靖难之役（朱棣皇位争夺战）
靖难之役简介
靖难之役：靖难之役，又称靖难之变，是建文元年（1399年）到建文四年（1402年）明朝统治阶级内部争夺帝位的战争。明太祖朱元璋在位时把儿孙分封到各地做藩王，藩王势力日益膨胀。因太子朱标早逝，洪武三十一年（1398年），皇太孙朱允炆继位，是为建文帝。 建文帝与亲信大臣齐泰、黄子澄等采取一系列削藩措施。与此同时，也在北平周围及城内部署兵力，又以防边为名，把明太祖第四子燕王朱棣的护卫精兵调出塞外戍守，准备削除燕王。朱棣于建文元年（1399年）起兵反抗，随后挥师南下，史称“靖难之役”。 建文帝起用老将耿炳文统兵北伐，又派李景隆继续讨伐，而建文帝也缺乏谋略，致使主力不断被歼。 朱棣适时出击，灵活运用策略，经几次大战消灭南军主力，最后乘胜进军，于建文四年（1402年）攻下帝都应天（今江苏南京） 。战争历时四年（1399—1402年）。 战乱中建文帝下落不明，或说于宫中自焚死，或说由地道逃去，隐藏于云、贵一带为僧。 同年，朱棣即位，是为明成祖。朱棣进入南京后，大肆杀戮曾为朱允炆出谋划策及不肯降附的文臣武将。齐泰、黄子澄、景清等先后被杀，方孝孺更是被诛十族，造成空前的惨案。靖难之役给明初刚刚得到恢复的社会经济又带来不小的破坏，尤其是战争剧烈的地区，所受的破坏更大，形成“淮以北鞠为茂草”的情况。
靖难之役过程分析——
朱元璋的沉重遗产
封藩问题
明朝初年的山西平遥，有个管儒学教育的芝麻官叶伯巨，在洪武九年（1376）越级给皇帝上书，批评当时的朝政，惹得朱元璋大怒。他指出朝廷的弊政有三点：“分封太侈、用刑太繁、求治太速。”朱元璋以离间皇亲骨肉的罪名，把叶伯巨捕入大狱，不久死于狱中。
又过了二十多年，到洪武三十一年（1398）朱元璋去世，随之在燕王朱棣和建文帝朱允炆之间，爆发了历时近四年的靖难之役。后人是这样评价叶伯巨的先见之明：到了洪武末年，燕王屡次奉命出塞，与蒙古部落作战，势力开始强大。后来因削夺兵权开始反叛，这样才夺取江山。人们这才承认叶伯巨确有先见。
无论是当时的人们还是现在的学者，都认为靖难之役的爆发，其实就是朱元璋一手造成的。这样说确有一定道理。那么朱元璋究竟制定了怎样的政策，使穷乡僻壤的小小芝麻官，都看出了明朝最高统治集团内部所潜藏的矛盾，并且预言这些矛盾将会引发战争呢？
事情还要从明朝建国后，开始推行族亲封藩说起。
洪武元年（1368），朱元璋在南京称帝后，开始大封天下官员，首先颁诏规定了自己家族的次序。他册封马氏为皇后，朱标为太子，到了洪武三年（1370）后，其他诸皇子也都陆续被封为各地的藩王，爵位高于建功立业的大臣。在封建专制社会里，皇帝的本性都是家国不分，却最终避免不了国破家亡的悲剧。
中国传统政体制度大致分三种：一是商周的分封制。皇亲国戚分封在外，藩国屏障中央政府，诸藩以国为姓，相对独立，中央和藩国是朝贡与册封、称臣与纳贡的关系。二是秦唐宋的郡县制。虽然也册封皇亲子弟为王，但有国名而无实藩，有的还规定，皇子必须住在京城，由宫廷派宦官进行管理，有的甚至规定不能世袭，总之设法使皇权不受威胁。三是汉晋和明初采用的郡国制，作为分封制和郡县制之间的过渡。藩王在郡国之内，握有军政经济大权。
这三种制度中，朱元璋看中的是郡国制，不过郡国制先后酿成了西汉的“七国之乱”和西晋的“八王之乱”。朱元璋出于私心，并没有吸取教训，根据《明史·诸王传》，他分封诸皇子的情况是：皇子封亲王，授金册金宝，岁禄万石，府置官属。亲王允许保留少量的护卫亲兵，少的有三千，多的达一万九千人。
这只是泛泛规定。后来朱元璋任命皇子代替大将守备边关，有几位御边的藩王，如燕王、宁王等，他们不但有自己的亲兵，还管辖中央政府的军队，其中不乏精锐部队，人数很快就合法地突破了上限。
朱元璋当然知道历史上藩王觊觎皇权的危险，藩王势力恶性膨胀，必然要冲击中央政府的安全。不是鱼死，就是网破。因此，朱元璋制定了强干弱枝的规划，在赋予诸王极大权限的同时，也进行一定的控制和防范。例如规定：诸王仅仅是列有爵位而不享有政务，分有藩国但不管理领土。这些与周朝和汉朝的制度稍微不同。
他反复告诫藩王要安分守己，恪守长幼尊卑之礼，记住自古以来，凡是王侯企图夺取皇权，不是自取灭亡，就是连及皇朝玉石俱焚的教训。为了防范诸王之间互相串通，朱元璋禁止他们互相走动，而且朝廷很少召集亲王入朝觐见。
朱元璋对藩王的限制主要表现在行政权方面，对军权却采取了开放的态度，而且到了洪武后期，皇子掌兵权的现象日益普遍。他们不但享有一定数量的亲兵统率权，而且在边境战争爆发时，享有对中央部队的指挥权和节制权。由于洪武中后期，朝廷连续发生了胡惟庸案、蓝玉案，朱元璋对开国功臣失去了信任，而更相信本是同根生的皇子皇孙。那些为明朝打江山立下汗马功劳的将军，如宋国公冯胜、颍国公傅友德等，都受到诸王的节制，这样更助长了藩王的权势。
朱元璋亲自颁布《皇明祖训》，规定：藩王都有守镇兵和护卫兵。一般情况下，守镇兵由中央派遣的常选指挥掌握，护卫兵由亲王自己调遣。如本国在险要之地，又遇到紧急情况，藩王领地内的守镇兵和护卫兵，都听从亲王的调遣。而且还规定：如朝无正臣，内有奸恶，朱家的皇权旁落，则藩王可以训兵待命，等待天子密诏，诸王统领守镇兵要协助皇帝讨平奸臣。
朱元璋的话就是最高指示，不但标志着诸王统兵的合法性，甚至规定了诸王有“清君侧”的特权。
继嗣问题
朱元璋丝毫不用担心自己皇权的旁落，也不担心他的儿子们敢犯上作乱。历史上像他那样通晓军事，勤于政务，又将皇权与相权集为一身的皇帝，之前还从来没有过。而且朱元璋在诸皇子的继承权问题上，作了较为合理的安排，在他看来，基本上杜绝了夺权的可能。
首先，朱元璋很早就册封世子朱标为皇太子，培养他作为接班人，限制了其他诸王与朱标之间的长幼尊卑关系。朱标拜明初的大儒宋濂为师，立为太子后，又封文臣之首李善长兼太子少师，武臣之首徐达为太子少傅，常遇春为太子少保等。这样一个强大的辅佐阵容，早早确定了朱标的领先地位。
第二，朱标在兄弟之间颇具威望，堪当楷模。《明史·孝康皇帝传》说朱标当太子的时候，为人友爱，重视兄弟之情，几位皇弟犯了错误，他都尽量调护，免受朱元璋的责罚。曾经有人密告朱元璋，说晋王朱㭎有谋反嫌疑，朱元璋大怒，结果也是太子朱标流泪为弟弟求情，朱元璋才被感化宽宥了晋王。
后来的一些史书曾贬低世子朱标的能力，说他文弱不堪大用，流露出朱元璋对这个儿子的不满情绪，甚至还通过朱标之口，说出朱元璋最爱燕王等，这无非是朱棣继位之后，为了抬高自己而使用的雕虫小技。朱元璋的确非常喜欢燕王朱棣，但朱棣要想从朱元璋那里直接获得皇位继承权，或者说绕过朱标、朱允炆而获得，那是完全不可能的。
第一，朱标当上太子之后，从未有过重大失误，朱元璋也没有更换太子的意图。如果说朱标气质文弱、雅儒就让朱元璋不满意不喜欢，那么朱标的儿子朱允炆则更文弱，后来还是被册封为皇太孙。实际上，朱标重文兼武，应该是一位守成之君的最佳候选人。
朱允炆相比就差许多，他书卷气太重，而且不通军事。《明太宗实录》记载，有一次朱元璋征求刘三吾等人意见。他说：皇长孙弱不更事，治理国家必须得人才行，我想立燕王为皇太子，你们以为如何？刘三吾回答说：立燕王为太子，置秦王、晋王于何地？况且皇孙已经长大成人，可以继承皇位。这件事实际上也不可信，更像是朱棣为了美化突出自己、贬低建文帝的一个小伎俩，从而把自己打扮成朱元璋心目中的合法继承人。
