辛酉政变后，慈禧太后虽然如愿以偿地抓到了权柄，但摆在她面前的，却是咸丰留下的一个烂摊子。在这一年，太平军及其他义军暂时看不到平息的迹象，大清国的国力也由此不断内耗，日子一点儿都不好过。
治世行教化，乱世用重典。为了重整朝纲并树立自己的个人权威，慈禧考虑再三后，决定采取最简单也是最有效的方法，那就是：杀人。
当然，杀人也得讲究方式方法，杀的人少了，不起作用；杀的人多了，民间又会说朝廷滥杀无度、刻薄寡恩，这搬脑袋的学问，可就大了去了。慈禧当时把握一条，那就是“抓大放小”：少杀几个，但要杀就杀大的，杀几个督抚一品大员，让这些贪污受贿、渎职亵职、委靡推诿的各级文官们脚底发软；让那些克扣军饷、贪生怕死、遇阵则逃的武将们胆战心惊，以起到杀猴儆鸡的作用。
严打之下，总有些倒霉蛋。前两江总督何桂清便被抓了典型，成了“抓大放小”政策下的牺牲品。何桂清是道光朝进士，原一直在京城做官，历任翰林院编修、太常寺卿、户部右侍郎等职务，后来外放为浙江巡抚，不久又升为两江总督，但就在这任上，出事了。
1860年5月，太平军击溃清军江南大营，钦差大臣和春、主将张国梁均战死于阵中。当时，身为两江总督的何桂清正在常州筹集军饷粮草，在两军交战的危急时刻，何总督拥兵自图，坐视清军大败而施以援手。可惜的是，太平军在大胜之后也没有放过他，其随后进军常州，何桂清见势不妙，便打算弃城而逃。
令人愤恨的是，何桂清在将父亲及两个小妾秘密送往通州后，却下令封锁常州各城门并在城内张榜禁止居民逃出，以做出一副拼死抵抗的样子。这时，下属江苏按察使查文经等几个官员揣测出何桂清实际上是想逃跑，便向他禀请退保苏州。何桂清得禀后大喜，随后决定逃往苏州。
不知何故，何总督要逃跑的消息不慎走漏，常州绅民一片大哗。由于担心太平军进城后烧杀掳掠，众多人等当晚手持香烛前往总督府辕门请求留守常州。第二天，何桂清率部欲逃，结果被常州绅民拦住，由于顶香跪求的人堵塞了出路，何桂清大怒之下，竟然命卫队开枪，前前后后打死了19人，伤者更是不计其数。
此事传开后，江苏巡抚徐有壬（驻苏州）在何桂清逃到苏州时，其不仅拒绝他进城，反向朝廷上折弹劾，要求对其严加惩处。咸丰得报后也是怒不可遏，随即下令将何桂清革职并解往京师严审。在被拿问之前，何桂清惶惶然如丧家之犬，其逃苏州，苏州城门不开；走常熟，常熟不纳；最后没办法，逃到了上海租界暂时避难。
好在这时英法联军进攻北京、咸丰北走热河，朝政大乱之下，何桂清的事才被暂时搁置，性命暂时无忧。等到慈禧当政、局势稍微安定后，很快有人重提此事，慈禧也想借此事大做文章，于是在同治元年（1862年）五月，何桂清被逮入刑部问罪。
主审此案的刑部郎中余光绰恰好就是常州人，他认为：何桂清作为封疆大吏却不战而逃，失守城池；为了逃生而击杀执香跪拜的父老19人，此等行径，实在是天良丧尽、罪无可赦，拟斩立决。这时，在何桂清多年经营的关系的作用下，其门生旧吏、亲朋好友纷纷通过各种渠道为之说情并竭力为其开脱，案件的审判由此也变得错综复杂。
这时，慈禧力排众议，她认为不杀何桂清不足以平民愤，也不能刹住那些封疆大吏、府县官员遇贼则逃的歪风，于是当年十月下发严旨，将何桂清处决。谕旨下发当天，何桂清便被公开斩首。何桂清的被杀，也是太平军起事后第一个被朝廷处决的一品大员。此斩既出，百官俱惊，清廷各级官府的纲纪也为之肃然。
