻福建，愿做内应。
在清朝大军逐渐逼近福建的同时，康熙也未放弃耿招抚精忠。他发出招降的诏书，令在京的耿精忠之弟耿聚忠奔赴浙江前去招抚。耿精忠因在战场上接连失利，也想给自己留个后路，于是将自己反清的责任都推给了范承谟：“我已极王位，又欲何为！？我之所以反，皆系范总督（范承谟）逼反，待我它日归顺，面见皇上之时，与范总督做个对证！”但他自知造反之罪重大，又对康熙许诺的免罪、王爵不变十分疑惧，所以并未决定马上归降。
与此同时，清军也未停止进攻。康熙十五年二月，傅赖塔率军向温州进军，曾养性凭江固守，清军激战累月也未抵达城下。清军遂改变战略：舍弃坚城，围而不攻，由傅赖塔继续进攻温州；浙江总督李之芳固守衢州、金华，康亲王杰书则由金华移师衢州，主力准备由仙霞关直捣福建。
就在清军即将进兵福建时，突然传来了吴三桂派大将高得捷（一说为高大节）和韩大任出醴陵、进江西，经萍乡攻陷吉安的消息。
原来在康熙十四年六月，湖南清军侦察到岳州城防坚固，很难正面攻取，康熙帝便下令改道江西，由侧翼的袁州进取长沙，南北夹攻岳州。
康熙十五年二月十六日，和硕亲王岳乐率满汉大军在湘赣交界的萍乡连破吴军十二寨，大败吴三桂的女婿夏国相，歼灭万余人，夏国相弃印败逃，将萍乡这一战略要地丢给了清军，使清军直逼长沙城下。夏国相本是个骄奢淫逸的纨绔子弟，驻守萍乡时“淫掠酗酒，歌童舞女充斥营中”，清军来攻时，他不敢硬拼，畏战而逃。按军法，损兵折将、弃印而逃，当重治其罪，吴军将领韩大任劝吴三桂杀夏国相以正军法，但吴三桂竟对他十分宽容，仅将他削去两级了事，引起其他将领不满。
安亲王岳乐统率的大军攻克萍乡和醴陵后，于康熙十五年三月一日自江西逼近长沙。岳乐发兵十九路，自城北铁佛寺后到城西南，长数十里。吴三桂得知长沙危急，急忙调集诸将增援，也发兵十九路在城西布阵迎战，结营岳麓山，横亘数十里，军容甚盛！这时被清军围困在吉安的吴军派信使前来长沙求援，一向忌惮清军骑兵的吴三桂却一反常态，特意将信使留下：“你于壁上观看我军容，回去后告诉东方诸豪杰（指耿精忠和郑经等人）。”吴三桂为激励士气，扬言要亲自出马与岳乐决战，手下诸将苦苦劝住，都表示要誓死奋战。见激将法奏效，吴三桂便坐在浏阳城楼上观战，并命吉安来的信使也立在城楼上看吴军如何击败清兵。
战斗伊始，吴军大将王绪一马当先，领兵冲入清兵营中。清军将王绪数千人围困数重，吴军旗帜淹没在清军包围中，击鼓鸣金声也听不到。城上所有人大惊失色，吴三桂也有些惊慌，以为王绪已全军覆没。正惊疑不定间，呼声动天，清军骑兵纷纷坠马。王绪领兵冲出包围圈，势不可挡。吴三桂侄子吴应贵、大将马宝与夏国相等一起去搏战，酣战中吴应贵被箭贯穿腮部后落马，夏国相力战才将他救回营中。清军穆占部趁势追至城下时，突然冲出一队巨象猛冲奔突，清军阵势被冲垮，骑兵被大象踩倒，顿时乱作一团——原来这是吴军事先在山冈下埋伏的四十余头大象，专克清军骑兵。清军毫无防备，惊骇之下纷纷败退。
这场血战一直持续到中午天忽降大雨，双方才各自收兵。吴应贵伤重身死，清军失利后又无力围城，便扎营掘壕，与吴军相持。而吴军则凭借湘江之险和水军优势入城而守——清军无一条战船，根本无力从水上进攻。
在这种情况下，为了分散包围长沙的清军兵力，并切断岳乐由江西进入湘粤的通道，吴三桂于二月派高得捷与韩大任率军数万再次入赣，援助耿精忠。高得捷乃一员骁将，其部卒皆是精兵，他趁清军正全力进攻萍乡、袁州（宜春）的空隙，一举攻陷吉安。吉安一失，江西通广东的道路也被切断，清军无法进入广东，被迫撤回广信。要进军福建的清军右翼也受到威胁。高得捷又率精兵北袭新喻、清江、高安、奉新，屡挫清兵，简亲王喇布屯兵南昌，不敢出援。康熙屡次催促，喇布才派兵出城交战。康熙十六年（1677年）正月，两军战于南昌城西的大觉寺，高得捷只率百余骑出战，入斩清将，夺旗而出。清军战败后仓促弃营而逃，高得捷带兵进入清军营地，饱饮而归。面对近十万清兵围城，只有四千精兵的高得捷丝毫不惧，双方对峙不下，直到六月清军都未收复吉安城。
◎清军水师图
康熙十五年六月六日，耿精忠叔父耿继善焚毁营盘，突然从建昌、新城撤走，康熙得知后，料到“闽中必有海寇入，故撤兵自救”，急令杰书趁势进军福建。原来郑经与耿精忠分歧加剧，关系破裂，已经兵戎相见。
尚之信在广东宣布反清后，吴三桂鉴于湖南、广西、广东、福建等省已经连成一片，于是约会耿精忠等人在江南会师。郑经也派出使者到湖广吴三桂处，约期会师，希望“共清中原，同拜孝陵”。但吴、耿、郑三方结成的反清联盟昙花一现，很快又归于破裂。
郑经本来就对吴三桂自立大周和耿精忠不奉明朝年号十分不满，这时，耿精忠的三路大军节节败退，军心动摇，郑军在尚之信反清后接管了惠州，已拥有闽粤漳、泉、潮、惠四座首府，实力大增，但其周围都是反清“盟友”，已无清朝领地可以夺取，于是与耿军摩擦渐生。五月，耿精忠预会合吴三桂军，于是征召汀州总兵马应麟出兵，马应麟顾虑前来接替他的总兵蔡达算计自己，不愿出兵，暗中联络郑经，表示愿献城与郑军。郑经大喜，但又顾虑已与耿精忠“和好”，如果背盟占领汀州，“诚恐为天下笑”。但他手下的冯锡范等人力主招降马应麟，郑经经不住诱惑，派兵收取了汀州。耿精忠大为不满，这次轮到他指责“盟友”背盟了，他怒斥道：“本藩之所以屈意修好，欲全力出攻浙右，会师江南。岂料共誓之墨迹未干，即败盟背约，收我叛将，侵我疆土！”并派人与吴三桂的使者一同前去，责备郑经。耿、郑同盟再次破裂。
郑经背盟的做法也引起郑军内部一些人的争论，吏官都司陈俊音就向郑经进言：“耿、郑联合，漳、泉就安枕。两军唇亡齿寒，有耿军在浙江抗清，郑军才能安居于后，若同仇敌忾，郑军助其一臂之力，大事可成。如果贪利背盟，必定失同仇之义，耿军若势窘，我师也必定忙蹙。”并建议从广东兴宁进军，直捣赣州，与吴三桂会师。但郑经目光短浅、心胸狭隘，听不进逆耳之言。
七月，清军集结于衢州，准备趁耿郑交恶之际大举进兵，因为衢州顺流而下可通金华，溯流而上可达仙霞关，为通闽之孔道，所以此地成为两军必争之地。八月十五日，赖塔率满汉大军趁夜夺取了耿军储粮之地大溪滩，向九龙山挺进。这时刚巧马九玉也遣军来劫营，两军相遇于江上，彼此莫辨。清军连发大炮，耿军猝不及防，仓皇溃退。原来马九玉立营在九龙山顶，山下密布梅花桩阻挡清军，出兵时仅开一小径，士兵鱼贯而出，军队出营后随即闭关而守。此番耿军突遇清兵，耿军溃败后，关内耿军惊惶之下怕清军攻入，急忙关闭关口，以至于自家败兵无法逃入关内，败卒逃到山下，既不能渡江劫清兵之营，又不能退回营中防守，被清军追杀，精锐被歼灭殆尽。
次日，清军火焚九龙山的耿军营垒，马九玉仅以三十骑逃遁。清军收复常山后，又于二十日分路夺取仙霞关。守关兵将势穷力竭，被迫献关投降。夺取仙霞关后，清军长驱直入涌进福建，马不停蹄疾行三日，于二十三日攻克浦城。打通入闽通道后，清军势如破竹，九月三日又克取建阳县（今建阳市），再追至建宁，耿军不守，纷纷闻风溃败。
而此时在江西，安亲王岳乐命将军希尔根击败耿精忠大将白显忠，恢复了建昌和饶州，“江宁将军”额楚收复广信，白显忠降清。而台湾的郑经乘虚侵扰兴化（莆田）等地，甚至杀败耿军，一度进逼福州——清军逼其前，郑军扰其后，耿精忠腹背受敌，其部众望风而逃。耿精忠想要调曾养性从温州航海回援，但水师将领朱大贵已经率领舟师降清，他调度失灵，已是穷途末路。
在大军压境的同时，清军再次招降耿精忠，对其展开心理战。其书曰：“尔蒙累朝厚恩，世受王爵，正当遇时立功以承先诸，乃溺于奸计，自取诛夷。圣上念尔祖父之功，凡尔在京诸弟，俱留原职，如旧豢养，复遣尔弟招抚，因不得前进还京。今大兵屯仙霞岭，长驱直入，攻拔漳城、浦城，乃闽省财赋和要地，咽喉既塞，粮运不通，建宁、延平旦夕可下。与其系颈受戮，曷（何）若率众归诚，仍受王爵，保全百万生灵，况郑经与尔有仇，尔当助大兵进剿，立功雪耻，何久事仇人为！”