其二，朱标和朱允炆都是嫡出，而燕王朱棣则是庶出。朱棣起兵靖难和后来称帝，都号称自己是孝慈高皇后所生，这也是为了抬高自己的政治身价。经过专家考证，他的生母是碽妃。按照封建宗法关系，先皇去世后，皇位由嫡长子继承。如果嫡长子先于去世，则由嫡长子的嫡长子继承，如果嫡长子无嗣，再由其他嫡子继承。如果皇后一直没有生育，才能轮到庶子，而且还要按先后排序。一般庶子很难继承皇位。之所以明朝后来很少由嫡子继位，问题就在于皇后无出，或者皇帝没有儿子。但这个问题在洪武朝未曾出现过，朱元璋的二十六个儿子中，嫡出的有四个。
然而人算不如天算，洪武二十四年（1391），太子朱标病死，谥号懿文。新册封的皇太孙朱允炆，既不像果勇刚毅的祖父朱元璋，也不像能文能武的父亲朱标，不但雅儒软弱，还多了几分书呆子气。这不能不使朱元璋颇感失望，对刚刚创立的大明基业产生忧虑。据说，朱元璋在暮年的时候，回到后宫经常向上天祈福祷告，希望老天爷能保佑明朝的千秋万代。那么，谁会觊觎皇位？谁会桀骜不驯？是那些难以驾驭的开国武臣，还是祸起于萧墙？朱元璋把疑虑的重点放到了前者，于是在胡惟庸案之后，又开始了兔死狗烹般的朝臣大清洗。
在处理皇权与朝臣的关系上，用叶伯巨的话来说，朱元璋采取的是“用刑太繁、求治太速”的严厉手段。朱元璋执政，留给后人一个很深的印象，就是滥施刑罚，用政治恐怖主义的威吓手段，为皇权至上扫除一切障碍。其实明初的政治环境和北宋赵匡胤时代大不相同。在这个时候，朝臣中根本无人能触动皇权的统治地位。赵匡胤尚且能用“杯酒释兵权”，但精明强悍的朱元璋，却偏偏从历史的经验中总结出，宋元亡国最根本的原因就是皇帝失权。皇帝将处理朝政的大权，委任给了权臣，造成了上下蒙蔽。因此，朱元璋一开始就对能影响皇权的任何力量，都严格防范，也可以说是猜疑，以免危及大明皇朝的基业。
在朱元璋看来，他手下的所有重要人物，都长期经历过血与火的战争洗礼，战争锻炼出这些能征惯战握有大权的武将。他们有能力在外拥兵割据，也有能力在朝中进行颠覆活动。于是，还在太子朱标活着的时候，事关政治斗争的杀戮已经开始了。
最能影响皇权的首先是相权，在他罗织罪名杀丞相胡惟庸之前，这种政治上的高压政策已经表露。例如“空印案”，仅仅因为朱元璋怀疑当时各地的财政审计或许有弊政，于是不经调查，就以莫须有的罪名，下令将各地衙门长官主印者，一律杀掉，死者超过三万人。对于不经任何法律上的审判，便滥杀无辜的冤案，朝廷中竟然无人敢站出来进行争辩和劝止。不难看出，朱元璋掌握的皇权，已经无人能制衡，而且这也表明，朱元璋要给自己和后代留下一个怎样的政治统治环境。
相对软弱的朱标，不止一次地进言劝谏父亲，不要大批诛杀有功之臣，以“上有尧舜之君、下有尧舜之民”提醒父亲，应该如何当家做主。在朱元璋看来，朱标是不当家不知柴米贵，现在还轮不到他当家做主。实际上，开国皇帝有好几位对朝臣的清洗，对外权的钳制，都是一个必然的过程，差别只是谁温和一些，谁更血腥和暴力。
洪武二十六年（1393），也就是立朱允炆为皇太孙的第二年，朱元璋借口“蓝玉案”大开杀戒。如果说十三年前的“胡惟庸案”，还主要着眼于皇权与相权之间的争夺，这次的“蓝玉案”更像是皇权与军权间的较量，而且是为子孙后代考虑，保障下一代皇权的平稳顺利。
蓝玉是开国第二号大将常遇春的小舅子，作战勇猛，屡立战功。随着军功的增长，他逐渐居功自傲，对朱元璋的命令开始阳奉阴违，这引起朱元璋的极大不满，在他看来，这就是影响到皇权的安稳。于是以蓝玉为祸首，株连一万五千人被杀，“元功宿将相继尽矣”。朱元璋为此颁布了《逆臣录》，里面包括曹震、张翼、张温等一公、十三侯、二伯这样的军事权贵，试图使“胡蓝之狱”永不翻案。
朱元璋一方面大肆屠戮功臣，消灭异己，同时开始大封皇子王爵，寄希望于宗藩的力量来屏卫朝廷。不过朱元璋的这二十多个儿子，真正有才华的凤毛麟角，不堪大用的居多。朱元璋选来选去，也只有九个儿子被封为“塞王”，而被赋予军队领导权的，只剩下晋王朱㭎、宁王朱权和燕王朱棣。
洪武二十三年（1390），燕王朱棣开始节制傅友德等北边将领。洪武二十六年（1393），朱元璋又实授朱棣军权，主持针对蒙古的军事防务。在迫降纳哈出和取得捕鱼儿海大捷之后，原本紧张的北方军事对峙暂时松弛下来，明朝的军制开始由卫所制向镇戍制过渡。军队逐渐集中，实行重点防御，更加凸显出三位亲王在军队中的重要性。晋王统领山西、大同诸镇；燕王坐镇北平，控制宣府、蓟州等；宁王就藩大宁，起到支撑和援助的作用。整个北方的战略防御落到这三位亲王的手中。从某种程度来说，亲王也成了边关大帅。
明太祖看着由自己家族形成众星拱月的政治格局，似乎很是满意。
据记载，朱元璋曾洋洋自得地对朱允炆说：“我把对付北方蒙古的重任交给诸王，可以让北方边疆尘沙不动，你就放心好了。”
朱允炆针锋相对地询问：“北方蒙古要造反，诸王可以抵御，诸王要是造反，那么谁来抵御呢？”
朱元璋一时语塞，过了良久才反问：“你打算怎么样？”
朱允炆回答的对策是：“以德治国，以礼治国。如果不行，就削弱他们的封地；如果还不听话，就废除他们的封号；如果他们还是我行我素，就只剩下举兵讨伐了。”
朱元璋点头称赞。
在朱元璋眼里，只有两股力量能威胁大明皇朝统治：在内，是权臣篡位，现在已经被清洗得干干净净；在外，只有蒙古部落还有些实力，但经过多年的打压之后，已经土崩瓦解。那些自己亲手提拔的诸王，掌握数量可观的兵马，对外可以抵御强虏，对内可以随时待命，威慑那些觊觎皇位的权臣，这样朱家的江山就可以永固了。
祸起萧墙，这一点也不是不可能。但毕竟诸王所能控制的人马，和皇帝能调动的军队相比，还不到一成，力量非常有限，岂敢以卵击石？何况朱元璋对这种反叛的隐患也进行了针对性预防。无论如何，朱元璋不能再把军权转让给外臣，他也不可能为了孙子，而对几个儿子下杀手。这样看来，内乱的隐患，只能等朱允炆上台后自己去解决。
封藩和继嗣的矛盾
从前有人以为，靖难之役能够爆发，是封建社会专制制度的产物，实质是争夺皇位，削藩是战争爆发的根本原因。因此，总结出一条历史规律：在统治阶级内部的权力之争中，皇帝为了强化自己手中的权力，往往要依靠一种势力——如宦官或外戚——作为支柱，而统治阶级权力欲的贪婪和内部矛盾，往往使这一支柱，成了皇权的对立面，成为皇权的威胁，不一定非要对皇帝取而代之，但至少可以把皇帝架空。因此，封建专制制度的发展过程，就必然要有统治阶级内部的矛盾与冲突，靖难之役就是狗咬狗的闹剧。
但是也有人认为，靖难之役还是有它的进步性。双方的斗争体现出革新与守旧的矛盾。建文帝代表革新派，他的理想之国与明太祖所希望的截然不同。建文帝和他周围的小集团，即黄子澄、齐泰、方孝孺等人，要变革祖宗之法，实行新政的愿望很强烈，因此坚决地摒弃洪武时期的恐怖政治，争取相对柔和的开明政治。而燕王的左右是由保守的皇亲贵戚和军人集团组成，属于前朝的既得利益者，因此他们最反对改革。围绕着改革与守旧，双方产生了矛盾和斗争，最后酿成兵戎相见。
一朝天子一朝臣。建文帝上台后，必然要改变朱元璋后期的一些政策。建文帝的人生经历和思想作风，与他的爷爷完全不同，因此有一些改变是必然的。但触动下属的利益，就一定要通过战争来解决么？
方孝孺
建文帝上台后，的确革除了朱元璋时期一些过于严厉的政策，尤其从建文帝依赖的重臣方孝孺那里，改革的倾向看得很明显。他们俩甚至讨论，是不是要把土地制度恢复到西周时代的井田制，按照孔子的古礼进行统治。如果不是战争爆发打断了他们的计划，这样的复古改革还不知道会走多远。
朱元璋留给建文帝的政治遗产，是将权力和矛盾都集中在家族内部，解决起来要比外臣专权更棘手。这一点倒是和西汉的“七国之乱”、西晋的“八王之乱”很相似。
靖难之役的爆发，与其说是不可调和的利益之争，不如说是皇位继承权的方法问题。明朝采取的是嫡长子继承制。这种由血统和出身的不平等，形成继承权的不平等，最初看来是避免了继承权上的纠纷。在没有任何竞争的条件下，最终酿成了明朝天子的一系列悲剧。一个人对皇位的继承权，没有偶然，没有择优，没有淘汰，从他一出生就规定好了。