第二个撞上枪口的是督办陕西军务的钦差大臣、统兵大员胜保。胜保是满洲镶白旗人，道光朝进士，其原本是一文人，但在政治上喜欢投机，又好谈兵事，后来清廷也是无人可用，于是先后命其统兵与太平军及捻军作战。在辛酉政变中，胜保站在慈禧太后的一边，他的积极参与也为政变成功提供了强有力的武力保障。按理说，慈禧应该对胜保感恩戴德，即使他犯错也会网开一面，但离政变还不到两年，胜保却突然送了命。
事实上，慈禧也曾在政变成功后对胜保大加赏赐，并很快将他擢升为正二品的兵部左侍郎，并由镶蓝旗汉军副都统升为上三旗的正黄旗满洲都统，一时间备受恩宠。可惜的是，好运不长，在同治元年（1862年），胜保被授钦差大臣，前往陕西督办军务、镇压回民起义。这时，曾被他招抚的两个义军首领苗沛霖和宋景诗突然反叛，胜保被人弹劾“拥寇自重”、“意图谋反”，随后胜保便被革职拿问。
审讯过程中，胜保的其他罪行也被一一揭露，如谎报大捷、在军队中携带妓女和优伶等，甚至还将太平军将领陈玉成之妻收为己妾，荒淫无耻，令慈禧大为震惊。更为重要的是，胜保自以为在辛酉政变中立下大功，又通过党护苗沛霖和宋景诗来扩展自己的势力，其所作所为，不但糜费军饷无数，而且养寇自重，借以挟制朝廷并渐有不臣之心。由于胜保兵力所在的位置距离京师很近，弄不好便会成为朝廷的心腹之患，于是慈禧决定对胜保痛下杀手。于是乎，胜保于同治元年（1862年）十一月被革职拿问后，次年七月便被赐令自尽。
在短短一年时间里，慈禧一下便杀了两个一至二品的大员，这对朝廷各官员和封疆大吏们的震动是巨大的。由此，他们也算知道，慈禧这个女人心狠手辣，不是个好惹的主。
除此之外，慈禧又在同治元年对官员们进行了一次严厉的考核，即所谓的“京察”和“大计”（京官考核叫“京察”，地方官员考核叫“大计”，每三年进行一次，同治元年正好赶上）。按清制，“京察”和“大计”都以“四格”“六法”作为考核标准：“四格”者即“才”（指才干，分长、平、短三等）、“守”（指操守，分廉、平、贪三类），“政”（指政务，分勤、平、怠三类）、“年”（指年龄，分青、中、老三类）；“六法”者，即“不谨”“罢软无为”“浮躁”“才力不足”“年老”“有疾”六个指标。经考核后，官员或升或降，或革或黩，其目的在于奖优惩劣，让各级官员勤勉政务、恪尽职守。
嘉庆、道光年后，清廷政风日下，考核的方法固然很好，但在实际操作中，官员们彼此贿赂徇庇、弄虚作假、虚与委蛇的现象也是司空见惯。对此，慈禧也并非毫无所知，于是她决定利用这次考核的机会对吏治进行严厉整顿，以淘汰那些不称职的官员，同时也迅速提拔有干劲、有进取心的官员将其安排在重要岗位上。
既然慈禧要亲自动手，那这次的考核可就要动真格的了。考核结束后，年老体衰的内阁学士巴彦春、平庸无能的光禄寺卿雷以諴及品行败坏的光禄寺少卿范录典，被同时勒令退休；而才华出众、耿介正直的潘祖荫，敢作敢为、胆魄过人的左宗棠等人则得到了擢升。
新君上任三把火。客观地说，慈禧的这几把火固然不能一改往日之颓势，但也总算开了个好头儿，令朝政有所转机。
