岛原之乱（岛原起义）
岛原之乱简介
岛原之乱：岛原之乱事件，发生于1637年—1638年 寛永14年10月25日是日本历史上江户幕府期间的一次的一揆抗争，参加者很多是基督徒。事件经过宽永十五年（1638年）2月28日，幕府军发动十余万军队对义军发起总攻击，因饥饿力衰，义军大败，原城陷落。天草四郎及其属下全部义军壮烈战死。事件最终结果是幕府军付出了死亡三千人，受伤上万人的重大代价，然而原城终于还是被攻陷了，城内剩余的两万余人，不论男女老幼，全都遭到残酷的屠杀——四郎时贞等人也在其中，几乎没有一人能够逃得性命。
岛原之乱过程分析——
大乱之萌
日本宽永十四年（1637年），距德川家康在大坂之战中取胜，丰臣氏灭亡已经过去了二十余年。乱世的硝烟已经远去，德川将军的江山日益巩固，正是老去的武弁们不得不度过略显寂寞的晚年，成长的年青一代已经不识干戈刀兵为何物的太平时节。当年10月，在九州的重要城市长崎附近，旧国郡制下属于肥前国高来郡的岛原半岛（今长崎县岛原市、南高来郡）和临近肥后国的天草诸岛，突然爆发了信奉天主教的浪人和武士领导的大规模天主教起事。他们扬起了十字战旗，为建立世界末日前夕的千年王国，而向幕藩领主发动了决死的圣战。
早已弃绝了天主教信仰的百姓为什么要铤而走险，重拾教徒身份揭竿起事？这真的如许多已出版的日本通史上所说的，是一次“正义”的农民起义？而以罩着父辈光环的“天生将军”德川家光为首的新生政权——江户幕府，又能否通过这次发生的事件，证明自己有能力维护幕府的“武威”不受侵犯？已经归于寂灭的“战国”，将要在九州岛的这一小小角落中再度复苏！
本文的度量衡单位很多采取了日本标准。长度1日尺约合30.303厘米。1间约合1.8182米。60间为1町，约合109.09米。作为重量单位的1贯约合3.736公斤，1日石约合180.39升。铁炮大炮弹丸每50目玉约合31.8毫米。另外本文日期亦沿用旧历。
十五六世纪，西欧各国为了绕过被奥斯曼土耳其占领的巴尔干、小亚细亚和黑海北岸等传统的东方贸易商道来寻求东方的高级香料和丝绸，凭借他们从大胡子异教徒那里山寨来的航海技术，不断地展开了一次又一次的探险远航，从而成功地开辟了通向未知新世界的航路。在大航海时代探险者的足迹后，蜂拥而来的除了殖民主义征服者的快枪大炮，还有大把的为传播上帝福音而不惜生命的“洋和尚”。1534年，为了反对欧洲大陆如火如荼的新教改革运动，重树教廷的权威，西班牙贵族伊格纳修·罗耀拉（Ignacio de Loyola）成立了耶稣会，耶稣会非常重视扩张传教处女地的势力，在该会成立不过13年后，它的创建人之一，被誉为“东洋传道的先驱使徒”的方济各·沙勿略（Francis Xavier）就在一个流落南洋的日本杀人犯亚次郎的引导下，踏上了马可波罗传说中的黄金岛——“日本国”（Zipangu）。
◎耶稣会东洋布道的先锋——方济各·沙勿略的画像。
沙勿略在日本的传教并不成功，不久他就打算把目标转向中国，并死在了广东的上川岛。但是那些充满着激情的耶稣会传教士依然接踵而至，以好用的“洋玩意”和免费医疗、开粥棚、办孤儿院为敲门砖，吸引西日本的诸侯和百姓们“吃洋教”。开始他们能够吸引来的也只有当时在连年天灾人祸之下挣扎在死亡线上的贫民，但在沙勿略的后继者托雷斯（Cosme de Torres）神父等人的努力下，教会的影响力日益扩大。在割据地方的战国大名中，有人出于军事和贸易上的种种需要，也受洗入教。耶稣会初入日本的1549年，全日本的信徒不过150人，到了1571年日本全国信徒扩大到了约30000人。九州一带较早入教的诸侯除了当时官居室町幕府九州探题，拥有北九州六国守护职的丰后国府内城主大友宗麟（本名义镇，教名方济各）和长崎领主大村纯忠（教名巴尔德曼）外，便是占据这次动乱的舞台岛原半岛的肥前日野江城主——有马义贞、晴信父子（晴信教名普罗塔西奥）了。顺便一提，这次动乱的另外一个策源地——肥后国的天草诸岛上的领主志岐镇经、天草种元先后也归依了天主教。到了丰臣秀吉时代，另一位虔诚的天主教武将，肥后宇土城主小西行长又接管了此地。
小西摄津守行长（1555—1600年）
幼名弥九郎，教名阿尔冈蒂诺，是和泉堺的药商人小西隆佐的次子，1555年生于京都。起初出仕备前冈山的战国大名宇喜多直家，担当对外交涉的工作，因而认识了当时还是织田信长部将，负责西国经略的丰臣秀吉。当时宇喜多氏服属信长，在秀吉指挥下和毛利氏对战，1581年直家去世后世子秀家年幼，宇喜多氏遂被丰臣家臣化，行长不久也成为秀吉直臣。被秀吉任为指挥水军的“船奉行”，于1585年率水军在丰臣秀吉镇压纪伊杂贺一揆的作战中有功，获封备前小豆岛1万石，成为大名。后从秀吉平定九州及第2年镇压肥后国人一揆，累功进为肥后南部宇土、益城、八代三郡20万石的国主级大名。小西筑宇土城为居城，平定收服了天草岛上的国人领主“天草五人众”。作为天主教大名，他支援传教士意大利人乔万尼·尼格劳在天草的志岐经营教会学校，传授油画、水彩、铜版画等西方美术，也制作圣画、圣像、钟表和管风琴。小西领俨然成为当时南蛮的一个文化中心。同时他和邻近熊本领的同僚加藤清正之间的关系也因种种因素而急剧恶化了。
1592年，小西行长作为秀吉侵朝的第一军指挥官，带领有马晴信、松浦镇信、大村喜前、宗义智、宇久（五岛）纯玄诸将在釜山登陆。5月，攻陷汉城；6月，占据平壤，数立战功。但在次年旋被李如松率领的援朝明军主力逐出平壤，死伤惨重。朝鲜战局的境况也随之逆转，心知秀吉侵略野心不可能实现的行长遂开始致力于日明讲和交涉。于是和当时负责对日交涉的明游击沈惟敬通谋，互相欺瞒自己的上峰并篡改外交文书，造成明朝以为日本乞和，日本以为明朝妥协的假象以促成和议。结果他做的手脚在1596年的秀吉日本国王册封事件中完全败露，行长差点脑袋搬家，在前田利家、淀君、西笑承兑力救下才幸免于难。讲和失败，庆长之役爆发后，他戴罪立功，和加藤清正并为先锋再侵朝鲜。在南原之战后控制了全罗道，并在1598年9月末到10月初的顺天之战中死守顺天。小西不仅参与了壬辰倭乱，还参加了镇压岛津家臣梅北国兼哗变等对内军事行动。
1598年12月，行长撤回国内，起初和寺泽广高一起担当德川家康的取次役（联络顾问），但却在1600年家康发起的征讨上杉之役时奉命留守京坂。德川军东征后，石田三成旋即起兵，行长也参加了西军。在9月15日的关原之战中，西军和东军的筒井定次、田中吉政部激战，侧翼的大谷吉继因小早川秀秋的反戈而溃败，小西部遭波及，随之而溃。行长知事不可为，但他的天主教信仰不允许他自杀，遂逃往伊吹山中。19日被搜捕溃逃武士拣洋落附近的农民发现，将其交给了德川家臣村越茂助。10月1日，在京都市内游街后，行长和石田三成、安国寺惠琼一齐在六条河原被斩。死前，曾拜托同是天主教徒的黑田长政（教名塔米安）为他做临终的忏悔，未果。后来，他拒绝净土宗僧人将经文置于头顶，而将据说是西班牙国王菲利浦三世王妃玛格利特赠给他的圣像加额三度。死后，基督徒们为他举行了天主教式的葬礼。
◎反映了16世纪日欧交流的《南蛮屏风》
在这著名的“天主教三大名”中，大友宗麟起初是出于贸易利益入信；后两人主要是为了对付他们共同的敌人——好战且暴戾的肥前佐贺城主龙造寺隆信，他俩需要用宗教的力量统一家臣团的人心和利用教会渠道来获得洋枪、大炮、硝石等军需物资。但是，随着入教日久，他们也真信起上帝来。至少在大友宗麟、有马晴信、大村纯忠等人在世时，这几家大名都保持了他们基督徒的立场。
◎这位仁兄并非是欧陆的哪位国王诸侯，而是日本第一位天主教大名大村纯忠唯一的一幅传世画像，虽然难说准确，但也能展现天主教诸侯的风貌。
既然大名本人归依了基督吾主，那么这些大名和“洋和尚”们在领内推行天主教自然也成了他们的“国策”。近代日本的统一封建政权（丰臣政权、德川幕府）因为采取了残酷镇压的手段来杜绝天主教的做法，再加上近代日本一心想要“脱亚入欧”，那么作为江户时代海禁政策一环的禁教自然被许多学者视为断绝先进的“南蛮（当时日本对西葡的统称）血统”的“暴举”。在某些史家的笔下，织丰和德川初期的“洋和尚”以及教民们时常以一副无辜的“人畜无害小白兔”姿态出现，且代表了日本最先进文化发展方向的旗手。但是，翻开这些“洋和尚”自己留下的记录，我们就会发现全不是这么回事，他们照样对当地的其他信仰进行着毫不留情的迫害……
◎岛原、天草地区要图
要了解织田、丰臣时代耶稣会传教士的活动，葡萄牙传教士路易斯·弗洛伊斯（Luís Fróis）所撰的《日本史》一书是必读的。根据此书的记载，当大村纯忠对邻近谏早领主西乡纯尧的作战取得胜利时，当时的耶稣会日本副管区区长伽斯帕尔·科埃略（Gaspar Coelho）就奉劝纯忠：“在能够表现对上帝恩惠的感激的报答中，没有比从大人的诸领地中根绝各色偶像崇拜更好的了。所以说大人就应该朝这方向努力，为领内不存在一个异教徒而竭尽全力。”当然，为了避免搞得太过分而引起日本人的反感，科埃略还不忘附加一句：“使人改宗‘必须自愿’。”但是实际上听了“洋和尚”们一通洋经后，热血上涌的黄皮羔羊们“恰如神甫们对他们说了‘去点庙呀！去砸菩萨呀！’一样”地去袭击和破坏寺院。弗洛伊斯还记载了一件事：某日一个信徒跑到科埃略跟前，对神甫诚恳地表示四旬节快到了，自己想要赎罪。科埃略便明确地告诉他：“如果您觉得有不错的机会的话，就作为先驱者，把顺路的寺院给点了吧。”结果这位仁兄果然在路过“某座大且华美的寺院”时顺手纵火把那庙给烧了。由此可见，在大村领内发生的排佛事件与传教士的教唆不会没有关系。并且，对生活在中古时代的人们来说，为了生产和生活的顺利，最值得虔敬和依靠的莫过于神佛。一座寺院可以被随随便便地烧掉，如果背后没有大名领主本人的默许，那是不可能的。
下面就通过耶稣会方面的记载，让我们来看看本次变乱的震源地之一——大矢野村所在的肥后国天草的天主教，在天主教大名的统治下，是怎么样被信徒们虔信的，而以佛教信徒为首的“异教徒”们又有了怎样的遭遇。
肥后国自原守护菊池氏在战国动乱中被丰后大友氏吞并灭亡后，群小领主分踞各地，一直没有一个统一的局面。“天下人”丰臣秀吉在天正十五年（1587年）征服九州后将肥后国（人吉领相良氏除外）封给了织田信长以来的宿将佐佐成政，佐佐急于执行丰臣政权的各类既定政策，引发了地方武士、百姓的大规模武装起义。秀吉命其自杀，而将肥后国分封给了自己的嫡系将领加藤清正和小西行长。天正十六年（1588年）闰五月，小西行长进入肥后宇土城，开始统治归他管辖的20万石领地。如前所述，天草诸岛也归属小西管辖，而小西正是一位虔诚的天主教徒。
岛原半岛，位于九州岛的西北，长崎市附近，令制下属肥前国高来郡管辖，战国时为半岛内日野江城主有马氏的领国。江户时代主要为岛原藩（立藩的松仓家为外样，后转封此地者皆为谱代大名）辖地，维新后为长崎县管内。全体面向有明海，西面谏早湾，东面岛原湾，和熊本县的宇土半岛、天草上岛等相峙，半岛南端称为濑诘崎，挟早崎濑户和天草下岛相对。半岛长约40公里，中央宽约15公里。中央的火山山脉称为云仙岳，有云仙地狱之别称。以长崎县内的最高峰平成新山（海拔1,483米）为中心，周围环绕着普贤岳（1,359米）、国见岳（1,347米）、妙见岳（1,333米）、野岳（1,142米）、九千部岳（1,062米）等高山，是日本知名的温泉名所之一。
天草诸岛被九州近沿的有明海、八代海（又名不知火海）和天草滩包围，令制下属肥后国管辖，战国时代天草诸岛为5个国人领主割据，称“天草五人众”，为大藏氏系的天草氏、大矢野氏、上津浦氏和肥后菊池氏系的志岐氏和栖本氏。1566年志岐氏家主志岐镇经将传教士阿尔美达招至本岛，在志岐领建立岛上第一个教会。1568年和1570年信众在岛上召开了宗教会议，岛上盛期天主教信者达到15000人，教堂30余座。九州基督教三大名派出的天正遣欧使节团带回了符腾堡式活版印刷机后，岛上还出版了“天草版”的《伊索寓言》（日名伊曾保物语，教团用日文版的寓言作传教士的语言读本）、《平家物语》、《日葡拉丁对译辞书》等书籍。丰臣时代五人众中顺从的被小西行长编入家臣团，不顺从的则被灭。但因为小西本人的信仰，所以丰臣政权的建立基本没有妨碍岛上南蛮文化的发展。由于德川幕府建立后厉行禁教和岛原之乱的战祸，今天的岛上虽有3座旧教系教会，但信徒人数已不满全岛人口的百分之一。
江户时代天草地区先后由外样大名寺泽氏和山崎氏管理，后来成为幕府直辖地，维新后一时划入长崎县所管，1871年后转属熊本县管辖（但有部分离岛属鹿儿岛县）。岛群由作为主岛的上天草岛和下天草岛，及大矢野岛、户驰岛、千束岛等十数个离岛构成，全体面积约1000平方公里，全部人口约14万。该岛气候温暖，珍珠和对虾等海产养殖业十分丰盛。另外还盛产作为磁器原料的陶石，日本八成以上的国产陶石都来自天草。岛上风景优美，如今每年来岛观光的游客约有480万人次。
根据弗洛伊斯的记载，小西行长任命了一位在洋和尚眼里“德行非常高尚”的信徒家臣担任天草地方的代官，此人一进驻位于上津浦岛的岛子城，就开始大传福音。他施展出三寸不烂之舌，说动了当地领主上津浦种直及其母亲一起受洗入教。当地的主要高僧们在听闻了天主教的教理后也决定改宗。头面人物一改宗，底下人也纷纷效尤，几乎所有人都跟着上津浦氏一族信教了。于是他们便搞了一次盛大的受洗仪式。
在这次被狂热的宗教气氛所笼罩的受洗式上，一出闹剧在攒动的人群中上演了。人们为了表现信仰的虔诚，未等仪式结束，就为了“将神佛的偶像及其寺社通通毁光而匆忙离场”。于是当地的神社佛阁纷纷遭殃。“没过多久，在过去那般被人尊敬崇拜的土地上，这些神像或被削了鼻子，或被拧下了脑壳，又或被脚乱踹后缺胳膊断腿地倒在了地上。”结果“因为主的大能在岛上如此显现，一眨眼就有3500人成为了基督徒”。
在大名权力的大力扶持下，通过广泛存在于日本每个村落的共同体自治机构，天主教很快融入到天草诸岛百姓的日常生活中去。在狂热的信仰氛围下，到处都出现了“神迹”。志岐地方有个穷渔夫，因为吃不饱饭，在礼拜日也不过教会的“组织生活”只管自己打渔，有教友来劝告也充耳不闻。结果上帝的大能立马对他示现，平日里每每都能获得大丰收的他，却在某个礼拜日未获得一条鱼。从此之后他“便信了教，各礼拜日都去做礼拜”。又有一名女性由于中了“某种迷信的咒术，像死了一样躺倒在地”。人们“举行了驱赶恶魔的仪式，将圣水倒在她身上”，她立即苏醒了过来，接着“痛悔过去生活中的种种罪孽”，于是才“从恶魔的所有灾难中逃脱出来”。对于信仰不纯的人和异教徒，信众很快就想出了种种办法来排查检举他们。当有人要加入“圣兄弟会”之类的信仰组织时，为了试探他有没有拂拭去其“对偶像崇拜的信仰心”，他必须收集起20尊左右的佛像，在诸人的眼前将之付之一炬。对于背叛信仰的人，等待着他的是严厉的私刑处置。有一位“同恶魔非常亲昵”的知名山伏（修验道的行者）居住在二江村（今熊本县天草郡五和町）的一位居民家中，当地教会的头面人物便带着全体教徒上门要求家主把那个魔鬼赶出门去。家主不听，于是“天罚忽至”。此人的儿子居然在不可能淹死人的地方淹死了，第二天他家被山上落下的巨石压毁，他本人也被砸得半死不活。于是全村信徒们纷纷赶来，召开大会批斗这个得了现世报的亵渎者。当然，明眼人都看得出来，这定是有人在背后对他执行了“制裁”。
◎长崎县南有马町出土的佛教式墓地，考古人员认为这是为防止天主教徒的破坏而主动填埋的
对传教士和基督徒们来说，最凶恶的“敌人”，莫过于开宗于镰仓时期，在室町末、战国时期风靡全日本的日本民族佛教宗派净土真宗，别名一向宗。脱胎于净土宗的一向宗的教义颇有点“拟一神教”的风格，它主张“他力本愿”，反对“自力救济”。即认为只有维持对阿弥陀佛的绝对信心才能到西方极乐净土，排斥对其他佛的信仰以及一切修行手段。两个一神教一碰撞，当然只能头破血流。故而传教士们对它恨之入骨，他们在报告中称：
“在当地的异教中，如果没有那个最为有害的宗派，更多的洗礼将会得到执行。那些异教徒被称为一向宗，是我们弘布圣教上最大的障碍。”
“小西行长便开始以严刑峻法来整治这些“路西法的化身”。在天草岛的栖本有个一向宗的僧侣，此人在1589年受洗，但他并未因此改行，还是照旧去栖本的各村向“属于同一宗派的淳朴的农民和佃户们鼓吹歪理邪说”。但是领主一听说此事，便“将彼处斩，将首级插在挂入地中的木桩上示众，且尸体和首级的周围挂上（邪宗）虚伪的经卷”。“所有人对此都很震惊。这也是一向宗在倾耳于佛僧的贫民中绝迹的原因之一。”大量的佛教信徒为了避免迫害逃到了小西的邻居兼政敌——虔信日莲宗的熊本城主加藤清正领内，在熊本地方的很多寺院，都原本是在小西领内开山的。
在岛原，领主有马晴信也积极地执行废佛崇耶政策，理由是他实在忍受不了佐贺龙造寺的压迫。于是，他一方面加强与教会的勾结，一方面和龙造寺家断绝关系，改拉萨摩岛津义久为靠山。为此，1584年龙造寺隆信纠集了20000大军前来攻打岛原领，既要他的地，也要他的命。是教会支援他的佛郎机和在船上打炮的黑叔叔使他在岛原森岳附近的沖田畷决战中以少胜多，一举将龙造寺隆信击斩，才免于灭顶之灾（当然，其实主要靠的是萨军悍将岛津家久的数千援兵），自此以后他便死心塌地成了信徒。他下令让领内凡是一度放弃了天主教信仰的人都要去听传教士的说教，并且重归上帝的怀抱。异教徒们也必须要去听法，如果有不能理解上帝福音的，不管对领国统治来讲是何等重要的干才，也要从领中流放出去。弗洛伊斯接着写道：“因为只要听了说教，人们就很容易觉悟到真理，遭到这种不幸（指流放）的人极为稀少。”人们为什么会“很容易觉悟到真理”呢，我想这是不言而喻的。
在有马晴信的支持下，岛原领的洋和尚们开始带劲地去破坏寺院的佛像，并且对佛教僧人信士予以种种侮辱。在加津佐的海岸边上有一个岩礁小岛，在岛上的洞窟里有一座小庙，小庙的祭坛上被安置了偶像。科埃略很早就怀疑这里是佛教徒们藏匿佛像的地方。当时在岛原的弗洛伊斯本人就带着几个青年去查看，一查果然如此。于是这些人就把能搬出的佛像搬出，把搬不走的大佛带庙一把火全烧了。弗洛伊斯说：“因为这些佛像全是木制的，是最适合燃烧的材料，一下子就统统烧尽了。”然后神甫们召来口之津的少年基督徒们，让他们搬运这些收缴来的佛像。加津佐村的渔民们得知了这个消息，“无论男女老少都出门眺望着这些过去他们一直礼拜的佛像，因为他们都明白这些佛像将会有怎样的遭遇，对它们悲惨的命运现出同情之色。”而运送佛像的少年信徒们则对这些恶魔的偶像吐了一路的口水并拳脚相加。最后这些佛像都成了口之津教会的柴火，为此神甫们好一阵子埋锅造饭不发愁。
◎有马神学院遗址
◎传有马晴信木像，另一说木像主人是其子直另纯。
岛原有马氏自称是平安时代在“承平、天庆之乱”中和“新皇”平将门齐名的海贼头目藤原纯友的后裔。但是根据作为一手资料的古文书《深江文书》，被目为其先祖的有间（有马）朝澄的姓氏是平氏，故可证纯友起源说之伪。彼一族在中古前期称有间氏，乃是高来郡岛原半岛南部的开发领主，源赖朝武家建政后他们成为镰仓幕府西国御家人，得有间庄地头职，但是却不得不服从于从关东下迁过来的“总地头”越中氏的管束和压迫。
南北朝时代，有间氏改姓有马，移居半岛南端的日野江。并投靠南朝一方，在征西将军宫怀良亲王的指挥下和北朝足利方的少贰、大友交战。室町时代，很少有史料反映该族的活动。到了战国初叶的明应二年，当时的有马氏当主贵纯出兵支援被大内氏压迫的筑前守护少贰政资，从而自少贰处获赏了肥前的长岛和白石领，这成为了有马氏势力壮大的契机。到贵纯之孙有马晴纯（1483—1566年）小有军事才能，其势力一时扩及于小半个肥前国。晴纯名字中的“晴”字是将军足利义晴的偏讳下赐，并将自己的次子纯忠过继大村氏、三子直员过继给千千石氏，将孙子镇过继给松浦党波多氏，人取法号“仙岩”，成为“兵马二万之大名”（《北肥战志》）。
但是龙造寺隆信在肥前崛起后，有马家便连连在军事上遭到失败，其麾下的领主接二连三地倒向龙造寺一边。而晴纯的嫡子义贞（1521—1577年）和嫡孙义纯（1550—1571年）都是病弱之辈。在军事的颓势中，有马义贞顶着反对天主教的老领主仙岩的压力，加强了和耶稣会的接近，自己也在晚年成为了天主教徒。耶稣会在贸易港口口之津建设了教会，树立了十字架，在领主的保护下，岛原半岛南端成为了当时日本天主教弘布的一大中心。