建文帝
明朝在宣德和正德年间，也相继爆发了类似的靖难之役，只不过皇帝一方迅速取胜，才避免了建文帝的悲剧重新上演。嫡长子继承制，危害之大不仅在于产生战争，万历年间的“争国本”，实际上也是皇位继承权的顺序之争。南明初期，大兵压境，内忧外患，大臣们还在讨论，究竟是选福王还是潞王，争论的实质也是继承权顺序，到了最后宁要嫡亲的草，也不要庶出的苗。
朱棣通过战争，取得了庶子战胜嫡孙的胜利，但他并没有从中吸取教训。他对继承权的选择，重复了朱元璋的老路，因此也就使这场战争——哪怕从皇朝内部看——没有取得任何革新的价值，失去了它本应具有的意义。
洪武三十一年，年逾古稀的朱元璋在辛劳了一生后去世。驾崩前，他留下一封遗书，是这样评价自己和继承人：我应天命称帝三十一年，夙兴夜寐，勤于政务，就是为了服务于民。怎奈我出身寒微，没有前代圣君那样博学多知，做不到从善如流，疾恶如仇。人的生老病死是万物的自然规律，现在我的皇太孙朱允炆，他仁明孝友，天下归心，宜登大位。我希望内外文武大臣同心辅政，以安百姓。
但朱元璋根本没有料到，在自己死后的第二年，建文帝就迫不及待地开始了“削藩”，紧接着亲王们造反，随后引发战争，打破了他亲手规划的统治格局。他更不会料到，这场战争持续近四年，死伤人口以百万计。他亲手选中的继承人死于非命，儿子鸠占鹊巢，夺了孙子的宝座。
这一切，其实都可归因于朱元璋在政治上的短识和自私。
削藩导致战争爆发
黄子澄等人
朱允炆即位后，立年号“建文”，命齐泰、黄子澄、方孝孺等参与国事，依为肱股之臣。这些人上台后的第一件事就是削藩，结果就捅了马蜂窝。
朱允炆还是皇太孙的时候，就预感到诸王对皇位的威胁。
有一次，他在东角门问黄子澄说：诸王在自己的属地一言九鼎，拥兵自重，大多不遵法纪，我当了皇帝后，应该如何？
黄子澄答道：诸王拥有护卫兵，只能够用来自己保卫自己，如果他们敢叛乱造反，我们就用全国的兵力讨伐他们，他们谁能支撑得住？从前汉朝发生“七国之乱”，诸王的兵力合起来够强大了，但终归还是灭亡。诸王和朝廷相比，大小强弱很分明，他们顺之者昌，逆之者亡。
由此可见，黄子澄对削藩的态度是坚决而自信。朱允炆称帝后，召见黄子澄与齐泰，继续之前的话题。
他问黄子澄：先生你是否还记得，从前我们在东角门的谈话吗？
黄子澄顿首说：不敢忘。
于是三人密谋削藩的次序，确定先拿谁开刀。齐泰的意思是擒贼先擒王，先取威胁最大的燕王朱棣。略显迂阔的黄子澄不同意。
他说：先帝在世的时候，周、齐、湘、代、岷诸王，就多有不法之举，我们削除他们的封号，师出有名。现在动手，应该先拿周王开刀。周王是燕王的同母兄弟，先削周王，等于剪除燕王的手足。
黄子澄看中的是师出有名，要的是一箭双雕。他似乎并不担心削周藩有可能引起的连锁反应，而是更乐于看到把燕王逼得造反，将反叛的罪名扣到燕王头上。黄子澄的计划，第一步看似稳妥，其实第二步麻烦更多，风险更大。
洪武三十一年闰五月，建文帝即位，八月削除周王的封号，至第二年六月，又连续废除了湘、齐、代、岷四王，终于将燕王朱棣逼上了反叛之路。既然不愿束手就擒，那只有公开反抗了。建文元年（1399）七月，燕王正式起兵。
这里设想一种可能，如果建文帝没有果断削藩，能否会在他即位一年之后就激起朱棣的军事反抗呢？洪武一朝，朱元璋多次采取政治恐怖政策。像蓝玉一案，大肆屠杀官僚军事集团，并没有激起军队的叛乱和高层将领的谋逆。为何等到建文帝上台，当他对皇族诸王采取恐怖政策时，竟然闹出了轩然大波？诸王形成尾大不掉，确实是事实，但在朱元璋看来，蓝玉等人也有相似的趋势。如果朱元璋也先清除蓝玉身边的羽翼曹震、曹兴等人，很有可能将蓝玉推向反叛之路。方法和策略的不同，会对结果的差异起很大的作用。朱元璋是快刀斩乱麻，建文帝却是欲速则不达。他手下的黄子澄等人，在该快还是该慢的问题上，就犯了一系列错误。
当时在建文朝廷内部，对如何处理诸王这个问题，有着完全不同的意见。概括起来可以分为三种：
第一是激进派，力主从重从快解除封藩之害，还国家长治久安的和平局面。
第二是缓进派，同意削藩，在解除诸藩对朝廷军事威胁的同时，不主张触动他们的经济利益和人身安全，希望采取逐步的缓和措施，达到削藩的目的。
第三是睦亲派，坚决反对削藩，保持国内政治格局不变，认为削藩如果造成叛乱，过在朝廷。
建文帝自己属于激进派，他倚赖的黄子澄、齐泰、方孝孺等人，无不是削藩的坚定支持者。但齐、黄等人，只不过是几个满腹经纶的书呆子，“兵事非其所长”，以为凭皇帝登高一呼，就可以轻而易举地制服所有藩王，丝毫没有考虑到战争的危险性。
像方孝孺这样的人，当时被称为江南士人的楷模，但对民生利病一无所知，而是津津乐道地从复古改革中，试图改变朱元璋时代的某些弊政。政治上他鼓吹孔孟的仁政，经济上又提出恢复井田制。像这样的迂阔之士碰到兵戎相见，除了策划几个纸上谈兵的败招，别的什么作用也发挥不出来。
相比之下，也有几个建文帝的忠臣如卓敬、王叔英、高巍、韩郁等人，提出用“加恩”的办法，逐步达到削权的目的。
御史韩郁和高巍给建文帝上书说：明太祖朱元璋分封诸王，是效法古代的制度，但当时做得有些过分，诸王多骄逸不法，违犯朝制。如果不削诸王，则影响朝廷的法令和权威；如果削藩，又会伤及亲亲之恩。他举例西汉“七国之乱” 前后，朝廷的各种对策，希望建文帝不要效法汉景帝，“勿行晁错削夺之谋，而效主父偃推恩之策”。具体建议如下：在北方的诸王，将其子弟分封在南方；在南方的诸王，将其子弟分封在北方。如此，则藩王之权不削自削。
户部侍郎卓敬和齐泰都视燕王为最大隐患，但两人的处理方式却完全不同。齐泰主张先拿燕王开刀；而卓敬以为，燕王朱棣无论是智慧还是胆识，都是雄才大略，类似太祖朱元璋，而且北平是战略要地，兵强马壮，所以提议先把燕王迁到南昌，万一他在南昌谋反，朝廷也很容易控制。卓敬的建议，实际上既维护了亲亲之伦理，又达到了削弱藩王力量的目的。
翰林修撰王叔英在建文之初上呈资治八策，即务问学、谨好恶、辨邪正、纳谏诤、审才否、慎刑罚、明利害、定法制。他的资治八策，既是对朱元璋时期一些弊政的否定，也对新皇帝充满了希望。他在建文帝面前这样评价朱元璋：“太祖革除奸臣和弊政，就像给病人治病，给庄稼除草。但如果治病措施太急，就会伤害身体发肤，除草速度太快，就会殃及禾苗庄稼。”这实际上是暗示建文帝，在削藩问题上勿急勿严，在准备好了各种条件后，如同去病除草一样，将诸王所形成的隐患一步步解决。
可惜，建文帝已经按捺不住，容不得这样慢腾腾按部就班地削藩，或许他已经得到密报，告发燕王正在招募武士，准备图谋不轨。
的确，从建文帝即位到燕王出兵这段时间里，朱棣表面上采取各种办法迷惑朝廷，暗中却紧锣密鼓地进行备战。周王被削除封号后，朱棣为了打消建文帝的猜疑，毅然进京朝觐，态度之果敢，犹如当年刘邦赴鸿门宴。软弱的建文帝没有利用这一机会。数月后，为了追悼朱元璋去世一周年，朱棣又派三个儿子入京致祭，再次表明没有反心，企图迷惑朝廷。
但这个时候，诸王像多米诺骨牌一样纷纷倒掉。建文帝将要处理燕王的消息已经传得很开，燕王送子为人质，也是冒着极大风险。
燕王的世子入京师后，齐泰提出要把他们兄弟三人都留在京师，以防万一。黄子澄又提出反对意见，他说：不如放他们回去，表示我们不怀疑，可以用偷袭的办法获胜。齐泰和黄子澄虽然都是高谈阔论的书生，但相比而言，黄子澄更显得迂阔无知。
而朱棣手下的谋士们，如姚广孝、袁珙、金忠等人，则使用各种手段，力促燕王出兵。尤其是第一谋臣姚广孝，在朱棣态度趋于坚决之后，暗中挑选将校士卒，日夜操练。燕王的官邸是从前元朝的皇宫，墙高院深，姚广孝在里面操练人马和制造兵器。为了迷惑外人，他在王府里修筑大型的地下室，加高加厚守卫的城垣，并在墙根下密密麻麻地埋上缸瓮，用于防御。他还别出心裁地畜养鸭鹅，用鸭鹅的叫声来掩盖操练人马和制造兵器发出的声响。