耿精忠想要投降，但又畏惧罪重不赦，于是答复道：“自愿归诚，但恐部众不从，致兹变患，望赐明诏，许赦罪立功，以慰众心，乃可率属降。”希望清朝再下一道赦诏，赦免其罪，才肯投降。此时福州已遥遥在望，若再向朝廷请示，往返必定耗费许多时间，于是康亲王杰书不理耿精忠的要求，继续进军，于九月底经建宁抵延平（今福建省南平），守城大将耿继美献城投降，福州已近在眼前。“配合”清军的郑经大军也逼近兴化。耿精忠“前后受敌”，惊慌失措，欲率水师航海外逃，但其亲信徐文焕手握重兵已暗地降清，他一面匡住耿精忠不让他出城，一面寄密信给杰书，希望他“速进兵，迟恐有变”。耿精忠走投无路，这才决定投降。但他又害怕被他拘押的范承谟向朝廷揭发他的叛逆之罪——范承谟被耿精忠囚入牢中已有两年半，在狱中备受折磨，但他一直坚守“臣节”，无论耿精忠如何威逼利诱，都不改初衷。耿精忠见范承谟囚而不死，决定杀人灭口。康熙十五年九月十六日半夜，耿精忠派手下到狱中逼范承谟自缢，并将他的尸体焚烧，将余烬骸骨丢到野外。为斩草除根，连同范承谟的幕客、家属甚至看守他的狱卒共五十三人，都秘密处死。
十月初四日，耿精忠率文武官员出福州城投降，迎接康亲王杰书与诸将入城。康熙闻讯大喜，令耿精忠仍保留靖南王爵位，以示安抚，命其率所属部众随大军征剿台湾郑经，图功赎罪。耿精忠投降后，散留在江西、浙江的其他叛军将领失去依靠，也纷纷放弃抵抗；固守温州的大将曾养性献城降清；广东原潮州总兵刘进忠也随之投降。但驻兴化和邵武的守将不愿降清，而是献城归降了郑经，沿海一些城镇也仍被郑军占据。
◎湘赣战场
在清军的配合下，耿精忠怀着复仇之心向郑经发起了反击，康熙十六年正月二十九日，清军在兴化城西北的太平山围住了赵得胜的二十六营官兵。赵得胜向郑经手下的大将何祐求援，但何祐怀疑赵得胜与清军勾结，赵得胜“指天为誓”，何祐仍不信，只是登高远望，眼看着赵得胜部被清军歼灭。最后，赵得胜战死，何祐也被清兵击败“蓬发而逃”。清军一举收复兴化城，并于二月初九日攻克泉州，郑军不敌，放弃漳州、海澄等地。不到半年时间，福建重镇邵武、汀州、潮州、惠州等地先后易手，郑经也自食恶果，于十月败回台湾。清军未经大战，即恢复了漳州等十余城，闽地悉平。
康熙十六年初，康熙用剿抚并行的手段迫使陕甘的王辅臣与福建的耿精忠归降，在剪除了吴三桂东西两翼的盟友后，他可以腾出手来对付叛军的主力——吴三桂了！
五 湘北决战
五载踌蹰常恭默，会当灭此乃朝食。
◎——康熙《收复岳州作》
康熙十五年初，清军开始转守为攻，西北王辅臣已于六月降服，叛军被逐回四川；在陕西汉中与兴安的叛军与四川叛军的联系也被切断，局促一隅，只能束手待毙；十月，东南的耿精忠宣告投降，福建安定。吴三桂失去了两大外援，两翼已被剪除。
十二月九日，耿精忠降后不久，见清军形势好转的尚之信即发密信与和硕简亲王喇布，表示愿意归降，迎接清军入粤。康熙十六年四月二十四日，“镇南将军”莽依图自江西赣南统兵入粤，二十九日抵达江西与广东交界处的南安（今江西大余），守将献城投降。清军进入广东，取南雄，直抵韶州（今广东省韶关市），假降孙延龄的傅弘烈也开城“迎降”。傅弘烈早在康熙七年（1668年）的时候就向朝廷报告吴三桂图谋不轨、蓄谋造反，当时吴三桂气焰方张，朝廷正依仗其领兵平西，所以将其打入在牢，革职论斩。康熙九年（1670年），傅弘烈遇大赦减死，被谪戍梧州，在孙延龄手下任事。吴三桂反后，傅弘烈也假意从叛，接受吴三桂“信胜将军”的封号，进入广西思州、泗城、广南、富川诸土司地，募得义军五千人后突然移檄宣布讨伐吴三桂。吴三桂大怒，特遣马雄至柳州杀死傅弘烈一家百余口以泄愤。
五月四日，尚之信率省城文武官员宣布“归正”、“迎接王师”进入广州，康熙下令让他承袭平南王爵。潮州刘进忠已于五月间剃发降清，盘踞在惠州的郑将刘国轩不敌，弃城遁回厦门。
清军入粤，尚之信归清，使得湖南的吴三桂军后路有被切断的危险，为避免腹背受敌。吴三桂分兵三万，派马宝与胡国柱等大将进至湖南与广东交界的宜章，企图拿下广东乐昌与江西的南安（今江西省大余县），进而夺取位居五岭之脊的韶州，切断由赣入粤的通道。
韶州城三面环水，只有东南一面有陆路可通。从七月至九月，吴军与清军在韶州城下鏖战数月，不分胜负。胡国柱与马宝担心清军援兵前来，于九月二十四日夜率所部万余人渡江至西岸，隔断清军水运，列营城北笔锋山上，居高临下向城内发炮轰击。韶州城墙被吴军火炮轰塌，清军只得退入土城固守。正在危急之际，江宁将军额楚率清军援兵赶到，莽依图趁机从城内杀出，内外夹击之下，性情急躁的胡国柱也指挥将士猛攻，双方伤亡惨重，死尸如山。狡诈的马宝深知硬拼无益，先坐视不战，后来竟率部弃山逃回衡州。吴军大败，胡国柱手下精兵损失殆尽。在琼州的吴军大将佟国卿举城降清，据守高州、雷州、廉州的祖泽清也杀掉吴三桂派来的将领，同时降清，各地官吏纷纷投诚，清军不战而定广东。
◎康熙十六年六月十四日敕平南王尚之信招抚吴三桂部下谕
入粤失利后，吴三桂来到衡州，派马宝取道宜章，进入广西富川。比起广西将军孙延龄，吴三桂更看重另一员大将马雄，他试图调解两人的矛盾但不见成效；屡次胁令孙延龄出兵湖南助战都被孙氏以“部众不从”为由婉拒，这让吴三桂疑心大起、恼恨渐生。孙延龄反清的意志本来就不坚定，又因吴三桂偏爱马雄心生不满，反清后他向吴三桂上疏，具名而从不称臣，而且自行铸印设官，双方关系逐渐紧张。他的妻子孔四贞也不愿自己父亲在清朝的“一世英名”毁于一旦，于是不断劝说孙延龄降清，她上疏称自己时刻都在思念太皇太后和感念皇上的恩德，并代丈夫上书乞降，得到了康熙帝的准许。
孙延龄在家里惧怕孔四贞，加上属下庆阳知府傅弘烈不断劝说，他的意志逐渐动摇，暗地里决定归顺清朝，并派傅弘烈到江西与清军会合，因此有傅弘烈迎接清军入粤之事。
孙延龄要归顺清朝的事很快被马雄侦察得知，告诉了吴三桂，于是吴三桂密令兄长的孙子吴世琮，以调解孙马两家矛盾为由赶赴桂林除掉孙延龄。吴世琮勒兵桂林城外后，派人请孙延龄前来议事，孙延龄不知是计，出城相见。议事完毕后，孙延龄刚出营上马，就被吴军埋伏的苗兵杀手从背后一刀刺死。孙延龄与孔四贞的独生子也被吴世琮杀害。除掉孙延龄后，吴世琮为了笼络原定南王部属，客客气气将孔四贞及其亲属等人护送到了昆明，派兵留守桂林。至此，吴三桂将广西置于他的直接控制之下，已无后顾之忧。
清廷新任命的广西巡抚傅弘烈闻孙延龄已死，不待清军来援，即率所部进入广西，袭克梧州、收复浔州（今广西桂平市）。另一员清将莽依图率军由封川（今广东省封开东）进兵，十二月二十日，傅弘烈与莽依图两路清军会师于贺县（今贺州市），兵围平乐。吴三桂得知后立即增调精兵，派吴世琮率军水陆来援，吴军渡过桂江，先攻破了傅弘烈等部的绿营兵。这时恰逢江水泛涨，驻扎在桂江北岸的莽依图所
部八旗满兵见水流湍急，不敢渡江，又见对岸绿营兵溃败，也不敢久留，赶忙撤退回了贺县，后以粮饷不济为由退到梧州，将傅弘烈收复的州县丢给了敌人。莽依图临阵退缩，引起了傅弘烈极大不满，两人互相上疏参劾对方。康熙得到报告，下令尚之信发精锐万人，多备火药、火炮，急速增援广西。反正后的尚之信仍旧专横跋扈，甚至不把康熙帝放在眼里，他曾对两广总督金光祖说道：“皇上欲我出兵，怎不与我一黄顶带？”一次宴会酒后，他又恐吓巡抚金儁：“要不是我归正，你怎能到广东？凡事当顺我，不独吴三桂能杀巡抚朱国治也！”当金儁劝他送已成年的儿子进京入侍以示忠心时，他断然回绝：“天下未定，岂宜令孩童远行？！”接到康熙的谕令，不愿去广西的尚之信以广东初定、人心不稳，他不能轻离广州为由不听调遣。虽然他屡次抗命、仍持两端，康熙因此时正集中力量消灭吴三桂，为了广东不再出乱子，仍宽容和安抚尚之信。