有马义贞的嫡子义纯夭折后，继位的义贞之弟晴信（初受大友宗麟一字讳为镇纯，后改义贤、晴信，本文统一为最通行的晴信）采取了联岛津，依附教会，同龙造寺断交的策略，并在二者的支援下于1584年赢得了与龙造寺隆信决战的胜利。之后晴信在领内积极执行废佛兴耶政策，耶稣会在口之津建立了神学院，还让晴信派出少年代表，与大友宗麟、大村纯忠派出的少年使节一起远航罗马觐见教皇，是为著名的“天正遣欧使节团”。
当1587年丰臣秀吉平定九州时，晴信明确地和岛津切断关系，服从秀吉，并隶属小西行长的第一军参加了侵朝战争。关原之战中虽然一时投靠西军，但见西军失败，立即调转矛头进攻小西领，而得宠于家康，家康还将其已故长子松平信康的孙女下嫁给其嫡子直纯。但是不久发生的“冈本大八事件”却让他身败名裂。1609年，有马晴信奉幕命派到南洋的朱印船在澳门和当地人生衅，澳门葡目安德烈·佩索亚实施报复，杀日人48名，没其财货。晴信从德川家康处得到报复许可，1610年安德烈·佩索亚乘船来长崎时，晴信将其人船尽歼。后幕府目付，天主教徒冈本大八（家康宠臣本多正纯的部下）对晴信诡称家康欲将肥前佐贺藩领内的有马旧领三郡作为恩赏物归原主，自己愿意促成此事。晴信给了大八6000两金子作为活动费，大八却将款项私吞。1612年东窗事发，大八下狱，他反咬一口，在狱中揭发晴信图谋暗算长崎奉行长谷川藤广。结果大八被处火刑，晴信则被流放甲斐后处死。这次事件成为幕府决定禁教的原因之一。
有马晴信虽然伏法，但嫡子有马直纯以家康孙女婿的身份得免连坐，后因禁教不力，于613年被转封日向的延冈。后在直纯之孙清纯时代，又因失政，于1692年惩罚性地被转封到越后的丝鱼川，1695年又转到越前丸冈。这时的有马氏已经成为了谱代大名，幕末的有马当主有马誉纯、道纯曾任幕府寺社奉行，若年寄，以至老中。1877年废藩置县后，有马氏被明治政府叙为子爵。
和小西领一样，有马领内的宗教摩擦也时常发生，而大名当然也是站在教会一边。在三会村有很多坚持自己的信仰，不向大名支持下的教会淫威低头的僧人。他们“妨碍异教徒们改宗，另外还对改宗者报以非常冷淡的态度”。因为寺院经营墓地，于是和尚们就常和办白事的基督徒们对墓碑上树不树十字架之类的问题起争执。一次和尚们火大了，威胁要把埋下的尸体挖出来喂狗。有马晴信听说这事，就警告这些僧人：“你们敢这么办就要你们的脑袋，并没收全部财产。”僧人们于是大为惊怖，急忙去求传教士向晴信求情，“并且向神甫们传达了希望朝他们那儿派遣能教授基督律法的人的意愿。就这样，他们在听了公教要理后就立即被授予了洗礼。”这样一来，“发自福音之爱的圣火点燃了异教徒心中之灯，在当地一瞬间超过千余的人改了宗”。有一个和尚想恶心晴信，把萝卜雕成十字架，挂在狗脖子上放进城去。晴信下令严查此事，抓住了那个恶作剧的和尚后将之斩决。在云仙地方，传说是行基菩萨（668—749年）在701年开山的真言宗古刹满明寺也被有马晴信在传教士唆使下破坏。在岛津家久带领下前来援救有马的萨军将领上井觉兼对此在日记中写道“因当郡之南蛮宗，温泉山坊中无残破灭”，上井于1585年再次来到云仙山顶的满明寺废墟，见满眼残墙断壁，“悉为荒废之状，无法可想”，不禁“哀泪湿袖”。（《上井觉兼日记》天正十二年4月8日，同13年5月1日条）
上行下效是世之常风，既然大名权力和教会都不遗余力地去迫害异教，岛原的领民自然也开始主动地去揭发和迫害各种不同信仰，根据1597年的报告书，当年岛原近郊来了一游方僧人兜售神社的御札，一位“像管家一样从事着教会的管理工作的基督徒”便去揪住这个人，责问道：“你凭着什么靠山到这地方来传布这骗人的御札？如果有太阁殿下（丰臣秀吉）的许可状的话就给我们看看，没有的话就立即把你的御札包扔掉。”这僧人很老实，也不加辩解，只求那人不要这样做，“如果把御札包扔掉的话我就没法子过活了”。但是基督徒们不依不饶，一把抢过就扔到了火里。在有马领内，葡萄牙殖民者在亚非拉各地常做的绝后生意奴隶掠夺和买卖是公开进行的，虽说在战国日本，奴隶买卖本不是奇怪事，但这也是因为那是个战乱和饥荒的非常时期，大名若进行人口贩卖，卖的也多是战争俘虏。但是有马晴信为了取悦教会，竟把这个勾当当国策推行，并且掠卖对象是自己领内的无辜人民！他送给果阿的葡萄牙总督的礼物中就有为数不少的少男少女。传教士们对此也毫不隐讳，他们的记载称奴隶买卖带来的“苦恼笼罩着有马地方全土”，“发了疯的人们，为了拯救孩子，或带着孩子逃进了密林，或把孩子们托付给异教徒，或哭着让他们结婚”。这曾一时妨碍了传教士在有马领的传教活动，但他们依然乐此不疲。
耶稣会中并不是没有有识之士意识到这些作法对于他们的传教事业的有害无益的。耶稣会东印度教区的巡查员范礼安（Alessandro Valignano）就对科埃略领导下的日本管区所做的以上种种无法无天之举深感不安，他认为科埃略浑水趟得太深了，这样做定然会导致日本统治者的疑忌，最终祸及他们的传教事业。事实上范礼安的预感成为了现实。以上所列举的种种类似情况，丰臣秀吉在征服九州的时候恐怕都看在了眼里，他深感这种一神教信仰在争夺人心这一点上是自己相当危险的对手。事情到了这份上，愚蠢的科埃略居然还搞了一条大洋船，装满洋枪洋炮在已经对洋教满腹狐疑的猴关白的面前耀武扬威。南蛮和尚的胡作非为终于超出了秀吉的底线。他在1587年7月24日的深夜派出了两位使者，把科埃略从被窝里揪了出来，责问他：“为什么要如此热心地劝说诸人，并强制他们成为基督徒？为什么要破坏神佛的社寺，迫害僧人而不和他们融合？牛马有益于人类，为什么要食用它们？为什么葡萄牙人要购买很多日本人，将他们作为奴隶带回国去？”第二天，秀吉就发布了著名的“伴天连（传教士）追放令”。但科埃略不仅不反省自己的错误，竟然还号召有马晴信等天主教大名备足人枪组织十字军反抗秀吉，并且答应他们提供军火。幸好这个计划最终没有得到执行。对此，范礼安额手称庆，泪流满面地感谢“主把耶稣会从显而易见的危险中拯救了出来”。
◎范礼安画像，他是远东本土化传教的一位推动者。
但是，秀吉的禁教令并没有起到根绝天主教信仰的作用，最明显的证据就是以上种种废佛毁释、强制改宗的情景在天主教大名领内居然可以和禁教令并行不悖，天主教大名在领内完全能够自由地推行他们的宗教政策。德川家康在1600年关原之战取胜掌握政权后又一时采取了重商政策，为笼络当时“南蛮贸易”的主要对象西葡等国而容忍了天主教的布教活动。可以想象，天主教自然会在这些地域内牢牢地扎下根来，和当地民众的生活紧密地联系在一起。1613年，九州地方发生了旱灾，天草领大矢野村的村民们就“绝食三天，在十字架前祈修了极多的苦行。这样，尽管在别处没有下雨，在他们的田地之上却下了三次非常足量的雨”，于是庄稼全部获救。这一次偶然的巧合使人们更加坚定了在非常情况下必须信仰上帝才能获救的信念。一旦天主教不再被这些人视为外来的野菩萨，而是在非常时刻拯救他们的真神明，那么天主教信仰的问题就再也不是能简单靠禁教令就能解决的了。
随着丰臣德川改朝换代引发的政治地震遍及整个日本，一些主要的天主教大名因先后卷入了其中的政治事件而身败名裂。首先在1600年关原之战后，小西行长作为乱谋魁首石田三成的同党被斩首除封。小西辖下的肥后天草领被交给肥前唐津的大名寺泽广高（属亲德川的丰臣系大名）管理。1612年，有马晴信因为“冈本大八事件”（详见有马氏简介）获罪伏刑，德川幕府借此机会一改之前对天主教的容忍态度，发布了第一次禁教令。在岛原，晴信之子有马直纯虽然开始禁教，但是他无力根除家臣团和领地内盘根错节的天主教势力，幕府遂把有马氏转封到日向国的延冈。有马氏离开后的岛原领被转封给了原大和五条1万石的小大名，在大坂战役中立有战功的松仓重政。寺泽、松仓两家则不得不去面对一个组织严密、信仰虔诚且坚强不屈的异教社会。以岛原的情况为例，有马直纯只带走了少数弃教的家臣，不肯弃教的有马家臣几乎都留在了当地。根据荷兰商馆甲比丹柯基伯克尔的说法，他们“失去俸禄后迫于生活，只能靠种田养活自己的家小。这些人虽为农民，实际上却是熟习武艺的战士”。另外，在耶稣会、多明我会 潜入的传教士的组织下，岛原当地各种被称为“组”、“讲”的地下信心组织层出不穷。1613年，耶稣会士首先在当地组织了“殉教组”，之后几年在有家出现了“耶稣组”，在高来出现了“圣母玛利亚组”，另外还有多明我会系统的“十字架组”。根据元和年间耶稣会系的“圣母玛利亚组”颁布的“定”：信心会的基本单位是小组，由50名男子及其妻儿构成，当小组成员范围在500至600人时，设置上级单位大组。各小组的组长“组亲”由组员每年轮值，组内下设管理共有财产“慈悲物”的“慈悲的丰后（原文发音如此，这样命名可能是为了纪念大友宗麟）”、负责小组成员和小组间联络事宜的“总代”、负责组内常务的“慈悲役”等若干名。组长在传教士不在的情况下，根据“看坊”（留守教士）的指示监督和激励小组成员，以及实施信徒间的互助救济等公共事务。组员若有堕胎、杀婴、离婚、违反本人意愿的婚姻、人身买卖、蓄妾、发放三成利以上的高利贷等违反宗教道德的行为时，则会被开除。组长除了协助“看坊”对信徒赐以“圣水”，还要主持葬仪，每月对信徒传达和宣讲教会的规定和指示。尽管除了作为信心组干部的天主教浪士及村落上层成员，绝大多数的村民“说是吉利支丹也只是个名分，对于信仰的条目一点也不明白”，并且由于幕府的禁教导致他们同上级教会的联络困难，这些信心组织经常在耶稣会、多明我会、弃教三条线上摇摆。但是在战乱方息的江户初年严酷的生产环境及社会生活的逼迫下，比起一个人孤立无援地去战天斗地，加入信心组织，在信徒间平等互助的保险下生活显然是大有魅力的。所以各地的组讲很快就和村落原有的自治组织结合起来，牢固地掌握了下层群众，并顽强地生存了下来。群众虽然对教义没有深刻的理解，但在生活和行动上绝对服从领导他们的村落上层以及天主教武士的指导。松仓在面对这些严密的地方组织时，只能采取姑息绥靖的方法羁縻他们，很难将天主教彻底清除。尽管这时幕府已经宣布天主教是“违反政令、贼害忠良”、“不急禁，后世必有国家之患”的“邪宗门”！
◎《岛原合战记》插图，描绘了岛原地下教会活动的场景。
松仓重政在元和二年（1616年）接管有马领。他新建岛原城，将政治中心从半岛最南端的日野江城和原城迁移到岛原城。重政对天主教采取相当宽容的态度，根据传教士的说法，这主要是为了不使百姓逃亡，初来乍到的松仓氏可不希望一来就搞僵与百姓的关系，以至无法经营藩政。于是岛原藩一时成为了洋和尚躲避幕府禁教令的桃源乡，自有马时代以来就成为了天主教重要据点的加津佐对传教士来说是“最为舒适的地方”。在那里由于有马直纯禁教而“多年未行的忏悔得到了倾听”，“很多人和正妻修复了关系，复归教会者也为数不少”。传教士们还设立了信心会，以少年儿童为对象教授教理，指导修行。还配发给他们经教皇亲手圣别，刻有“神的羔羊”的小蜡像。根据传教士们的叙述，松仓重政本人似乎并不认为天主教是“邪宗”，反倒还觉得它是“合顺情理的宗门”，在听闻传教士被幕府抓去处刑的消息时脸上也没有一点喜悦之色。并且他颇有利用教会避开幕府的统制和西葡“南蛮人”做生意的念头。于是在松仓的“温情和好意”下，岛原领的基督徒们“恰如自悲痛中重新抬起了头”。根据传教士的报告，有5位耶稣会传教士常驻在有马地区，百姓家中造了极多的礼拜堂——在那里进行拜领圣饼，受鞭，布道，忏悔等种种宗教仪式。神甫们时常为教务忙到通宵。至于在寺泽氏在关原之战后获得的天草领，藩方起初对于天主教的态度并不严厉，寺泽广高虽然因为秀吉的传教士流放令，曾对洋和尚表示冷淡，但是他得到天草领后，马上“对过去表示忏悔，改变了态度，对传教士显得很热情。”并且下令：“传教士诸人可以任意来往于我所管辖的诸岛，拥有和阿尔冈蒂诺（小西）时一样的自由。”当时天草地区大闹饥荒，教会利用这个机会，一边赈粮、一边传教，结果“在这些有着志摩大人（寺泽广高）部下的岛屿中，代官们基本对神甫们都有着好感”。当藩方在志岐的富冈建城作为天草领的政厅，教会想要搬迁，唐津的藩吏们“给了神甫们很好的地块。尽管建城的工事很忙，但藩吏们依然帮神甫们建造都会”。唐津方面虽然后来采取了禁教措施，拆毁礼拜堂，驱逐传教士，但是这不过是使公开信仰转入地下而已。唐津藩很难抓获被信徒们严密保护起来的传教士。并且基督徒的气势并未稍减，有一位山伏前往天草对人们分发御札，结果教徒们大为愤怒，他们大概认为这是藩方用来分化瓦解他们的谋略。于是，众人包围了代官所，“在他（代官）面前将札扔在地上，抗议说我们乃是基督徒，全不会相信这种骗子的纸票，也不会相信偶像崇拜相关的迷信。”代官对教民的挑衅行为只能睁只眼闭只眼。
但是天主教徒的好日子也为时不多。当三代将军德川家光开始主政的宽永时代（1624—1643年）到来前后，随着幕府和新教国荷兰的外贸关系已经稳定，幕府终于可以踢掉“虽然像虫子一样讨厌，但对生意有用”的伊比利亚半岛上的某两个天主教国家了。17世纪20年代，幕府突然加紧了禁教的步伐，以1622年针对天主教的平山常陈案和“长崎五十五圣人大殉教” 等事件为标志，幕府掀起了禁绝天主教的高潮。唐津藩和岛原藩也不得不放弃之前的温开水做法，开始认真地禁起教来。松仓重政用把不肯改宗的人捆成粽子后扔进“云仙地狱”（火山温泉）的办法来胁迫领内信徒改宗。而寺泽氏则起用弃教武士三宅重利为天草地区的代官，坐镇天草富冈城，对信徒采取高压政策。人们出于恐惧一时放弃了天主教信仰。于是宽永初年，当地的天主教信仰表面上业已消声匿迹。
但是，谁都可以推想出，这些信徒弃教只是迫于压力，他们整日还在担心上帝会不会对他们的行为予以制裁。岛原、天草地域的局势在表面上很平静，实际上却暗流汹涌，一场变乱的萌芽已经开始抽薹——只要有个风吹草动。
◎岛原城复原天守
◎德川幕府三代将军德川家光的画像
松仓丰后守重政（1574—1630年）
松仓氏原是战国大名化了的奈良兴福寺官符众徒（僧兵）筒井氏的重臣，重政的父亲松仓右近和岛左近、森好之并为筒井的三家老。秀吉时代，重政成为丰臣直臣，于1597年在大和五条得到了8千石的封邑。关原之战时果断投靠东军，战后增禄1万石，成为大名。大坂夏之阵时先是率部驰援遭丰臣方大野治房攻击的旧主筒井氏的居城大和郡山城，后又参加了道明寺歼灭后藤基次部一战。因其战功，在1616年被转封到有马晴信岛原旧领，领知增至4万3千石。元和一国一城令颁布后，重政废掉了有马领原有的原城和日野江城，新建岛原城为新的藩府。据说因为他按照10万石国持大名的城池标准修城。又为讨好幕府，承担了过重的公仪普请役（江户城改修等工程），靡费民力，搞得领内怨声载道。
为了从海外贸易获利，重政最初对有马领内的天主教信仰采取宽容态度，但于1621年开始便从表面上配合幕府开始禁教，事实上执行得并不积极，因而在1625年受到了德川家光的批评。之后他便开始发奋禁教，用残酷的手段镇压信徒。甚至在1630年为表达忠心，主动向幕府建议出兵征讨西班牙在远东的据点菲律宾。但他在这一年死于云仙的小浜温泉，亡年57岁，藩主由其长子松仓胜家继承。7年后，领内终于爆发了信徒一揆，松仓家因之而灭亡。
重政向来被认为岛原之乱的大恶人。但他作为五条领主期间的行政建设却为日后奈良五条地区的发展打下了基石，五条的居民崇敬地称他为“丰后老爷”，并每年举行“松仓祭”纪念其善政。2008年，奈良县五条町为纪念新町建设400年，在当地立起了重政的显彰纪念碑。可见其人并非残刻之辈，至于其后世的“恶行”，恐怕也是他们在江户初期幕府严格的大名统制政策背景下为保全自己而不得已所为，反正事起时重政已死去多年，是不可能为自己开口分辩的。
使徒袭來
发生动乱的1637年，在九州发生了大饥荒，根据肥后人吉藩《相良家年代记》的记录，肥后国内大饥，人们纷纷进山挖取草木根叶为饭。熊本藩主细川忠利也称此年正月“诸国皆穷困，因耕获尽废，生境颇艰，人们各离本国去做零工，田地皆抛荒”（《绵考辑录》）。根据平户荷兰商馆“甲比丹” 尼古拉斯·柯基伯克尔（Nicolaes Coeckebacker）的书信，在这样的饥荒下，岛原藩二代藩主松仓胜家依然对领内苛以“不可能负担的高额贡米”，“他们（百姓）几乎濒临饿毙，仅以草木根维持性命”。并且岛原藩方还对缴不起税的农民加以残酷的刑罚。福冈藩支藩秋月藩方面的《黑田长兴一世之记》称岛原藩在河川中设立了水牢，专抓缴不起租税的农民家人进去受刑。一时间，岛原领内现出了一片阴惨景象。
一些别有用心的人，当然不会放过这个机会。各种各样的关于救世主降临或世界末日等宗教气味十分浓厚的可疑传言便在岛原、天草地方不胫而走。根据参加起事，后来投降幕府军的有马旧臣山田右卫门作的供述书，当时在天草大矢野的千束岛，长年隐住山中的五名天主教浪人武士松右卫门、善右卫门、源右卫门、宗意和山善左卫门发现了二十六年前被驱逐出境的传教士留下的遗言，上称：
“至此以后二十六年，必出一‘善人’。此人幼不习字便能知文字，他出现时天上将现出印记，树上将生出馒头，山野遍布白旗，诸人的头顶将立起十字架，东西的天空必然如火通红。不仅如此，诸人的住处将被烧尽、四野草木亦将尽燃。”
◎岛原藩在“云仙地狱”迫害教徒的绘图
这五人拿着这份预言书去对号入座，果然找到了这位“善人”。他是小西行长旧臣益田甚兵卫好次之子益田四郎时贞（教名杰罗尼莫，也有教名为方济各一说），人称天草四郎。这位16岁的少年不仅没读书便识字，还经常对众人说经谈教，宣称天主之世的到来时已不远。人们要他拿出神通来，他便一伸手，一只鸽子就飞来产卵，把蛋打破，里头便写着圣经字句。他还时常使出“凌波微步”一般的“轻功绝技”，在天草上下两岛间的海面上自由行走。以上这些关于“神奇四郎”的荒诞传言顿时遍布各方。人们纷纷传说天草出了位拥有不死之身的“天人”。正巧，在动乱前后也出现了和传言相符的特异气象，朝廷的《大内日记》曾记载在当年11月17日，条中称京都“十日左右，朝日夕阳分外火红”，并且直言不讳地推测：“是为吉利支丹 蜂起之由欤？”明正女帝为此下令修密法以为禳解。
种种迹象说明，“世界末日”的兆头已经显现。于是岛原、天草地域的百姓觉得他们的担忧成为了现实。主果真会容许他们弃教吗？他们如今遭受的苦难不正是自己的现世报吗？当最后的审判降临时，他们果真能得到救赎吗？过去天主教大名统治时代的“美好生活”的旧影在人们心中泛起。那么，唯一的一条路就是服从天草四郎时贞这个天降的弥赛亚，建立他们从小就听的经文里常说的那个熟悉的国度——末日审判前的千年王国！
◎位于熊本县宇土市的天草四郎故居遗址
终于，一个偶然落下的烟头，点燃了已经被太阳晒得起烟的柴火堆。
这一年的十月下旬，天草岛上到处都有百姓回归天主教，将有不逞举动的消息传到了岛原地方。岛原藩方乃命令领内代官严察各自的管辖区域有无此类现象。照理说，顶风作案是搞非法活动的人的大忌讳，然而某些狂热的信徒可并不认为这是常识。较之大明朝那些，把极谏触怒皇帝而被打屁股作为士人荣耀的言官们，这些信徒们的行径实则更进一步——恨不能立马找个碴子让官府把自己剁了，这样就能光荣地作为殉教者上天堂。故而官府镇压得越厉害，他们就越要“上”。有马村（今长崎县南高来郡南、北有马町）名为三吉和角内的两个百姓就属于这号人物。
这二人曾在早些时候就跑到天草归依了天草四郎，成了天主教徒，并把天主教的绘画带回了老家，四处大传福音。10月23日，村子里开了传教大会，倾听三吉布道的人们摩肩接踵而来，当晚就有700余名男女复归了天主教。
◎矗立在原城本丸遗址的天草四郎塑像。