当燕王觉得贸然起兵民心不可用时，姚广孝披着宗教的外衣进行鼓励说：“臣知天道，何论民心。”实际上，燕王的谋士们非常重视制造舆论和宣扬起兵的合法性，他们抬出“清君侧”的旗号，把自己打扮成挽救社稷、保卫太祖事业的靖难义师。在起兵文告中，朱棣是这样解释起兵的缘由：
姚广孝
我是太祖高皇帝和孝慈高皇后的嫡子，国家的亲王。自从受封为藩王以来，只知道奉公守法，安分守己。现在幼主嗣位，信任齐泰、黄子澄等奸佞，挑起祸端，屠戮诸王。我父皇母后创业艰难，成功之后分封诸子为藩，用来守卫边疆，给天下带领太平。一旦这个制度被篡改，它的危害性，皇天后土很快就会作证。太祖高皇帝在世的时候说：朝无正臣，内有奸恶，必训兵讨之，以清君侧之恶。现在对我们来说就是大祸临头，为了求生，不得已而为之。忠义和奸佞，不共戴天，所以我们奉天讨贼，以安国家社稷。天地神明，昭鉴予心。
靖难之役的第一步，是先将北平控制在手中。北平布政使张昺和都指挥使谢贵，都是建文帝的耳目，他们二人均接受密诏，要求严格监视燕王府。当时朱棣称病不露面，张昺、谢贵知必定要谋反，在剑拔弩张的形势下，仍然冒险孤身进入王府，去削夺燕王的爵位，逮捕他的属官。此时燕王府中，还有长史葛诚和护卫指挥卢振作为内应，结果所有这些有利条件，张、谢二人都没有用上，反而自投罗网去送死。建文帝手下之愚，可见一斑。
朱棣在处死张昺、谢贵之后，很快控制了北平，接着马不停蹄地进攻周围的险关要隘，为自己打出了一个安稳的大本营。屯兵开平的总兵宋忠，这时正带领三万兵马前来北平，试图声援张昺、谢贵。但在北平和居庸关相继失守的情况下，兵力占优的宋忠没敢兼程突袭，而是采取了保守战术，退守怀来，坐等燕王部署完备后，与他的八千精兵决战怀来城下。宋忠手下多为燕王旧部，燕王以亲情故旧来策反，宋忠全军很快丧失了斗志，燕王乘机攻陷怀来，再次获胜。怀来大捷的消息传出后，开平、龙门、云中、永平等守将，陆续归降，很快壮大了靖难军的武装。
耿炳文对抗燕王
当北平上空战云密布的时候，金陵的皇宫里还歌舞升平。“国家大事，唯祀与戎。”建文帝显然认为，还有许多事情比战争更重要。他时常与方孝孺讨论一下古代的官制和律令，为将来合并州县、裁撤冗员、取消苛政做准备。一般来说，建文帝对北平的部署还算严密，服从他的力量也远远胜出燕王。等到北平易手之后，旁边州县接二连三地丢失，就不能不让人感到形势开始变得严峻起来。
燕王在诸王中最难对付，必须同时在政治和军事上彻底打垮他。公布燕王的罪状，向四海发出讨伐的诏书并不难，难的是朝廷之中，已经选不出能征惯战的领兵统帅。前方交战的败绩，无法让建文帝高枕无忧，选来选去，似乎只有年逾花甲的老将耿炳文可以一试。可惜耿炳文不是当年的周亚夫，无法再现汉景帝时期平定“七国之乱”的辉煌。这一个难堪的局面也应该由朱元璋负责。
洪武时期的政治恐怖，已经把随军征战的老将差不多杀光，剩下为数不多的几个，也很少再统兵打仗，因此军权都转移到了藩王手中。蓝玉案之后，耿炳文只带兵平定过一次规模很小的叛乱，这次让他再披挂出征，多少有些勉强。
七月二十四日，建文帝拜耿炳文为征虏大将军，大军号称三十万，实际只有十三万人马，前往真定，与北平的对手决战。八月十二日，耿部兵马到达真定，前锋部队暂驻雄县，都指挥潘忠、杨松在鄚州负责接应和保护，都督徐凯率师抵达河间。这样一个品字阵形，显出咄咄逼人的进攻态势。
耿炳文这次出师，虽然气势汹汹，但有几点不足：一是时间上很仓促，军事动员不到位，没有为即将到来的战斗进行精心的准备。二是朝廷这次派兵人数明显多于北军，反而使士卒增添了盲目的傲气。三天之后就是传统的中秋佳节，即便在最前线，南军阵营里还沉浸在观月饮酒的美好时光之中。
北军迅速出兵，用偷袭的战术，将雄县县城团团包围。驻扎在这里的南军先头部队是一支擅长野战的骑兵，如今围困在城中，被高墙和街衢分隔，反而无法施展骑兵所长。先头部队九千人全部战死，连那些最后打算投降的也被俘杀，留下的八千匹战马，悉数补充到燕王的军队之中。
当雄县之战打响的时候，屯兵鄚州的潘忠和杨松很快接到战报，两地相距四五十里，其中月漾桥是驰援的必经之路。燕王棋高一着，先命谭渊率壮士千余人，埋伏在月漾桥水中，人持茭草一束把头盖住，只留下鼻孔呼吸。当南军冲过桥后，埋伏在水中的北军跃出，奋力夺得桥头，埋伏在路边的北军用火器和骑兵迎头痛击，很快又将这支匆匆而来的援军冲得七零八落。潘忠本人被俘后马上投降，供出了鄚州城中的情报。北军兵贵神速，直扑鄚州，城中万余守军情况不明，眼看主帅被俘，很快丧失了抵抗，全部献城投降。
耿炳文统率的主力集中在真定。如何与这支军队交手，成为北军将领们争论的焦点。多数将领以为敌众我寡，在连续取得两次小胜之后，应该暂避锋芒，与之对垒，打持久战。但朱棣和大将张玉的意见一致，他们都看出耿炳文部队的弱点，就是集结时间有限，号令难以统一。只要出奇兵直趋真定，还会再胜一仗。
耿炳文已经估计到新的战役即将在真定展开，于是急忙调兵遣将。但这支军队新近组建，将帅之间和各部之间，还缺乏协调与磨合。他也没有料到北军会迅速杀到面前，因此显得有些手忙脚乱。南军虽然受到一些损失，但并未阵脚大乱。耿炳文毕竟是久经沙场的老将，很快组织起人马出城和对手展开对攻。但他指挥军队总比对手慢半拍，因此处处受到牵制。他的军队刚刚开始出动，就碰到整装待发的燕兵，双方在城墙下摆开战场，耿炳文的军队连阵形还来不及摆开，就遭迎头痛击，只好再次败退到城中。
按理来说，士兵向内城败退的过程中，城头会有弓箭手等待接应，以防追兵在后面掩杀，耿炳文兵员充足，对此不会没有准备。但大家乱糟糟地都想早点退入城中，于是完全失控，城门口被堵塞，“蹈藉死者不可数计。燕兵遂围城”。这是兵不知将、将不知兵的典型表现。
燕王的军队连战连捷，首先是战胜了耿炳文的先头部队和增援部队两万人，接着在真定之战中，又击溃耿炳文部三万人，还包括后续增援的安陆侯吴杰所部。通过胜利，北军所获粮食、马匹无算，更重要的是一些大将如宁忠、顾成、刘燧等纷纷被俘，这在很大程度上打击了南军的士气。
但真定之战的几次胜利，并没有改变北劣南强的格局。不像《明太宗实录》、《奉天靖难记》等书中所说的那么夸张。它们都是燕王称帝后的官修史书，难免对新主人有溢美之嫌。
从以下几点就可以看出，北军的力量还是非常有限。首先，耿炳文虽然作战失利，但仍然保持了十万左右的部队，真定城并没有丢失，主力尚在，还可继续作战。其次，史书说燕王三天后撤围，原因是他认为“攻城下策，徒旷时日，钝我士气”。北军前两天既然能星夜兼程，勇挫南军，争的就是一鼓作气，初战告捷。现在怎肯在自己占优的大好形势下，畏手畏脚主动撤军呢？实在是因为这三天的连续攻城，不能扩大战果，因此才会有挫伤锐气的说法。
耿炳文不是初出茅庐的冒险家，随着年龄的增长，他在选择战术时，更加倾向于持重保守。大军刚到真定，他的儿子前军都督佥事耿睿提出，自己愿意率一支部队直捣北平，这一冒险的作战计划立刻被否决了。南军摆出的是攻防兼顾互有支撑的战略阵形，前锋突出，主力稍微滞后，中间有单独的支援部队。如果不是前方指挥员麻痹大意，疏于防范，北军很难在雄县轻易得手。
现在对耿炳文来说，根本无法灵活地指挥这支军队，于是干脆将自己关在城里，和对方打防御战。时间一长，北军的弱点就会显露，到时候南军相机进攻，积小胜为大胜。好在朱棣也是棋逢对手，能在有利因素还没丧失的时候，迅速撤军。双方暂时脱离战场，处于一种攻防的胶着状态。但从战略层面而言，北军还是处于内线作战，危险的局面只是暂时得到缓解。