就在康熙调兵增援广西之际，吴军已趁平乐大胜，大举反攻，把清军收复的浔州等府县陆续夺回。到康熙十七年（1678年）三月时，广西仅存梧州一府还在清军手中，由傅弘烈坚守。三月二十二日，又传来已降清的高雷总兵祖泽清在广东高州复叛的消息，祖泽清迎接吴世琮渡过桂江，先击败傅弘烈所部的绿旗兵，两军合流，有东犯广州之势。一时广东震动。康熙皇帝对反复无常的祖泽清痛恨己极，命尚之信亲征除之。尚之信奉命于四月十一日抵电白（今广东省电白县），大败叛军，祖泽清趁夜逃走，十九日，清军恢复高州，并招降了雷州府。
重新肃清广东后，清军已从浙江、福建、江西、广东的东南沿海对吴三桂形成了半圆形的包围圈，在完成对吴军的外线包围后，清军开始从内线向湖南推进，北攻岳州、长沙，南部则从赣、粤逼近衡州，对吴三桂形成南北夹攻之势。
康熙十六年十一月三日，“征南将军”穆占率部进至江西永新，矛头直指邻近江西的湖南茶陵。茶陵临近衡州，有水路可通，如果夺取此城，即可打开通往湖南的门户，威胁西面重镇衡州。
十一月十四日，穆占领兵由永新进兵茶陵，吴军弃城而走，清军不战而得茶陵。占领茶陵后，清军乘胜追击，又攻破茶陵之北的攸县。十二月十四日，都统觉罗画特率军攻克湖南东北部、邻近江西的平江，此城处于岳州与长沙之间，清军一旦占据该地，就可以切断吴军的南北联络。
清军取得茶陵、攸县后，打开了从湖南东南部进兵的缺口，并迅速扩展战果，至康熙十七年三月，清军已夺取了湖南东北部的平江和湘阴；四月前后，穆占所辖清军已连续攻克湖南的郴州（今湖南省郴县）、桂阳州、兴宁（今湖南省资兴市）、宜章等城镇，收复临武、嘉乐等数县，进兵至永兴。茶陵周边十余州县已连成一片，进入湖南的通道已经打通，清兵可以畅通无阻由江西、广东源源不断进入湖南了。
清军要想攻克湖南，关键在于岳州和长沙。岳州、长沙两城形成掎角之势，最前线的岳州是长沙的屏障，长沙则是吴军的粮食基地，粮饷全赖长沙水路运送，如吴军丢失长沙，则岳州的饷道就会断绝，将孤悬无助；如吴军失去岳州，清军就会水陆齐进，势如破竹，长沙也不能久存。康熙认为“岳阳、长沙势如两足，只要断其一足，另一足也不能独立”，主张同时进攻岳阳、长沙，只要能攻取一城，便可夺取主动权。吴三桂也深知此理，不断构建工事，不但为二城配备了大量火器、火药，而且挖掘深壕陷坑，设置木桩、象阵，将二地筑为坚城，令清军屡攻不克。
在湖南建立稳固据点的同时，清军在江西也取得了进展。康熙十六年三月二十一日，又传来了吉安被清军攻陷的消息，原来吴军接连失利，内部军心动摇、士气低落。吉安守将高得捷与韩大任不和，互相倾轧，最终导致兵败。
韩大任原为亲军铁骑左翼将军高得捷的属下，善于用兵，人称“小淮阴”，但他不甘心屈居人下，一有机会就巴结有权势之人。韩、高两人曾在吉安清将宅中获得窖金数万两，高得捷想要据为私有，但韩大任却背着高得捷写信密报给了胡国柱，胡国柱立即写信给高得捷，索要所得窖金用以充当军饷。高得捷见煮熟的鸭子飞走，深恨韩大任出卖自己，怏怏不乐。韩大任因巴结有术，很快被晋升为“扬威将军”，与高得捷同级，得以与他分庭抗衡。高得捷感觉受辱，郁郁成疾，不久病死于吉安。
高得捷病死后，韩大任独掌兵权，他每天闭门坚守，以诗酒自娱，不以军事为念，清军为夺回吉安，由简亲王喇布率十万之众围困此城。韩大任惧清军势大，不敢出战，写下血书向吴三桂求救。吴三桂得知吉安被围，急派大将马宝为帅，与王绪等人率兵九千增援。王绪认为救兵如救火拯溺，大军应急趋仅距百里的萍乡，援兵一到，吉安之围立解；但马宝畏战，他认为清兵大军围困吉安，萍乡一带必有埋伏，吴军若误入伏中，肯定全军覆没。如果由衡州渡江，经耒阳、永兴进入江西，无敌阻挡，虽耗费时日，但必定万无一失。王绪只得勉强服从。
经过半个多月的行军，吴军才进入吉安府境内，马宝先派人混进城中通报援兵将来的消息。韩大任却怀疑马宝已降清：“我听说马帅已投降清兵，你来到底是真是伪？”来人道：“马帅已想到此一层，临行嘱咐我以‘棒槌’两字为暗号。”韩大任沉默良久，才说道：“马帅如果真来援，可到城下免去胄帽，有头发在，我自当出面会他。”但马宝军至吉安河西与清军接战，受阻于江水，又无舟船，不能抵达城下，又见城中寂然，无一人一炮响应，疑虑而不敢前进，遂被清军击退。城中的韩大任则怀疑清军用计诱自己出城，也不敢接应马宝，以致错失良机。
吉安城久久等不来援兵，又被清军重重围困两百余天，城中粮饷断绝，将士饥饿，已无守城之心。吴三桂见韩大任坚守不出，屡次派人催促，甚至“肆意辱骂”。韩大任不肯受辱，决意弃城逃走。康熙十六年三月二十一日夜，韩大任率残部悄悄出南门浮水渡河，逃跑时发炮击鼓，搞得声势喧嚣，防备松弛的清军以为吴军趁夜前来劫营，各营惊扰不止，乱成一团，到天亮才得知韩大任已经弃城逃跑了。
韩大任逃出重围后，逃到宁都、乐安之间，接连奔窜数地，清军一边紧追不舍，一边行文招抚。韩大任手下幕客孙旭颇有谋略，深得韩大任信任，韩大任深夜从吉安逃出，就是他出的计策。这时，耿精忠与尚之信已经相继降清，东南一带已经尽归清朝，孙旭见韩大任势穷，于是劝他降清。九月九日重阳节这天，孙旭与韩大任登高望远，在山岗上谈起天下大势，孙旭趁机劝说：“如果广东相连福建，平凉掎角汉中，天下胜负尚未可知。现今听闻王辅臣倒戈降清，恐耿精忠、尚之信相继归诚。没有广东，则湖南腹背受敌；无平凉，则汉中动摇，四川坐以待毙。安危存亡之机不可不察！”韩大任听了不由心动，这时，福建布政使姚启圣等人也前来劝降，于是康熙十七年二月间，韩大任至福州向康亲王杰书投降——吴三桂由江西袭取江南的计划也宣告失败。
除了军事上不断失利，吴军的粮饷也逐渐捉襟见肘。滇黔两省的粮饷历来仰仗江南诸省的供给，吴三桂以西南一隅之地对抗全国，仅一年有余就军需拮据。连年的征战，云南、贵州储积的粮草已逐渐用尽，官员的俸禄和衙役的工食都被征用充作了粮饷。偏偏又遇荒年，米价高涨，一石米价格高达白银六两，盐价贵至每斤三四两银子。吴三桂因军需不足，只得征催加税，今年的钱粮未征完，又开始征明年的钱粮，搞得民怨沸腾、怨声四起。加之战况毫无进展，吴军“逼洞庭而不能渡，得剑南而不能守，仅徘徊于衡湘之间”，士气逐渐低落。
为了安抚民心、鼓舞士气，吴三桂接受手下诸将官的劝进，决定继位称帝，最后选定于康熙十七年三月一日在衡州继位。他的部属匆匆在衡州市郊南岳之麓雁峰寺旁边先筑一坛，置办御用仪仗等物，来不及建造宫殿朝房，仅构筑庐舍草屋万间作为朝房，宫殿之瓦来不及改成黄色琉璃瓦，只用黄漆涂抹了事。三月一日，吴三桂头戴翼善冠、身穿大红衣，骑马出宫至郊外，登坛行冠冕礼。正行礼间，忽然天阴下起了大雨，仪仗都被雨水打湿，泥污不堪，群臣大为扫兴，礼仪也草草而罢。
吴三桂即皇帝位后，定国号为大周，改元“邵武”，以衡州为都城，改名“定天府”，册封妻子张氏为皇后，封吴应熊庶子吴世璠为“太孙”，并设置百官，加郭壮图为大学士，仍留守云南，晋升胡国柱、吴应期、吴国贵和马宝为大将军，封王屏藩为东宁侯，赐予尚方宝剑。
◎吴三桂发行的铜钱
吴三桂的建国称号并未给他带来多大好处，大多数的亡明士绅本来就对吴三桂起兵时自立周王、不复明室大失所望，现在更怨恨他了。吴三桂致书联络福建沿海的郑经，称“大周皇帝致书郑世子殿下”，尽管吴三桂赞扬郑经“殿下英年壮士，仗侠大义，卧薪尝胆”，但郑经十分不满，笑称吴三桂“老而反愚，妄自尊大。英雄失望，恐不能久也”。针对吴三桂的年号“昭武”，一些儒生文士还编出了民谣来讽刺：“横也是二年，竖也是二年”。又有人这样解析“昭武”二字：“昭”字为“斜日”加“刀口”，斜日已过午，不可久照；日又在刀口之侧，主凶兆，谓吴三桂不久必死！“武”字可拆分为“止戈”，即干戈将止，天下即将大定。
为赶快攻破长沙、岳州，康熙不停添兵前线、增造战船，又拨大炮、马匹南下。为解决战马缺乏的问题，朝廷甚至号召文武各官员捐助马匹，康熙甚至将自己的一千余匹御马捐了出来。最后，总计有三千多匹马被送到了岳州前线。