藩方接到报告，第二天就逮捕了三吉和角内，押到岛原城下就地正法。但是信徒们依然整天集会不止，纷纷传说三吉和角内已经蒙主宠召“升天享福”了。25日，藩吏林兵右卫门前去解散集会，信徒们便拿他祭旗，然后举事。口之津、加津佐、小浜、北冈等地信徒群起响应，岛原之乱自此爆发。据前述荷兰商馆甲比丹柯基伯克尔的记录，起事信徒身着白木绵的衣服，剃着十字形的月代头，以“圣雅各”作为口令。“教徒们烧掉所有的日本佛寺，建起一所新的教堂，供奉圣母玛利亚像，兵士们都背着绘有十字架的旗帜。他们说：‘战斗不问胜败，一切为了上帝的光荣，为了献身于上帝。’他们又在各乡村中大声高呼道：‘成千上万的天主教徒和传教士们，过去曾经无辜遭受惨刑，现在已经到了复仇的时候。’并且宣称他们都已决定为自己的信仰而殉身。”他们四处杀戮当地的非信徒、藩吏以及僧人神官，连偶然过路的行人也不能幸免。这些人或被斩首，或被绑在十字架上以枪穿肋，或被绑在马上示众后死掉。信徒们传檄四方，扬言世界末日将至，号召人们为能获救而行动起来，归信天主。在起事后被本藩派去探察情况的熊本藩士道家七郎右卫门的报告书中，起事教徒们宣称：“如今之事非人力所能为，亦非日本人古来之知识所能及，不久上天将降下火来，烧绝一切。”还称“因为近时没有进行吉利支丹的葬礼，死人不能升天，天主分外恼怒。不久将亲自降临来引导亡魂，众人好生恭迎”。而保存在《冈山藩闻书》和《耶稣天诛记》中的一揆军散布的檄文《寿庵回文》则如此写道：
“特此布告众人：上天遣下天人，异教徒将被全能的上帝施以火的裁断。无论何人，若欲成为基督徒，咸应早来此处。各村之庄屋、乙名（村长）也应速来。应将此状遍传岛内，即便是异教的僧人，若申请入教亦可蒙赦。名为天草四郎的大人乃是天人，我等乃是选民。应紧记：日本国中之人不愿申请成为基督徒者，上帝乃将以左之御足将其踢下地狱！”
动乱爆发后，有马村的代官本间九郎左卫门仓皇坐船逃走。藩方在接报后也急派家老冈本新兵卫带人赶往有马村。冈本一行人中有不少人是旧信徒，这些人一边挖苦家老大人：“看到没有？活该！”一边得意洋洋地翻白眼。冈本也不敢和他们多计较，只管赶路。赶到了布津村（今长崎县南高来郡布津町）时，已经见得四方火光冲天。不久他遇见了落荒逃来的本间九郎左卫门，后者说有马的教民们已经点齐了铁炮和弓矢严阵以待，何况岛原本城方面已经起了火光，建议冈本现在应该赶快回城。冈本采纳了他的意见，急忙率队赶回岛原城。
◎岛原合战记的插图，描绘了一揆和岛原藩兵战斗的场景。
这时岛原城下已经乱成了一团，有些人老早就听到风声，已经开始搬运家当逃难，甚至还有些人已经向教民方交出人质表示恭顺。由于事发突然，岛原藩并没有时间去做战争动员。平时全藩只有正规武士500人，其中200人还在江户侍奉正在“参觐交代”中的藩主松仓胜家，留守本城的藩兵战斗力严重不足。再加上住民一大半都是旧信徒，很难保证他们届时不会加入起事者的行列。岛原城下町的町奉行连忙召集由住民担任的“别当”、“乙名（大人）”等基层町吏，责成他们各率管辖下的居民加强防备。居民们则要求藩方发放武器，藩方以他们各交人质在岛原城三之丸作保为条件借给他们长枪和铁炮。从这个过程中我们可以看到，藩方和其城下町各自治体并不存在主从制的支配关系，两者共同作战甚至需要人质作为缔成盟约的条件。其中固然有藩方害怕城下居民中原信徒倒戈的因素在，但是依然可见当地残存着战国时代的风习。
◎被一揆毁坏的石地藏像，头全部被摘了下来。
这样，在藩城防备工作草草完成后，藩方计划于10月26日早晨出兵戡乱。家老们决定留60余名藩士守城。余下200余藩士由冈本新兵卫带队前去讨伐一揆。藩方还向岛原城附近的安德村派遣使者，询问其去向。在得到了该村支持藩府的肯定回答后，藩方便要他们交出人质，出兵支援藩军。可见这些百姓也不会无条件地服从领主，根据情况难免也会投入一揆方。岛原藩也将他们视作立场不确定的自立势力来看待，不然便全无派遣使者去问其去向的必要了。
冈本新兵卫的讨伐队到达深江村时，该村的信徒一揆已经在村口严阵以待。藩兵将他们驱入村中，教民便利用村中战国时候遗留下来的“古城”进行抵抗。藩兵继续发动攻击，以二死九伤的代价肃清了深江村的教民。冈本在放火烧村后，考虑到部队已经疲劳，决定先退回城中。但是他们一回到城下，只见火光熊熊，硝烟冲天而起。有马村、中木场村为首的七个村的教民队伍已经趁着藩方守备空虚杀到了城下。藩方只能严守正面大门，防止教民突入。根据战国以来战乱发生的惯例，在战火中保护领民是大名领主的职责，也是统治能够合法的原因。城下町、安德村的村民便纷纷携家带口逃入岛原城郭内避难。侵入城下町的一揆将禁止天主教的告示牌打得粉碎，高唱着圣经杀到前门前。一些女人还向城门的岗楼投掷火把，企图引发火灾。他们将城下的古刹江东寺、樱井寺统统付之一炬，四处放火掠夺，还不忘抓几个跑得慢的花姑娘放松放松。这种情况在以往的战国战乱中是常态，战国大名对大量动员的杂兵“足轻”、“野伏”之流的恩赏，就是让他们去放手打草谷，名曰“乱捕”。讽刺的是这些在那些对天主教充满着同情、或是满脑子造反有理的机械阶级斗争史观的作家和学者笔下有“纯洁信仰”的“上帝选民”和面对阶级压迫“英勇不屈”的“起义英雄”，上了战场竟然也和那些为人鄙视的杂兵们一个德性。
在岛原城正门前，藩兵和一揆展开了激烈的斗争：一揆众操起大斧头把城门砍出了很大的裂缝，藩兵们则急忙将长枪从缝里伸出去乱搠，门外的倒霉鬼们就像串鱿鱼一样一连几个被刺穿在枪杆上。如此几个来回，一揆方死亡惨重，尸体堆积如山，但是依然攻不破城门，一时只能退走。但是他们并没有气馁，第二天又重整旗鼓，连续两三日不分昼夜地攻打城池。田中宗夫、多贺主水、冈本新兵卫等几个家老只能一方面给驻在丰后的幕府目付（监察官）打报告；一方面给临近的雄藩佐贺藩（藩主锅岛胜茂）和熊本藩（藩主细川忠利）写信称：
“领内百姓复归吉利支丹之教，发起一揆，纵火至城下，希鉴邻国之谊，速派援兵。虽说彼等乃是下贱之辈，其势已达五六千矣！”
但是此时已经不是大家想出兵就能出兵的战国时代。根据幕府订立的《武家诸法度》，没有幕府的命令，谁也不能擅动一兵一卒。故两藩虽然害怕城门失火，殃及池鱼，也很重视这次变乱，并也派人前去观察乱情，但对于松仓家的援兵请求都只能给一个调调：我们对贵藩的乱势表示极大的同情和深切的慰问，并极愿意出兵解贵藩于水火之中，不过这得等上峰命令……
◎岛原城本丸
这样，教徒叛乱的烈火越烧越旺，且越来越多的村落被卷入战火中，藩兵必须找到一条生存之道。在守城战开始的26日夜，一大伙人突然拥到了岛原城下，守城的武士以为大股教匪来袭，吓得半死，后来才知道他们乃是汤江村（今长崎县南高来郡有明町）和“多罗良（多比良）”村（今长崎县云仙市国见町）的村民，藩方急忙让他们提交人质，参加守城。茂木村、日见村村民40人、西古贺村村民20人也靠到藩方，协助战斗。27日，担任北目地域山田村、守山村、野井村、爱津村四村代官的桂田长兵卫和新甚左卫门向藩方报告，称千千石村已经反叛，自己正率领辖下四村的村民前往平乱。根据新甚左卫门日后的报告，他在得知千千石、小浜地区的村民企图改宗时，采取了各种手段，争取了其中的1409人站在藩府一方。以上可见，在面对变乱时，各村都采取了以自保为本位的独立行动。
◎松仓重政从元和四年（1618年）起，花费四年时间建造了岛原城，该城由内郭和作为家臣团居住地的外郭构成，图为该城绘图。
在过去的动乱岁月，战国大名和村落之间只存在着一种契约式的关系：村落向大名缴税服役，大名要保证村落的安全；在安全不能得到保障的情况下，村落不会愚忠于领主，他们会根据情况，与战场上的任意一方同盟；并且重要的是，战国之时自不必言，即便是经过了丰臣秀吉的“刀狩”（武器没收），民间依然保留着用来驱赶害鸟害兽的大量武器。这里举个例子：在岛原之乱结束后，接管天草地域的大名山崎家治为了取得领民信赖，竟将之前唐津藩没收的324条铁炮，1450把太刀和胁差重新发还给当地人！这样看来，交战双方的任何一方，自然都有着不可被忽视的战斗力。所以说在战国时代，大名对战场周围的村落进行拉拢是相当重要的战略，各村根据风声更换阵营也是家常便饭。 幸亏岛原藩的藩吏们治不忘乱，算是及时意识到了这一点，如果他们没有及时收编向藩府靠拢的百姓的话，光靠几百号可怜巴巴的藩士，岛原城恐怕早就被这伙十字军给淹没了。
十月底，一揆终于开始从岛原城撤围，开始各自据守本村。此时，占岛原藩领三分之二的南目地区中的三会、岛原、中木场、深江、布津、堂崎、有家、有马、口之津、加津佐各村成了暴动核心。而以北目地区为中心的安德、东空闲、大野、汤江、多比良、土黑、西乡、伊古、伊福、三室等13个村则站在岛原藩府一方，岛原城下町的居民也站在藩方。当年有马氏势力的核心地域岛原半岛南端，基本全回归了天主教。
◎图为丰臣时代仙台伊达领内执行刀狩（武器没收）的场景，但是我们不能单纯地认为只要经过这个阶段，老百姓个个就手无寸铁，实际上民间依然保留着大量狩猎害兽用的刀枪和火器。
这样，岛原方面的战况一时陷入了胶着状态。让我们且将这里的情况搁下，把眼光转到动乱的策源地天草诸岛。
天草地方信徒一揆的爆发是在岛原教徒围攻岛原城的第2天，即10月27日，领导者正是那位“神奇少年”天草四郎时贞。根据起事的主谋之一，为救回住在熊本藩领江部的天草四郎家人而潜入熊本领被捕获，弟弟是天草四郎姐夫的上天草岛大矢野村庄屋（村长）渡边小左卫门的供词，当时当地流言大起，说收藏在岛原日野江地面的一张装裱破损的古画不修自复。渡边小左卫门便带上40～50个村民，聚集到上天草岛栖本的唐津藩代官所，对代官石原太郎左卫门宣称：“因为岛原已经发生了奇迹，我们将全部复归依于吉利支丹的宗旨。”然后就宣布起事。信徒们“将十字架立于前列，取出华丽的旗帜武器”，并声称“藤兵卫（三宅重利）的统治已经是过往之事，如今乃是我主的御代。”他们干的第一件事就是挥舞着屠刀去逼迫当地的“异教徒”们改宗和放火烧庙，10月30日便有天草岩屋泊（今熊本县上天草市岩谷）的73名男女逃到了熊本藩的三会。熊本藩士岛又左卫门前去质询，回答称因为天草的教民逼迫他们这些一向宗信徒改信洋教，不然就要斩尽杀绝，故而只能来投靠熊本藩。根据前述渡边小左卫门的口供，天草岛上大矢野、上津浦、下津浦、须子、赤崎等地的庙宇都无故“自燃”了。这当然不足为信，从岛原之乱前后教徒的一贯举动看，这只可能是教民们自导自演的鬼把戏。
关于起事信徒一揆的构成，可以参照熊本藩的《细川家记》抄录的一份《天草复归吉利支丹诸村备忘》的文件，其相关部分如下：
“下津浦村、上津浦村、赤崎村、次子村、大浦村、今泉村，此村一半复归吉利支丹；
合津村，此村庄屋一人未成为吉利支丹，庄屋退向牟田村处；
内野河内村，此村有二持佛者，仍原样居住。其余者皆成为吉利支丹。
于以上诸村弘布吉利支丹之人乃小左卫门，言四郎（天草四郎）乃上帝转生者亦（渡边）小左卫门所为也。”
之后上天草的教民们并没有采取进一步动作，而是各自退守本村与唐津藩方对峙。在围攻岛原的一揆众退回本村后，岛原的各村立即遣使天草岛的一揆众，表示愿意奉戴天草四郎为大将领导全局。四郎此时正率700余人屯于大矢野岛的宫津，闻讯便带了40～50个护卫前往岛原，对岛原的一揆众提出了进攻长崎的作战方案，他决定以12000人的兵力，夺取通向长崎的要地茂木、日见，对长崎提出改宗的要求，如果民众不从则杀入其内，将那儿的异教徒们屠戮净尽，然后再取岛原。但是这时传来了天草富冈城代三宅重利开始行动的消息（后述），四郎只得放弃了进取长崎的方案，率领2500余人回到天草。
◎天草富冈城遗址，该城系唐津藩在天草岛的政厅和军事要塞。
佐贺藩的前身即肥前的战国大名龙造寺氏，龙造寺隆信1584年战死后，其姑表弟锅岛直茂（1538—1618年）辅佐其病弱的嫡子龙造寺政家统治佐贺领。1590年，丰臣秀吉命政家隐居，政家子高房年幼，国政实权乃移于直茂之手。关原之战中锅岛虽然参加了西军，但是及时转向，并攻打柳川的立花宗茂，因而得到了德川家康的饶恕，保证了本领安全。1607年前后龙造寺政家、高房父子相继去世，因为高房的子嗣都被锅岛事先安排出家，所以锅岛直茂之子胜茂便名副其实地继承了龙造寺氏的领地和家臣团，开创了佐贺藩。
佐贺藩表高为35万7000石，因为没有经过转封，藩内战国遗制残留很深，锅岛一族（莲池、小城、鹿岛3支藩和白石、川久保、村田、久保田4家）和龙造寺一族（多久、武雄、谏早、须古4家）的支藩和自治领占去了大多数地盘，而锅岛宗家实质的直辖领不过6万石。外加在岛原之乱后，佐贺藩和福冈藩一道受命警卫长崎，故而财政负担很重，藩士生活并不宽裕。在这样的环境下，在该藩诞生出了以藩士山本常朝所口述的《叶隐闻书》为代表的舍命效主，灭私奉公的武士道思想。
佐贺藩虽然在八代藩主锅岛治茂（1745—1805年）的治政时期实施藩政改革，推动殖产兴业、新田开发等政策，但是未能改善财政困难的危机。1830年十代藩主锅岛直正（1815—1871年，初名齐正，号闲叟）就任后，竟然在从江户回国的路上被商人拦驾，讨要赊欠帐款。直正大感耻辱，遂发奋改革藩政，他推行俭约，削减开支，清理藩债，并拨款加强英才教育，投资领内的煤矿和制蜡业，因而大大改善了藩中的财政状况，使藩中成为幕末雄藩之一。面对开国后内忧外患的局面，直正积极引进西方技术，创办军事工业，实现了先进枪炮的自给，于1861年建造了蒸汽船，并在1863年成功仿制了英国阿姆斯特朗后装线膛炮，使佐贺藩兵的战力几乎成为日本第一。锅岛直正虽然对中央政局采取旁观态度，但是在戊辰战争爆发后及时出兵支援新政府，其精强的军事力为明治政府迅速统一全国起到了极大作用。从而奠定了明治初年萨长土肥四派阀的格局，佐贺藩出身的大木乔任、副岛种臣、大隈重信等人，都是明治政坛上呼风唤雨的重要人物。
◎锅岛胜茂画像
当丰后幕府目付（时为牧野成纯、林胜正）报告岛原变起的文件传到大坂时，已经11月5日了。大坂城代阿部正次立即召集大坂定番稻垣重纲、町奉行久贝正俊、曾我古祐等人，向他们询问处理意见。几个人的处理意见都很合乎官场的生存原则——立即报告江户，等待上峰指示。一般情况下，这种做法最为保险，如果硬要强出风头自作主张办砸了事，上面还不是要你背黑锅。但是阿部正次并不这样想——他认为江户大坂之间相距4788町（约530公里），让飞脚接力递信往来要花上10天，城里评定议事又得花上1天。这样在江户大坂打来回就要去掉20天，更别说书信还要往九州送去呢。海路一共12960町（约1400公里），按当时船行速度再快也得10天，何况近日西风大对航行不利，起码需要14～15天。这样光是传递公文就要耗掉一个月。在丰后的幕府目付又没有任何调兵遣将的权限。如果按照正常程序办事，恐怕兵马还没动，岛原城头已经插满十字架了，他决定当机立断，先斩后奏。11月6日，阿部便和京都所司代板仓重宗联名下令九州各大名严加监视各自的藩国，严防武器、米谷等物资以及天主教徒流入有马地区，并于9日指示九州诸大名，若在领内发现有意响应岛原之人，则立即处以极刑，若又有天主教势力响应起事，则可不必等待幕府命令自行镇压。并在同日指示熊本藩，根据天草教徒已经蜂起的报告，如该地又有天主教徒暴动则可派遣援兵。关于岛原蜂起之事虽然必须等待幕府的命令，但是如果别处出现类似情况亦可便宜行事。还指示佐贺藩加强岛原半岛通向九州本岛的咽喉锁钥，处在该藩管辖的飞地谏早领的警备，绝不能允许岛原教徒通过此方面向长崎渗透，如果长崎代官 末次平藏（长崎豪商，时为第二代末次平藏茂贞）一有出兵申请就要立即派出援兵。阿部正次的果断处置确实阻止了天主教信徒更大的串联和扩散，且在后来得到了江户方面的嘉许，幕府还特意发给阿部一张老中奉书，允许阿部在这类突发情况下可以自行对相关方面下达命令。
◎细川忠利画像
丰后目付关于岛原起事的正式报告，幕府则是在11月9日接到的。将军德川家光担心教徒蜂起将会以长崎为中心扩散开去，像当年一向宗抗拒织田信长那样变得一发不可收拾，因而对此非常重视。幕阁的老中们在进行了一番商议后，决定派遣禄高1万多石的谱代小大名三河深沟藩主板仓内膳正重昌和知行300石的旗本石谷十藏贞清二人作为上使直接赶赴前线执行军事指挥。另外立即命令正在江户的岛原藩主松仓胜家以及丰后府内藩主日根野吉明立即各回本领。当日，老中土井利胜还召见了佐贺藩主锅岛胜茂和唐津藩前藩主寺泽广高，要求他们若松仓家申请援兵，出于邻国友谊一定要出兵相救。幕府还命令熊本藩主细川忠利，在佐贺、唐津兵力不足的情况下，如上使有援军要求就立即出兵。接着，11月12日，天草信徒蜂起的消息也传到了江户。当天细川忠利就给东北雄藩仙台藩主伊达忠宗去信，传达这个消息的同时也建议他立即和自己一样：对领内实行严密监视。忠利少年时受母亲格拉西雅（即明智玉子，明智光秀长女，细川忠兴正室）的影响接受过洗礼，对天主教的教义及其渗透性有着相当深刻的认识。当时，天主教就是这样深入地渗透了日本的每一个角落。事实上，日本统治阶层对它的认识恐怕并没有人们想象那样肤浅。
细川忠利（1586—1641年）
幼名光千代，是日本安土桃山时代著名的武将和茶人细川忠兴的三子，母亲是有美人之誉的明智光秀长女，以教名格拉西雅知名的明智玉子。细川氏发祥于三河国额田郡的细川，是足利将军家的旁系同族，室町幕府的“三管领”家之一。忠利出身细川一族中和泉半国守护家一脉，忠利祖父藤孝号幽斋，以歌人知名，历仕将军足利义辉、义昭及织田信长，累功为丹后宫津城主。其父忠兴不仅勇猛能战，还精通茶道，为茶圣千利休门下“七哲”之一，忠兴在关原之役中助家康战胜石田三成，而从丹后转为丰前小仓之大名。
忠利幼年体弱，曾在母亲的影响下受洗礼。少年在江户为人质，和不少同辈的大名世子和旗本是青梅竹马的玩伴，这为他的政治生涯提供了良好的人际环境。另外由于其长兄细川忠隆因不愿和没有同母亲在大坂共殉难的妻子离婚，而被忠兴断绝父子关系。次兄长冈兴秋因在大坂之阵中参加丰臣军被命切腹。而他又很受二代将军德川秀忠喜爱，故被定为后嗣。1620年袭为细川家督。1632年加藤清正之子加藤忠广被除封后，忠利从丰前小仓转封熊本加藤领，其父忠兴则隐居八代。岛原之乱爆发后，忠利作出迅速反应，并在原城之战中当先破城，击斩天草四郎，立下首功。1641年，彼先父而去世，享年55岁（原因可能是岛原之乱的抱病行军损害了健康）。嫡子光尚继立，忠利墓所在熊本妙解寺。
细川氏作为熊本藩主一直统治当地到明治废藩置县，维新后按华族令叙为伯爵，其在近现代也有颇多活跃在政坛的名人。其17代当主细川护贞为近卫文麿女婿。第2次近卫内阁的首相秘书官，曾和海军少将高木惣吉密谋暗杀东条英机。护贞长子细川护熙为熊本县知事，在1993年当选为日本第74任内阁总理大臣，次子忠辉依母方血脉继承藤原摄关家首席近卫家（近卫文麿长子文隆死于西伯利亚），为现任国际红十字会和红新月会联合会主席。可以说是日本诸旧贵族中最为腾达的一脉了。
尽管幕府已经作出了初步反应，但在上使没有到达之前，岛原、唐津两藩必须依靠自己的力量去镇压如同潮水般且毫不畏惧生死的一揆信徒。在这个背景下，一揆和唐津藩的讨伐部队在上、下天草岛展开了连番血战。
唐津藩在天草方面的最高负责人——下天草富冈城城代三宅重利，对岛上如火如荼的暴动形势也不是一点想法也没有，实在是因为兵力不足，所以暂且只能固守待援。他在11月7日给丰后府内的幕府目付提交报告，称天草岛有数村复归了吉利支丹宗门，自己已经在努力控制局面。虽然唐津方面立即就会有援军到来，但因风向不顺而没有到达，估计在三日内将会赶到。唐津本藩派来的1500援军果如三宅的预料，于10日赶到了下天草岛的志岐，并于当日进驻了富冈城。三宅重利立即决定出兵前去弹压一揆。从富冈出发的讨伐队在本渡布阵，和上天草的教徒隔海对峙。在这期间，上天草起事的教众方不断地派出狂热信徒四处煽风点火。月初，上天草岛的栖本村抓住了一个声称从上津浦到牟田村办事的可疑分子，庄屋问他戒严期间要去做什么。这位仁兄果然极具基督徒“诚实”的素养，一被问便大嗓门嚷着说老子是传教去的。庄屋威胁他若敢这么做，就拉出去毙了。谁知这人还真信了信徒们时常口传的有上帝加护刀枪不入之类的鬼话，扯着胸毛大喊：“你毙啊，你毙啊，你毙毙看啊，铁炮弓箭射得穿我吗？”结果，当场便被铁炮开了个窟窿。三宅重利也在城下实行严厉的戒严，抓到这类人就直接拿火烤了，另外还命令各村向富冈城提交人质，欲图以秋霜烈日之凌厉，摧夺一揆信徒之锐气。