就在朱棣班师回北平的第二天，建文帝获知前线败绩，立刻作出决定，免去耿炳文的职务。京师的迂阔秀才黄子澄说，胜败乃兵家常事，不足虑。他推荐了曹国公李景隆来接替久经沙场的耿炳文。
齐泰曾经在兵部工作过，深知李景隆的能耐和为人，力劝不可使用，但似乎两个毫无军事经验的人，更有共同语言，就这样，李景隆走马上任。这次换将，就好像战国时期长平之战，纸上谈兵的赵括代替老将廉颇。接下来就是南军遭受一连串惨重失败，建文帝在战场上的攻势化为乌有。完全可以断定，李景隆之无能，堪比当年之赵括。
李景隆与战局恶化
李景隆能够挂上帅印，绝不是他有多么显赫的军功，而是有一个很好的出身。其父曹国公李文忠，是朱元璋的外甥，这样李景隆和建文帝就是表兄弟关系。李文忠在替朱元璋打江山的时候，出生入死屡立战功。按照功劳的排序，仅次于徐达和常遇春，位列第三。李文忠去世后，李景隆因世袭封为了曹国公，并掌左军都督府事，加封太子太傅。《明史·李景隆传》说他是个翩翩美男子，喜欢读书，举止做派温文尔雅，正好与文弱喜读书的建文帝非常相似，于是引为知己，相互信赖。
建文帝即位后开始削藩，第一刀砍向了周王，而执行这一命令的就是李景隆。建文帝以边境有警为名，派李景隆前往视察。当时周王就藩在开封，李景隆路过开封时，用突然袭击的方式将周王擒获，然后押解回南京。建文帝在南京削除了周王的封爵，并禁锢起来。从此之后，立了功的李景隆更加受到建文帝的重视。
耿炳文前线受挫的消息传入京城后，建文帝接受黄子澄的建议，任用李景隆率师五十万北伐。这是建文帝最大规模的一次用兵，拿出了看家的本钱交给李景隆。考虑到这次出征意义重大，只许成功不许失败，为了壮其声威，建文帝亲自到江边为大军饯行，并赐通天犀带，授予全权。建文帝对李景隆可谓恩重如山。
但众多将领对这一任命却深为不满。原因何在？因为李景隆是贵族公子哥，喜欢文过饰非，好大喜功，面对下属又妄自尊大。虽然他身披戎装，却根本不知如何指挥作战，不懂体恤军士。建文帝重用这样的人，难免让随同出征的 众将唉声叹气，为生死未卜的前途充满忧虑。
建文元年九月十一日，李景隆率部到达德州，将这里作为后方大本营，然后继续前进，驻扎在河间府。他在整顿了真定耿炳文的部队之后，改变了之前保守持重、稳扎稳打的战略方针，准备直扑北平，一举端掉燕王的老巢。
燕王在侦知新派来的主帅是表侄李景隆后，立刻露出了喜悦的神情。在他眼中，李景隆不过是一个纨绔子弟，怎么是自己的对手！既然李景隆气势汹汹而来，想一举占领北平，那干脆故意让出北平让对方进攻，而自己统率大军先去援助永平，然后直趋大宁。
北平是元朝的都城，城高池深，易守难攻。明初朱元璋出兵攻打元朝时，常遇春就提出，要亲率精兵直捣元大都。但这个冒险建议很快被否决，一个重要的理由就是，元大都防御坚固，如果孤军深入，很容易被援兵包围，陷入困境。燕王应该对当年的决策留有印象，因此对北平的防御有足够的信心，只是再三要求守城者“戒勿出战”。不过这一计划还是有很大的冒险成分，李景隆作为主帅固然不足虑，但战场上的形势瞬息万变，一个偶然的失误也会造成满盘皆输，这是谁都无法预料的。
李景隆获悉燕王出兵大宁，北平城防御空虚，率师快速进兵，直扑北平。由于燕王决意在北平城打防御战，因此收缩防守，城南的一些县城，如之前占领的雄县等都弃守不顾。李景隆兵不血刃地连夺数城，脸上露出傲慢的笑容。此时在他看来，这位表叔也不过如此，有何本事值得太祖皇帝再三夸奖！耿炳文一而再地失败，只能证明他老朽无能。现在需要的是快速进军，重拳出击。十月十五日，南军过卢沟桥，包围了北平。这个时候北方已进入寒冷的冬季，艰苦的攻城战就要开始。
按理来说，北平城的防御力量并不强，即便有天时地利人和的优势，也很难抵挡数十万大军的反复攻击。最后之所以能安然无恙，在很大程度上说，是由于进攻方的混乱与无序所赐。
举两个例子可以证明，李景隆战场指挥，的确无知和无能。第一，他似乎并不清楚在什么条件下，应该保持进攻的势头和必要的退却，完全以一种外行的心态，随心所欲地处理战场情况。例如，在南军猛攻之下，丽正门——也就是后来的正阳门情况一度十分危急，这个时候北军兵源不足，以致王宫中的老弱伤 病包括妇女都出现在了城头，投掷瓦砾，拼死守卫。如果此时南军能果断增援，投入新的作战力量，便可以将优势化为胜势。但李景隆下令，南军撤退改用火攻，火攻无法奏效后又改强攻。如此折腾，给了对手喘息的机会，根本无法打开局面。
第二，李景隆统兵的无能，还表现在他贪功嫉贤。《明史·瞿能传》记载，大将瞿能在攻打北平的战役中，率领千余精兵攻打彰义门（广安门），已经撕开了一个豁口。但是李景隆并不喜欢瞿能，怕他把功劳都抢去，命令他就地停止进攻，等待其他大军同进。这样功劳就可以算到他李景隆的身上。趁这个作战间隙，燕王军队连忙向城头浇水，当时天气寒冷，水很快凝固成冰，李景隆的人马无法再爬上城头，功亏一篑。
有人说这并不是李景隆忌妒瞿能，而是他首鼠两端，脚踏两只船，既在建文帝面前假装好人，又在暗中帮燕王。这个结论并没有多少说服力。此时的李景隆正受到建文帝的恩宠，他统率五十万大军，有足够的兵力击败燕王，胜利能进一步扩大自己的声威与地位，何乐而不为呢？他和燕王的表叔侄关系，并不能解释他暗中纵敌，同样，周王也是李景隆的表叔，缘何李景隆就痛下杀手呢？李景隆在北平城下的失败，只有一个解释，就是他在军事指挥上的无能与无知。
李景隆在北平城下毫无进展，而燕王在外围一个月的作战中，却捷报频传，还扩充了自己的军队。尤其是争取到朵颜三卫蒙古骑兵的加入，更是增加了战斗力。他趁李景隆劳师城下之际，抓紧时间在会州（河北平泉）整军，然后经过半个月的行军，到达孤山（河北三河）准备决战。
李景隆获得情报后，留下一部分人马继续围城，然后亲率主力驻扎在北平城东二十里的郑村坝，准备截击燕王。由于连续在北平城下鏖战，李景隆的部队已经是士气低落，军心动摇。加之气候严寒，天上飘着鹅毛大雪，失望的情绪弥漫在整个兵营。南军先头部队万余人很快在白河沿被击溃，然后双方主力部队展开决战。李景隆指挥的军队混乱不堪，倚仗人多勉强支撑了一天，最后终于大败。他弃北平城下的余部而不顾，率残兵败将逃往德州。两天后群龙无首的余部四散奔逃，北平城转危为安。
李景隆在郑坝村战败的消息，一路上遮遮掩掩，并没有很快传到南京。除了李景隆要为自己开脱，掩盖败绩外，推荐李景隆挂帅的黄子澄，也极力对败绩轻描淡写。由于他们内外活动，联合起来蒙蔽建文帝，致使打了败仗的人不但未受惩罚和责备，反而加官晋爵，封为太子太师，兼赐玺书、金币、貂裘等。等到建文帝确实了战败消息，他还认为，这不是李景隆庸才无能造成的，而是权力太轻，约束不住手下人，因此令行不止，于是派遣太监携带圣旨，赏赐李景隆黄钺弓矢，以便镇住反对的意见，专一征讨燕王。前方将士看到李景隆打了败仗，不但不撤职，反而升了官，权力更大，因此更加泄气。对比一下老将耿炳文小败即遭撤职，便可知道建文帝在知将用人方面的确存在许多问题。
在接下来的几个月里，李景隆在前方被燕王牵着鼻子走，军队没有得到充分的修整。他给燕王写信，希望停战，但被燕王驳回。由此看来，最终解决问题还是要通过战场。对于战败，李景隆总结的经验是天时不好，北方冬季气候严寒，他的手下人都是来自南方，无法忍受，因此冬季征战自然要吃亏失败。于是，新一轮的作战应该安排在春季。
建文二年（1400）四月，天气转暖，李景隆觉得好像恢复了元气，又开始筹划新一轮的进攻。这次战役史称“白沟河之战”，规模之大带有战略会战性质，从战前准备到战役结束历时五个月。他集合了武安侯郭英、安陆侯吴杰等共六十万人，号称百万，会师于白沟河一带，准备齐头并进击败燕王。