康熙十六年五月，清军已在长沙周遭地区集结了十万人马，战马、舟船也已齐备，与吴军势均力敌。五月三日起，清军舟师两百余只入洞庭湖与吴军水师激战数日，但仍不能突破对方水上防线，被迫撤退。吴三桂见清军力攻长、岳，于是使出“围魏救赵”之计，分兵攻醴陵、吉安，企图夺回湖南和江西的门户，又分遣胡国柱、马宝攻打广东韶州，吴世琮攻取广西桂林，保固湖南的后路，诱使清军分兵各处，疲于奔命。他本人则奔波于松滋、长沙、衡州、湘潭等地之间部署作战。
吴三桂的分兵出击打乱了清军的部署，使清军无力集结兵力攻打长沙和岳州。康熙十七年三月，清军穆占部攻下湖南郴州和永兴后，从南部包抄耒阳，逼近衡州。在衡州的吴三桂急令马宝迎战，清军大队人马进入永兴北六十里的盐沙岭谷口时，突然伏兵四起，谷口也被堵住，岭上火枪连发，原来马宝已在此打好了埋伏。清军进退不能，根本无法还击，只能听任吴军攻杀。此役，吴军大获全胜，歼灭清军万余人。
就在双方互有攻防之际，吴军内部又生变故。刚起兵时，吴三桂的谋士方光琛就提醒吴三桂：“吴应期妄自尊大，夏国相轻浮浅露，此二人必不可重用。”吴三桂点头表示同意，起兵后不用夏、吴二人。但夏国相与吴应期结交，鼓动左右在吴三桂面前互相称赞。吴三桂食言自肥，还是任人唯亲，重新起用了二人，把防守岳州城的重任交给了亲侄子吴应期。
为了固守岳州重地，吴三桂在城中积蓄了三年的储粮，平时不许动用。在荆州与岳州相持期间，两军对峙，不相攻战，两地商贾还可以互相出入贸易，甚至各自设关抽税。当时湖南米价贱而荆州盐价贱，荆州一石米价值一两银子，湖南一石米只要三钱，但在荆州一钱一包的盐，到湖南就贵至三钱一包，两地商人做买卖，议定以五包盐换一石米。守岳州的吴应期为人贪婪，以为用三钱之米换一两五钱之盐乃是有奇利的好买卖，这个便宜不可不占！于是倾仓倒换，所得的银两尽入私囊。应发的军饷不足，就随意克扣，以致士兵们怨声载道。他手下的一名王姓总兵极力劝阻，他不听，反而大怒，要除掉此人。王总兵十分害怕，密带三百人投降了清朝。
◎康熙十八年七月十二日钦命安远靖寇大将军多罗贝勒察为奖励陈积奋归诚札
康熙十七年三月，吴军中掌握洞庭湖水军的林兴珠投降了清朝。林兴珠原在郑成功麾下为将，长期在海上与清军作战，精通水战。他与另一将领杜辉投诚清朝后镇守辰、沅，吴三桂进军湖南时他们又投降了吴军。吴三桂以林兴珠和杜辉为帅，率水军守卫洞庭湖，扼守布袋口。林、杜二人督造海船，出入洪波如履平地，船只两侧及首尾装有大小铳炮，遇敌无不击溃，这支水军扼守湖口，使清军寸板不得入。
林兴珠精通水战，他掌握吴军洞庭湖水师，屡次击败清朝水军。但他与吴应期不和——吴三桂称帝后晋封吴应期为楚王、岳州总统将军，诸将领入府祝贺。吴应期自恃权重位宠，对林兴珠等人傲慢无礼，责令他行下属之礼走脚门入府，林兴珠不服，不肯就范，于是二人关系紧张。吴应期怀恨在心，向吴三桂进谗言，说林兴珠心怀不轨，欲行谋反。吴三桂听信谗言，下令将林兴珠调至湘江，让杜辉守布袋口。林兴珠大为不满，见吴三桂日益败落，于是遂有秘密降清之意。恰好这时湘阴县的县令也寻思投降清军，原来，马宝自永宁败还，所过之处兵将奸淫掳掠，湘民惊慌逃遁，他好心贴出告示安民道：“马将军御军素有纪律，虽小有不利败归，所过秋毫无犯耳，不必惊避。”马宝见了“败归”二字，以为知县故意羞辱他，不由大怒，扬言要杀此知县。湘阴县县令见得罪了马宝，心生恐惧，便与林兴珠准备密谋降清。但他们在准备搬移家属时事情败露，仓皇中林兴珠从湘潭只身渡江投清。
清军见林兴珠来降，开始还不敢相信，但吴应期打消了清军的疑虑，因为很快就传来了林兴珠儿子被吴军杀害、妻子被充军云南的消息，清军得知大喜，立即将封林兴珠为“建义侯”，并对他委以重任。林兴珠熟悉湖南水道，又掌握吴军水师机密，他反戈降清，使吴军的水师优势随即丧失。林兴珠家属被害，急于报仇，将岳州城内外防御情况全部告诉了清军，并献计献策助清军攻破岳州，形势愈发对吴三桂不利。
另一员水军大将杜辉原来也是郑成功的部下，后来投降吴三桂，他精通水战，造出的飞船长四十尺、围二十尺，两头尖锐，分为三层，上中两层左右各有三十六尊大炮，下层左右各安置二十四桨，在洪波大浪中来往迅驰，如履平地，清军的乌船、沙船都望尘莫及，不敢拦截。后来，杜辉接替林兴珠为岳州水师主将，为挽救岳州，他多次驾此船在清军水师的重重包围中，冲往衡州运送粮米火药回岳州，往来贡献颇多。康熙十八年（1679年）正月，杜辉再次前往衡州偷运粮食，战船被清兵水军设下的铁钉和渔网缠绕，不能动弹，杜辉被迫跳水，只身潜入湖底逃回岳州，引起吴应期怀疑。这时，杜辉在清军中的儿子杜国臣暗地里派人来说降杜辉，吴应期得知后不由分说就下令把杜辉和同谋之人都处死。岳乐得知后，借吴军内部互相猜疑，屡设反间计，吴应期不辨真假，抓住假证即杀，引得部属人人自危、惶恐不安。加之清军围城长沙日久，长沙粮道已断，岳州城内原储存的粮食已被吴应期倒卖出去许多，余粮很快被几万军队用尽，城中军士开始挨饿忍饥，逃兵日益增多。岳州城内外的百姓饿得苦不堪言，都痛恨吴应期，编出民谣传唱：“吴应期，吴应期，杀了你献康熙！”
◎康熙皇帝穿着盔甲，手持弓箭画像
在围城的同时，清军还发布告示招抚城中吴军官兵，并让已投清的林兴珠等人现身说法，鼓动、劝降敌兵，在清方的政治攻势下，吴军内部逐渐解体，许多吴军官兵开始背吴投清，络绎不绝向清军投降。
康熙十七年八月，清军已在岳州城外集结了六七万人，备战的船只数百只，军需粮饷充足。但岳州城还是迟迟未攻下。康熙逐渐焦躁，又担心满兵不服水土，挫折锐气，按捺不住的他提出要亲统六师、御驾亲征。正在议政王会议极力劝阻康熙亲征的时候，前线突然传来一个重大消息：吴三桂死了！
六 大乱平息
恭读平定三逆方略，而知期战胜于朝庙者数端：一则不蹈汉诛晁错之辙，归咎于首议撤藩之人；二则不重达赖喇嘛裂土罢兵苟且息事之请，力申天讨；三则不宽王贝勒老帅养寇之罪，罚先行于亲贵；四则重用绿旗诸将等，以从古汉人叛乱，至用汉兵剿平……
◎——（清）魏源《圣武记》
战事进行到第六个年头时，清军已经进入全面反攻。吴三桂在四川、湖南、广西三个战场上的形势已岌岌可危。
◎吴三桂铜像
康熙十七年六月，为挽救危局，吴三桂在死守衡阳的同时，还派大将胡国柱和马宝猛攻永兴，企图夺回衡阳的这个门户，并危及郴州。吴军三面环攻，昼夜不息，城墙被炮火轰坏了，城内清军就急速用竹篓布囊盛土填补，且筑且战。简亲王喇布屯兵在茶陵不敢救援，郴州的穆占则将应援永兴之事推给喇布处理，也不敢救；吴三桂还亲自部署，再攻两广，派吴世琮一度夺回了除梧州外的几乎整个广西。但北部的岳州岌岌可危，如果岳州失陷，那么湖南门户洞开，局面将不可收拾。但此时由于用兵南线，他已无力北上援岳。加之用兵日久，师老粮匮、部属涣散，投清者日多，吴三桂已感到力不可支，常常自言自语哀叹道：“何苦！何苦！”
这一月，吴三桂结发正妻张氏又病死，精神再次受到打击，情志不舒、形容憔悴，于八月突然得了“中风噎嗝”之症——不但半身不遂，而且吞咽困难，吃不下东西，此症由于焦虑过重、心力交瘁、肝火过盛引发。经过精心调治，病虽未全好，但也没有恶化。一天，在休养期间，突然有条狗窜到了吴三桂的案几上端坐，吴三桂受到惊吓，以为此乃不祥之兆，病情迅速恶化，以致口不能张合，加上得了“下痢”（即痢疾），腹泻不已，百般调治终不见效。吴三桂自知来日无多，速命他的孙子吴世璠来衡州，托付后事。
但吴世璠还未到衡州，吴三桂就于八月十八日病死了，终年六十七岁，只做了五个月的“皇帝”。他死后，为防止军心动摇，留守衡州的吴军秘不发丧，紧闭衡州城门，禁止出入，为掩人耳目，每天仍令人到吴三桂房进奉衣食，如同平时一样，暗地里则飞马急召前方核心大将回衡州商议善后大事。八月二十一日夜，永兴的清军忽见城外吴军焚毁营寨，整军急退，直到八月末清军才得知其中缘故。