三宅并没有在本渡按兵不动，而是时常派遣部分兵力渡过海峡到上天草一揆的据点去摸上几把。摸得上天草的一揆信徒很生气，后果很严重。他们聚集了铁匠，日夜不休地打造兵器，每天都可制作长刀70把，还向岛原方面的教徒们请求支援。岛原方面的援军便搭乘大小船只100余艘瞬间抵达了天草并与天草方面的教徒会师。天草的教徒一揆在得到了增援后，气势大振。据当时身在本渡的久留米人与四右卫门的说法，指挥一揆作战的正是天草四郎本人。11日，四郎派遣他的1名侧近，年约四十六七岁的源大夫作为使者到本渡的唐津军本阵向藩军搦战，他挑衅道：“要慢吞吞地拖到什么时候才出兵啊，早点来战呀。基督徒们已经备足刀枪，都要合掌跪求你们来打了，快来战呀！”在场的唐津藩士们大为恼火，当即要斩杀源大夫，源大夫脚底抹油溜得快，但他的一个从者却被抓住斩了。到了14日拂晓，天草四郎率领本岛一揆1600名和从岛原赶来的援兵2000名，对讨伐队发动了总攻，一揆兵分两路，一路直接渡过上、下天草岛之间浅浅的海峡登陆；一路则乘船至茂木根（今本渡市）登陆。天草四郎身穿白绫衣，骑在马上，额头上挂着小小的十字架，亲自指挥作战。全军蜂拥直入位于本渡的唐津藩讨伐队大本营，三宅重利虽然拼命抵挡，但依然挡不住人数占优势的一揆，被打得落花流水，正规武士连同三宅本人在内阵亡30余人，伤30余人，杂兵阵亡70～80人。其中以三宅、佐佐小右卫门、林又左卫门为首的五六名战死者都是俸禄两三百石的上级藩士。这仗丢了唐津藩的脸面，萨摩藩主岛津家久 闻讯对此大加嘲笑，他在给幕府丰后目付林、牧野二人的书信中宣称：
“一揆泰半是百姓，多少添点浪人，即便总数有个三五千，总归没有像样的大将，不可能厉害得到哪里去。因此我觉得派点小兵就能了事，但是唐津的小鬼们被打了个措手不及。这个讨伐任务即便全部交给弊国来办亦无异议。”
◎天草本渡之战的遗址
◎战死于本渡的富冈城代三宅藤兵卫重利之墓
幕府虽然知道萨摩藩兵精将勇，战斗力非一般的诸侯可比，但又向来忌惮这个自镰仓时代以来就盘踞当地桀骜不驯的土皇帝，自然也不会把讨伐任务单独交给他们，以免在战后被他们以讨要军功和恩赏的名义狠狠敲竹杠。
在本渡战斗中取得大捷的教徒们声势大振，一时间下天草岛全岛除富冈城外尽被一揆掌握，被孤立在上天草的栖本代官石原太郎左卫门无奈地向前来探察情况的熊本藩士表示：如果教徒来攻，手上只有几十号武士和百姓的他除了切腹成仁外没有第二条路可走。一揆一路尾追落荒而逃的唐津藩兵，在本志岐扎下大营，开始准备攻取富冈城。教众的先锋已经打到了城池附近的冬切，他们将在本渡之战中取下的三宅重利等人的首级高悬起来，插上了写着“此五人因同基督徒敌对，违背上帝意旨，故加以刑罚”的牌子。并时不时地朝着城内齐声高喊口号，震慑守城武士。城中的唐津藩兵则由禄高2000石的客将原田嘉种（九州武家名门大藏原田家嫡流，原筑前高祖城主原田信种之子）代替战死的三宅指挥。原田知道富冈若不守，天草全岛势必成为天主教的“伊甸园”，再把它夺回来务必要花费昂贵的代价。所以下定了“人在城池在”的决心，要和教众们拼个你死我活。他首先召集城中的船老大，让他们把港内的船全部撤到桦岛方面，以作“破釜沉舟”之势。接着实施“坚壁清野”，把影响射击视界的城下町房屋全部烧毁。他的手下居然还弄到了一门不知从哪个被遗忘的角落里翻出来的老爷“石火矢”（即佛郎机，大概有一二十年未曾发射过了）。原田见了这尊“镇国大将军”，喜不自胜，立即拖去轰击教众。结果很糟糕，才放了两响，炮尾就给震了下来。于是大将军便无奈地成了大铁棍。
19日拂晓，教众们开始蜂拥攻城，他们把城池周围围得水泄不通，将主力布置在正城门，在那里进行全力突击。城兵则集中将火力地向密集的教众泼洒出去，一口气就放翻了近200多号蚁附在城门前的教众。当教众为稍怯时，布置好了的突击队就大开城门发动反冲锋，大刀阔斧地展开白刃战。杀得一揆众徒人头滚滚。到日落时分，一揆方终于鸣金收兵。守城军士看见他们一个人至少拖着5到7具尸体，蹒跚着向志岐撤退。一揆方休整了两天后，于22日的拂晓再度大举前来攻城。鉴于上次攻城暴露在守军火器火力下死伤惨重的教训，他们准备了大量厚且重的竹束排作为活动掩体来抵挡铅弹。一时也确使城兵的铁炮威力大打折扣。情急之下，大家想到了那根“大铁棍”，他们急忙用铁箍子把脱落的炮尾给固定住，糊上黏土，指望它能再发神威。但是这门老爷炮实在不争气，只消一炮又自行解体了。城兵只能采取土办法——先射出火矢把竹排点燃，然后再用铁炮攒射在这些活动掩体中慌乱逃出的一揆。这一招确实管用，一时阻止了一揆方的进攻。
◎在天草本渡阵亡的林又右卫门、小十郎之墓。
◎在进攻富冈城之前，一揆集结的场所。
面对城下密如蚁集，悍不畏死的信徒们的猛烈攻击，原田嘉种决定出险制胜，来一招瓮中捉鳖。他的作战方案便是先把部队收缩进富冈城本丸，在二之丸放火，给后阵的一揆造成前阵已经将二之丸攻陷的假象，同时打开城门把一揆放进二之丸，趁他们“长江后浪推前浪”拥堵在一起时用优势火力把他们连锅端。此招果然奏效，中了招的教徒发了疯地向二之丸死拱，好不容易拱进郭内，却只见铅丸和火矢像蝗虫一样朝头上涌来，而周围却已经被人堵得水泄不通，进退不能了。拥堵在窄小区域内的一揆在守军猛烈的火力覆盖下死伤枕藉，狼狈败走，富冈城的包围圈也随之崩溃。原田嘉种的这一妙计奠定了富冈城守城战胜利的基石。之后从岛原方面的来救援的一揆退归本岛。自上津浦、大矢野方面过来的一揆众则退归本乡。而被裹胁在教匪中的一般村民此时又纷纷从教众中倒戈出来，袭击撤退的一揆众。执其魁首降于富冈城军前。原田尽赦降人，让他们速运兵粮进城。不久，富冈城周围投靠一揆众、改信基督教的村落，又复归于藩方。大矢野、上津浦方面的一揆众则开始向岛原撤退。待到12月初，依据上使板仓重昌的指示，当熊本藩的大队援兵16000余人在熊本藩世子细川光尚、丰后目付林、牧野等人的带领下杀至上津浦、天草等地时，该地的一揆众已经跑得一个不剩了。根据平户荷兰商馆给巴达维亚总督的报告：
“天草岛的乱事已经平定，捉住了50个反贼，其余的反贼全部到了有马地方，他们与有马的反贼，会合在一起，决定共同生死，继续作乱。唐津领主的军队和没有从逆的百姓，就趁此占领了天草岛。”
◎在富冈城保卫战中阵亡的唐津藩士佐佐木小右卫门等的坟墓。
◎天草富冈城的航拍照片
为了遏制事态的发展，在一揆基本退去后，原田嘉种立即命令藩士呼子平右卫门和菅善右卫门二人率领15个铁炮手到各村巡回，向各村的百姓通达富冈城守已完备的消息，要他们安心生活，不要从贼作叛。根据呼子平右卫门640年2月的报告书，他们在来到本渡附近的食场村时，从上津浦赶来了140～150名一揆众，裹胁该村的男女到上津浦。可见对城方来说，一揆固然已经被击退，但是当地的形势依然不能大意。对夹在叛乱者和藩方之间的一般百姓看来，他们也不是光依靠藩方就能获得安全的。当一揆和唐津藩兵在本渡和富冈城激战时，时常有成群结伙的百姓往肥后熊本藩领内避难。11月16日，居住在本渡南方一里左右小宫地的21名男女渡海逃到熊本。根据驻守在佐敷的熊本藩士平野源太左卫门最初的报告，21人中有2人是肥后本地的船主，余下19人中有9名男子，其中4人未满14岁，6名母亲，并且还有4名未满8岁的幼女。因为其中2人自供参加过战斗，虽然准备将2人遣送到熊本城详细询问，但因为他们“筋疲力尽，不能行路”，只能先留置当地。此外，这一行人没有食物，藩方只能先把他们安置在牢房里等待进一步处置。到了第2天夜间，又有同地的29名男女逃难到当地，这些人则被安排住到马棚里去。18日早上，又前来11艘搭载着逃难者的船。熊本藩的吏员们在收缴了长刀和胁差等自卫武器后发给他们作为避难者的牌子。因为收容难民的牢房和马棚已经不堪重负，熊本藩只得允许在当地有亲戚的难民可以在亲戚作保后投奔到亲戚家中。到了20日，肥后苇北郡收容了难民男女230人；八代郡收容了200人；宇土郡则收容了70人。其中不乏因为难以忍受一揆迫害逃避而来的一向宗信徒。对他们来说，他们必须根据形势，决定是随村参加一揆，还是脱离村落自寻生机。前述百姓们当藩方立于劣势时就服从一揆，一揆失败后便复归藩方的行动模式，对不能完全依靠藩方，也不能把筹码都押到一揆方面的村而言是理所当然的。战国时代有句谚语：“百姓如草随风倒。”岛原、天草地区的一般民众就是依靠战乱时代继承得来的生活智慧生存下来的。
◎埋葬了战死在天草地区的一揆和寺泽家武士的千人塚。
同时，在岛原方面，当岛原藩军的主力还被堵在岛原城中动弹不得时，他们并非一点动作也没有。在岛原三会村的杉谷，有一处藩方的米仓，该村的村民分为一揆和藩方两派。10日，藩方成功地将该处的700俵大米运进城中。于是到了12日，家老田中宗夫之子田中藤兵卫率领其父侧近金木善兵卫的弟弟金泽角左卫门、物头佐野总左卫门、铁炮大将松田半太夫、船奉行高桥弥次右卫门等数十名武士，带领一彪足轻及町人人夫再次去三会的米仓抢运米粮，但当随行的人夫擅自闯进一揆方的空房抢劫财物时，被一揆发觉。一揆军遂偷偷地从三会村的千本木出动，奇袭了这支抢米队。根据佐野总左卫门的回忆：船奉行高桥、高畠次郎大夫、入江与左卫门等五、六个武士被打死，足轻也被杀20余人，余者大败而退。根据在城的熊本藩家老山本三左卫门对本藩家老送去的报告书，岛原藩在这次运米行动中一共出动了百余铁炮足轻，其中物头有3名，正规武士约有12人。一揆方面则出动了300余人。但两方遭遇后，藩方的人夫就立即溃逃进城，正规藩军因之寡不敌众，折损甚重。从这一点，我们也可以看出岛原藩和唐津藩一样，都临时动员了大量的杂兵和人夫，且这部分占了部队相当大的比重。
◎天草四郎从天草渡海到岛原的渡口。
13日，根据以上山本的报告，一揆方面开始袭击站在藩方的安德村，打破了该村的粮仓并放了一把火，导致安德村的村民纷纷逃向岛原城。山本的报告还提到，当安德村遭到一揆袭击时，另外一股一揆出现在城西北方面，三左卫门认为这是从三会村出击的一揆众，城中武士都认定这股人马是来摸城的，急忙点起兵马去迎击。一揆见城方有备，入夜即退散而去。可见一揆的目标不止是袭击藩方的安德村村民，还包括了袭击三会村的藩兵。
三宅重利（1580—1637年）
三宅重利，通称三宅藤兵卫，生父是明智光秀的重臣，本姓三宅的明智左马介秀满，母亲是光秀的养女明智伦子。1582年明智光秀弑杀织田信长，而在山崎之战败亡后，父亲明智左马介在近江坂本城自尽。年仅2岁的重利被和明智家有姻亲关系的细川家保护起来，养育成人。后来离开细川家，出仕寺泽广高之子寺泽坚高。
他曾因义理上的姨母细川格拉西雅的影响一度入信天主教，后来因禁教令弃信，在担当天草富冈城代时严厉镇压天草岛上的教众，故而在岛原之乱中成为了教民的众矢之的。
原田嘉种（1584—1660年）
原田氏出自属于汉土渡来人家系的大藏氏嫡流，系九州的代表性武门之一。嘉种之父筑前国高祖城主原田信种随加藤清正参加侵朝战争，死于蔚山之守。嘉种继承家督后和加藤清正发生矛盾，遂被逐出加藤家，成为浪人。后寺泽广高以2000石之禄辟为家臣。虽然嘉种在岛原之乱中有坚守富冈之功，但因寺泽家遭除封而再次失业。后于1651年在幕府宠僧天海的介绍下，以2000石之禄出仕保科正之（会津松平家初代，德川秀忠的私生子），子孙遂为会津藩士。
又过了10天，即24日，身在江户的松仓胜家率领江户幕府的家臣团200余人归国，根据山本报告，因为消息说藩主近日便到，城中士气为之一振。另外根据后来投降幕府的一揆方领导山田右卫门作的供词，一揆方面风闻松仓胜家即将归城，及佐贺藩兵已抵达谏早地方唐比（今长崎县谏早市内）的消息时，大为震惊，急忙召开军议，并在会上作出据守位于半岛南端（今南岛原市）南有马町内的废城原城的决定。对一揆方来说，胜家的归国将使岛原城中军力倍增，如果邻藩援军也赶到的话，作为一揆据点的各村显然将遭到各藩镇压部队的扫荡。所以一揆方面亟需能够抵挡大规模军队围攻的城砦，而当时在半岛上唯一可以满足这个条件的大型城馆址，只有一座——原城。
于是，在岛原和天草，一揆和幕藩领主的攻守之形终于易势，岛原之乱进入了最为惨烈和血腥的原城攻防战阶段。
上使阵亡
1637年11月下旬，岛原、天草地区的动乱形势朝着对幕藩领主们有利的局面转变。天草方面一揆的进攻势头已经被遏止，围攻岛原城的一揆也从岛原撤围。而将军德川家光派来镇抚乱局的上使板仓重昌和石谷贞清，先在11月17日抵达大坂，后又于11月26日抵达了丰前的小仓。板仓重昌甫抵小仓，就命令熊本藩出兵救援正在坚守天草富冈城的唐津藩兵。并于28日在筑前的山江接见了赶来承命的熊本藩家老松井兴长，板仓要求松井等人对岛原进剿一事不可大意，并且要求他们一旦捉到天草的少年儿童，统统没商量拿火烤了。
◎板仓重昌画像
◎岛原之乱全过程示意图
板仓重昌是德川幕府首任京都所司代，有名吏之誉的板仓胜重的次子，岛原之乱时年50岁。早年他和松平正纲、秋元泰朝一同为德川家康重用的“近习出头人”。16岁时恰逢大坂冬之阵，他作为家康的军使单刀直入大坂城，不辱君命，自而声名鹊起。1624年，他继承父亲遗领11850石，成为三河深沟藩主。虽说此人很有能力，但毕竟是个食邑仅万石的小大名，据说很多人因此对这一任命人事大表异议。《常山记谈》中提到当时担任幕府目付的大剑豪柳生宗矩在听说板仓担任征讨上使且已经出发时大吃一惊，连忙跟着赶到相模的川崎，见赶不上板仓，便折回江户，登城极谏。他强调此次起事是“宗门之一揆”，极其顽强，非重昌之辈能够镇压的。当时幕府众多“离退休老干部”中的第一号喷子，《三河物语》的作者大久保忠教也不会放过这个批评幕府的机会，幕府老中酒井忠胜来咨询他的意见，他便直截了当地表示：第一、即便是百姓，如果大势麇集，且又占有地理优势，便不是内膳（板仓）和十藏（石谷贞清）这样的小家伙能够对付的。第二、这样的小角色究竟指挥不动西国的外样国持大名，必须派遣尾张德川义直、纪州德川赖宣、水户德川赖房等御三家当主之一为上使，以松平信纲和堀田正盛这样的老中为目付（监察），方能指挥诸军如手足。此人还在城中大发牢骚，说世运已经尽了，让“小东西”们来当军奉行、御目付，能立得了什么功？结果在场的酒井忠朝（忠胜长子）就很不客气地回敬道：“那您老16岁初阵时，在长筱之战中奇袭鹭巢城时的先登之功是自吹自擂的啰？”噎得老头当场没昏过去。
◎大久保忠教（1560—1639年）画像，他是德川家臣大久保忠员的第八子，跟随其兄大久保忠世、忠佐历经战阵。在宽永年间当然成为了不折不扣的“老同志”。
这样的故事虽然很有趣，但也可能是事后诸葛亮们编撰出来的。幕府在接到岛原一揆爆发的初报时，幕阁决策层恐怕是完全低估了一揆的战斗力，以为这只是单纯的百姓作乱，所以才派遣了俸禄虽轻但有才干的板仓。11月11日，日后作为征讨副使的美浓大垣藩主户田氏铁在给细川忠利的书信中这样写道：
“关于这次松仓领百姓干出的无法无天之事，不知尊意如何？我认为把地头和百姓一同处以流刑或死罪，肯定能够迅速了结。板仓内膳和石谷十藏大概能够立即完事归来吧。虽说是贵国近边的事情，您的心情可以体察，贵藩府之众的想法很周到，将军大人的心情也很好，实在是可喜可贺。”
从这封信中可见户田并没有把一揆当成什么难以对付的敌人，基本可以一蹴破之。直到11月12日天草暴动的消息传到幕阁诸宰臣的耳朵里，他们才意识到事态非同小可，急忙开始正式调遣军队前去镇压。14日，幕府命令肥后熊本藩细川忠利、筑前福冈藩黑田忠之、肥前佐贺藩锅岛胜茂、福江藩五岛盛利、筑后柳川藩立花宗茂、久留米藩有马丰氏、丰后日出藩木下延俊、臼杵藩稻叶一通、冈藩中川久盛、日向延冈藩有马直纯等大名速派藩世子或兄弟归国主事，观察天主教动态。另外命肥后人吉藩相良赖宽、日向饫肥藩伊东祐久、高锅藩秋月种春、丰后森藩久留岛（来岛）通春及当事者之一的唐津藩寺泽坚高等大名速速归国。此外，11月27日，幕府终于另派老中松平信纲、美浓大垣藩主户田氏铁二人下赴九州，代替领导威信明显不足的板仓二人指挥全局。
当幕军镇压部队的脚步声日渐逼近时，一揆根据大将天草四郎之前的决定，于12月1日开始退守原城。一揆将各村所蓄的粮米全数运入原城城中，并且还把岛原藩屯在口之津的5000石米也搬入城中，天草四郎本人则于3日进城。接下来的两天，岛原一揆方的男女开始争先恐后地拥入城中，并在7日和8日修补城池，使这座废城足以进行防守。9日，天草方面的一揆众2700人也进入城中，除1艘30挺橹的关船被保留下来外，其他所有的船只都被拆毁，木材都用在了修筑城池上面。据说全部守城男女达到了37000人左右。
◎参与镇压一揆的九州诸大名
一揆军据守的原城，别称春城，是在一座三面临海，全长约700米，最大宽度约200米的丘陵上修建的平山城。传说该城是有马氏家谱上的八代当主（世代不一定正确）有马贵纯在日本明应五年（1496年）始建的，但是根据有马家谱《藤原有马世谱》的记载，贵纯死于明应三年（1494年），如果这个记载可信的话，刚才提及的那个传说便立不住脚。该城的规模在长崎县战国期500座城郭中属于最大级别的那种，甚至可以和有马氏的本城日野江城匹敌。所以说，在战国初期，有马氏无论是在筑城技术上，还是人力财力上都不足以修建这样的大型城郭。笔者认为该城的始建可能在天文年间，即有马氏极盛期的晴纯时代，甚至可能更往后。这时有马氏已经基本将岛原半岛控制，势力扩展到肥前彼杵、杵岛、藤津诸郡（《历代镇西要略》），将这些地方的土豪纳入势力范围，自然具备了足够的人夫修建大规模城池的条件。岛原一直是有马氏领内的重要支城，根据耶稣会士的报告，该城在有马晴信主政岛原的晚年得到了大规模的翻新和整修，传教士马德乌斯·科洛斯在1603年10月6日的一封书信中提到：
“他（晴信）如今因修建新城而非常繁忙。因为新城比起现在所住的地方更好，为防御起见也是最为适当的场所，便想移居那里。”
次年11月23日陆若汉（Joo Rodrigues）的一封报告又提到：
“城的工事大抵完成，届时搬过去的家臣们的家也大抵建好了，我们也拥有了在适当时候可以搬迁到那儿去的场所和家，还得到了搬迁教会所需的费用。……大人若搬迁到新城，我们也同样搬。”
后因1605年的一次大台风破坏了原城新建的建筑和住宅，他们才没有成行。可见扩建后的原城完全是按照大名领国本城的标准修建的。据近年的考古研究，该城在松仓氏入封后虽然名义上已经成为废城，但是依然保留有大量的原有建筑。根据这点，我想引用三重大学教授藤田达生在《战争与城》（历研会、日研会编制的，东大出版社2004年版的《日本史讲座5近世的形成》）一文中的一段话：
“为响应幕府的城郭政策（指一国一城令），各藩都掌握着各自领地的‘古城’，其中虽有作为藩祖圣地而加以管理的运行模式，但也有在紧急情况下，稍微修理便可作为要塞的运行模式。以下便举个典型例子。以尾张藩为例，作为在遭到别国侵略时的防卫策略，藩厅绘制了小牧山、清洲、末森、小幡等中世以来‘古城’的城绘图。另外‘古城’这一称呼，也被指出是顾忌到了一国一城令。各藩对古城进行了养护。事实上，它作为城郭也发挥着作用——如伊势田丸古城、越中鱼津古城等。这样的情况贯穿整个近世，全国到处都有，除‘古城’外，还有‘土居’（土佐藩）、‘所’（仙台藩）等各种称呼。”
◎天草四郎
◎从上空俯瞰原城中心部分
所以说，原城名义上虽是废城，但实际上它不但没有受到破坏，还很可能被松仓家作为战略要地而保护了起来。故而一揆军占据的原城，恐怕并非人们以往想象的那样，是座光秃秃空无一物的古城遗迹，而应是一座经过简单的修整就能发挥巨大作用的大型城郭。
12月3日，到达了神代的板仓重昌以及石谷贞清两位上使当日便发布了军令：禁止没有命令擅自行动，诸军“乱暴狼籍（即抢夺扰民）”；误伤友军要予以处罚等常有的条令。此外，还要求镇压部队尽量不要对城中的妇孺出手，只要没有明显的敌对行为就禁止杀人；城中居民只要越城投降，就予以赦免。他们明白，城中有不少人是因为村落共同体决议参加起事才被裹挟其中的，甚至有些是因为躲避战乱不得不进城的（这是战国时代常有的惯习）。从之后的战斗城中“落人”频生的情况来看，两位上使的观察基本是正确的。一揆的领导人基本上是天主教浪人武士以及各村的庄屋们，在他们之下的一般村民也并不一定都是因为强烈信仰而守城的。从原城发掘出来守城一揆遗留下来的各种遗物中，有将铁炮的铅丸熔化后重铸的简易十字架。这些十字架是从被发掘出来的死者遗骨周围发现的，认为它们是配发给一般战斗员的护身符大致应该没错。当然我们可以认为在笼城时自然有没有携带十字架的士兵，以及在城中的布教活动中第一次得到十字架的守城者。后文还要提到，一揆方面的指导者一直没有放松对下层战斗员的监视。
◎长崎县境内江户时代幕领诸藩领示意图