对手气势汹汹，但在燕王看来，这又是一次乌合之众的出击。上次对手失败，既不是天时，也不是地利，而是将帅不专，号令不一，这个现状不改变，仍旧必败无疑。
燕王向部下谈了他的几点看法，并点评李景隆和他的几员大将：李景隆志大而无谋，自专而违众。郭英老迈退缩，平安刚愎自用，胡观骄纵不治，吴杰懦而无断。他们前来作战，互相掣肘，只有失败，现在就是倚仗人多罢了。燕王的一番话主要在于激励将士的勇气，不要被敌众我寡的形势所吓倒。
但双方兵力悬殊，李景隆统率了六十万大军，而燕王能用于一线的兵力不足十万，这的确给北军造成很大麻烦。燕王在交战中数次遇险，如果不是他命大，多次化险为夷，那么，靖难之役的历史，乃至明朝的历史很可能因白沟河之战而改写。
双方先锋部队的交战，就使燕王部队吃亏不少。南军的先锋官平安是一员勇将，曾经跟随燕王出塞作战，对他的用兵韬略还是比较了解。所以第一天的交战从白天杀到黑夜，双方各有损伤，打了个平手。燕王在回营的时候迷了路，身边只有三个随从，是通过下马辨认河流的流向才确知方位，回到了本方营垒。
第二天早晨，双方先锋部队继续交战。平安连续击败燕将房宽、陈亨，将燕王在内的少量人马夹击在中间。平安下令，无论死活，先取燕王的首级。于是弓箭像飞蝗一样连续射出，有的射中燕王的坐骑，燕王左躲右闪，拨打飞来的箭支，自己竟然无事。《明史·平安传》中说燕王此时狼狈极了，战马受了伤，宝剑也折断了，只好爬到河岸的堤坝上，假装挥鞭招手，让对手以为堤岸后面还埋伏有援兵。南军稍一迟疑，没敢迅速纵兵冲上去。很快，燕王的次子朱高煦赶来，救下了燕王。
到了中午，燕王的军队奇迹般地度过了危机。这个时候，天空转暗，阴云密布，大风骤起。北军居于上风向，顺风作战，南军居于下风向，逆风迎战。北军利用天气突变改用火攻，施放的弓箭频频射中南军。大风吹倒了李景隆的帅旗。士兵的阵形还没有乱，李景隆自己先惊慌失措起来，仓皇先逃，将建文帝颁赐给他的玺书和黄钺都扔到了地上。
燕王的军队紧追不舍，李景隆从白河沟跑到了德州，觉得还不安全，又跑到济南才停下来。这一战南军死伤数十万人，如果不是山东参政铁铉和参军高巍、盛庸等固守济南三个月，李景隆统辖下的南军更将一溃千里。燕王攻济南不克，撤还北平后双方休战。但此时，北军开始从战略防御转为战略进攻，而南军由于损兵折将，已经无力再组织大规模的进攻，被迫进入了防御阶段。
白沟河之战后，李景隆狼狈逃往德州。德州本来是南军北伐的大本营，粮草辎重充裕，防御力量雄厚，并未受到白沟河之战失利的影响。如果李景隆返回德州后，迅速集结力量展开防御战，还是有可能抵挡住北军的冲击的。
此时的德州在防御上要难于耿炳文时期的真定，除了士气受到很大影响外，双方力量的对比也有利于北方。但李景隆在一连串的失败打击下，早已是惊弓之鸟，听说燕王正率师直扑德州，他连夜逃到了济南。燕王兵不血刃地占领德州，又继续南追李景隆，他要趁李景隆兵力无法收拢、立足未稳之际予以彻底歼灭。数日后，已无路可退的李景隆率十万残兵再次和燕王决一死战，由于士气低落，在燕王的攻势下，南军很快便溃不成军。李景隆落得一个孤家寡人留在了济南城，数月后被建文帝招回南京。
令人感兴趣的是在这个时候，朝中几个文臣和李景隆的关系发生了很大变化。黄子澄之前极力推荐李景隆，甚至还为李景隆在郑坝村的失败进行过遮掩。但白沟河之战后，李景隆威望扫地，如丧家之犬，黄子澄的态度也为之一变，一心想要李景隆的项上人头。
黄子澄在朝堂上大声叱责李景隆，说他出师观望，怀有二心，如果此时不杀李景隆，将对不起列祖列宗，无法激励将士的士气。练子宁的态度更是强硬，摆出决不妥协的态度，仿佛要告诉建文帝，要他要我，留他留我，皇帝你看着办吧。他慷慨激昂地对建文帝说：坏陛下事者，就是奸贼李景隆！我为国家执法，如果不能除掉这个卖国贼，那么我死有余辜。如果陛下赦免李景隆，那就不要赦免我！
但是建文帝最后没有杀李景隆，而是将他从轻发落，没有治罪。不但因为李景隆是皇亲国戚，自己的表哥，更重要的是，如果杀了李景隆，那么当初竭力推荐李景隆的黄子澄等人，将要如何处理？建文帝就是这样一个性格软弱的人。但两年之后，当燕王的大军渡过长江，兵临城下之时，李景隆还是同谷王朱橞一起，偷偷打开了金川门，出卖了当年的恩人。
昙花一现的胜利与战争结束
建文二年四月底到五月初，北军在击败李景隆部之后，也出现了半年的低潮。转折点一仗出现在济南城下。古代打仗，最头疼的就是直接进攻有所防备的城池。《孙子兵法》中说：上兵伐谋，其次伐交，再次伐兵，实在没有办法了只好攻城。燕王携白沟河大捷的气势，一直杀到济南城下，又在这里歼灭了李景隆所率残部十万人马，于是乘胜包围了济南城。
燕王先是劝降防御济南的山东参政铁铉，遭到严词拒绝。北军发动猛攻，不能奏效后，又改扒堤放水，试图淹垮城墙，济南的防御形势一度十分吃紧，迫使铁铉想出派千人出城诈降的败战之策。
他令壮士埋伏在城头，打算等燕王入城后，突然掷下铁板进行袭击。同时，另派亲兵埋伏在城门的吊桥处，在袭击发生时，斩断吊桥，切断燕王进城后与外面的联系。燕王怀疑过铁铉的诈降么？没有。此前的燕王军队已经战无不胜、 攻无不克，他接受的降兵降将成千上万，何况一个驻扎在济南的文职官员。他理所当然地相信了铁铉的投降。
然而成败往往在毫厘之间。当燕王缓辔入城之时，城头上的士兵按照铁铉的暗示，将铁板猛推下来。但落下的铁板没有击中燕王。埋伏的亲兵赶紧挥刀，仓促间没能斩断吊桥，多亏燕王眼疾手快，策马扬鞭夺路而逃，总算保住了性命。燕王遭此暗算，愤怒至极，重新部署兵力攻打济南城。济南是有名的易守难攻之城，时间过去三个月，济南依旧巍然屹立。这时，李景隆的先锋官平安，聚拢了约二十万人马，向南军失守的德州进军，目的是要截断北军的粮道。此时，北军在济南城下已经连续作战三个月，在兵困师劳、后方不稳的情况下，燕王悻悻然解围而归。
之前，燕王在击败了耿炳文后，也曾围攻过河北真定，但仅仅打了两天就匆忙撤军。这次围攻济南，时间长达三个月。为什么燕王这样想拿下济南？《明史·铁铉传》认为，这是因为济南的战略位置非常重要。它居于南北要道中间，是个坚固的防御堡垒。如果占领济南，对南京就是个极大的震慑。因此趁着李景隆大败之际，军心浮动，燕王要用全力来进攻，希望在这个关键时刻，一举攻下这个战略要地。
其实，真定的战略位置同样也很重要。夺取真定，消灭耿炳文，不但彻底解北平之围，而且可以乘胜南下，饮马黄河。问题在于，燕王并不认为耿炳文是个无能之辈，一旦对手做好了战斗准备，要想继续扩大战果绝非易事。相反，燕王这次倒是低估了铁铉。他以为这位书生出身的政府官员，在处理政务或者军事后勤方面还算是个人才，但领兵打仗绝对是个外行。燕王对铁铉越是不服气，就越想尽早拿下济南城，结果最终也未能如愿。
对燕王来说，没能拿下济南，并不是损兵折将的大败，实力上没有受到严重损失，只是未能达到战略目的，错过了一次扩大战果的良机。燕王北撤后，防守济南的铁铉和盛庸相机扩大胜利成果，收复了被李景隆丢弃的德州等，又将战线推进到河北。
济南保卫战的胜利，是燕王起兵以来南军的第一次大捷。喜出望外的建文帝升赏铁铉为兵部尚书，封盛庸为历城侯，总掌诸军北伐事宜。双方修整一个月后再次交战。燕王使用老办法，先声东击西，拔掉了沧州这根钉子，又击垮了 盛庸的尾随部队，因此全军出现了轻敌的情绪。
燕王先是想招降盛庸，但被盛庸严词拒绝。于是，燕王将作战目标先锁定为运河沿岸的重要城市临清，目的是要将盛庸引诱出来，通过野战一举消灭。北军转战在山东腹地的冠县、莘县、东阿、东平等地。建文二年十二月，盛庸从德州赶到东昌，摆出邀击的姿态，堵住了燕军的北归之路。双方在东昌城下的一场激战如箭在弦。