二十二日，吴三桂的侄子、女婿与心腹将领齐聚衡州，公推吴国贵总理军务，并派胡国柱回云南迎吴世璠前来衡州奔丧。胡国柱到达云南后，向留守的郭壮图传达众将的意见，准备护送吴世璠去衡州继位，但遭到了郭壮图的反对，郭壮图认为云南根本重地，吴世璠不能轻易离滇，他认为湖南若不能守，犹可弃湘楚，守险隘，在云南作“夜郎王国”。加之郭壮图的女儿嫁给了吴世璠，他已经是“国丈”，正争取让小皇帝立自己女儿为皇后，所以他力图把才十六岁的吴世璠控制在自己手中，不准后者去衡州，因此根本不听胡国柱的劝说。胡国柱气得大哭，在城外东郊徘徊数日，郭壮图丝毫不为所动，胡国柱无奈，只好哭着离开云南。
胡国柱走后，吴国贵召集诸将会议，讨论此后方针大计。他首先发表见解称之前屯兵湖南为大误，此时应该舍弃云南而不顾，一军图荆州，略襄阳，直趋河南，剜中原腹心；一军下武昌，顺流东下，断东南之漕运，宁进死、勿退生，与清朝决一死战。虽然此时吴军气势已衰，但清军的重兵已经倾巢南下，都调集到了长江流域——因兵力不足，康熙帝连黑龙江以北的索伦兵都征发来了——黄河南北几成真空，连驻守京师的兵力也为数不多，若依吴国贵之言拼死一搏，乘虚而入，胜负将很难说。但马宝诸将领都力图持重，他们认为吴国贵放弃根据地的建议太过冒险，皆不赞同他的意见，因为大军的家产、亲属皆在云南，若舍弃云南，多年积蓄的家产就将毁于一旦，所以诸将都反对弃滇北上，吴国贵的意见即被否决。
吴三桂死后，吴军迟至十月才发丧，胡国柱等人用棉被裹着吴三桂遗体秘密运回云南安葬，没有去衡阳的吴世璠只迎至贵阳，并在此即帝位，以贵阳府为行在，定明年为“洪化”元年，封郭壮图女儿为皇后。
否决了吴国贵北上以争天下之议后，吴军诸将领准备专力保守云贵。
湖南的清军从五月进入洞庭湖，至十月初时，已达六月，小战屡次，吴军未受大挫，但也不敢倾巢出动，清军也未能把城紧紧围住。吴军为打通粮道，屡次出击；清军为绝其粮饷，于湖水干涸时移泊大小布袋口，以水陆围困岳州，并用数千根木头做成木桩和木牌拦截上游，水陆连营，绵亘百里，阻止吴军水师出入。到十二月，康熙已不惜一切代价把各处兵力倾注于岳州一地，达十万之众，以求全胜！随着围城日久，岳州城内粮食断绝——吴应期贪利倒卖军粮的恶果显现出来，大量吴军官兵开始叛逃，支持不下去的吴应期于康熙十八年正月十八日下午四五时率残部丢弃岳州，向东南方向逃遁。清军急追二百里而还。次日清晨，清军进入岳州——吴军坚守了五年的岳州城终被清军攻下，时刻待命渡江的荆州清军蜂拥渡江，漫江而来，已成破竹之势。
吴应期从岳州撤出后投奔长沙，但也不敢久留，于正月二十九日烧毁船只，弃城而逃，再奔辰州。吴军一撤出长沙，清军随后就入城，长沙不战而得。同日，在江北的顺承郡王勒尔锦率清军渡江，追剿长江南岸松滋、枝江、宜都、澧州等地，吴军多不战而逃。二十四日，勒尔锦抵澧州，逼近常德，吴军纵火焚城后逃遁，清军于十八日进入常德府。简亲王喇布先后攻下华容、湘潭等地，又于二月初七收复衡山县，吴军闻风丧胆，在衡州的吴国贵、夏国相等自度难守，弃城而走，十三日，清军开进了衡州城，吴三桂更名为“定天府”的行在落入清军之手，未能逃脱的一百多名吴军官员降清。
夺取衡阳后清军没有停留，由衡州继取耒阳、祁阳，三月五日，再克宝庆。自岳州失守后，各处吴军皆无斗志，闻风而逃，其势如退潮，清军则马不停蹄紧紧追逐。一方铁骑如云，似疾风骤雨，席卷而来；一方丢盔弃甲，急急如丧家之犬，狂奔逃命。两个月里，清军几乎是兵不血刃，追到一处，即得一处。吴国贵、夏国相和马宝等人弃衡州出逃，投奔永州（零陵），被穆占部击败，再奔新宁，一直逃到湖南西南、接近贵州的武冈才暂时驻扎下来喘息。
清军取永州后继续南下，攻下道州（今湖南省道县）、永明、东安等县城。吴应期、胡国柱等经长沙一直逃到辰州（今湖南省沅陵县），安营扎寨，依险固守。此时，除了辰州、武冈、新宁等地，湖南大部都被清军占领。
辰州邻近贵州、四川，从水陆可直通贵州，其门户辰龙关山势险峻、林木茂盛，人行不易，骑兵不能成列通过，关上丛簧密菁，不敢仰视，不破此关，不能通过辰州。三月间勒尔锦率清军抵达此处，见群山林立、林深路险，加之雨季，畏缩不敢进兵，受到康熙严斥。之后，康熙改命贝勒察尼攻取此关，但察尼仍然畏难不进。吴军得以从容部署、构建工事，稳住了阵脚。
◎康熙十八年十一月初八日招抚吴应期敕谕
◎
◎辰龙关之战
在辰州南面的武冈，简亲王喇布在七月率清军向据守的吴军发起进攻。吴国贵率残部两万余人与清军对抗。喇布派穆占部于八月一日先取新宁县，再与安亲王岳乐合军攻武冈。双方在枫木岭隘口激战，降清的林兴珠与赵国祚熟知吴军内情，率清军出击，两军鏖战三昼夜，就在关键时刻，吴国贵误中冷炮身亡，吴军见主帅战死，皆溃，弃武冈而逃。
清军夺取武冈后就截断了辰龙关的后路，康熙十九年（1680年）年初，大将军察尼从间道袭取辰龙关，清军“攀笼缘壁、冒死奋登”，前后夹击，袭破辰龙关，于三月十三日抵达辰州城下。吴军不守，争先逃窜。吴应期退到沅州，刚缓过气来，就准备为自己营造楚王宫殿（吴应期被吴三桂封为楚王），吴军士兵愤懑不已，道：“刀刃已架在脖子上了，还造什么宫殿？”众兵一哄而散。清军得了辰州后继续向南进军，轻而易举攻破沅州（今湖南省芷江），吴应期、胡国柱率残部败走贵阳。入黔的道路已经打开，清军下一个目标就是云贵了。
在清军克复湖南全境之际，广西也平定了。康熙十八年正月，在广西的吴世琮率吴军三路继续追击，进逼梧州。清军莽依图、傅弘烈、额楚与尚之信等部水路并进，在城下三路夹击，大败吴军，吴世琮弃营而逃。三四月间，追击敌军至广西横川（今广西横县）的尚之信以“患痔疮”为由退回衡州，后又以“今病日加，有事医疗”为借口退回到了广州。康熙急令尚之信所部受莽依图调遣，随大军进定广西，乘胜长驱直入桂林。四月十九日，清军收复浔州，继续西进，包围南宁。十一月二十一日，吴世琮弃桂林，转而派兵围攻南宁。此时，据守此城的马雄刚刚病死，其子马承荫被傅弘烈说降，清军令马承荫仍守南宁。吴世琮围攻数月，就在城破在即时，莽依图的清军赶到，两军大战。莽依图以额楚军为前锋冲击，预伏精兵于善后截取吴军后路，吴军被彻底击溃，被阵斩六千余人，吴世琮负重伤逃走，被迫自杀，南宁解围，广西全省都被清军收复。
在扫荡湖南残余吴军的同时，康熙料到四川叛军必然闻风震慑，于是下令在陕西的清军向四川发起总攻。康熙十八年十月初二，大将军图海发兵先取汉中，噶尔汉等部自郧阳进取兴安。康熙又鉴于云、贵、川地区山地较多，满蒙骑兵无法驰骋，绿营步兵善于攀登，于是采用“以汉攻汉”之策，特命张勇、王进宝、赵良栋三员汉将率绿营兵打头阵，满兵在后助战，一同进兵四川。
在图海的统率下，清兵冒着严寒四路并进：图海与佛尼勒经兴安，毕力克图与孙思克经略阳，王进宝部经栈道，赵良栋部经徽州，直捣汉中。十月下旬，王进宝部攻克凤县、武关（今陕西省留坝南），乘胜追击，于二十七日直抵汉中。据守此地的王屏藩不敌，引兵从青石关撤往四川广元，清兵收复汉中。毕力克图恢复了成县和阶州；赵良栋部恢复徽州，败敌军于巴都山，收取了略阳。除了从北部进军四川外，康熙又令湖广总督徐治都率舟师溯江西上，直取重庆，又增派总督杨茂勋与徐部会师，协力进剿。图海部则于十月中旬收复了兴安，亲自率兵进驻汉中。
平定汉中、兴安后，康熙立即下令诸路兵马进川，并特授提督赵良栋为“勇略将军”，以重事权。康熙十九年一月初，赵良栋率万余人直逼成都，而王进宝已于去年十二月分兵三路进逼保宁。两军势如破竹，赵良栋部于八日至绵竹，十一日至成都郊区，叛军献城迎降。王进宝部则在保宁遭到吴军迎击，王屏藩与吴之茂于正月十三日出动两万人向清军进攻，清军连破吴军四座营垒，大败吴军。攻城之际，王进宝率先冲至城下，城上的吴军挽弓欲射，王进宝撩起衣襟大声喊道：“为何不射我！”城上吴军被王进宝的气势震慑，相顾失色，清军趁机斩关夺桥，一拥入城。王屏藩走投无路，自缢而死。吴之茂等人被活捉，最后被押解至北京，凌迟处死。
攻克保宁后，王进宝部于正月十八日抵达顺庆（今四川省南充市），叛军出降，蓬州、广安州、合州、西充、营山、遂宁等诸州县相继平定。而提督徐治都部则于康熙十九年二月一日恢复夔州，十三日，据守云阳的谭弘等人投降清军，十六日，另一部清军不战而得重庆，守将杨来嘉缴印投降，达州、东乡、太平、新宁、南江、安岳等州县也随之降清，四川全省大部全被清军掌握，已经可以从西南包抄云贵了。