6日，完成了集结的讨伐军从岛原城出发，松仓胜家之弟松仓重利因为熟悉地形，遂带领1500人出发充任先锋。对镇压一揆摩拳擦掌，跃跃欲试的佐贺藩锅岛家早在3日上使下达军令时便做好了准备，现在既有命令，立即以藩主胜茂的庶长子锅岛元茂（后为肥前小城藩主）和五子锅岛直澄（后为佐贺支藩莲池藩祖）为藩主代理负责总指挥，实施总动员，凑起3万余人的大军助阵，并于4日到达岛原。8日，对岛原城中的指示布置完毕的松仓胜家也率岛原藩兵主力出发，一边烧毁加入了一揆的诸村百姓的空房，一边进军。
◎从原城遗址中挖掘出来的小十字架，这些小物件多是用铁炮铅弹改铸的。
10日，讨伐军开始包围原城，围城诸部用佛郎机、大筒、铁炮等火器朝城内开火。从佐贺藩家老、多久领主多久茂辰打给江户藩邸的报告可知当日的战况：
“由于岛原一揆已经尽数离村，结集至原城，松仓殿所部千余人及当家的部队，加上千千石和岛原的部队，共计3万余人。根据两使的命令，自昨天起开始迫近城池，首先以铁炮攻击。守城者无论男女总人数约为2万，其中约1000人是从天草来增援的。铁炮数七八百支，但貌似缺乏弹药。因为彼等好像是选择了最熟练的射手射击，时时开火，弹无虚发。故伤者极多。因有用竹木构筑工事的指令，故已做此准备。虽说无论从何处夺城，都是易如反掌之事，但因为没有许可，只能干瞪眼，何事亦不能为。不过，只要有指示，想必一两日内就能攻下。因此，我想立即就会有喜报传来，请将此旨向主公报告。”
◎藏于柳川市古文书馆的《岛原御阵图》，描绘了幕军包围圈的部署。
虽说大概是为了讨好上面，多久的报告充满了盲目的乐观态度，但我们还是能从中看到些真实情况，虽然围城部队的火力猛烈，但是城中的射击也是又狠且又准。根据一些参战将士的回忆，佐贺、岛原藩的部队在首日的对射中便有人被打死，士分以下的人夫杂兵负伤者甚多。
12日，佐贺藩兵靠近城壁，用佛郎机和铁炮朝城中射击，城中的一揆也早有准备，猛烈应射。佐贺军试图抢先入城，取得首功，人人奋勇冲突；一揆方面则待他们靠得近了，再密集开火，一时毙伤敌兵百余人。此时的多久茂辰仍持强攻意见，向板仓上使提出了乘敌城郭未坚，一举强攻而下的建议。但板仓这时还比较冷静，认为这只会白白浪费士卒性命，在条件不成熟的情况下强行攻城不合将军旨意，因此指示佐贺兵要充分准备好竹束排和木盾等防具，在条件充足的情况下才进攻。佐贺藩无法，才紧急指示速从谏早、神代等地调集竹子和木材，准备急造简易土木工事。但是这压根就来不及，只得向上使申请开伐有马当地的林木。即便材料齐备，佐贺藩兵也必须在阵前冒着被一揆的弓矢狙击，被铁炮射中的危险修筑工事。白天不行，那就晚上赶工吧，谁知他们一有动静，城墙上就掷下松明为照明，接着就射来火烫的铅丸，佐贺藩在几日内就这样被零零散散地放翻了一批人。到了18日，佐贺军终于在城前构筑了4道作为攻击出发阵地的堑壕，在本阵则搭建了放置有佛郎机的井楼。根据熊本藩给上使的报告，佐贺藩兵隔着三四町的距离，拿着小铁炮朝着城上零零星星地放枪，压根放不倒一个贼徒。
这一天，柳川藩世子立花忠茂和久留米藩世子有马忠乡（后改忠赖）各自率领本藩部队赶到战场后，上使重新安排了讨伐军的阵局，东之浜由柳川藩布阵，然后依次是岛原和久留米，佐贺藩则在大江浜布阵。新来的两位世子都是第一次上战阵，并且想必是知道这样的机会今后不会太多（事实上是不曾再有），所以都想着怎样立下武名，光耀门楣。立花忠茂有个被丰臣秀吉赞誉为“刚勇镇西第一、忠义镇西第一”的养父，因此他的压力大过其他人。彼兵一进东之浜的阵地就立即大挖堑壕，立起防弹的竹排，并且碰上个弹丸大的功劳也要抢。于是闹出件让人哭笑不得的事情来。柳川藩的阵地旁边靠着岛原藩的堑壕，刚巧两家阵地中间就横着两条被打死的一揆倒霉鬼，岛原藩的人手脚快，索索地就把两具尸首往自己这边拖，届时好拿脑袋去报战功。城上敌兵望见了下面有人露头，拿枪就赏给铁炮大子，拖尸的士卒拼着老命把两个肉粽子拖到阵地里。但是当下柳川藩就来人了，说这两个粽子是城方出来夜袭我们给拍死的，快快给我吐出来。岛原藩家老冈本新兵卫把这个事报给了松仓胜家，松仓胜家便把柳川的使者喊来询问，听完了就说：“两个尸首死在两家阵地正当中，究竟给谁打死的没有明确的证据，我想是黑灯瞎火的时候凑巧摸死的吧。尽管是这样，我们也不贪两个脑袋，只不过光天化日之下这大刹风景才把它们拖进来。如果贵藩要这两团肉，将去也无妨。”立花家的使者听了便闹将起来，说这有证有据是我家打死的，你们居然想把我们的武名黑掉，这怎生能依。新兵卫急忙出来圆场，说你怎么想都行，快快把粽子搬回去吧。柳川藩使便说好啊，请你们帮我搬。新兵卫便开始装傻充楞。使者没有办法，只得自己喊人来搬去。武士这玩意在有些方面倒很像黑社会暴力团的混混，为了名誉面子，就是些许的事也会闹到面红脖子赤甚至拔刀相向，稍不慎就会搞出内讧的闹剧。整个岛原之乱中，幕军内部为了争功名互相动刀动枪的情况就不止一次。
◎柳川藩二代藩主立花忠茂，宗茂的养嗣子，父亲为宗茂的弟弟立花直次（高桥统增）。
13日，幕府又以长崎奉行榊原职直和马场利重二人的名义派遣水军封锁岛原的海路，要求熊本藩派出军船负责有马方面的警戒，因为海岸水深太浅，船不能近岸，所以无法用一般铁炮向城内射击，所以希望能派出搭载着大铁炮、抱筒之类有较强火器的船只。细川家在接到命令后，便派出船只30艘，搭载铁炮头10名，马回10名以及大铁炮的能手21名，足轻400名，大小铁炮430挺，对有马地区的近海进行警戒。
由于战况一直没有进展，到了19日，板仓重昌终于按捺不住，下令攻城。当日半夜，诸藩的围城部队一齐发出呐喊，火器齐射，以震慑和扰乱城兵。板仓计划在拂晓时分，首先佯攻城侧面的松山出丸，吸引敌人注意，然后再乘机攻入正面。松山出丸又称天草丸，负责佯攻的是佐贺藩飞地谏早领的领主谏早茂敬。佐贺军在拂晓时，以百名足轻为先登，攀上围满了栅栏的出丸峭壁，城兵发现了底下的动静，用铁炮和石块还击。经过浴血奋战，佐贺军以战死94人的代价夺取了松山出丸，并且树起了旗号。因为谏早部伤亡较大，佐贺藩武雄领主锅岛茂纲向谏早茂敬提出用武雄兵替下谏早的部队，茂敬不答应。茂纲只能派出200援兵。但是一揆的射击依然相当猛烈，杀进松山出丸的佐贺军在弹雨中进退维谷，死伤相继。一揆有马地方所有特制的铁炮有效射距达到2町之远，并且一揆众的射击技术也颇高，每5发子弹就能打倒两个敌人。谏早家的重臣10余名为此阵亡，270余名士卒死伤。最后，谏早茂敬听从了上使退却的命令，将部队撤回了山麓。
另一方面，柳川藩兵则对三之丸发动了攻击，他们以立花（由布）惟与组为先，十时惟寿组继后，奋勇前登，但是在一揆军密如雨点的火力打击下一样也是死伤惨重，立花惟与和十时惟寿两个大组头也负了伤，死伤将士在450人以上，其中上级武士阵亡大组头立花（米多比）镇实、佐田成景以下12人。至于在柳川藩阵地一侧的岛原藩兵却缩在壕沟里坐观柳川藩兵拼命，这倒不是松仓胜家记恨前两天的两个“肉粽子”被吃了，而是上使没有对他们下达出战命令。岛原藩因此只能束手旁观。几个岛原当地的一揆兵摸上城头，见岛原藩兵都缩在壕沟里奉命打酱油，便大声嘲讽道：“你们就用收租子时，把人捆进水牢严刑拷打那种气势来打打这座城呀。眼睛里长点记性！今天用尽什么法子也攻不下来吧，你们这些下流没胆的东西！”板仓总算下令岛原藩兵掩护柳川兵撤退，并派遣直属部队支援，但是一揆方炮石如下雨，岛原藩士奥田左京战死，负伤者甚多。板仓重昌见强攻不能得逞，只得一方面继续收紧包围圈，一方面下令多建井楼，并且把堑壕向原城外郭线一侧推进。根据这个精神，佐贺藩填埋了二之丸北面的沼泽地，在上面构建野战工事，并且还挖掘地洞到护城水堀下方，将水放空。
◎岛原御阵图中的柳川藩布阵，A为十时惟昌组，B为立花镇实组，C为小野正俊组，D为矢岛重知组，E为立花惟与组，F为十时惟寿组，G和H分别为立花宗茂和忠茂的本阵。
◎原城的天草丸
19日幕府军的总攻，除了徒然地损兵折将，没有收获任何战果。一揆的指挥者都是专业的浪人武士，指挥有序，巧妙地击退了卤莽来攻的幕军。一揆军不但使用铁炮，还用投石狠狠地打击了幕府军。根据攻城武士的目击，一揆军一线的男子用铁炮和石块迎击讨伐军，女子则帮忙搬运弹药和石块。可见守城的一揆将整个城的非战斗人员都动员了起来。下面我们就根据俘虏和从城中逃出的胁从者的证言，来看看原城中的实际情况。
◎一套完整的“铁炮”（即火绳式滑膛枪）及其用具。上排左一是放置装具的皮包“胴乱”，其余是火绳，下排右端是弹丸袋，中间两个小壶是火药容器，旁边放置了铅丸，左端的木排是丈量距离用的间尺，这支铁炮是德川家康的亲用品。
12月24日的夜晚，佐贺锅岛军的阵地里来了个十七八岁的守城者，他是由于城中缺柴薪，出来拾柴火时被捕的，同行的人都逃回了城中。此人系天草上津浦人氏，和双亲及三个兄弟一起守城。守城的同乡约有600名，他被编入以其家乡命名的“上津浦组”。他供称从海上警戒船只射来的炮弹给城中带来了很大的伤亡。同日又有一人向久留米藩投降，他是北有马村一位名叫北村雅乐丞的62岁老人，是个密教信徒，只是因为不从洋教就要被杀才被迫改宗进城的，他与自己的妻子和30岁的儿子一起守城，后两者都铁了心信奉上帝，他才抛妻弃子逃出来的。其供词称：
“城中有男女16000～17000人，其中能战者约有7000人，兵粮足够支持到来年正月，每人一日可分得4合米。柴火很缺。原来穿具足，骑马者有6～7人，现在只有宇土的（天草）四郎的父亲甚兵卫一人穿具足，好几次插着几种颜色的旗帜在城中发号行令。城壁前设有二重土墙，土墙间填有岩石，土墙内侧掘有堑壕，人藏身其中，铁炮弹丸便不能透。水源自4～5日前便断了，昨日一场雨后才稍解其急。从天草来的人员则在西出丸。所有土墙后方的守备都已作安排，各人各自固守各自分配的地段，不得外出增援它处，而以100名浮军专司救援之职。船上射来的铁炮造成的损失很大，阵小屋亦是重修的。山侧大筒射来的炮火每天都能打死打伤3～5人。”
◎攻城用望楼的复原模型。
雅乐丞还谈到，总大将天草四郎在本丸坐镇，自守城战打响以来只见到过一两次。四郎在本丸建立了教堂，对守城士兵进行宗教煽动和传教，他一般不负责实际指挥，实际指挥作战的乃是岛原的画师右卫门作（即前文提到的有马旧臣山田右卫门作）以及岛原的浪人忠右卫门（芦塚忠右卫门）。根据熊本藩战后发现的文件，城中的军法基本如下：
“一、本次守城之人，尽管多是背教犯罪，来世不能得救的人，由于天恩罔及，仍许你们参加守城，众人都要感恩戴德，好生奉公。
二、不只有祈祷、绝食、受鞭等才是善行，城内的改修，对异教徒进攻的防卫战一样是对上帝的御奉公。
三、今生只是须臾之事，对于守城者而言生命尤短，每天应专心于忏悔、礼拜、祈祷等事。
四、如果有违背我们的意见而恣意自为的亲人朋友，当本着亲爱之情加以提醒劝谏。今天在这里守城的诸人，到来生都能成为朋友，故应服从指导。
五、不可略有大意懈怠，尤其今天是四旬节，谨慎奉公更是紧要。若发现你们的防御态势有所松懈，就是很大的过错，应严格落实到底层。
六、据说很多底层的人以砍柴打水为由逃出城去，应严查此事。”
另外又据久留米藩世子有马忠乡得到的情报，四郎每天都会派遣2～3次使节宣谕守城者：“诸位都要牢守自己的阵地，这样的话便能升天享福，懈怠者则会堕下地狱。”有马忠乡对此表示不能理解：“靠说这种话就能守住城？真是可疑至极。”出生在关原会战后的忠乡，自然不能体会乱世时宗教所具有的神秘号召力。这让人想到当年石山合战 中一揆一向以“进者往生极乐，退者无间地狱”的口号拼死作战的情景。天草四郎无疑和本愿寺的法主一样，是有着极强宗教感召力的危险人物。即便天草四郎企图用宗教来巩固人心，但历经数日以来的激战，城中伤亡也是相当的大，这从之前北村雅乐丞的供词中也能看到，北村还称城中以有马村名为北冈大膳的铁炮手身边的数十人，另外有马村中的北村的庄屋长助率领的4～5人，以及八良尾的庄屋庄左卫门所领的2～3人都有做内应的可能。再结合上文军法中所述的第四、第六条来看，说明了守城军并非都是些狂热的教徒，存在不少因为形势所迫而不得不入城的胁从者。
言归正传，板仓重昌督众军久攻不下岛原城，心情很是郁闷。俗语说福无双至、祸不单行，这时又一个闹心的情报传入他耳朵里：将军家光派来顶班的正式上使松平信纲和户田氏铁已经离岛原越来越近了。
户田氏铁11月底接到将军要他和松平信纲接手岛原烂摊子的命令后，于12月1日离开江户向领地美浓大垣进发，先做准备去了。松平信纲则带上时年17岁的嫡子松平辉纲，率军在3日离开江户。在出阵前夜，信纲在江户城二之丸向家光辞行，将军给予他向江户发送的战地报告的先览权，并且还给他几张“空印状”，方便他调集人夫和驮马。14日，信纲在京都和户田汇合。两位上使在19日抵达大坂之后，松平信纲便朝山阳、南海、西海三道的诸侯下令，调集60艘运兵的关船和十余艘载马的船至大坂。他从江户出发的时候还觉得自己是去扫尾的，但是到了京坂，在同京都所司代板仓重宗、大坂城代阿部正次等人交换过情报后，便认定此次骚动不比寻常，非自己出手不能平定。在从大坂出发前，松平信纲便从大坂的武器库中拖走了数门大炮和大炮所需的弹药，还带上了炮术师铃木三郎九郎，同时下命熊本藩速将该藩保有的重型火器移往岛原阵前。据陪伴两位上使的熊本藩士下村五兵卫21日在长门的室写给本国的书信，因为“两位大人都决心要亲临一线”，自己也须随伴左右，希望能借到一件深红色的阵羽织，送到岛原。28日，信纲一行到达了丰前小仓藩的本城小仓城下。
◎从原城遗址中发掘出来的铁炮丸。
这次上使的人事交替，对于将军家光来说，首先是希望诨号为“智慧伊豆”的信纲能够迅速把事情办妥，同时也希望这样做能够保全板仓重昌——给他台阶下，免得他办砸事下不来台。但是，板仓重昌即便身份是文职，全不谙军事，但也是一名堂堂的“三河”武士 。作为武士不能完成主君交由的使命，对武人的荣耀来说是莫大的损伤。再说，他这次面对的敌人，不是什么战胜不了，可以用技不如人搪塞过去的强敌，而是被视为土民乌合之众的“一揆”！既然大家从文中可以看到，幕藩领主的军队中也动员了大量的农民，武士并不占优势，为什么我们不能将其视为杂牌队伍呢？正如前文所述的萨摩藩主岛津家久之言：“一揆泰半是百姓，多少添点浪人，即便总数有个三五千，总归没有像样的大将。”因此，以当时的标准来看，是否拥有“像样的大将”是衡量一支武装队伍究竟是正规军还是草莽“乌合之众”的标准。关于这个概念，18世纪长州藩支族岩国吉川家士香川正矩所编撰的《阴德太平记》做了很好的诠释：该书就本文第一节提到的爆发于1587年的肥后国人一揆作了如下记载：
“即便丰前、肥后两国之敌所据守的城池被呼作‘一揆之城’，但并不意味是土民在守城。尽管守城的皆是国人（在地武士领主），但未有堪为一国大将的领导者，皆是各沿私意而守城，故人们呼为‘一揆’之城。”
出身旧室町幕府政所执事伊势家庶流的幕府御用故实家伊势贞赖在其著作《宗五大草纸》中也指出：
“武士本来应服从主君的命令，和自己的亲友结为一揆的行为还是不做为妙，正如‘小人结党’的古谚，恶徒等结为徒党，蹂躏正义，害恶甚大。结为一揆之事只限于战时等非常时刻。”
可见，尽管岛原乱党的指挥者无一例外全是正规武士出身，但是他们不够“堪为一国大将”的资格，所以说他们的组织自然是没有大义名分的乌合乱党。另外香川在叙述战国中的“一揆”时，居然要特别说明这是“武士”的“一揆”，不是“土民”的“一揆”，足证在江户时代“一揆”已经成为了土民百姓反体制运动的代名词。对板仓来说，身为一个堂堂的武人，身披君命，居然打不过一帮造反的土百姓，还得别人来代劳，是可忍孰不可忍！事已至此，为了“手拿弓箭之人”千金不换的面子，只有以命相搏了。何况，自己俸禄虽然远不及信纲，但好歹也是他的前辈，不能眼看着大功被一个后生夺走。于是，他便铁下心肠，决心在宽永十五年（1638年）元旦发动总攻，企图一举破城，一定要在松平信纲来到岛原之前，把这些该死的邪教土民料理掉。
经过几天的血火洗礼，参战的诸大名已经体会到了守城一揆顽强的战斗力，已经无人敢说什么几天工夫就能荡平乱党的空头大话了。再说目前的讨伐军不过四藩之众，兵不过4万，和守城一揆相比并不占绝对优势。 自然也不会同意上使的无谋强攻计划。石谷贞清后来给大坂城代的报告中辩解自己是和锅岛、立花、松仓、有马诸家通气后，得到各家的赞成才发动总攻的。但是翻开柳川藩方面关于此战的回忆录《立斋岛原战觉书》， 事情却不是这样的。12月29日，两位上使召集诸藩家老，召开会议讨论是否发动总攻，并要大家放胆说话。众人都表示：“因为各家阵地尚未修整周全，略作延期如何？”当时两位上使还说：“大家的话都极有道理，那样的话，拖个十天或二十天都无妨，慢慢来吧。”但是第2天早上，两位上使又将众家老叫来，下达了元旦总攻的死命令，丝毫不给诸藩提意见的余地。
◎位于原城本丸的板仓重昌墓碑
因为是仓促下令，既没有制订详尽的作战方案，各藩之间又全无合作之意，所以板仓寄予极大期望的“元旦总攻”事实上成了你打你的，我打我的，东一榔头西一棒槌的混乱仗。虽说预定是元旦早上一齐进攻，但是诸藩为了抢功，根本无视这个协定。有的从前夜就发动进攻，有的到拂晓才开始行动，全然没有制度可言。根据参战武士林小左卫门的回忆：到了预定总攻的时刻，板仓尽管事先向诸家通达了“号炮三发，提灯三举”的号令，但是锅岛家“老武者”甚众，他们不等号令，晚上就开始抢攻，旁边的久留米藩发现动静，也急忙跟进，生怕丢了先登之功，结果都被一揆用铁炮轰了回去。早上号令一起，出兵的只有岛原藩的队伍，他们本来人少，又孤立无援，很快就陷入了困境。尽管幕军奋力攻城，但观战的备前冈山藩士石丸七兵卫说：“城全无会陷落的迹象，土墙也没有损伤，看上去城中都没人战死。”看到这场景，板仓重昌实在按捺不住了。谁都知道，冲动是魔鬼。下面援引一段当时随伴从军的平户藩士西村武兵卫对战斗的回忆：
“寅年元日，诸军（指佐贺、久留米、岛原、柳川四藩兵）一齐攀城，自晚上开始交战，但是不能攻入城中。六刻半（早上7时）内膳正大人跳下马来。由于诸家的军队已经一并落入苦战，特别是松仓长门守（胜家）败象尤浓，内膳正大人便欲亲自下令，攻入城中。关于此件，内膳正大人要求松浦内匠为首诸方的使者一人也不得跟随，若防守长门的军队尽数战死，其阵地便准备由内膳正及其部下接替攻入。故使者们一个也没有跟随。内膳正大人在三之丸口亲自前出至竹束前方30间的地方，便战死了。他的遗骸放在梯子上被抬了回来。”
◎一揆的战斗序列
根据细川家方面的记录，两位上使大摇大摆地走到城下，手中挥舞着军扇，督促各军进攻，但就是没有一个人听众他们的指挥冲上去。这两位身穿着显眼的阵羽织，头戴着有华丽兜前立头盔的“大将”在阵前晃来晃去实在太扎眼了，笨蛋都看得出他们是两尾大鱼，于是城上的某个神枪手便果断地手撸一炮，把正在激愤不已的板仓上使当场狙翻了。时在江户的名僧泽庵宗彭给细川忠利的信中写到，他在江户城二之丸听到板仓的死报后，气得大骂：“板仓作为上使却如野猪武者一般争先攻城？攀城给打死了？荒唐孟浪，岂有此理！”
这样，幕府军的元旦总攻再一次被守城一揆挫败！根据熊本藩《细川家记》忠利谱，幕军在此次总攻死伤约3800人（关于这个数字诸书有不同记载，出入很大）；而据说一揆方只战死了90人。另外，正率熊本藩主力在天草岛上扫荡一揆残党的熊本藩世子细川光尚虽然在12月31日接到了前往岛原的命令，却没来得及前往。但在岛原诸藩兵中担任联络员的熊本藩士却参加了总攻，结果死4人，伤53人。光尚在1日得知败报后，立即于2日率领8000人的先遣部队渡海到岛原，在原城三之丸前布设攻城阵地，以加强包围阵。细川忠利当时正在生病，但也不得不抱着虚弱的身体赶往战场，并在1月26日到达原城阵中（原因后述）。
尽管幕府军付出了不小的代价，但原城依然屹立不倒！因此，战斗仍将继续下去，原城的一揆众毕竟是在以一隅抗天下，虽然他们依靠顽强的意志力暂且抗住了幕府军的头三板斧，但是幕府的援军即将赶来，他们却没有希望能够得到更多的支援。更重要的是，他们即将面对一名以冷静和多谋而知名的新上使。一揆方已经没有机会依靠敌方指挥官的愚蠢决策而取得战果了。
◎松平信纲
上攻伐谋
宽永十五年正月3日，正当松平信纲和户田氏铁即将抵达岛原城时，石谷贞清就元旦总攻呈至给江户幕阁大老和老中们的略报也刚好传到，二人展书一读，只见上面这般写道：
谨报：先于此敬祝新春吉祥。今日寅刻（午前4时），我军进攻吉利支丹一揆聚集之有马城（指原城），板仓内膳正为节制诸军，四处奔走时为铁炮击中，身负重伤，当即死去。诸军虽然奋勇作战，但是各部先锋死伤皆众，为此今日未能破城。诸军已经各自退回营地。职等也略有受伤，未能奋勇作战，真是遗憾至极。另外详细的情况将在稍后立即报知。