盛庸军背城而阵，准备好了火器和大量毒箭；北军一连数仗获得全胜，士气旺盛。燕王率兵前冲，包围攻击盛庸军的左翼，盛庸军乱箭齐发，阵形丝毫未乱。紧接着北军开始冲击盛庸军的中路，盛庸诱敌深入，将燕王团团围在当中。燕将朱能率朵颜三卫的骑兵前来救驾，燕王这才从合围中逃脱，但此时他手下的大将张玉和一万多人全部战死。
北军仓皇北撤，南军随后掩杀。盛庸快马传檄吴杰、平安从真定赶到深州，在那里截断燕王的归路。然而南军却在深州城下作战失利，错过了结束靖难之役的一个良机。当时，吴杰有两万多兵马，先在威县截住了燕王。燕王新败，不愿意再与南军硬拼，于是请求说：从前我经常释放你们的人，现在也请你们放过我吧。哀求的口气很有些像《三国演义》里华容道上的曹操。而此时南军将士也忘乎所以，没有料到失利的燕王仍然设有埋伏，结果两万多人马被打得落花流水。
燕王率军队于建文三年（1401）正月十六日回到了北平。东昌之战是燕王在靖难之役中最惨重的失败，他不但丧失了原来在山东、河北一带占领的地盘，而且彻底打破了他“取道山东——南下淮河——直取金陵”的梦想。
再看朝廷方面，当建文帝获悉东昌大捷的喜报后，立刻降旨褒奖前方将士，他还亲自到太庙祭祀，报告喜讯。在此之前，建文帝摆出要和燕王和谈的姿态，曾经罢免了齐泰、黄子澄的官职。现在前方打胜仗了，这个姿态也不用摆了，于是下令让齐泰、黄子澄官复原职，重新参与军机事务，商讨未来的政治改革。
东昌之战的失败到底对朱棣造成多大的损失，史书上的解释可能有些误会。“是役也，燕精锐丧失几尽。”这是《明史·盛庸传》的评价，显然夸大了北军的损失。
理由有两：第一，东昌之战后，燕军向北平败退，路过深州的时候，和从真定而来的南军作战。燕王鉴于形势不利，因此急于退却，是一种避战的心理。即便如此，仍能很快消灭吴杰的两万军队，这说明燕军依旧保持了较强的作战能力。第二，如果燕军精锐丧失殆尽，那么必然要转入战略防御，而招募来的新兵是不可能很快投入作战的。但实际上仅仅修整了一个多月，北军便南下作战，从此之后就没有给南军任何机会。先是在夹河击败盛庸，后来又陆续击败吴杰和房昭，能迅速取得这样战果的也只有精锐部队。相反，朝鲜来华使者崔有庆路过中国时，根据亲眼所见得出结论，“帝国兵虽多，势弱，战则必败”。
建文三年春，燕军和盛庸军相会在河北武邑南的夹河。第一天的战斗，双方旗鼓相当，互有胜负。但第二天正处于胶着状态时，东北风骤起，顺风向的朱棣指挥燕军奋力猛攻，盛庸军伤亡惨重，全线溃逃。盛庸单骑逃往德州，情形之惨，甚于当初的李景隆。
一个月后，吴杰、平安部在藁城与燕军摆开战场。双方在野战中奋力厮杀，勇力十足的燕军最终将对手全线击溃，斩敌六万。夹河与藁城之战的胜利，扭转了之前燕军的颓势，扩大了占领区域。此后，燕军相继攻下广平等地，河北郡县望风披靡。朝廷方面刚刚聚拢起来的一点信心又全部被打掉，不得不提出罢兵求和。
此时的燕王虽然还是打出“清君侧”的旗号，但是争夺皇位的意图越来越明显，因此，所谓罢兵的谈判最后只能是破裂。接连取得胜利的燕王开始对建文帝指手画脚。方孝孺给建文帝献计说：
燕王的军队现在聚集在大名，如果时间长了，就会赶上夏天暑热多雨，然后不战自疲。我们下令给辽东诸将，让他们带兵入山海关进攻永平，让真定诸将渡过卢沟桥直捣北平，这样他一定要回去救北平。我们派大军跟踪追击，可以一举擒获燕王。现在与他和谈之事可以拖一拖，来往报书，往返一趟都要一个月以上，目的是要他们将士松懈。等到我们谋划好了，胜利将会一蹴而就。
方孝孺自欺欺人的大话，居然赢得建文帝频频点头，大概两人还以为消灭燕王的武装，还真像纸上谈兵那样容易。方孝孺的缓兵之计马上就被燕王识破，于是他率军迅速南下，绕过济南，从河北入济州、徐州、彰德等地。
建文三年的燕王朱棣就像是大闹天宫的孙悟空，不断地攻城掠寨，不断地获得大捷，但是始终打不破朝廷围拢的铁桶阵，翻不出如来佛的手掌心。原因就在于燕王只能取得军事上的优势，但是在政治上，几乎所有的地方官员还是倾向于朝廷，哪怕是进行出工不出力的观望。毕竟，地方官员都是由朝廷任命派遣的，都要忠诚于朝廷。他们投降燕王是假，是暂时的，而听命于朝廷是真，是长久的。燕王的军队不停地转战南北，许多到手的城市却得而复失，始终打不开局面。
建文三年年末，燕王取得战略性突破。建文帝处罚了身边几个太监，这几个小人物怀恨在心，于是向燕王提供情报，密报南军重兵在外，南京城防御薄弱，劝燕王火速直取南京，一鼓作气结束战争。
建文四年（1402）正月，燕军已经不再经过德州、济南一线，而是渡卫河南下，连克山东的东阿、东平、汶上、单县等城，三月到达徐州。虽未能攻克徐州，但燕军并不恋战，而是继续向南到达宿州、蒙城。尾随而来的平安军队一时无法摆脱，于是朱棣在淝河边设下埋伏，诱敌深入，平安军全线溃败。四月底，平安、陈晖等三十多名将领在灵璧被俘获，至此，朝廷在淮北的主力部队全部损失殆尽。
朝廷方面在淮河以南留有的机动部队，主要是盛庸率领的几万马步兵，另有数千战船沿河而列。燕王声东击西，先用部分船筏舢板吸引住对方，然后命令大将丘福、朱能偷渡淮河，从侧面进行进攻。就这样一个看似平常的计谋，竟然也打得盛庸丢盔弃甲，狼狈逃窜。可见，南军的战斗力已经到了何等脆弱的程度，战船和军用物资统统丢失，燕王带领主力迅速渡河，占领了盱眙。
之后，燕王召集将领商讨下一步的行军路线。有的主张入安徽取凤阳，然后南下滁州、安庆等地；也有的主张入苏北下淮安，经高邮取扬州、仪真，由此处渡江，直接进攻南京。这个时候的燕王早已放弃了逐城战守的方略，他要直驱扬州，径指仪真。
五月，北军占领扬州。受到扬州陷落的影响，高邮、通州、泰州等江北城市望风而降，长江以北基本上为燕王所有。这时南京城里一片混乱，建文帝除了下罪己诏，号召天下勤王外，便是再次派遣使者向燕王求和。在朱棣眼里，这无 非是四分五裂的保皇派在空喊和平，他摆出将靖难进行到底的决心，厉兵秣马，加快准备进攻南京。
六月一日，北军在浦子口顺利击败盛庸统率的残兵败将，又迫降了总掌江上舟师的陈瑄，占领了南京下游的重镇镇江。这时南京城里还有二十万的守军，如果拼命死守，尚可一战。但是此时的南京城早已是风声鹤唳，乱作一团。许多人见建文帝大势已去，逃跑的逃跑，投降的投降。六月十三日，燕军向南京城挺进，负责防守金川门的谷王朱橞和李景隆立刻打开城门。
一个新的时代就这样开始了。
建文帝下落和永乐帝新政
靖难之役可以说是朱元璋祖孙三代围绕皇权而展开的斗争。朱元璋为了子孙后代永保皇位，不断屠杀大臣，分封诸子，最终导致了宫廷和藩王之间对立的激化。但朱元璋的所作所为，只能说为靖难之役隐藏了祸根，一般而言，是不会改变宫廷败落、藩王胜出的结果。建文帝最后的失败，完全是他无能、软弱、优柔寡断造成的。刚开始，建文帝的力量十倍于燕王，且有多次机会置燕王于死地，但都被一一浪费，使本来一场猫捉老鼠的游戏，硬是变成蛇吞象。再看燕王朱棣，多少次亲临战场出生入死，除了有很好的运气外，还因为他有弥天大勇，远见卓识，知人善任，才为自己打下了江山。
燕王攻下南京后，最重要的就是寻找建文帝，但刚一进南京就见皇宫起火。这场大火烧出历史上一件谜案。官修《实录》说皇帝是在火中自杀。因为南京陷落后，宫廷里面乱作一团。太监和宫娥等全都逃命去了，只有零星几个人还跟着建文帝。建文帝将宫门关闭，放火自焚。燕王急忙派人救火，但是已经来不及了，只是从火中抢到建文帝的尸首。救火的大臣回来向燕王禀告，燕王闻讯痛哭：“果然若是痴騃耶？吾来为扶翼尔为善，尔竟不亮而遽至此乎！”
因为《太宗实录》是按照明成祖的意思修改的，目的就是要尽力美化他，有些内容是否可信，值得怀疑。清朝人写的《明史·恭闵帝本纪》也简要记载了这场大火，但删去了明成祖的虚假表演。“都城陷，宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。”但紧接着又加了一句“或云帝由地道出亡”。