康熙十九年三月，赵良栋奏请以湖广、广西、四川满汉大军分三路进取云贵，约期在八月底诸路齐进，直捣云南。康熙准奏，但这时尚善和莽依图等人已经先后病故于军中，于是康熙“临阵换将”，下令顺承郡王勒尔锦、康亲王杰书、安亲王岳乐、察尼等人还京，对他们的失职与功勋分别给予处罚与封赏：勒尔锦“屡误军机”，被削去爵位及议政、宗人府之职，下令拘禁；杰书以生活得十分闲适，久驻杭州、金华，不能剿敌，被削去军功，罚俸一年；察尼被革去爵位，降为闲散宗室。有功的安亲王岳乐抵达京师时，康熙亲率在京诸王贝勒及满汉大臣，自卢沟桥外二十里出迎其凯旋大军，并召见岳乐至御前，赐茶。换下了这批将领，康熙还提拔、任命了新将，准备与吴军决战。
新任命的三路大将以“定远平寇大将军”贝子章泰为中路统帅，接替岳乐由湖南向贵州进军；第二路由“征南大将军”赖塔为统帅，接替莽依图统领广西满汉军队，由广西南宁出师，进攻云南；第三路统帅为“勇略将军”赵良栋，统率四川与陕西满汉及绿营兵，由四川分两路进兵，先取遵义，后进贵州。三路大军共计四十余万人，几乎占清朝全国总兵力的一半，准备于九月进兵。
正当清军即将出师之际，突然传来了四川再叛的消息。原来，郭壮图等得知清军大兵云集，即将进兵云贵，便挟吴世璠进屯贵州，以拒清朝大军。但吴军兵力损耗严重，此时只剩十余万人，根本不能与清军力拼。于是郭壮图另派胡国柱、马宝、夏国相等将突袭四川，牵制清军，以分散敌军兵力。
康熙十九年六月，马宝占领遵义；九月初九日，胡国柱与夏国相用火药炸塌城墙，夺下了永宁。四川清军猝不及防，连失泸州、叙州、建昌、仁怀等地，已降清的谭弘、彭时亨等人也趁机再次叛清，谭弘率众至巫山，据守万县。夔州府也发生民变，随之叛乱。
四川的反复让康熙大为吃惊，他立即敕令四川官兵进剿，并从进攻云贵的大军中调兵增援，派徐治都会同噶尔汉等部速攻夔州，又遣王进宝往镇保宁，兼守汉中要地。谭弘、彭时亨在攻占永宁诸处之后，又攻陷涪州，两军合二为一，已进至保宁附近，切断了四川饷道。康熙忙派陕西都督哈占速赴保宁固守，又令甘肃巡抚、提督分兵固守略阳、阳平各地。
四川的再叛打乱了清军从四川进军云贵的计划，北路的赵良栋只得专力平息谭弘等人的叛乱，无法如期入滇。就在四川复叛之前，广西柳州的马承荫也再次叛清，早在马承荫于康熙十八年首次降清之际，傅弘烈就向清廷密言孙延龄旧部怙恶反复，宜早为解散，未果。马承荫手下原有七千人，要求分为七营，但朝廷以将军标下“无设七营之制”予以否决，只许设五营，这引起了投降官兵的不满。加之粮饷匮乏，康熙十九年二月，柳州兵丁发生了哗变。傅弘烈得悉急忙率兵至柳州进剿。谁料二月二十九日，马承荫以开会为名将傅弘烈骗上叛军之船，将他抓住押至贵阳献给了吴世璠，宣布再次反清。傅弘烈被押到贵阳后，吴世璠劝其归降，傅弘烈大骂道：“你爷爷未反时，我就上奏皇上，料定你一家必为叛逆。你怎敢以此言污我？”吴世璠见劝降无果，只得将其杀死。
得知马承荫复叛，清军简亲王喇布、金光祖部即奉命攻之，五月攻克柳州，马承荫再次请降，康熙以其“背恩复叛，致误征讨大事”，俘送京师论斩。
虽然在四川的清军未能按期进军，但其他两路军则仍按原定日期出师，康熙十九年九月十二日，湖南的清军自沅州借水路直入贵州，向镇远进发，守城吴军已于清军到达的前一天夜间悄悄溜走，清军兵不血刃就于十月十二日接收了镇远城。康熙得知后立即以七百里加急派驿卒飞驰到镇远，指示清军速取贵阳，并分兵取遵义，断敌军退路，迫使四川的吴军退归云南。
章泰等部按康熙指示，从镇远出发，先夺取了清平，又于十月十七日大破吴军，夺取了平越州，之后挥军速进，不给吴军以喘息之机，于二十一日直抵贵阳城下。吴世璠急召夏国相、高启隆等人从四川还军救援，令马宝、胡国柱等将继续在四川作战。但援兵未到，清兵已进至贵阳城下。吴世璠惊慌失措，与叔父吴应期等率众乘夜逃回昆明。贵阳省城被清军占领，原贵州都督李本琛率大小文武官员献上“伪印札”，向清军投降。
之后章泰挥军奋进，于十一月初先后夺取安顺、都匀、思南等城，平远城（今贵州省织金县）开城投降。十日，清军进至永宁州，击败吴军，突至鸡公背。吴军不守，焚烧盘江铁索桥后慌忙逃走。此铁索桥是云贵之间的咽喉，清军夺取此处就可以长驱无阻，直抵昆明城下。普安土司龙天祐与永宁土司沙起龙等见吴军已败，马上见风使舵迎降了清军，并立即表示愿架设浮桥助清兵渡江。
就在平定贵州省、章泰在贵阳休整等候进兵命令时，吴军以高启隆、夏国相等人为将，发起反击，夺取了平远府。清大将穆占引兵反击，于康熙二十年（1681年）正月二十二日击败吴军，重新夺取平远，大军直奔昆明而去。
吴军在前线屡战屡败之际，内部又发生变故，掌握实权的郭壮图排挤吴氏宗亲，引起众人不满。从湖南逃回贵州的吴应期去朝见吴世璠，家宴时，一向性情暴躁、又多嘴多舌的吴应期想到兵败如山倒，眼看自家性命都难保，就把一切责任都推到了谋士方光琛头上，大骂方光琛是“祸首”，其他人如夏国相等人也追悔莫及，皆失声痛哭，后悔当初起兵，以致落得今日下场。吴应期随吴世璠从贵阳逃回云南的时候，至交水（今曲靖附近交河）附近的时候驻扎下来，没有去昆明。他嫉妒郭壮图把持朝政，企图集结逃散吴军，回到昆明后废掉侄子吴世璠，取而代之。但郭壮图已听到风声，他立即派遣大将线緎打着慰劳军队的旗号率部至交水，骗吴应期前来慰劳军队，乘吴应期无备，将其逮捕，当场用绳索勒死，吴应期在昆明的两个儿子也同时被杀。吴应期一死，大权便全落到郭壮图之手。经此内讧，吴周政权内部分崩离析，人心也更涣散。
除了吴藩内部骨肉相残外，吴军士兵也是怨声载道，从湖南溃退至贵州后，吴军粮饷皆无，在镇远的士兵每月只发五两盐作为补给，士兵只能靠打家劫舍自行解决饥饱问题，谓之“打粮”。吴世璠与郭壮图令胡国柱、夏国相、马宝等人再次进军四川，以牵制清军入黔时，许多士兵都不愿去，道：“若是调回云南就去，若是调往别处，我们还是各人取方便吧。”吴军内部已是士气低落，将不听命、兵不听调了。
当清军恢复贵阳时，康熙已令在广西的赖塔率军由南宁出兵云南。康熙十九年十月下旬，赖塔部从南宁出发，经田州（广西田阳县）、泗城（今广西凌云县），抵达西隆州（广西隆林各族自治县），于十一月五日进入云南境内。吴将何继祖聚兵万余，坚守离安笼所三十里的石门坎隘口，此地高耸云天、羊肠石径，号称“石门之险，两山矗立，中通车马，一夫守隘口，万夫莫窥”，易守难攻。赖塔分兵攻之，以一部兵力在关前猛攻，自己与金光祖分兵两路，自关后攀险而上，从后方突袭。赖塔又招徕此地的十二土司，获得他们“所捐之米”，解除了粮草之忧。吴军见势不利，皆撤营逃遁。康熙二十年正月一日，清军击败留下抵抗的苗兵，夺取了此处，收复安笼所城。
何继祖自石门坎败逃至新城所（今贵州省就兴仁县），又聚兵两万余人据守黄草坝（今贵州省兴义县），用大象迎战。二月二日，赖塔率满汉清兵迎战，从早上五六时至午后二三时，连续摧毁敌营二十几座，终将吴军击败。之后清军继续进军，直奔曲靖府，吴军守将向清军投诚。此时吴军大将线緎已在北盘江江西坡（今贵州省晴隆县与普安县之间）被由贵州西进的章泰部击败，逃至交水。二月初五日章泰至安南卫，八日进至江西坡，此地地势险峻、曲折盘旋，小径绕山而上，形如螺纹。吴军依险放出三四十头战象布阵。清军战马受到惊吓，回头奔溃，吴军驱使大象趁势而进，向山下清军发起冲击，清军正红旗兵大败，逃跑了两日两夜方才刹住脚步。此役，清兵死尸如山，死于吴军之手者约十分之二三，互相践踏，被大象踩死、争相逃命彼此格杀而死者约占十分之六七。直至康熙末年，在江西坡下种地的人还能锄出森森白骨，可见当年伤亡之惨烈。