正月元旦
石谷十藏
松平甚三郎
井伊扫部头（直孝）大人
土井大炊头（利胜）大人
酒井讃岐守（忠胜）大人
阿部丰后守（忠秋）大人
1596年10月30日，德川家臣大河内久纲的次子——松平信纲诞生了。松平信纲，幼名长四郎，江户前期的重要幕臣。1601年被过继给叔父松平正纲为养子。1604年被任命为秀忠嫡男竹千代（家光）的小姓（近侍）。1611年行成年式，1620年得禄500石，1623年进小姓组番头，增禄300石。7月从家光上京，叙任为从五位下伊豆守。之后官运亨通，到1633年担任幕府老中时，俸禄已为3万石，成为武藏国忍藩藩主。1634年再次从家光上京，叙从四位下。1638年因镇定岛原之乱有功，加禄3万石，转为武藏河越藩主。家光死后，成为4代将军家纲的重要辅臣之一，1662年去世，其子辉纲继承了他的位置。
信纲素有行政干才，多智谋，人称“智慧伊豆”，深得将军信赖。在家纲时代，他果断明快地处理了1651年浪人军学者由井正雪的谋反事件及1657年发生的明历大火。执河越藩政时成功改建了河越的城下町，重修了河越至江户的水陆通路，主持开削了今天的东京居民亦受益其中的引水渠“玉川上水”和河越地方的“野火止用水”，巩固了幕政和藩政的基础。
这真是份够厚重的新年大喜利！直看得松平信纲头冒冷汗，虽然他早知道这次的对手不会是省油的灯，但实在没有想到事态竟然已经恶化到了这个地步。在原城围城的都是些外样大诸侯，这下在他们面前捅出这样的大篓子，幕府的面子往那里搁？信纲也顾不上许多了，急忙把带来的兵马辎重交给儿子辉纲统领，他和户田氏铁当即轻装出发，并在4日抵达原城包围阵中。
◎位于大垣城公园的户田氏铁铜像，他是德川家老臣户田一西的长子。
信纲一到前线，就立即巡视各藩阵营。并且向诸将明确指出，之前战败的原因是你们轻敌盲动，觉得城里都是些土百姓。之后的作战方针就是加强包围圈，等待城中自然断粮。并且要求诸将建筑可以俯视城中的土山，各家阵营都搭起井楼，在各军阵前铺上宽5间的通路。另外在5日布达给各藩在阵家老的下知（军令）状中，制定了如下的规定：
一、不许在各村的山中随便点火，焚烧家宅。
二、确定各自的守备范围。
三、铁炮手各姓甚名谁，必须申报。这是为了在实施昼夜无别的射击时可以寻到其人。
四、分配各自守备范围的人员建造栅栏。
五、先前的口令因为已被敌人探知，今后则问作“山”，答作“川”。
这样，信纲便着实进行了长期包围的准备，绝不轻易地下达无益的强攻指令。副手户田氏铁急着想进攻捞功名。信纲不仅明确表示反对，还提醒他，硬攻只会导致无谓的伤亡，风声传给荷兰等“异国”人知道，只会损伤幕府的威光。但是户田氏铁依然口服心不服。2月6日，根据幕府的命令（详细后述），时年已71岁的宿将、柳川老藩主立花宗茂抵达原城阵地，细川忠利立即去请这位老前辈协助熊本藩攻打三之丸，宗茂到城下看了一圈，大摇其头，当即表态此城不是一下子就能打下来的，胡乱进攻只会徒然导致伤亡。这和将军的意思相左，目前坐等城中吃光兵粮最好，不必急着进攻。在旁的户田氏铁听到了，便顶了一句：“干嘛不能马上打？”老将军毫不客气地回敬了这个无礼的愣头青副司令：“你们这样的小鬼是不晓事的”。
略有作战常识的人都知道，碰上一座守御完备，但孤立无援的堡垒，与其硬来，还不如深沟高垒，等待城中弹尽粮绝。毕竟，幕府方以日本一国之力，不愁调不到补给。但一揆的处境则如同瓮中之鳖，完全没有能够得到外来支援和补给的可能。
一揆方面见攻围的幕府军停止了强攻，就开始大力补修交战中损坏了的防御设施，为此围城幕府军搁置的一些竹子木头等工事用材，经常会突然消失不见。城中的教徒在城下枪击稍稀时便会露出头来，朝着幕府军营地大声嘲笑，说近来“有马将军益田四郎大人得了头痛，觉得你们打不死半个人的铁炮哔哩叭拉作响甚是烦躁，还是消停消停吧。”松平信纲听闻城上有人说话，便遣人去问：“你们做出这等事，是怨恨将军大人，还是怨恨地头（指岛原藩主）？”有人答道：“我们对将军大人和松仓大人都没有恨意，起来造反就是因为数年来你们欺辱并杀害了基督徒。”12日，城中更射来一张矢文，上说：
“我们既不是对将军大人有意见，也是是对松仓殿有意见，我们只是为了宗门而战。如果怜悯我等的话，就承认我们的宗门吧！难道你们不觉得这实在是出色而伟大的宗门吗？不是无论你们怎么进攻，最终都是城方得胜吗？你们各部即便朝着我们放枪开炮，城里不还是一个人也死不了伤不了么？请承认我们的宗门是伟大美妙的宗门吧。”
◎筑后柳川藩祖立花宗茂，出身大友氏庶流，因武勇而被丰臣秀吉提拔为独立大名，侵朝时隶属小早川隆景第六军用参加过著名的碧蹄馆之战。关原之战因参加西军一时失去领地，被德川秀忠再次起用，并且恢复了旧领。冈谷繁实《名将言行录》中称其“为人温纯宽厚，有德不骄，有功不夸，用人由己，从善如流，远奸臣，禁奢侈，抚民以恩，励士以义，故士皆乐为之用，其用兵，奇正出自天性，故战必取，攻必克”。
在19日一揆写给细川忠利的一篇矢文中还提到：
“关于四郎大人的事，并非我们这样的低贱之人可以开口描述的，这里谈一下只是为了回答你们。说来不胜惶恐，四郎大人生来便是才智兼备的天使，非我等凡人思虑所及。若只是生在今生今世，我们也不会去背叛将军。如果在太平之世中出了背反将军的谋反人，而命基督徒去讨伐的话，我们捧上性命也会为将军尽忠奉公，这决非诳言。就现世之事，基督徒们时常有此觉悟。但本次之事是为了来世后生，故在这里听从天使的命令，一步不退，只愿来生可得安稳。”
◎一揆使用的军旗，据说为山田右卫门作所作，上面写着：礼拜最可崇敬的秘迹。
这种在现世服从世俗统治者，为来世则要忠实于信仰的思想，并不只见于基督徒。现将时间拨回到15世纪70年代的战国初叶，文明六年（1474年），加贺（今石川县）国守护富樫幸千代和其兄原守护富樫政亲的矛盾达到了白热化，守护家臣和加贺住民都分裂为两派互相争斗。当时加贺的本愿寺门徒参加了政亲一方，将幸千代派逐出国内。这便是日后夺取了当国治权的加贺一向一揆之最早发端。对此，当时的本愿寺法主莲如表示：“一般来说百姓身份之人反抗守护地头等统治者虽然违背正义，但这是因为其守护富樫幸千代迫害信仰。以信仰为由向统治者造反是合乎道理的。”天主教和真宗的法门本是风马牛不相及，在岛原当地还存在严重的对立，但是两种宗教关于对信仰迫害对应的看法在此处却惊人的一致。根据前文所述渡边小左卫门的供词（见第2章），一揆的指导者中有某广岛浪人之子，是“一向坊主”出身，所以说一揆方面的这种思想是受了此人的影响也不一定。但从大处着眼，可以认为守城一揆的坚定意志恐怕并非是对天主教本身教义的墨守，而是一颗希求来世的信心。对彼岸乐园的追求，乃是世界三大宗教的一大共通点。只有通过有强大精神影响力的人物所制定的约束，才能驱使城中没有天主教信仰的胁从者为自己效力。
1月11日夜，板仓重昌战死的消息传到江户后，幕府立即命令熊本细川、柳川立花、久留米有马、佐贺锅岛及岛原旧领主日向延冈藩有马家等大藩的藩主本人亲赴战场；命令筑前福冈藩主黑田忠之速发援兵；另外还让丰后日出藩主木下延俊、臼杵藩主稻叶一通、冈藩主中川久盛立即回国待命，因为丰后曾是天主教大名大友氏的旧领，也是原耶稣会日本管区的一个重要据点。所以必须加强该地的监视，防止天主教分子两相呼应的局势出现。到1月中旬，西国诸藩的部队开始陆续向原城战地集结。但是松平信纲依然不急于攻城，仍然深沟高垒，养精蓄锐。他还从京都和大坂召来商人，让他们到各阵地去出售食物和各种用品，分配给围城各藩部队。1月14日，信纲颁布了阵中军法：
法令
一、本次为处置吉利支丹徒党，遣吾辈到有马阵前，若无我等二人之军令，不得私自攻城及别作行动。
二、严禁争吵起衅。
三、不可有强买物品的粗暴之举。
四、在阵中禁止互相索要逃兵逃夫。
五、在营地中应严密注意火烛之事，
另外，马夫不可擅离职守。
六、每有指示不可有玩忽懈怠，应迅速严格执行到基层。
七、阵地上如有希望参战的诸国浪人前来，可在家臣一致同意下，命其不可违背军法后，予以采用。
应严守以上诸条
宽永15年戊寅正月14日
户田左门
松平伊豆守
◎岛原合战图屏风，描绘了筑前秋月藩主黑田长兴率军从主城开赴岛原战场的场景。
另外18日，信纲又对诸藩部队下达指示，规定各藩关于军事一定要事先协商，不许擅抢头功。工事构筑以栅栏为第一，土山为其次。应注意阵地的警戒。另外还下令将铁炮丸的材料从熔点较低的铅改成铁，防止城内回收后能够比较方便的重铸。因为岛原藩本城中贮藏了大量的火器和火药，信纲则将其分配给各藩，熊本藩便分到了1门石火矢，及50发六百目弹丸，100发五百目弹丸，50贯目火药。根据熊本藩士对本国的报告，我们可以了解当时包围圈内攻防的基本情况：
“土山已经完成，昨夜才开始搭建的井楼也在今天完工了。我立即登上井楼一看，城中的三之丸可尽收眼底。虽说城墙内10间以外的地方便看不到了，这也是因为距离太远而看不清。石火矢、大筒在土山下的工事中瞄着城墙射击，将其打破，但土俵坚固之处则不能破坏。再加上墙内侧挖有壕沟，挖起的土则垫在墙内侧，故躲在其中的人未受伤。在三之丸，人都缩在墙侧，另外看不到人走动的迹象。恐怕他们已经有了从二之丸出来防战的决心吧。二之丸盖满了屋子，看上去已经没有了空地。另外从海上望去，到处都挖了壕沟，不用说，都连着土墙……”
2月初，预定布置在攻围阵前沿的各大名军队以及藩主本人基本到位，其中最早到达原城的大军团佐贺藩锅岛家的达30000余人，但是其中正规武士不多，作为夫役和下级兵士的农民占了大多数；福冈藩黑田忠之及分家秋月藩黑田长兴、东莲寺藩黑田高政的部队达15000人；久留米藩有马丰氏3000余人；柳川藩立花宗茂约2000人，唐津藩寺泽坚高约2000人，岛原藩松仓胜家约500～600人；作为武藏忍藩藩主的松平信纲约有1500人，户田氏铁的大垣藩兵则有3500人（但据细川忠利的观察，信纲兵不满千，户田不过2000余人）；熊本藩细川忠利本家加上代替隐居的老藩侯细川忠兴出征的忠利异母弟细川立孝率领的肥后8代领（忠兴养老料地）部队，约有30000余人，并且正规武士比例较高，可以说是攻围军中战斗力最强的部队。值得一提的是，另外还有大批的浪人 参加了各藩的军队，对这些下岗人员来说，再就业的机会就这一次了。松平信纲遵守将军家光的指示，对城池实施围困。但他并非单纯采取消极的包围战术，而是在困敌的同时，积极采用“和汉兰三国东西合壁”的“综合治疗方法”来谋求敲开一揆据守的乌龟壳。
◎参战的久留米藩主赤松有马丰氏，虽然名气不响，但也是丰臣时代以来的老将。
所谓和法，便是坑道破坏作业，最早是在1月底开始实施的。熊本藩从日向找来金矿工，让他们挖坑道到城壁下，然后在坑道内积满干草，然后开始焚烧，企图烧断墙内的木制承重柱而使城墙崩垮。2月4日，他们已经挖了21间，还有8～9间便可挖到城壁下，细川军预计在10日左右便可以完工，实施点火。但是城中发现了这一举动，于是对挖坑道，遣人下去用长枪驱赶矿工，细川军乃派铁炮手下坑，将敢于前来阻挠作业的一揆击毙了4到5人。但是城中的阻挠并没有为此停止，他们或用粪尿将点燃的火种扑灭；或派人持铁炮下坑与敌兵对射；其中最狠的一招乃是在对面的通道口点燃松叶，用烟把熊本藩的“掘子军”给熏出去了。2月13日，三之丸浓烟滚滚，熊本藩士们见之欢呼雀跃，以为作战成功了，结果坑道口一排“黑炭头”抹着眼泪捏着鼻子跑出来，大家围上去询问后才知道这群人全是被一揆点燃的浓烟给熏出来的。
◎实施爆破的大炮丸实物，如今被摆放在长崎，供游人观赏。
◎细川军挖掘的坑道口遗址
和朝的“土方子”不奏效，另有现成的“汉方良药”。“配方”其实就是坑道爆破。当时长崎奉行所里有个唐通事（翻译官）颖川官兵卫，本名陈性乾，浙江绍兴人氏，1610年左右来到日本。此人向幕府上使进言：大明有妙法，可造大号木炮，长5间，口径为3尺，火药一次要用3000斤。有此神器，破贼指日可待矣！根据细川忠利2月5日写给父亲忠兴的书信，称唐人有术，可在城基下挖洞，置入使用火药10石的神器，将本丸轰到海里去。此神器在长崎使人制作，已经完成了，但是因为爆发冲击力太大，各军得后退一里，此事很令人困扰，所以得先进行试验再说。16日事情有了下文，忠利便又向父亲去信，说唐人把大家伙从长崎搬来了，炮筒子口径2尺5寸，先装25人抬的大炮丸2个，再装药钵头大小的炮丸25个，弹药2500斤。挖洞到城下，将炮屁股插地，拖线出来点火，然后大家各退15町，届时一爆发，本丸和二之丸都能坐上“土飞机”。这个惊竦的爆破计划光字面上看就能让人起上一身鸡皮疙瘩，其实用性如何暂且莫论，城下搞这么大的动作，难道城上都是傻瓜，会觉察不出来？届时只怕事情不成，还空费人力物力，实在划不来。所以松平信纲最后还是没敢服下这副“汉方良药”。而用“配方”比较常识和理性化的“兰方药”了。至于那颗25人抬的大炮丸，今天依然放在长崎市的防波岸上，供游人瞻仰。
这副“兰方药”，就是最为后世史家所痛加诟病的借平户荷兰商馆的船只炮轰一揆之事。
◎长崎地方的荷兰人泥塑
荷兰东印度公司下属的平户商馆因为参与了对岛原之乱的镇压，在当时的欧洲基督教社会中引起了极不好的风评。但这并不是平户商馆自找的。甲比丹柯基伯克尔在1637年12月初板仓重昌下赴岛原时，只是派人到长崎代官末次茂贞那里表示希望能代笔一封对上使的问候信，并附上两瓶红酒和一些蜜饯做为礼物。出于对位于爪哇的本公司营利的立场，柯基伯克尔发自内心地希望动乱早些收场。当时长崎的大米作为军粮已经被幕府禁售了，不得不多花钱从别处调运，这让商馆开销不小。另外由于九州的大名都要负担戡乱作战的军役，向他们收账也变得困难。当时唐津藩欠着荷兰人一笔货款，荷兰人上门催要，寺泽家以“岛原战事紧”为由就让他们吃了闭门羹。当然，作为客套，柯馆长也不免对末次茂贞说了一些若要出力尽管讲，我们肯定两肋插刀来相帮之类的空头大话。尽管当时柯基伯克尔做梦都没有想到这和外国人毫无关系的内乱能牵扯到自己头上来，但是言者无心闻者有意，只要话一出口，有些结果便无法挽回了。
◎位于本土的荷兰东印度公司仓库建筑，平户荷兰商馆大致是这种建筑的缩小版。
没到半个月，荷兰人就收到了末次茂贞写来的急信——要荷兰人急送五六百斤火药到有马去。柯基伯克尔大挠其头，首先，当时平户商馆可以动员的船只只有“佩滕”（Petten）号和“戴立叵”（De-Lijp）号两艘，锚泊在平户附近的港湾河内的船坞里，余下的船都按惯例回航到巴达维亚去了，而这2条船也得出发。其次是库存的火药也所剩无几了。但是幕府既然有命令，柯基伯克尔只能派小划子将6桶火药先运到长崎去。命令又接着来了，先是末次茂贞要他们把库存的火药全部拿出来供军需，接着又是平户藩借着板仓上使和长崎奉行榊原职直、马场利重二人的名义命令荷兰人提供5门红衣大炮和配套的弹丸火药，柯基伯克尔便又将安设在“戴立叵”号上的5门舰炮卸下来转交给平户藩，托他们用小船运到长崎去。末次茂贞并不是以高压的态度叫荷兰人办这办那，商人出身的他当然知道怎么和红毛人顺利地打交道。他和柯基伯克尔说，凡要收获，当然得先耕耘播种，精心培养，你们荷兰人想在日本把生意做得好，当然要把达官贵人们撸得满意。他拍着胸脯对柯基伯克尔说：“我父亲对你们荷兰人来说虽然是有害的仇敌， 不过我和我父亲并不一样。正因为是朋友才和你们说这个，是出自好心才忠告你们的。”话说到这份上，柯基伯克尔也只能对末次言听计从了。
板仓重昌元日战死的消息传到平户后，先是在元月4日，末次茂贞写去一封信，指示荷兰人“戴立叵”号的出港暂且先等10天，10天后若没有其他指示的话，荷兰船便可以自由出港。结果元月6日，松平信纲又通过平户藩向荷兰商馆下达了将平户所有的荷兰船搭载大炮调到有马海面的命令。柯基伯克尔接到命令后大为不快，心想这些“日本猴子”真是出尔反尔，2艘船都想要？这可不成！但是抗命又不行，于是便立即给平户藩打报告，声称“佩滕”号昨天晚上就已经出发了，现在只有“戴立叵”号。明天自己就会亲自乘该船驶往有马方面。然后便立即让在河内港里待命的“佩滕”号起航，并给船上的负责人——高级商务员弗朗索瓦·加隆下了如下的指令：
“阁下若见海潮情形适宜，就一定要尽可能快速地起帆。离开了河内港的视野范围后再重新下锚略停也无妨，在平户海岸且可如此，我想请你注意的是：到了长崎附近的海岸，不管发生了什么事都不要靠岸！我明天将坐‘戴立叵’号开向指定地点，真诚希望阁下和你的朋友们航海顺利，平安地抵达巴达维亚，再见。”
◎荷兰东印度公司使用的商船
“戴立叵”号在1月11日的下午到达了原城附近指定的海域。松平信纲和户田氏铁立即登船视察，柯基伯克尔在给巴达维亚总部的报告中称，两位上使“见到一切设置都整齐精致，大为欣赏。”接着，“他们恳切地邀请我们去视察他们正在建筑中的堡垒，要我们选定最适当的位置，以便安放以前由我们运交给他们的5门大炮，并要求我们指导向反贼军营发射炮火的方法。”柯基伯克尔为此将原城周围彻底勘察了一遍，结论是：
“我们在观察海陆形势后，才知道我们的大炮对攻城是无能为力的。这是因为虽然叛军的军营只是用茅草和席子搭成的棚屋，但是城墙是用黏土建筑而成，城墙上的堡垒是用极大的石块堆砌起来的，围着极高的城墙。因此即使两位大臣（指松平和户田）真正要我们从海陆两边放炮进攻，我们的发炮也必定和官军炮台的发炮相同，不会获得结果的。”
尽管是这样，荷兰人还是依据幕府的要求对原城实施了炮击，陆上的炮台设在佐贺藩阵地土山略偏东北的方位，海上则以“戴立叵”号的舰炮实施射击。无论是陆上还是海上，荷兰人使用的火炮都是船用舰炮，没有攻城用的臼炮，再加上为了防止搁浅，“戴立叵”号也不敢进行近距离射击，所以射击效果不太理想。因为陆上炮台的火药没有到位，12日和13日只是由“戴立叵”号分别远远地朝着城中打了14发和17发炮弹。14日，松平信纲和榊原职直亲自到荷兰炮台来视察红毛人打炮，这天陆上的炮台朝着城中打了25发，正要打第26发时，从船上搬来的火药见底了。另外海上也打了9发。这天的炮击据说取得了较大战果。当天城中便冒出个自己通名为总右卫门的人，朝着幕府军阵地大喊：我今天射了封矢文在此，怎么不见回答？第2天幕府军寻得了矢文，只见上面写道：
“我们今天躲过松仓长门守的虐政，在城里享福过好日子。正因为在此世上我们本是安乐之身，更兼没有罪孽，死后便能进天堂，定是福上加福。敬请你们明白这点。你们知道我们毫不惧死还无谓地攻城，多伤人命，实在是没有意思。若想早点打下城池，日本国中不是有甚多出色的武人吗？让红毛人来帮忙算什么？真是搞不懂了。”
◎从遗址中发掘出来的大炮丸
4天后，长崎方面也派遣了4艘福船前来助战，上面送来了平户藩赶制的1门可以发射12磅弹丸的铜炮和1门发射5磅弹丸的铁制火炮。为此荷兰人拓宽了炮台，每天不间断地朝着城中射击，据说效果很好，城中的阵小屋和建筑物被逐一打破，损失很重，但是不久铜炮便炮身开裂，无法使用。城中也照例射来矢文嘲笑：
“在海上看到了唐船，为了这点小事，你们居然把汉土的人都拉来了，作为镇压下人造反的处置，日本的名声都落地了啊。”
关于岛原之乱幕府对荷兰商馆势力的动员一事，以往的研究都认为那是幕府无能的姑息之举。但日本学者服部英雄提出了不同的见解，他注意到了熊本藩史料《绵考辑录》中的记载，这则史料称细川忠利对松平信纲指出：
“动员外国船一事评判甚坏，会成为日本之耻，早些让荷兰船回去为好。”
对此，松平信纲解释道：“在下请来异国船的原因是一揆首魁之辈欺骗百姓说他们内通南蛮，所以南蛮国会派援军来。让异国人朝他们开炮的话，百姓们就会认识到‘南蛮’并未与他们结交，一揆宣扬的是骗人的。倒没有想到这会成为日本之耻。”于是，他便下令停止了炮击。服部先生据此认为荷兰参战也是松平瓦解一揆士气的心理作战的一环。这个看法是具有说服力的。另外，荷兰人在25日受命退出了攻城序列，其原因主要是火炮发生了爆炸事故，一位荷兰炮手不幸丧生。并非一般所认为的是由于所谓效果不明显或者是害怕事情外传影响声誉。相反，通过每日的常例炮击，震慑守城者的士气，使之精神不得放松。倒是符合松平信纲的作战方针。另外，幕府更在乎的是作为基督教国家的荷兰对日本禁教这一国是的态度，因而此次事件也是对荷兰是否愿意服从日本国法的一个考验。结果，荷兰通过了考验。