后人写历史，如果对某件事有相互矛盾、难以辨别的不同说法，通常是把这些说法都写进史书，但带有一定的倾向性，以某一种说法为主。建文帝是死于大火，还是从地道出逃，在永乐、宣德年间是没有分歧的，官方一致认为是死于大火。但到了正统五年（1440），出现了争论。那年，有一位年逾九旬的老僧自称是建文皇帝，后来被官府缉拿。经过查实，此人为钧州人杨行祥，于是主犯被处死，同案犯发配到辽东。也就是从那时开始，不断产生出新的传说。之后，云南、贵州、四川等地纷纷相传见到过建文帝的踪迹。
一种较为形象的传说是，金川门打开后，建文帝知道南京守不住了。他经手下人提醒，说朱元璋临死前还留给他一个铁箧。打开铁箧一看，发现里面有和尚用的袈裟、鞋帽和度牒，还有剃刀和少量白银。建文帝赶紧乔装改扮，然后经宫中密道逃出城，城外的小船再将建文帝接走。于是，开始了建文帝云游四方、浪迹天涯的传说。
到了明朝中叶，关于建文帝的传言，又增加了一些新的说法，在《建文遗迹》、《革除君纪》等书中开始逐渐完整起来。成化年间，《致身录》、《从亡随笔》等书为了标榜忠君思想，随意编造建文帝逃亡的各种说法。嘉靖年间，民间出版逐渐兴盛，刻书成风，连大名鼎鼎的王世贞也开始记载建文帝逃亡之说，但内容大同小异，只是相互传抄而已。
实际上，不同的时代特点对这种传言也有不同的需求，人们不断追求新的花样。明朝灭亡后，受到朱三太子案的影响，人们在谈论建文帝逃亡时，还要加上借古讽今的抒情议论。刚开始，由于政治气氛紧张，文人们怕惹祸上身，对建文帝之事三缄其口，避而不谈。到了清朝中叶，明朝已成旧事，朱三太子案早被淡化，人们也不再忌讳影射历史，又可以谈论建文帝出亡之说。最后，谷应泰在《明史纪事本末·建文逊国》中，对追踪建文帝足迹来了个总结，直接影响到清乾隆朝出版的官修《明史》，这个问题最终成了谜案。
在《明史》所有段落中，最使人津津乐道的是《胡濙传》，认为当时就有关于建文帝死于大火和逃亡两说，以致明成祖下决心要搞个水落石出。永乐五年（1407），明成祖派遣胡濙寻访仙人张邋遢，遍行天下州郡乡邑，真正目的是要察访建文帝的下落。这一走访大概历时十年，到了永乐十四年（1416）才回京城。但胡濙没有发现建文帝的行踪，只是从民间打听到各种传闻。胡濙想就此罢 休，回家给母亲丁忧，但明成祖不同意停止寻找建文帝，于是提拔他为礼部左侍郎。永乐十七年（1419），胡濙又被派往江浙、湖湘一带继续寻找，直到永乐二十一年（1423）才回京。当时明成祖在宣府，胡濙就赶往那里。到达宣府后时辰已晚，明成祖已经就寝，但是听说胡濙来了，就赶忙起床召见，两人密谈到四更天才结束。至此，明成祖才相信，建文帝确实不在了。
这段历史估计也是杜撰的。如果说胡濙出访是为了追踪建文帝，明成祖需要急三火四地连夜召见吗？照此推论，还有一种说法是建文帝流落海外，明成祖派遣郑和下西洋，也是在寻找建文帝。那么郑和回国后，明成祖也应该召见，询问相关情况才对。但永乐时期郑和六次出海，一次也未向明成祖禀报建文帝之事，岂非咄咄怪事？因此，关于建文帝出亡的传说，只是许多人在几百年里，将一个虚妄的故事不断添油加醋，成为自欺欺人的谎言而已。
燕王通过武力夺得皇位后，注定要洗刷建文帝的影响，树立自己的权威。封建社会正统意识极强，因此有许多人只承认建文帝，敌视用强权夺得皇位的明成祖。他们有的公开拒绝合作，有的阳奉阴违，还有的甚至图谋行刺，于是明成祖采用“瓜蔓抄”或“株连十族”的残酷手段，血腥镇压敢于藐视他的政敌们。为此到底死了多少人，谁也说不清楚。李贽在《续藏书·雪庵和尚传》中说：方孝孺、黄子澄之案，杀了几万人，即便没有被杀，也是谪戍边疆，不是死于途中就是死于边疆的恶劣环境，这样的人又是几万。
其实，这和延续了四年的战争相比，又算得了什么！双方用兵上百万，战火从北京一直烧到南京，广大百姓流离失所，生灵涂炭，给人民的生活带来极大的痛苦。
为了保住得来不易的最高权力，明成祖决不能像建文帝那样心慈手软。他一方面要剿杀顽固不化的朝中大臣，还把矛头对准了自己的亲兄弟，把权力全部收上来。因此，他也像建文帝一样，“削藩”之事势在必行，夺回藩王手中的兵权，杜绝潜在的反叛可能。在诸王中威胁最大的是宁王朱权。史书上说他统辖的兵“带甲八万，革车六千，所属朵颜三卫骑兵，皆骁勇善战”。靖难之役一开始，燕王曾向他承诺：事成之后中分天下。明成祖即位之后，双方谁也不提此事，一个不愿，一个不敢。永乐元年（1403），宁王的封地被改到南昌，完全被监视起来，从此他开始韬晦人生，完全不过问政治军事，每天只是听听音乐读读 书，以此终了一生。
南京是明朝的发祥之地，钟山风雨，虎踞龙盘，但明成祖并不喜欢这里。因为敌视他的人太多，那种阴沉的充满血腥味的政治氛围，给他造成很大的心理压力。他的事业和大本营在北平，那里的人民爱戴他，需要他来继续戍守，抵挡有可能冲击中原的蒙古骑兵。他也需要北平，要把这里建成新的国都，至少可以躲开南京那些充满敌意的反对者。
永乐七年（1410），朱棣离开南京，开始长住北平，至永乐十八年（1420）确立了北平的京师地位，南京降格为陪都。为了完成这次浩大的迁都工程，在近二十年的时间里，国家不知道花了多少钱，老百姓不知道吃了多少苦。工程之庞大，花费之浩繁，调度之复杂，再加上贪官蚕食，因此将国库消耗一空。在那个时候，搬迁首都并不紧迫，实际上国家财力也不允许。当然，京师北迁后，国家的政治中心和军事中心都发生了转移，这为防范蒙古部落和东北地区少数民族对明朝的冲击，也起到了战略上的支持作用。
明成祖朱棣像
朱棣称帝后，明朝政治的又一大变化是宦官势力的崛起。朱元璋在位时，虽然设立了庞大的宦官机构，而且也对一些太监授予过奉使、观兵等权限，但这种任命都是偶尔为之，权力也是暂时的。终其一生，朱元璋对宦官严格控制，甚至要求宦官不得读书识字，怕的就是出现汉唐时期宦官专权的情况。建文帝时，基本上承袭祖制，御内臣极严，稍有不法行为便有严惩。实际上，是建文帝身边的宦官在关键时刻送出情报，使朱棣了解到南京防守力量的虚实，才下定决心，驱兵直捣南京。可以说是宦官为靖难之役立下了功劳，导致了建文一朝加速崩溃。
到了明成祖时期，宦官地位发生了明显的变化。他认为宦官是亲信，是身边之人，要比大臣更忠于主人，因此他即位后，对宦官多有委任。《明史·宦官列传》说，明代宦官所具有的“出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事诸大权，皆自永乐间始”。
皇帝重用宦官无非两种情况：一是当皇帝声色犬马时，需要宦官为自己的享乐去卖力气；二是皇帝将政务中的重大事件委托给宦官，因为在处理这些问题时，大臣们不像宦官那么听话，那么容易控制。
明成祖是通过战争从侄子手中抢来皇位，南京的大臣们对他反感和冷淡可想而知。用暴力让他们缄口，对明成祖来说并不难。不过，明成祖雄才大略，他要的是人们对他心悦诚服，像唐太宗那样，通过“贞观之治”来塑造一代圣君的形象。从他重用宦官就可以看出：明成祖的心理负担显然要比唐太宗重得多。一方面他要干出一番事业，因此他重用宦官绝不是为了吃喝玩乐；另一方面，他设立东厂，强化锦衣卫，通过宦官监视大臣。
永乐时期一个很大的特色，就是派遣大批使团出使国外，奉使前往的又多是宦官。出使西洋诸国的使者是郑和、王景弘，西域诸国的是李达，西番诸国的是侯显，迤北诸国的是海童，其中最有名的是郑和七次下西洋。对于郑和下西洋的目的历来众说纷纭，其中是否有一定的军事目的和价值，这需要在下一章中展开论述。