两天后，章泰令清军再次发起进攻，至砂子哨，吴军又驱大象下山拒战，清军则分三路继进，从中午战斗到傍晚，吴军始败，线緎乘夜逃至交水，又遇赖塔遣兵取交水城，断吴军中路，线緎败走。清军恢复新城所、普安州。同时，穆占也收复了黔西、大定诸州府。
康熙二十年二月二十五日，章泰部至交水城，与赖塔所率广西清军会合。之后，两军自交水分路齐进，于二月二十九日进至昆明郊区四十里外，抵达吴军老巢。二十一日，郭壮图遣发马步兵万余人、大象五只出城三十里迎战。两军从早晨激战到中午，赖塔部纵兵夹击，这次是吴军象阵突然大乱，大象反奔，导致军阵大乱，吴军士兵不是跌入河中，就是被大象践踏而死。清军以骑兵左右冲击，最终吴军战败。吴军出战的万余人只剩二十七人回城，清军直追到昆明城下。吴世璠紧闭城门、坚守不出，等待在四川的马宝与夏国相等人的回军救援。赖塔与章泰也顾虑强行攻城必有伤亡，于是在城外连营数十里掘壕围城，准备困死城中的敌军，同时广布檄文招降吴军，不久，大理府、楚雄、姚安府、临安、永昌以及武定府等各镇吴将纷纷投诚。
康熙得知在四川的吴军将回军云南援救，迅速发出指示，严令赵良栋等速行阻击，使之不得至云南。赵良栋分兵两路南下：一路从成都出发，经雅州、黎州，过大渡河，经泸江、建昌、金沙江，出云南武定府；一路自保宁府出发，经永宁直捣云南。
此时胡国柱已放弃叙州，企图奔回云南。驻永宁的吴将宋国辅势孤难支，向清军乞降。三月十五日，清军进入永宁。到四月，四川的叛军已基本被击败，另一叛将谭弘已病死，余众瓦解。赵良栋等将接到康熙旨意，统绿旗兵自雅州起行，东路由哈占统领，也于五月十一日进兵。
在清军的追击下，黎州、建昌、泸州、叙州等地相继被收复。五月，马宝等人从遵义奔回云南，驻守楚雄。清军向其发出招降的谕旨，马宝拒受。章泰遣兵进击，追至乌木山，全军覆没的马宝逃到姚安山中，仅以身免，收集溃卒已不足百人。马宝无处可逃，只得于七月五日至姚安府向清军投降。马宝至姚安府时，身穿服巾深衣，坐着八抬大轿招摇过市，对人道：“我不出，必使很多人受到连累，我不惜一死，是为了救一方百姓。”气色慷慨，俨然勇士。清朝提督桑格出城迎接，表示恭敬之意，他大为得意。但几天后与桑格一同饮酒时，忽然心有所动，放下酒杯，他自知难逃一死，不由老泪纵横，涕泪沾须……马宝为人狡黠，反复无常，人称“两张皮”，原为明末李自成部下，山海关大战时受伤被吴三桂俘虏，后跟随清军李成栋部南下进攻南明，李成栋在广东反正归明后他也归降了南明，投靠了势力最大的秦王孙可望，孙可望与李定国内讧时他又倒戈投靠了李定国，后来清军大军入滇时他又再次投降了清朝，被吴三桂收在麾下，最后跟随吴三桂反清。穷途末路之际，马宝派人驮货捎书至家，感念嫂嫂恩泽、兄长教诲，悔恨自己不读书、不谙时势，恃匹夫之勇招致杀身之祸。
果然，康熙得知马宝来降后，特意下旨：“逆贼马宝，抗拒大兵，现今无地可逃，力穷势迫，才来投诚！实属可恶！所犯情罪重大，断不可赦。”下令将马宝押送京师凌迟处死。九月末，马宝受刑，但他不吭一声，疼痛难忍时才哼哼几声，最后刀至胸部时大叫一声而死，头也被割下示众，死时五十三岁。
另一员大将吴三桂的女婿胡国柱被赵良栋追至金沙江，七月，他又逃入姚安，遁入鹤庆、丽江一带的山中。赵良栋与哈占遣兵搜拿。胡国柱逃到云龙州（今云南省云龙县南）后料定无法逃脱，于是征求幕客王愈扩的意见，王愈扩答道：“君侯不见落花吗？或缤纷于裀席之上，或狼藉于泥土之中……”话未说完，胡国柱已明白，连说：“说得是，说得是！先生爱我，敢不受命。”次日即自缢。他手下的将领王绪与李匡为他发丧祭奠后，将家私散发给余部，让他们各自另谋生路，然后命人堆积木柴，底下放进火药，两人在坐在柴堆上纵情饮酒，酒醉耳酣之际，点燃火药，顿时烈焰腾飞，二人都被炸死。
吴三桂的另一个女婿夏国相被清军击败后带少数随从奔入广西境内的广南，章泰和赖塔派兵追击，于康熙二十年十一月初将其围在西板桥。夏国相走投无路，向清军投降，后被送至京师斩首。
见马宝和夏国相的四川援军久久不到，吴世璠又修书许以割地，请西藏达赖喇嘛出兵相援，但使者、书信都被清兵截获。自此，吴世璠及郭壮图期待的外援化为泡影，但他们仍不愿投降受死，只得死守昆明。清军围城长达半年，由于水土不服，加之粮饷不济，病死者与日俱增。而昆明城内的吴军日子也不好过，他们的粮食也开始接济不上，生计日渐困难，双方僵持不下。
康熙得知昆明久围不下，不断下令催促章泰和赖塔进取，并提议以军中投诚的吴军将卒为先锋攻城，以吴军攻吴军，一则可以减少八旗兵丁的损失伤亡，二则令这些士兵建功立业，以赎前罪，他们必定死力攻城。
清军围城已数月，昆明城仍久攻不下，主要原因是清军离城四十里安营远驻，一面倚山，一面临昆明湖，围困不严。昆明西部的天然屏障昆明湖南北百里，清军并未封锁，舟船往来竟无人查问。而驻守这一带的安宁、晋宁、昆阳、呈贡四州县的清军大多是吴三桂的旧部，多有家属同僚困在城中，他们也不愿看到亲戚家属在城中挨饿，所以任由城内船只出入，转运粮食。城中得粮后，愈加坚守。
九月，赵良栋平定四川的叛乱后，率兵渡过金沙江，经武定、绵竹抵昆明，与章泰、赖塔两路大军会师。四川、湖广、广西三路清军齐集，围城益紧，到十月的时候，城内粮食断绝，以致“人相食”。此时，城外云集了四十万清军，旷日持久的围城也导致清军粮米不济，因为粮饷都要先满足满洲兵，然后才轮到绿营兵，所以围困越久，绿营兵就越困苦不堪，于是赵良栋主张速攻。但章泰偏心满洲兵，怕兵力受损，他认为满兵冒矢石、犯锋刃，血战万里才最终到达昆明，残敌此时已是奄奄一息，清军只要向城内招降，必将有人应变，岂能再忍心让满兵葬身于坚城之下？于是，他对赵良栋言道：“皇上豢养的满洲兵岂可轻进？你的大军远道而来，也应当休养一段时间，岂可让他们再受损伤？”章泰主张按兵不动，执意要等敌军自行瓦解，并用满语诘责赵良栋。赵良栋听不懂满语，瞪着眼抵触，见章泰不愿攻城，愤懑不已，只得不顾长途跋涉的疲劳困乏，率己部独力攻城。郭壮图亲自领兵搏战，赵良栋也亲自持刀督战，率士卒身披厚棉被，趁夜出击，一时间“列炬如星，枪炮雨下”，赵良栋部力战夺取土桥、新桥等地，直抵昆明城下。赵部长途跋涉后没有休息就投入恶战，已疲惫不堪。章泰劝赵良栋：“你部已过度劳累，应先撤回休整，可叫总督蔡毓荣率兵据守。”赵良栋断然拒绝：“我兵死战所得之地，怎能交给他人看守？！”章泰无法，只得于十月八日下令各军一同进兵，直抵昆明城下攻城。同时，赵良栋发现吴军通过水路运粮后，建议章泰采取措施撤换昆明池四周吴军旧部，改由八旗兵驻守，又在昆明湖内设置水军，在巨型竹筏上构筑用来侦察和防御的高台，往来巡逻、严密监视，防备敌军潜出昆明湖，这才断绝了城内粮食的来源。
吴世璠见清兵即将攻城，被迫遣兵出战，在归化寺附近激战多时，终被清军击败，三路清军开始连续数日昼夜猛攻。清军在加紧攻城之际，又展开政治攻势，将招降书用箭射进城内，动摇吴军军心，并秘密派遣已投诚的吴三桂部属潜入城中招抚，加速敌军瓦解。此时城内粮食已尽，一酒杯米的价格就高达一两白银，许多士兵都已饿死。吴世璠与郭壮图惊慌失措、无计可施，城内吴军将领大多无心守城，打算早降。十月二十二日，吴将余从龙、吴成鳌悄悄出城投降，将城中情况如实报告给了清军。章泰得知城内已是山穷水尽，亲自督战，令各路大军向昆明展开了最后的总攻。
康熙二十年十月二十八日，吴将线緎、吴国柱等人见昆明将破，已无路可逃，便密谋发动兵变，想擒获吴世璠与郭壮图献与清军并投降。吴世璠得知后，穿上皇帝服饰，登临大殿，举刀自刎而死（一说服毒而死），死时仅十六岁。皇后郭氏投缳自缢，线緎等人又拥兵杀入郭壮图家中。郭壮图闻变，和儿子一起自刎而死，城中大乱。二十九日，线緎等将领擒获吴三桂的大学士方光琛等人，打开昆明城门，向清军投降，昆明被围近一年后最终陷落。