◎原城攻城布阵图
兵战为下，心战为上，松平信纲在用物理手段攻城的同时，也不忘运用分化瓦解的攻心战，企图打破一揆的心理壁垒。正月21日，一揆方面向城下射来一张矢文，表示愿意开城，要求以3名首谋者的死为代价，换取其他全体守城者的生命。对此，松平信纲表示不能同意。一揆方面又表示：那么就处死全体男子，留得城中女人孩子性命。松平信纲觉得他们既然已经杀生众多，那么就难逃惩罚，一条性命也留不能留。
◎原城中的橹台石垣遗址
松平信纲虽然在表面上表示了严厉镇压，一个不饶的态度，但这只是为了顺利瓦解一揆的内部。1638年2月1日，他以被扣押在熊本藩手中的四郎之甥小平（一作小兵卫）为使，将前述天草四郎的亲戚，被熊本藩捕获的天草大矢野村庄屋渡边小右卫门致四郎的信派交给一揆方。根据信纲之子松平辉纲的《岛原天草日记》，那封信的主要内容大抵如下：
“一、去年以来，从原城投降的“落人”不仅被饶命，还被给予金银，免除当年年贡。众人皆感激涕零。
二、将军的意思是吉利支丹全部得处死，但是被迫入教的非信者可以饶命。所以请将大矢野地方之人进行甄别后，解放其中的异教徒。渡边等人则代为入城。
三、上使听闻大将天草四郎只是个十五六岁的少年，认为怕是有人利用其名义起事，若四郎愿意出城，可以饶恕其罪。
四、胁从成为吉利支丹之人且不论，即便是主动成为吉利支丹者，只要悔过，出城投降，并改变宗门，可以饶命。
五、若将城中的异教徒解放出城，可以将熊本藩监禁的四郎的母亲、姐妹及小平送入城中。这是两位上使所明确保证的。我们已经抱定了死于城中的决心，所以请尽快解放应解放的人。”
除这封信外，还附上了被熊本藩拘留的天草四郎母亲玛尔达和姐姐蕾西娜（都属教名）给益田甚兵卫、天草四郎父子的信：
一笔启上，我们被召到将军大人的使者派下的松平伊豆守大人、户田左门大人御前，就小兵卫遣使进城的机会写下这封信。我们长时间未得人照顾，甚是辛苦，也觉得难为情。若将据守城中的异教之人送出城中，我们就能被护送到城里来。无论如何请求你这样办。如果你们觉得此事有虚，只要有回信，官兵无论在哪个口子都可以将我们带来和你会面。因为我们无论发生什么事都想和你团圆，还是请在三思后，同意交换人员的事，静待你的回信。
另外听说四郎做了那儿的大将，在这个地位上怕是难以相见的吧。无论是哪个矢狭间都可以，只要能见到人，就可以相聚了吧，无论如何都请将回信托小兵卫带来。
二月朔日
四郎母 玛尔达
同姐 蕾西娜
益田甚兵卫殿
同 四郎殿
但是一揆的领导者并没有对这颗糖衣炮弹放松警惕，如果按书信上说法照做的话，城中难保会发生离心离德，土崩瓦解的情形。于是小平当日就被礼送出城，并且要他转告松平信纲等人，城中人人都已经抱定了升天享福的决心，没有强逼人改宗的事，至于落人一件可以悉听尊便，顺便给四郎的老母带了蜜柑、白砂糖、馒头之类的水果点心聊表孝心。松平信纲不依不饶，在一周之后又让小平带着四郎7岁的小妹进城，这次带去的信中这样写道：
“虽然你们说城中没有被强迫改宗的人，城中的人也可以随意出城。但我们觉得这都不是真的。我们听说你们烧毁各村，攻打志岐（富冈）和岛原的城池，都是为了让非信者成为吉利支丹。尽管我们确实知道吉利支丹不打诳语，但依然不能同意这种做法。另外逃到阵地里来的落人表示你们派卫兵监守想要逃跑的人，使他们不能逃离。希望你们能把想逃走的人和后悔信教的人在甄别之后交给我们，因为这是为了慈悲。你们不同意，那也没有法子。无论什么事，我想都不能互相欺骗。之前的回信我们虽看了，但笔迹是我们在天草没有见过的，花押的形状也不同。因此事事关重大，如果能用我们熟悉的笔迹写回信，那就感激不尽了。江户的处置出乎想象地宽大，我们这样的人，就算放十个或二十个进来也一点不打紧。另外甚兵卫大人的内人也想要回信，常说啥时候能停下战，好让娘儿俩见个面，这事也想通知您一声。”
◎面海的原城城壁遗迹
另外以四郎母亲和姐姐的名义写给甚兵卫、四郎父子的书信中还写了“这番小兵卫过来，得知你们都无事安好，真令人高兴”这样的话，但是以四郎为首的领导者还是毫不动摇。一揆方以渡部左太郎为名写给小平的回信，那就简直是篇神棍文，里面充满了误植、误记和天主教的用语，笔者只能译出自己看得明白的部分了：
“虽说羞愧难当，泪水依然润心田。我依着圣玛利亚、圣雅各、圣方济各等各位圣人的力量修书一封启上。我们和你日后肯定能在天国相见，不管怎样，我们只服从主的意志。另外不论何事，只要按着主的意志照做便可。无论是哪位大人，都请帮忙将这意志转达，以上。”
虽然松平信纲的糖衣炮弹对天草四郎和他的侧近们无效，但是由岛原旧领主有马晴信之子，日向延冈藩主有马直纯主导的分化工作却取得了一定成果。延冈藩兵在1月26日抵达原城阵营后发现靠近敌阵的地面已经被锅岛、细川、立花等大藩部队占满了，没有他们布阵的余地，于是只能在外围扎营。尽管武功如此难图，但他们毕竟曾是自镰仓时代以来便盘踞于此的草头王，在当地的人脉优势上是其他参战大名所不能企及的。因此，有马直纯便向松平信纲提议由他来策反原城中的有马家浪人，通过商议，决定派遣原名田中刑部少辅的延冈藩士有马五郎左卫门实施这个工作，因他比较年长，不少守城的有马旧城和领民还认识他。幕府军便在2月1日把有马直纯亲署，写给大将四郎，以及被目为副将的有马旧臣山田右卫门作、芦塚忠右卫门的一篇矢文射进城去。文面如下：
因此次贵方据城抗拒，将军大人乃派遣我等前来，近来方到，此地本是我等旧领，你们守城的趣意只是为了宗门吗？因是我等谱代之地，在了解情况之上，上使众亦能善加考量。关于此点，书信难以详谈，故将派田中刑部少辅等三人前来细谈。望你等能同意你我两方择定时间停止放箭，使彼等得进城问话。这样若不妥，翻墙进去谈一下也成。城中识得刑部少辅者应该不少，由于他现今名唤有马五郎左卫门，为防万一，乃让其携带明具姓名，盖有印章的身份证明。根据你等的回答，我们将立即下达指示。
二月朔日
有马左卫门佐
益田四郎大夫殿
山田右卫门作殿
芦塚忠右卫门殿
第2天，城中便射回了写给有马五郎左卫门的两封回答书信，第一封乃是山田右卫门作、芦塚忠右卫门的连署状，除写了一些作为旧臣未忘主从之情，以前虽然弃教，如今当回归信仰与城存亡与共等套话外，答应了于2月3日在大江浜会谈的要求。但另外一封就是山田右卫门作写给有马五郎左卫门的私信了。信中右卫门作表示自己是从松仓胜家处食禄，本不该和暴徒们同流合污，只因为自己所知行的村落投靠一揆而蜂起，杀人放火，自己人少，不得已参加暴乱。虽然几次想设法逃离，但是因为遭到监视，还被取了人质，所以不得脱身。如今既然已经得到了“御谱代御主君”的亲笔信，那便是粉身碎骨也要想些办法。此番想亲见五郎左大人一面，谈谈城中情况。不用说，这封书信为自己洗白的嫌疑太大了，当然不可全部相信其内容。但是尽管这是自辩，他所声称的自己统治的领地团结起来起事，作为领主的武士也不得不行动与共的辩解理由也值得注意。这对我们探察这个战国遗风尚很浓郁的时代中领主和百姓之间的关系，可以说是一条有力的旁证。
3日，山田右卫门作为了会见“三代御恩之主公”的使者，特地穿了武士的礼服。五郎左卫门乃亲手递交了主君有马直纯的书信，右卫门作表示芦塚忠右卫门生病不能来，这信也要让他一见，乃将书信收入怀中。两人交谈的笔记，在会见后上呈给了松平信纲。
这次会见以后，山田右卫门作已经动摇了不少，不久后发生的一件事情更使他下定了叛离一揆，为旧主尽忠的决心。某日天草四郎和其侧近在本丸下棋的时候，从锅岛阵地井楼上射来的六百目铁炮丸打死了周围的几人，并击穿了四郎的袖子。这个事件在城中引起了轰动，原来这位“弥赛亚”并不是刀枪不入的！众人士气一下子掉到了谷底。掉下神坛的神汉，其价值便连一个叫花子也不如，胸怀强烈荣誉感的武人右卫门作，又安肯放弃“三代御恩之主公”的召唤，而和这种欺世丑类一起殉葬，悬首狱门呢？他成功说服了部下700余人中的500余人倒戈，计划偷偷引幕府军进入三之丸，并实施放火，自己在装作劝说天草四郎离城时将其绑架，献于幕府军军门下。2月18日，右卫门作将计划用矢文通报了有马直纯，但是延冈藩方在21日夜间射进城去的回应文却被和这个行动无关的人发现，导致计划败露，右卫门作及其一门亲属便都成了阶下囚。之后延冈藩兵虽然多次射出矢文探听城内动静，但已经得不到任何回音了。
◎岛原的画师右卫门作居住的地方
岛原的山田氏乃是以肥后国高来郡山田（今长崎县南高来郡吾妻町）为本领地的国人领主。《藤原有马世谱》称是有马氏庶族，但无史料旁证。《世谱》称山田纯规之女乃是有马镇纯（晴信）侧室，若此事属实，山田家应在有马家臣团中有着一定地位。山田右卫门作恐怕便是该氏的族人。
右卫门作出生在口之津，生卒年月不详，入信天主教后就读于附近八良尾的有马神学院，他在那里不仅学习神学，还兼修美术、音乐，并受意大利传教士乔万尼·尼格劳的指导，成为了日本第一批西洋画师之一。他也以此技奉仕有马晴信、直纯父子。有马家转封延冈后，他因为不肯放弃信仰而留在了岛原，并受松仓氏的扶持。岛原一揆爆发后，他虽为武士，却因妻子被起事村人挟持而参加了暴动。右卫门作是正规武士出身，于是成为了一揆军领导层的一员。但他并没有丢弃作为一个有马家的谱代家臣对旧主的忠诚心，故而在有马直纯参加原城包围阵后，立即背叛一揆方和延冈藩兵里通，准备内应（详见正文），但因谋事泄露，他和妻子一起被监禁在天草丸的监牢中。2月27日幕军总攻后，他被幕军救出，但是妻儿已被一揆方杀害。
山田右卫门作在岛原之乱后被幕府用作侦缉天主教秘密信徒的密探，其后半生如何无人知晓，但是此人至死在内心都没有放弃天主教信仰，在他的灵牌的隐藏夹层里，依然绘着血红的十字架。
为了探察城中的情况，幕府方面还多次派出忍者潜入城中，熊本藩为此就派了几十个忍者，但是过惯了太平日子的这些人想是没有执行过高度危险的任务，细川家给他们布置了任务后，他们居然没有胆量出动。根据《细川家记》的记载，某个晚上，一个熊本藩士好容易拽着几个忍者摸到了护城沟边上，只听得城上发出咣当一声钟响，这本是城上夜班换班的信号，没有什么可惊奇的，但是等这位藩士回头让忍者们上去时，才发现这些人以为被城上察觉了，居然缩在避弹的竹排子后面瑟瑟发抖，没一个人敢动一动。到了2月13日，他们才勉强派出两个忍者摸进城内，查到了城中防御工事的一些情况。松平信纲也找来了一些甲贺忍者，这些人论忍法修为虽然比熊本藩那些不中用的家伙强很多，但是对九州方言一窍不通，另外也不懂洋教的黑话，这样即便他们手段再高明，也没有法子混到守城士兵中去。结果被发现后，这些忍者只能顺手扯下一揆的一面军旗，冒着雨点般砸来的石头跳城逃生。幕方的忍者几次潜入，所能知道的情况不过是城墙边上的一些情报，无法深入侦察，更别说混进去组织内应，搞搞无间道了。
◎后人画作的描绘了天草四郎指挥起事民众作战的场景。
◎一名被杀死的一揆成员，身首异处。
尽管“智慧伊豆”的几种谋略尽皆落空，但是原城被幕军飞鸟不能穿透的铁壁包围阵围困了将近2个月，城中的忍耐业已到达了极限，毕竟里头有着上万的嘴巴和胃袋，每天的消耗量是相当大的，除狂信分子，胁从者已经开始动摇。《耶稣天诛记》有记载，当时熊本藩的武士发现有人爬到海边拾集海藻，料想城中粮食定是快没了。特意把阵地的栅栏打开后，就陆续有人跑出来投降，经询问后得知是城中不仅没粮了，箭矢和弹丸也快用完了。一揆还放出风筝作为信号，希望潜伏在外的天主教徒响应他们起事，使他们摆脱孤立无援的困境。但是当时的九州已经陷入了幕府的严密监视和防备下，他们希望实现的可能性是可以忽略不计的。
从1月底到2月初，关于“落人”的记载越来越引人注意了，正月26日拂晓，福冈藩的阵地收容了一个落人，将他带到上使处询问后得知，该人是天草人，名叫八介，不仅不是教徒，还是参加唐津藩的镇压部队而被一揆俘虏的，他乘着城中警戒放松的机会而越城逃跑。根据他的证言，虽然城中看上去缺粮缺薪，但因为自己一直被绑着，详细的情况不知道。另外，起事以前便信教的老教民还是十分团结的，起事后裹胁入教的民众却被严密地监视，别说一般交谈，连互相咬耳朵都不被允许。
1月里的最后一天，上使们又接待了个以打水为名溜出来的投诚者，据他供称，城里许多人打算投降，但是监视甚严，难以实现，有一半人主张杀出城去拼个鱼死网破。余下一半人认为那是送死，即便要死，死城里也比死野地要强。主张出击的人实际想的是借机缴获点材料和弹药补给回来。到了2月12日，城下的各个藩几乎都收容了投诚者。16日又逃出了一个被卖给某个守城者做小厮的十八九岁青年，他拖着一把短刀和一条铁炮来投诚，并透露城中已经两天没有发放军粮了，监视的人也疲惫不堪，开始打盹。估计正因如此，他才能比较大刺刺地携械逃跑。
松平信纲的家臣长谷川源右卫门在《一揆笼城之刻日记》根据落城后救出的山田右卫门作的供词，守城者总人数是37000人，但是幕军最后总攻的时候城中人数是23000人。与3月10日统计的，落城后岛原领信教者23900人的总数（《岛原记》）相比，这个23000人的数字显然是比较妥当的，但它却和幕府官方公布的37000人，存在很大差距。另一方面，前文有马五郎左卫门在2月初会见山田的时候，山田说城中有47000人，而今天的长崎县岛原市、南有马市两地的人口加起来也不过46000人，虽然当时有天草过来的人，但是也不可能多到上万，那时灾荒连年、生存环境尚十分恶劣的岛原半岛能爆出这么多的人口，实在令人怀疑。日本学者神田千里认为47000这个数字恐怕是管理一揆后勤“扶持方”的兵粮分配名单上的数字，但也不能轻易肯定。但无论是从37000人到23000人，还是从46000人到37000人，我们可以确认的是，到落城前夕，超过1万名的守城者“不见”了，因为幕军的攻城器械的杀伤力毕竟有限，城中的对外突击（下文叙述）也只有一次，很难认为这些人都阵亡了；同时我们也找不到守城人员饿死的资料，那这只能意味着这些人中有相当大的一部分都是陆续投降或是开小差跑掉的。可见所谓破城时37000人全部就死，没有一人投降的事情，不过是一个神话。同样，这也意味着一揆的战斗力减弱，士气不旺盛，岛原之乱的结局即将揭晓了。
尘埃落定
如前文所述，随着原城形势的恶化，守城的一揆众出现了很强的出击呼声。天草四郎阻止了底下人卤莽的举动，转而挑选出了5000余名尚能一战的强健之人，拟订了一个夜袭计划：以2400人从大江口出击，进攻福冈藩的阵地；600人从出丸（备中丸）出击，进攻唐津藩的阵地；1000人从二之丸出丸出击，进攻佐贺藩的阵地。1638年2月21日深夜，一揆发动了全面的夜袭，从大江口出击以排山倒海的气势攻入了黑田忠之的阵地，并连续攻破5道栅栏杀入敌人阵地中，缴获了2箱火药。但由于福冈藩少有营房搭筑，当一揆方没法放火时，福冈藩兵在一团漆黑中却无法分清敌我，因而误伤了不少己方的人。邻近的唐津藩阵地听到骚动，早有准备，杀掉了攻来的一揆13人，但一揆依然深入到了佐贺藩锅岛直澄的阵地侧面，放火烧掉了百余座营房，在攻破了内侧的两道栅栏后，又烧掉了阵地上的井楼，然后退入出丸。另外还有60～70人从出丸冲出，准备放火烧阵，但遭到了岛原藩兵的射击，他们转换方向杀入了立花宗茂营中，正要拔除栅栏时，遭到了立花军铁炮的猛射，3人被杀，只得退回城中。当夜，除了三之丸方面熊本藩的阵地外，各藩都发生了激战，直到22日清晨5时，幕府军才镇压住了一揆的攻势。根据细川家的战报，此战幕军共斩敌286人，活捉7人，但是幕军也伤亡300余人。这让松平信纲大为挠头，觉得无法向江户汇报，他甚至示意让细川家隐瞒死伤人数。另外跑到原城阵中来兜售食物和武器弹药的商人以及从京都赶来看打仗凑热闹的公家贵族也连带被夜袭的一揆干掉不少。一揆的这次夜袭大大地挫伤了攻城幕军的士气，根据熊本藩士堀江勘兵卫的回忆，夜袭之后，军中不少的民夫和百姓出身的下层士兵开始溃逃。松平信纲不得不下令如果没有他的印判状，不许派出任何一条船以防逃兵从海路逃跑。岛原之乱的战场决非江户时代士农工商身份制度森严规制下的战场，而是一场名副其实的“战国战场”，交战双方都大量动员了百姓参加各种军事任务。对这些“下下之众”来说，每天都要面对饥饿、寒冷和战死带来的恐惧，使得他们处于非人的状态中……
◎幕府军总攻阶段的部署图
松平信纲在击退了一揆夜袭后，立即下令诸军搜山检海，严密排查有没有敌方的散兵游勇逃跑或混入各家阵中。尽管围城部队被夜袭弄得很难看，但是松平信纲也看出一揆已经在城中呆不下去了。大搜捕的最大成果是细川家捉住了一揆领导者之一的富冈弥左卫门的妻子。连女人都要亲上白刃线去杀敌，这充分证明了一揆兵力不足的窘状。松平信纲知道破城的时机到了，但他还在等待一支有力的援兵——宿将水野日向守胜成率领的备后福山藩兵。将军也认为等这支部队到了后，再发动攻城战比较好。
◎幕军本阵遗址，现为已经关闭的有马商业高校。
水野胜成（1564—1651年）是德川家康的外祖父水野信元的弟弟忠重之子，人称“刚勇无双的鬼日向”，也是配享家康太庙日光东照宫的二十八将之一。他历仕织田信长、织田信雄、仙石秀久、佐佐成政、小西行长、黑田官兵卫、三村亲成、立花宗茂、加藤清正等大名，从1579年作为织田援军增援德川家康进攻武田家的远江高天神城开始，连续参加了德川和北条争夺甲斐的“天正壬午之乱”、小牧长久手会战、丰臣秀吉的四国征伐、九州多次国人一揆的平定等历次战斗。在结束了浪迹诸家的历程后，他回归德川家，参加关原、大坂之阵，在大坂夏季战役中和松平忠直联手击破真田幸村的决死突击，并击溃明石全登部。实战经验不可不谓丰富，在本多忠胜、井伊直政等“德川四天王”早已作古的宽永年间，这位“鬼日向”是德川家硕果仅存的实战派将领，在原城阵中论资格，只有立花宗茂可以和他一拼。虽然他已经75岁了，但在生于庆长初年，毫无战阵经验的松平信纲等人的眼里，这位老将犹如战神一般。如今他带着儿子水野胜俊，孙子水野胜贞等6000余生力军降临原城战场，像打了吗啡一样刺激了松平信纲的兴奋神经。23日福山藩兵抵达阵中后，松平信纲立即召开军事会议，并且提议发动总攻。佐贺和熊本两藩早就做好了准备，并且前出阵地布到了城底下，自然赞成总攻。但是其他大名面面相觑，犹豫不决。老将水野奋然立起说道：“攻城夺寨必须大家齐心，但看你们现在的样子，只能说是一排竹钉子，全不像有头脑的人，诸将只需互竞功名，大将不是伊豆守吗？行军打仗听他就行了。我许年纪大了，不必在此久坐。”说完就气呼呼地走了。于是众议一决，预定在26日发动总攻。松平信纲遂下达了以下进攻守则：听到第一声钟后则统一吃饭；以太鼓为号，诸家一齐出击，突击时吹响法螺号，铁炮齐放，全军发出吼声，一气攻进城下，这时应连续施放火矢；为区分敌我，在携带的大刀和胁差上面缠三圈白纸；口令为‘是国吗’，回答为‘国’；海上的警戒船必须持续用铁炮射击；后续部队没有命令不许超越先行部队抢攻，后续者要齐声呐喊，为先阵打气助威，但不许乱放铁炮；先阵突入城中时要安排人手点燃敌人的阵屋，大将要妥善指挥，防止误伤；各阵地要小心火烛。开完会，各家大名都回去整肃部伍，准备决战。
◎水野胜成塑像
总攻前夜，大雨倾盆，城中逃出了12个投诚者，都是些面貌清秀，穿着华丽服饰，随侍四郎左右的少男少女。他们咸皆表示城里已经完全断粮了，现在正是进攻的大好时机。尽管知道城中已经断粮，但是雨这么大，幕军也无法实施进攻，经过众将商议，攻击日推迟到了28日。
27日，在土山井楼了望哨上的久留米藩兵发现佐贺藩阵地前原城的二之丸出丸撤空了，里头的守军缩进了城内。锅岛胜茂得报后便派足轻进去探察，查实后便向上使提出申请：为准备总攻，准备在出丸下预设阵地，摆上竹束，作为进攻时的跳板。当天正午时分，锅岛军开始拖着竹排和木盾，准备在出丸底下构建出发阵地。一揆起初没有察觉，但是当锅岛军的脚手架就要修到城上时，一揆回过神来，连忙用铁炮射击，佐贺藩的士兵们连忙搬出竹排来挡铅丸。上使派到佐贺藩的军监是长崎奉行榊原职直、职信父子，虽然他们禄高只有1800石，带不出几个兵，但职直从朋友细川忠利那儿借了点肥后兵，又雇了些浪人，好歹拉起了支300人的队伍。小衙内榊原职信年方18，正是血气方刚的年头，满脑子都是军记物语里那些过去的英雄勇士们抢头功立功名的浪漫故事，现在正是万古难逢的机会，哪怕过把瘾就死。他见一揆众被佐贺军的弓箭和铁炮连连射退，登时气血上涌，忘记自己究竟是来干什么的了。于是便同旁边的熊本藩铁炮头芦村十郎左卫门小声说道：“难道现在不是爬城的好机会么？”芦村当即会意，偷偷跑到出丸升形的角落，自己先翻上去，从上面拉着职信的手，让浪人成田十左卫门托腰，一下把榊原职信拉上城头，这一刻，《平家物语》里佐佐木高纲、平山季重等头阵英杰的灵魂顿时附在他的身上，他觉得自己不是一个人在战斗，于是便运起丹田之力，高呼一声：