清军进城后立即没收了吴氏的家产，并割下吴世璠首级准备传送京师示众，被定为“反叛首谋献计”的方光琛在军前被凌迟处死。虽然吴三桂已去世三年多，但清军并不打算放过他，他们遍城搜查吴三桂的棺柩，准备戮尸示众。但查找了多处，不知其真假。据野史记载，清军迫近昆明后，吴世璠和郭壮图为防万一，秘密将吴三桂的尸骨改葬他处，埋葬地点只有吴世璠和郭壮图少数几个人知道。清军发掘了多处，皆是伪墓，甚至有一天挖到过十三具尸骨，清军无法辨别真伪，只得下令用火全部烧掉。据传，吴三桂的真骸骨埋在了远离昆明中缅边界的铜壁关外；又有书记载，吴三桂的一个侄儿吴国柱出首说，吴三桂的尸骨已经焚化，骨灰匣藏在安福园石桥水底。清军照此挖掘，果然挖得骨灰匣一具，于是也不论真假，将其与吴世璠的首级一同送到京师请功。至此，三藩中的吴藩被彻底剿灭。
◎后人所立的吴三桂墓碑
康熙皇帝得知清军克取昆明、吴三桂余党投降的消息时正是深夜，回想起七年零十一个月的焦虑与艰辛，为平定叛乱、取得统一战争的胜利而付出的操劳，他喜不自禁。这位年轻的皇帝最终经受住了继位以来最大的一次考验，他特赋《滇平》诗一首以抒心志，其诗云：
◎洱海滇池道路难，
捷书半夜到长安。
未矜干羽三苗格，
乍喜征输六诏宽。
天末远收金马隘，
军中新解铁衣寒。
回思几载焦劳意，
此日方同万国欢。
历时近八年、波及十三省的“三藩之乱”终于被平定，现在康熙皇帝可以秋后算账，腾出手来处置已降的叛将党羽了。
除了吴三桂全家灭族，都被处死外，他的党羽与昔日的盟友也遭到了清算。在战争期间，康熙就敏锐地指出“贼首乃吴三桂也！吴三桂灭则诸贼自散”，他坚持“擒贼先擒王”，集中力量打击吴军，为了瓦解和孤立吴三桂，对于从叛的将领百般招抚、诱其反正，政策宽大、待遇优厚，无论官职大小，只要放下武器来降，便既往不咎。康熙还信誓旦旦表示“朕决不食言”，可“昭之日月”。但此一时、彼一时，当清军占据优势时，康熙就曾向前线将领发出密旨，凡投降官员都不可深信；当清军大获全胜时，昔日的“诺言”便不再提起，清廷开始以各种理由将已经投降的叛乱分子的骨干逐一查处，定罪处死、以除后患。
早在康熙十八年吴藩还未覆灭时，康亲王杰书就上疏弹劾归降的耿精忠，要求将其正法。康熙以时机尚未成熟，广西、湖南等处刚刚收复，“若将耿精忠即行正法，不但已经投降之人，以为日后亦必如此声明其罪；未投诚之人，睹此寒心，亦未可知”，将奏折留中不发。到了康熙十九年三月，康熙见大局已定，福建已经大体平定，便授意康亲王杰书劝说已归降的耿精忠入京觐见。耿精忠到京不久，其弟耿阳忠与耿聚忠就联合揭发其兄长反正后有“叛逆罪行”，请求予以严惩，并与耿精忠划清界限。耿精忠的属下也揭发举报他归顺后“仍蓄逆谋”。康熙立即革去耿精忠王爵，下令将其看押。昆明攻克后不久的康熙二十一年（1682年）正月二十日，康熙下令将耿精忠、曾养性、白显忠等人凌迟处死。反复无常的潮州总兵刘进忠也被定罪，枭首示众。唯马九玉曾在耿精忠反叛时苦劝，反正后又效忠用命，令以原官解任来京，划归旗下。
无独有偶，就在耿精忠被授意进京时，尚之信的护卫张云祥与张士选（张士选曾因言语冲撞尚之信，被尚之信射残双足，引起诸护卫的不平）也赴京“首告”，揭发尚之信的罪行，称“吴三桂反后，尚之信欲迫使其父尚可喜从叛，尚可喜不从，愤怒而死，尚之信遂降贼。归正之后，仍心怀两端，皇上数次命他进兵潮州、湖南，尚之信借故不行，永兴危急，也坐视不救，后虽奉命出师，竟避敌锋芒，自行撤退……且冒领粮饷，擅杀无罪之人。”广西都统王国栋、两广总督金光祖与广东巡抚金儁靥也相继揭发尚之信的“罪行”。康熙密令将正在广西武宣（今广西武宣县）参与平叛的尚之信带回广州监禁。康熙十九年闰八月十七日，康熙派钦差至广州，宣布尚之信不忠不孝、罪大恶极依法当斩，但朝廷开恩从宽，特赐白帛一条令其自尽，从叛的尚之节等人都被处斩。不过，康熙考虑到平南王尚可喜在吴三桂叛乱后能坚守“臣节”，不肯从逆，而且清军入粤后打开尚可喜棺木，发现他死后仍穿戴清朝衣冠，不由大为赞赏，以为“忠贞可嘉”，于是对其余家属“从宽处理”，其妻舒氏、胡氏免死，免于籍没，尚之孝等人则从宽免去了革职与带枷审讯之刑。自此，靖南、平南二藩都被尽行撤去。
另一反将王辅臣也未逃一死，据清朝官史记载，王辅臣系“病故”，但据《广阳杂记》载，王辅臣降清后镇守汉中，内心颇不自安，曾自缢一次，被左右救下。康熙二十年七月，康熙皇帝召王辅臣至京师觐见——王辅臣的“政治觉悟”比耿精忠和尚之信要高一些，临行前，他即料到进京后凶多吉少，于是拿出库中银两分与诸将及部下，又将其余旧账目一把火烧掉，之后召集诸将及亲随，劝他们：“你们追随我日久，东南西北奔走，犯霜露、冒矢石，受了很多苦，现今我即将与诸位分别，你们都远走高飞吧！谁也不要说曾在我这里待过。”众将吏痛哭不止，王辅臣催促：“你们快走，我的事由我一人担当，不连累你们。”遣散部署后，王辅臣与剩下的数十人日夜饮酒。八月二十九日，王辅臣由汉中抵达西安，与门下人饮酒至半夜，酒酣之际，他老泪纵横对门下人说道：“我起身于行伍，受朝廷大恩，富贵已极，前迫于众人，做了不义之事，又未做成。今虽反正，但朝廷蓄怒已深，岂肯饶我！大丈夫与其骈首于刑场，何如自己去死！？可用刀自刎、用绳自缢、用药毒死，都会留下痕迹，将连累经略图海，还连累总督、巡抚和你们。我已想好，待我喝得极醉，不省人事，你们就困住我的手脚，用桑皮纸层层蒙住我的脸，再用冷酒喷在上面，人便立死，跟病死的无二，然后以‘痰厥暴死’报告朝廷，这样就可保无事，不会连累他人。”门人们哭着劝谏，王辅臣见无人听从，生气地欲拔剑自刎，门人才同意依他的办法行事。到天亮时，就以王辅臣“厥死”上报，朝廷没有怀疑，其家属也未受株连。
另一叛将祖泽清曾据广东高州两度叛清，尚之信奉命追击，一夜驰行一百八十里将其击败，祖泽清携家口遁入山中。康熙十八年四月，康熙明令：凡属从吴三桂叛的各处大小官员，只要归降一概宽免，惟祖泽清父子“甘心从逆”。下令各路大军搜山擒拿，至八月，祖泽清父子被搜出押送到京师。康熙十九年二月，祖泽清父子被凌迟处死。
◎康熙二十年十二月二十日三藩平定维新庶政大沛宽和诏谕
吴三桂属下的降将，原任贵州提督的李本琛，则以“从逆”之罪被判磔刑。其他要员，副将以上的一律处斩，家属株连、妻女籍没、家产充公。彭时亨、谭天秘等人叛于四川，降而复叛，被凌迟处死，割下首级示众。吴三桂虽死，但清廷也没有放过他，将其“骨灰”分发到各省示众，其名下众多的家仆旧人、官员家属和士卒都被流放发遣到关外苦寒之地为奴，只能从事打更、站丁等卑贱职位，子子孙孙受此苦役，世袭不改，历时两百多年，直到清亡。
至此，历时八年的“三藩之乱”落下帷幕，清朝将三藩财产全部没收入官，以充军饷，对吴三桂及其藩下官兵在云南侵占的民田，康熙下令“悉革除之”，尚、耿二藩私征的市税也一律豁免。为巩固中央集权，清朝又增派八旗兵丁在南方荆州、福州、广州等地轮流驻防，广西、云南则派绿营镇守，彻底根除了尾大不掉的汉将势力，牢牢掌握了南方。今后凡亲贵功臣则必留在京师候命，非有敕诏不许出京，从而根绝了藩镇之祸。此后第三年，清朝又遣施琅为将，率水师渡海攻台——郑经自从大陆败退后，终日沉溺酒色，把政事都交由参军陈永华和侍卫冯锡范处理，一年后即病故，享年三十九岁，郑经年仅十五岁的儿子郑克塽不敌清军，在大将刘国轩的劝说下剃发归降清朝，台湾也从此纳入清朝版图。不过，那已经是康熙二十二年（1683年）的事了。
三藩之乱平定后不久，一个叫邵为章的金陵文人游历到了云南楚雄，他是来调查吴三桂在云南事迹的。他在彩云之南睹景思人，忆及吴氏先为明末悍将，救驾不力、投降大顺农民军；后又叛顺投清，引清兵入关、助清灭明；之后为清朝藩王，位极人臣，继而又叛清自立……一代枭雄纵横一生、反复无常，最终名败身死、家破族灭，不由感慨万千。遂作古风一首，题于绝壁之上。其诗云：
◎百万雄师睥睨间，
先朝一胍绝南蛮。
擒人即是人擒路，
谁道天公不好还。
军威南朔敢称雄，
转眼兴亡一瞬中。
他日龙门成纪传，
君臣父子总无功。
行营历历草凄凄，
铜柱摩崖手自题。
虎豹无睛威尚在，
老军犹说旧平西。