“打了头阵啦！”
这下可闯祸了，本来应该维持军纪的军监竟然带头违反战场纪律抢头阵了，榊原职直顿感头皮发麻，但是教训孩子的事得摆到后面，当下他只能为了接应儿子，指挥佐贺藩军往上冲。这便是岛原之阵“锅岛抢头阵事件”的真相。当然，事后锅岛胜茂和榊原职直都因违反军令领了闭门思过的处罚。前文提到的旗本老刺儿头大久保忠教听后愤愤不平，冲到江户的佐贺藩邸前大喊：“过去打个头阵要发奖状封地皮，今天打个头阵居然会违反军令关禁闭，老朽我便是为看这翻脸不认人的世道，荒唐可笑的处置而特地前来的！”老头的愤懑可以理解，但是可以在马背上得天下却不能在马背上治天下，战国时代不讲秩序只讲个人荣誉功名的作风实在是不被江户时代重君命，讲服从的主流武士道所容。
◎正和杀入城中的幕军激烈交战的一揆
言归正传，负责三之丸方面攻势的，是细川忠利和立花宗茂二军。根据上使指示，即便出丸和敌交战，三之丸也不能擅自乱动。柳川少侯立花忠茂发现二之丸人声鼎沸，铁炮连珠般响起，便派遣使者到细川阵中，询问发生了什么事，细川光尚答道：“正像贵使所见，是抢攻，快上啊！”说罢就下令细川军出击。但是世子的命令已经是后知后觉，佐贺违反军令发动抢攻的消息一来，细川藩家老松井兴长的养子松井寄之（细川忠兴的六子，细川立孝的同母兄弟）不管三七二十一便朝三之丸冲上去了，细川立孝部下的的八代兵也随着跟进。这时三之丸已经一个人影也不剩了，熊本兵和后面跟进的柳川藩兵急忙朝着二之丸突进。
◎岛原御阵图描绘的熊本藩前沿阵地场景
◎熊本藩世子细川光尚画像
当战斗打响时，细川忠利正在柳川藩的本阵，和立花宗茂以及从佐贺藩阵地土山上赶来的松平信纲讨论如何攻击出丸的方案，在回自己本阵的路上，他得知了锅岛军抢攻，世子光尚已经下达出战命令的消息。忠利接报，连盔甲也来不及穿，便策马向三之丸方面赶去，翻进三之丸，走到中间位置，张开了垫脚用的马扎，伸长脖子观察前线的战况。然后喊来书记，立即给在京都养老的父亲细川忠兴写战报：
“2月27日未刻（下午2时），我军翻上三之丸城墙，立即冲入郭内。待将敌逼入二之丸内后，再作通告。我军作了相当的火力准备后再行强攻，吉利支丹的抵抗已然没有以前那般猛烈了。因为有令不取首级，杀之即弃，故不知格杀了多少吉利支丹，往后再作报告。族人现前都平安无事。另外二之丸地势高过三之丸，进入三之丸的部队若不以大盾和竹排作掩护的话，会遭二之丸铁炮的射击带来的重大伤亡，所以上使的指令要慎重……”
写到这儿，一个传令兵跑来喊道：“攻进二之丸了！”忠利赶忙喊住书记，然后让他写道：
“行笔至此，报说我军已经攻进二之丸了，以上！”
◎从海岸方向眺望本丸和二之丸
◎从原城本丸方面眺望二之丸
◎岛原合战图屏风，描绘了幕军实施总攻的场景。
此时在前线激战的，乃是熊本藩松野正照组、小笠原长元组、长冈右马组及细川立孝的八代领兵、世子细川光尚本队、家老松井兴长等部，从三之丸突入的柳川藩兵及浪人们也夹在熊本藩的队伍中奋勇作战。当幕府军攻入二之丸后，一揆便开始向本丸退缩，早些逃入的还可躲一时之难，但本丸守军立即不顾自己人死活而关上了门，同时开始了不分敌我的无差别射击，打死不少未能躲进本丸的己方人员。细川立孝率部杀到本丸北面流尾筋的山下，本丸方面矢石枪丸如雨，立孝率兵勉强坚持，这里的斜面高度差达30间左右，地上的灰土厚到可以一脚陷进去，炮石扬起的灰尘遮天蔽日，5间以外完全不能见物。
在熊本藩和一揆军激烈地争夺二之丸时，后续跟来的柳川藩兵和岛原藩兵也越来越多了，松井兴长连忙激励诸士道：“若这里的敌人被杀光后，别藩的士卒将要冲在前头杀进本丸了哪，尽量往前冲，获取功名呀！”尽管如此，在二之丸余留的一揆残部依然在拼死抵抗，因为火力凶猛，人们很难攀上本丸的石垣。在莲池口，双方展开了激烈的攻防战，其他藩的士卒也陆续加入，战斗陷入了白热化。小笠原长元组下有个名叫藤本勘助的武士，乃是加藤清正旧臣，他一把抓过组头的旗帜，爬上本丸的石垣，大喊一声：“我藤本勘助便要第一个把备前（长元）大人的旗插到城头去！”他奋勇往上爬，但是被落石砸中，跌成重伤。但是这时越来越多的熊本藩士已经爬上了石垣，不过也不断有人被砾石和铁炮打中，跌下城去。前线伤亡相继，细川忠利把身边的卫士都投入了第一线，但是一揆的射击和落石依然凶猛不减，因森鸥外的小说《阿部一族》主人公而知名的阿部权十郎（后改权兵卫）和五大夫兄弟好不容易突进本丸，用长枪搏斗片刻，便被石头砸退。光尚的近侍朝山斋和上村理右卫门也被石头砸伤。松井兴长的组头松井新太郎让部下的足轻开枪掩护他，自己将长枪往背后一插，一边朝石垣上爬上去，一边喊着：“抢头阵喽！”一旁的藩士尾藤知则和志水新之允也发一声吼，爬将上去，他们的正面站着个能将10人抬的大石头轻轻搬起的大力汉子，一刻不停地奋力往下扔石头。尾藤知则爬到半路被一块石头砸中，从20间高的地方上掉了下来。一旁的志水被铁炮打中挂了彩，依然挥动着军扇，激励士卒攀壁。掉下去的尾藤知则可能是摔在了尸体堆上，没有摔出什么大碍，他回过神来后继续向上爬，当他就要翻上城墙时，伸出的一杆长枪扎穿了他的喉咙。尾藤知则是丰臣宿臣尾藤知宣之子，父亲被秀吉忌恨而遭杀害，自己在走投无路的时候被细川家以3000石的高禄辟为家臣。他深感恩义，决定以死相报，如今终于遂了心愿。
尽管幕军前仆后继奋勇攀城，但依然攻不进本丸。松平信纲担心伤亡过大，就下达指示：
“时近申时半（下午4时），天也快晚了，全军一度放缓各口攻势，等待天明进攻本丸。”
细川忠利得知从下午开始的攻击已经死伤了1300～1400人后，也命令先阵略作退却。但是先阵各部已经杀红了眼，谁也不听命令。细川立孝看见上使派来的传令兵，便装作不认识，一点也不搭理。后来，幕府军监马场利重亲自传令，他们才撤下去。利重还受了松井兴长的拜托，请他把自己不肯后退的儿子寄之给拖回去。寄之振振有词地朝着利重说道：“现在退的话，会被后阵挡住路的，等后阵退了我们才能退兵。”等后阵撤光，以寄之为首的不少人不听指示，趴在前线不动，想要等待战机。
一揆方面看到攻城者陆续退了下去，以为是真打退了敌人，也一时松懈了防御，炮石都稀少了下去。松井寄之抓住这个战机，一挥军扇，命令部下击起进鼓，下令左右一口气拿下城池。于是无论是原地待命，还是正在撤退的武士们纷纷调头争先恐后攻上城去。激战至酉时（下午6时），熊本藩士益田正景带着两个浪人——冈本八右卫门尉、后藤木工右卫门翻进本丸。熊本军细川立孝、松井兴长、有吉赖母诸部以及柳川藩兵一部随后攻入本丸，这时天色已暗，为防止在黑暗中混战增大伤亡，细川军便临时搭起栅栏，轮番用铁炮阻止一揆的反击，等待日出后发动总攻。当晚，以急着报父仇的板仓重昌之子板仓重矩为首，带着不少想要斩级立功的武士打破栅栏冲进去和一揆拼命。喊声传来，越来越多的人抽出刀枪加入战团，有人还顺势点燃了本丸内的小屋，殊死的搏杀整整持续了一夜。
◎后人画作，描绘了原城的落城。
◎原城本丸遗址
◎本丸正门遗址
到了28日早上卯时，朝升的太阳照遍了原城本丸，细川忠利远远望见本丸高处有着一间三面为石垣包围，装饰非常华丽的小屋，料想这必非寻常之处，立即命近侍吉田十左卫门把那房屋烧掉。吉田跑到距小屋七八间的地方，点起火矢，拽满弓弦，一箭射去，经海边猛烈的朝风一吹，登时将那房屋点燃。忠利的小姓阵安昶突入火场，只见一个少年以锦衣覆体躺在地上，旁有一少女伏地而哭。倒地的少年为阵安昶的脚步声所惊动，急忙掀了衣服坐起，阵眼明手快，抽刀一闪便将少年首级斩落，提首而出。一旁哭泣的女子扑了上去，拽拉阵的铠甲草摺，这时接着跟进的藩士三宅半右卫门便将那少女斩杀。战后，叫来了天草四郎的母亲玛尔达来辨认首级，玛尔达兀自以为儿子四郎乃天使，定然逃到吕宋南蛮去了，落不到这些偶像崇拜者的手里，但见了这少年的首级，却抱头大哭，说道：“我儿竟然这般瘦了，定是战事积劳受的苦呀。”这时大家才知阵安昶立了斩取敌军总大将的首功。阵安昶顿时被提拔为食禄千石的上级武士。三宅闻之，便后悔因为迟了一步，只斩得个无益的女子，和不世之功失之交臂，真得悔得肠子都青了。中午以前，熊本藩的细川九曜大旗基本插遍了原城本丸，一晚上鏖战没休息的熊本藩士们纷纷坐到石垣边，以胜利者的姿态观赏其他藩的武士在底下哼哧哼哧地搏命，忠利也给前线将士写来一封慰问信，上面写道：“一上午诸位不胜辛苦，立下了不小功劳，余下的时间就好好看看风景吧”。
写到这里，读者可能会奇怪，笔者怎么只叙述熊本藩方面的战况，难道佐贺、福冈等大藩都在打酱油？事实上，的确只有细川军的进展最快。佐贺藩虽然动手早，但也过早吸引了一揆的注意，他们不得不和大量涌进其正面的一揆增援交战，加上大火挡住了前路，苦战不得进，拖慢了整个进攻的步伐。有话说是不怕神一般的敌手，只怕猪一般的队友，他们还遭到了福冈藩兵的铁炮误射，死伤颇多。佐贺藩的杂兵们大怒，纷纷咆哮着等打完这仗，就要把黑田家干掉。于是抬起铁炮应射，两边乒乒乓乓地乱打，死伤300余人，差点闹出更严重的火并事件。至于福冈藩的速度就更慢了，27日战斗打响后，第一个从大江口突入的部队是幕府的军监林胜正，林大目付在里头打了好一会，才等到福冈藩的前阵慢悠悠地赶来。福冈军到27日夜间总算攻下大江口的出丸，得知明天总攻的传令，于是坐地休息，谁知这却让福山藩水野胜成和小仓藩小笠原忠真的部队超了前去。水野胜成和原忠的部队还到处放火，结果火势挡住了福冈藩的进路，搞得福冈藩28日才打到本丸下方的诘丸，唐津藩和久留米藩跟着冲了进去，一揆拼死抵抗，局面演变成了大乱战。而他们在这里“蘑菇”时间时，细川军业已夺取了本丸。但是人无耻则无敌，黑田忠之居然在28日晚上跑到松平信纲那里去，厚着钢板脸汇报道：“我军首先攻进本丸，斩下四郎首级。”松平信纲听了，觉得又好气又好笑，便问：“哪一天？什么时候？”忠之居然脸不红心不跳：“28日4刻（上午10时）之事。”松平信纲便说：“那样的话，细川大人在27日就攻进本丸，布阵在那里了，还让人烧了四郎的家，四郎的首级也被细川大人的部下取了，你在下面没有看见本丸腾起的黑烟吗？”黑田忠之被狠狠地打了脸，半句话说不得，只好在次日向上使道歉认错。黑田官兵卫在九泉之下若知道自己的孙子如此庸鄙无能，怕也是气得要从棺桶里爬出来了吧。
◎福冈藩二代藩主黑田忠之画像，因其庸懦，其父黑田长政颇欲改立三子黑田长兴为嗣，因老臣栗山大膳劝谏而止，但他上台后穷兵黩武，宠信近臣，激化了和栗山等重臣的矛盾，从而引发了有名的“黑田骚动”。
28日傍晚，原城中各处的抵抗都停止了，城中烟尘滚滚，尸骸遍地。天草四郎及其信徒所期待的地上天国原城，终于被幕藩领主攻落。根据以往的说法，城中的数万男女，除起义投诚未成的山田右卫门作被救出外，没有一人投降，或自尽，或被幕府军杀了。这并非历史事实。事实上细川忠利自己就提到：“城中之人被生俘者颇多。”后来在搜山检海抓漏网者的时候，他又目击了佐贺藩士有人偷偷包庇从城中逃出的可怜人，让他们坐船逃跑。所以很难认定大战后，没留一个活口。
不必说，在化为杀人鬼和争功大军面前，要从城中逃跑或者投降，很明显是难上加难的事。细川忠利对此也写道：“吉利支丹处处被斩，城中有37000男女，因为要将其中的吉利支丹斩尽杀绝，镇压部队死伤亦多。”并且松平、户田两位上使都做了业已彻底地肃清了漏网者的报告。所以说落城后，幕军对守城者实施了无差别杀戮也是不能否认的事实。因此才给人留下了守城者“全体殉教”的印象。
◎幕军破城后遭到杀戮的妇孺
◎战后被枭首的一揆参加者
在原城陷落的最后时刻，许多天主教信者拒绝投降，大量涌入熊熊燃烧的房屋和火场自尽“升天”。但是问题在于，人的生命是上帝赋予的，乃上帝所有，人不能以自己的意志去剥夺自己或他人的生命。这可谓是基督教最基本的常识，以自杀来“殉教”，实在让人怀疑守城的天主教徒是否是基于信仰和正统的教义而战的。这里的守城者原本想通过弥赛亚下降而获得拯救、获得面对天灾及领主暴虐等困难的生存动力，但毫无疑问一揆斗争的失败，让他们的这些愿景破灭了——他们既然拒绝了这种不能得到拯救的人生，自然也就选择了死。因此，与其说他们是为“宗教”而死，还不如说他们是为“迷信”而死。说得难听点，这和误信传销被骗得倾家荡产后信仰破灭跳楼自杀是一个性质，所以即便是站在宗教信仰的立场上，也实在不宜把他们的死过分拔高。尽管这样，细川忠利对他们的自杀情景还是给予了最大级别的赞誉，称他们“实在是英勇壮烈的死，非言语所能形容”，“啊！真是坚贞义烈的男女的死法”（《绵考辑录》）。笔者以为，这时的忠利恐怕是想起了自己少年时为了不被石田三成胁迫而拖累丈夫，决然自我牺牲的母亲格拉西雅美丽而坚强的身影吧。
1638年2月28日晚，轰动了整个日本，夺走了数万人性命的岛原之乱，终于在血色的夕阳下落幕。在这最后一战中，幕府军以死2000人，伤7000人的代价，踏平原城，全歼了一揆。一日内出现如此惨重的伤亡，是日本幕府时代的战争中所少有的，可见一揆抵抗的顽强和战斗的激烈。作为暴乱首谋者的替罪羊——天草四郎的一家老小事后被满门抄斩。一揆军的据点原城被彻底拆除。岛原藩主松仓胜家因失政被除封，他本人则被交给美作津山藩主森长继看管了起来，作为事件的主要责任者，他连名誉死法——切腹都不能，被判斩罪，家名断绝。唐津藩主寺泽坚高所辖的天草领4万石也因故被没收，这是其父广高在关原之战中拼着性命换来的领地，坚高对此悔恨不已。1647年在江户浅草的海禅寺羞愤自尽，因他没有后嗣，寺泽家也断绝了。
岛原之乱无疑是江户幕府最终确定锁国的重要原因之一，自动乱平定的1638年5月以来，德川幕府便在其直辖领“天领”四处树立通告牌，上书：
“吉利支丹宗门在过去已属禁制，如今亦未绝其迹，此番竟在岛原图谋恶逆之事。故此幕府更会加强吉利支丹之检举，为严厉取缔领内，以后告发持信吉利支丹宗旨之辈者，将军将予以褒奖。”
然后开出了赏格，检举传教士一名可得银200枚，检举普通信徒一名可得银30～50枚不等。检举者即便是同宗，若表示改宗可以不问其罪，并且命令各藩领亦要严查天主教徒。对进出口物品的检查也因之加严了，当时中国、荷兰商船携带来的书籍中，与利玛窦等传教士有关的书籍自不必说，曾连一本介绍北京风土人情的书都被查禁后涂墨退回，仅是因为该书介绍了北京的耶稣会天主教堂情况。这种矫枉过正的做法，一时阻碍了西方学术的正常流入。直到18世纪第八代将军德川吉宗积极推行殖产兴业政策，需要引进外国技术时，才废除了这种无益的法律。
◎最后总攻幕军伤亡统计表
幕府还怀疑葡萄牙秘密派遣传教士进入日本煽动教徒造反，故考虑将已经被迁往长崎出岛的葡萄牙商人彻底逐出日本，但又担心彻底赶走葡萄牙人会导致生丝和绢织品进口的完全断绝。幕阁虽然过考虑复活贸易特许的朱印船制度，但是他们还是担心日本人外出后会成为基督徒回国布教，另外这也使得之前颁布的禁止日本人出国的法令作废，幕府不希望为此而朝令夕改，因而放弃了这个考虑，转而询问荷兰商馆能不能把贸易的事包下来。1639年4月，新任荷兰商馆“甲比丹”弗朗索瓦·加隆按例在江户参府觐见将军时，参加了老中的评定会议，老中们问了他两个问题：一、如果驱逐葡萄牙人，西班牙和葡萄牙两国会妨碍荷兰人的日本来航吗？二、荷兰人能不能做到和葡萄牙人一样供应生丝和绢织品、药品和干货？对于第一个问题，加隆表示：“我们不怕西班牙人，西班牙人怕我们。”对于第二个问题，他也自信满满地称，即便葡萄牙人从中国进不了货，中国人也会把东西卖给我们。老中们又问：“日本还能向明朝派遣贸易船吗？”加隆表示，明朝对日警惕性很高，日本船去中国是不可能的，如果走东南亚，怕会在澳门附近受到葡萄牙船的袭击。这一番问答后的7月4日，将军德川家光决定驱逐葡萄牙人出日本，并且禁止一切葡萄牙船的日本渡航。1640年5月，一艘葡萄牙船为寻求贸易发展前往长崎，幕府便派大目付加加爪忠澄和野野山兼纲为上使处置此事。6月18日，加加爪等人至长崎痛数葡人犯禁之罪，将船上信仰天主教的61名船员全部处斩，剩下的船员则托中国商船送回澳门。另外，葡萄牙人乘坐的船只也被大村藩烧毁。幕府为防备葡人报复，在西国各处建立了报警的瞭望哨所，命佐贺和福冈两藩轮流负责长崎的警戒，将大和郡山12万石的谱代大名松平忠明迁往播磨姬路，命其在外敌入侵时统领西国大名抵御。幕府还命令全国大名提交国绘图和城绘图，派幕府船手测绘沿海地理水文，掌握军事情报，为建立全国性的海防体制做准备。幕府在处理完葡船事件后，立即将平户荷兰商馆迁入长崎的出岛，不许荷兰人和日本人通婚，也不许他们随便登岸。自此至幕末，日本本土便再也见不到一个洋人居留，幕府的锁国体制最终完成。
◎如今的长崎出岛，由于开发和填海已经变得面目全非，图中框出的部分是当初出岛的位置。
关于岛原一揆所发动的战争的性质问题，历来有归类到宗教暴动或农民起义的争论。笔者认为，将之定义为农民起义非常牵强，实际上可以完全将之视作一次十分纯正的宗教战争。固然，事件的起因有阶级矛盾的因素，这不能否认。但更明显的是，一揆的爆发地域，受天主教的影响极深。因为岛原半岛的北部地区在战国时代受独立性较强的国人领主的控制，天主教大名有马氏对那儿基本没有什么影响力，因此那里的百姓就没有参加一揆，反而站在了统治者这一边。另外，一揆起事后也没有提出任何反对封建剥削的口号，反而主张“本次之事是为了来世后生，故在这里听从天使的命令，一步不退，只愿来生可得安稳”。所以说，整个事件的宗教性质实在太过于浓重了。此外，起事者疯狂地屠杀和迫害不肯服从他们的群众，烧杀劫掠，无恶不作，其凶残行径与江户时代典型的“百姓一揆”所表现出来的纪律性和克制性形成了鲜明的对比。需要指出的是，岛原、天草地区在天主教化之前，曾经是伊势信仰比较兴盛的地区。中近世日本民间的所谓伊势信仰，主要是对伊势神宫外宫的农业神——丰受大神的信仰。伊势信仰祈求农获丰穰，禳除疫病，风调雨顺的现世利益性质很强，是人民在蒙受灾害和苦难时所期待的“神风”。就如佛教在日本本土化时吸收了神道与神道发生合一，诞生了“神佛习合”的现象一样，天主教在被日本本土化时，也和日本旧有的观念重合在一起被日本人所接受。这种在灾难时对神明的倚赖思想和天主教的末世观念一结合，就诞生出了天草四郎这个“并不是叫地上享太平，乃是叫地上动刀兵”的“救世主”。
◎幕府宽永军役令示意图，当然，各藩的镇压部队远远超过了这个标准。
◎原城陷落十年后，由幕府代官铃木重成修建的岛原之乱双方殉难者的慰灵碑。
◎从本丸遗址出土的人骨
从德川幕府维护其统治的角度看，岛原之乱从根本上还是体现了幕初以来德川氏大名统制的政策还是行之有效的——俸禄不到10万石的上使仅靠着幕府的威光便可以轻易地指挥俸禄为几十万石的大外样大名。在传统的武士眼里，此战役是以百姓为对手的战役，胜之亦不武，故各大名捞不到任何军功恩赏。比如，在平定岛原之乱的战役中，佐贺藩的实际军事动员人数大大超过了幕府军役令规定，但是幕府所支给的粮草军费还是按照标准给的，剩下的开支还得佐贺藩自己埋单，但佐贺藩也不能叫一声苦。同时，这也说明了大名对幕府的“奉公”就是对至此为止的领知安堵当然的回报。宽文九年（1669年）6月，在北海道南端的松前领发生了阿依努酋长夏克夏因的暴动，也未闻幕府给予了奉命前去增援的津轻藩任何恩赏。幕府已经不需像丰臣秀吉那样用封地为恩赏来驱使全国大名为自己卖命了。这彻底说明了幕藩体制已经进入了安定的阶段。尽管在此次场战斗中，幕府和诸藩军队的军事素养的糟糕程度实在让人无法评价，但充分诠释了一个道理——只要经过几十年的和平时期，再怎么善于作战的军队都会变成一群饭桶。最终，德川幕府还是展示了自己的能力——年轻的德川家光将军和他的阁臣们摆平了敢于出来挑战稳定秩序的一揆。所以，这一战是日本最后的一次“战国合战”，也是德川幕府三百年太平盛世的奠基石。
几百年过去了，尽管世间早已物是人非，原城的遗迹却依然矗立在岛原半岛南端面朝着有明海的小丘上，从地下出土的森森白骨和用铁炮铅丸铸成的十字架，向人们泣诉着当年那一场血与火染成的惨烈抗争。